Spo00564 (gene)

Overview
NameSpo00564
Typegene
OrganismSpinacia oleracea (Spinach)
DescriptionUnknown protein
LocationSpoScf_02641 : 15402 .. 27189 (+)
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
GAAATGCTAATAATCAGCACTGGTGTTATTTCAGGAAATCAGGTATTGTTTTCAAACTATTTCGTCGTCGAAGTTATCATCATGCTATGCTGGTTACTTTCCAATTTGTTTAGGTTGCTAAATTTCATCGCGCAATTCATGTTAAGGGTTTGTAAGAATTAGAAATCATGATTTCTGAATGTTTTTGCTGAGGGTATGTTACAAAGTAACTTTTGTATACACATTTGAAATTATTGGAAATATCTACTATTGTTCATGTAATCATGTTAATTGTTAAGTGTATTTGGGAAAGAGTGTGTTTAGGGGGCTGTTTGTCTTGGATTTTTGCACTGGGTCGAATATGATCGATTTTACCGGCTAATTTCGGGTTTGGTTCACTTCTTGGTTGAGCAATGTTAGTGGAATATCTCTCTTGTTTGCTTTAAAATTTAGGATTGTAGCAAATAATCTCATGAAAGAAGTCAGGACATCCTAATTGGACCTGGATTTGCGGCATCTTAGTCTATTTTGCTAAGCAAACCATGTCTATGGAGTATGGACTAGATTAAGCTTGGAAGAGTTGGAAATTTGGAATATATAGTTGCGTACACTCTGTATGTGTAACGTGTTGCCTCACTAAAGCTTAGTTTAGGCTCAACCCATCTTTGGTTAATGTAGAATACCATTGTTGATGTTGTAAGACCATAGTCTTACATGGAAGACTTCTTAGAATCCAGCATTGACAGTTAACTGGCTTGAGTATTGCTTTAACGTTTTTATAGTATTATAAACATAAATAAACAACTCCGCAAGAAAATATTGGGAAGCATTAGTTACTGATATGCAATTGATTATGTTTAAGAGATCACGGGGGTATTTAGTTCGTGTATTGTTGGTATGACTTATGAGTAGACCTGGTTATTGGACAGGGTAGTCCAATGGATATAGGGTTAGGGTCCAGTTAATAGGGCTTTTATTGGGCAGGGCTCTTATTGGACAGGGCCTTTATTGGATAGGGTCATTATAGGGTCAAACTTATACTACAATTAGTTTGAAAATAAAAATAGTAATGATACAAAAAATTACATGCATAGCTTCGTATTTACTTGTACTTGCACATGGCTCTTTTGTTTTTCATTTTTCATTGCTCGTTTATTGACCCGCCCAATAATGACCGCTATTGACCCGCGACCCGCTTTTGACCCGCCCATTATCGACCCTCTAAAAATGACCCTTTCAATACCCGACCCTCTTTTGACCCGCACCGACCCTGACCCGCCCCGCCCGATAACCAGGCCTACTTATGAGATATGGGTCGACCTGTGATTGTTTGGTGTGACTGCTTATCGATATAAACTGCAAAATTTTGTTTCTTGATCTCTCTAGGCCTTATCAACTGTATGATCGATACCAAGTCGTCATGGTGTAACAATGAGGCTACTAAAAAGTGCCTTTTTTTTTTTTTGTAAATCTCAATCTAGTTCTTGGATGGTCTGCATTTTTGCTGAGAATTTGAAGTACTCATATAGCTGTACTATATTAGCTACCCCTTTCCGAAGGTACTCTTTTTCTTTGCTGTTTAAAACTTCTTCAGATATTGCCCAAAGCTACTCCTCTGTGTTTTGTTGTTGACGAAGAAGCCTAAGTTTGAGATCATATGTTGGTCATATCGAGACTTCATGCATGGCTTCCCAATATTATTCATTCTTTAGGGCTATTAATTTGCATTATTATATACGTTTCTAATATCACAATTTCTTATTAAAAGCTAGTATACAATATTTATTGTACATTGGAGTAAAAGTTAAGTAAAAATGTTTAAAAGTTACCCCAGTATAATGTAAAATGATAAAATGTTTCGCTTCAATAAAATTATCCCGTCAAAGTAATTATGTAACTATTTAAAATGTTTATCCGTCAAAAATAAATTGATAATATAAGAATTAATCAAAGCATATTAAAAGTTACGAAAATTTAGTTAAAAGTTACTCCGAGATAAAATAAATTTAGTGCACCTAGTGCGTGCAGAACCTTTTGTTCTTATATAGTGTTCCACTGTGTTAATTTAAGGATGTGGCTTGAGTTATTTTAGAAAGTAAATTATGTTCCTGGATTTGAAGTACAAAGTACTTTTATTAGCTTATAAATGGGTTGGGGCTCTAAGGTAATAGTTTTTATGTTTCCAATAAGTGAGTTAGTGAGTGTATAATCAAATTTCTTGGAACCATTTCCATTCTGAATTGCTAAATTTAAAGCTTGTTTCCATTTTTCAGATTCTATTGCAGATATCCATAACAATGTGGGATCTCAGCCTGGTATGCTGACACTTCCTGCTAATCCCCTGCCAATCCATTTCTCTGCAGCCGGTTCTGAAATTATCCAAGGTGGTTTGTGCGCGTATGTGCAGATATTTCCAAGGTCTACCTTTGAGTTTGTACAAATTAAAGTAAGTACAATCCTTGATTGAATTTAATACTCTATATGTTGTGGTTCTATATTCTTCAAAGGTCTCATATTTAAACTTTATGACATTGTATGCATATAATGCATTTATAATTGTACAGAGATAAATATTGTATGTCCTAGACTAGATTAATACTTGAATATCAACTGTGCAAAGAAGCTGCCAAATGCCAATAGTAAATGAGAGCTTTGTTGCTTTGAGTTTATTGCTAGTTTTGCTTGGATGAAAGAAGGGAGTAGGTACTTACTGCCTTTGACTTAATGTGAGATGGCAGGAAAAAGAAAATTTGGTTTTCCATTATCTGTGTAACTCAGGTTATCAAATCTTTTTTTTCCTATGAATGCAACGGCTTCTTTGCTAATTTTTGGCTTCTTGTTTTATATTGTGATACTAGCTCATTTATTTTCCGTGTGATCTTAAGGTGTTTGACTTTGGCTTATAAATGGTATTCTTGCAACATTCGTTTTTCCAGAACATGTTTTTATCTCAGCAGATGTCAAACTAAACTGGTTAAAGGTTCTCTTTGCATGGTCATAGATTGTAGGATCTCTGCATCTGTTTCATTTAGTTCATTTATAACATAAGAAGTTGGAGCTGCTGAAATCGCAGCTCCTAGACATGGGTGCGTCAGGGAAGTTATTTGAATGATTTCCAAATGGCTATATCATGCTATATGTAGAAATATTAAGAGGAAACTGGAGAATTTGGTCTTGCCTTTTTTGGGAAACTCTCCCCTGCAATTTTTCTTCCGGCAAAACTACAAATTGGGGGGGGGGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN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CTTGGATCCTTTTCAGTCTTCTTAATCCTAGAGGTAAGCTTCCAGTAAAGAAATTATCAGACATGACAAGTGAAGTTAACTTGCTGAGCTTAGTAACACTGTCAGGAACTGGTCCTCTGAACTTGTTTCTGCTCAAGTTAAGGATGGTGAGCTCAGTCAAGTTACCAATATCGCTAGTGAGAAATCCATCATAACCAACACCATCTAAGTCAAGTATCGTGATACGGCTGGTTGAGTTGTTGTCCTCTGGAATTGAGCAGAGGATACCGAGGAAGTGGGCCCCTGTGCTCTCACAAGGGTCAAGTGCGAAATCCCAGGAACTGATGAATGAATTGCTGGGAATGGAGTTTGGATCAATCCCTTCTTTTAATGCCCGAAGGACATCGACTTCTGTGCTTAAGGTGATCGAGTGAACTGATATTGATCTGAAAATGGCAAGAATGACCGCCATGAACAAGTAATAAGACATCTTCTGGTTCTCGTTATGTGCCATCGATGTAGTTAAGGTTTGTGTTGTAGTAAATGTGGTTGAATTGATGAAGATTATGCAGTGAAGCTGTTTATATATTGAATTACTCGAAATTAAGAGAGAGAAAAAGAATGTAGCATGAGATACTTCATATCAAGAACCTGTTAATTTTATCAATTATTTGTAAGCTTAGGAAGATGGTGAATCATTTGTTTTGGCAGTCTGCAATAAATAAAGGCATCATTTGAAGAGGTTAGATCAACCTAAACTTCTTTCTTAATTGATCTGTTAGAACACTTCCTTTTTCTGTCTTTCTTTGGATCAAATTTTTTTTGCTTTCTTTTATCTCTATTTCTTGGTGTATGTTTAGTTATTATATGATGTGCAATATTTGGGTGATGAGCTGAGCCCTCTGATTTGGTTTGTCAATAGTGAACCATTTGTTTGTTATGGAAAAAAGATATTTTTTGCGTAGTTTTGGTTTGAGTTGGTAAATTTCGATTCTAATGATGTGTTACTTCCTCCCTATTTTTTCAGGGGTCACATATATTATTTCCGACCGTCTTTTTTTAGGGGCCATATTTTCATTTTTGGTAACTTTTCTAACACACCTCCTAATTATCTAATACTCCGTATATCTAACTTTCTCTAGGGGCCACCACTAAACAATTGTTTTCATTAGACTCGCCCTCCACCCCTCAAAAATATTATAATCCCCACTCTGTTTCGTTGATTAAAATATTTACCCCACCCCACTTGTTTTACGGAGTATTATTATTTGATTAACTCTCCTTCCTCAATCCGTGTGCCGATCAACATGTAACCCCTAGGGAGTATCAAGTTTGGTTATAGTTTGGGTCTAGGTTGGATCATTCAAAATAAGTCATTTCGGGTTAGGTCGTTGTTAGTTTTCACCCAATTAGAGTTCTCTATGCTTTTTGTGTTTTGTTTGTGATGTAGTTTAAGCTGAAGTGATGTAACCTAATTGACAAACACCAAAAAATGTTTTTTTTACATAGGATAAAAGGACAAAAACAAAAACAAGAACTTAACCTAGAAGAAAAAGAGACAATCTAATCGAATTCTGGCGGGTGGAGTGTAGGAACAATGCCATTCACAACTGCAGACTTATGTGCAAATGAGCTTTGTGAAAAGATTTGCTCTCACACATAACATTGGAATGACTTAACACCAAAGAATGTCAAGATTGTGGATTTCTTAGCCAACATAATGATATTTTCTCGTAGGGCTCCATCTTCTGCACTTTTCCTGCCCTCACAGATGCTCGTGACAGTCACATCATCGTTTCGAACGGTGTC

mRNA sequence

GAAATGCTAATAATCAGCACTGGTGTTATTTCAGGAAATCAGATTCTATTGCAGATATCCATAACAATGTGGGATCTCAGCCTGGTATGCTGACACTTCCTGCTAATCCCCTGCCAATCCATTTCTCTGCAGCCGGTTCTGAAATTATCCAAGGTGGTTTGTGCGCGTATGTGCAGATATTTCCAAGGTCTACCTTTGAGTTTGTACAAATTAAAATGTTCACAATGCTATTAGTTTCAGATGTCATTGCCTTATCAAGAGATGAGGAAACAAAGTACACCTCCCACCAGAAAGTTGTGATTGAAGAAAACATGCCTCCAAGGAGCACCAAGTCTCACCCCAAAACTCTTTGGTATAGGTCCAGAAAGCTGGTTGTGACTCAGGGCTCCATCTTCTGCACTTTTCCTGCCCTCACAGATGCTCGTGACAGTCACATCATCGTTTCGAACGGTGTC

Coding sequence (CDS)

ATGCTGACACTTCCTGCTAATCCCCTGCCAATCCATTTCTCTGCAGCCGGTTCTGAAATTATCCAAGGTGGTTTGTGCGCGTATGTGCAGATATTTCCAAGGTCTACCTTTGAGTTTGTACAAATTAAAATGTTCACAATGCTATTAGTTTCAGATGTCATTGCCTTATCAAGAGATGAGGAAACAAAGTACACCTCCCACCAGAAAGTTGTGATTGAAGAAAACATGCCTCCAAGGAGCACCAAGTCTCACCCCAAAACTCTTTGGTATAGGTCCAGAAAGCTGGTTGTGACTCAGGGCTCCATCTTCTGCACTTTTCCTGCCCTCACAGATGCTCGTGACAGTCACATCATCGTTTCGAACGGTGTC

Protein sequence

MLTLPANPLPIHFSAAGSEIIQGGLCAYVQIFPRSTFEFVQIKMFTMLLVSDVIALSRDEETKYTSHQKVVIEENMPPRSTKSHPKTLWYRSRKLVVTQGSIFCTFPALTDARDSHIIVSNGV
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Spo00564.1Spo00564.1mRNA


Homology
[Close]
BLAST of Spo00564.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902183249|gb|KNA10086.1| (hypothetical protein SOVF_147680, partial [Spinacia oleracea])

HSP 1 Score: 93.6 bits (231), Expect = 2.600e-16
Identity = 45/48 (93.75%), Postives = 47/48 (97.92%), Query Frame = 1 

		  

Query: 1  MLTLPANPLPIHFSAAGSEIIQGGLCAYVQIFPRSTFEFVQIKMFTML 49
          MLTLPANPLPIHFSAAGSEIIQGGLCAYVQIFPRSTFEFVQIK+ T+L
Sbjct: 15 MLTLPANPLPIHFSAAGSEIIQGGLCAYVQIFPRSTFEFVQIKVSTIL 62
[Close]
BLAST of Spo00564.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9QUA4_SPIOL (Uncharacterized protein (Fragment) OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_147680 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 93.6 bits (231), Expect = 1.800e-16
Identity = 45/48 (93.75%), Postives = 47/48 (97.92%), Query Frame = 1 

		  

Query: 1  MLTLPANPLPIHFSAAGSEIIQGGLCAYVQIFPRSTFEFVQIKMFTML 49
          MLTLPANPLPIHFSAAGSEIIQGGLCAYVQIFPRSTFEFVQIK+ T+L
Sbjct: 15 MLTLPANPLPIHFSAAGSEIIQGGLCAYVQIFPRSTFEFVQIKVSTIL 62
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo00564.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr)
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
gi|902183249|gb|KNA10086.1|2.6e-1693.7hypothetical protein SOVF_1476... [more]
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BLAST of Spo00564.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL)
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A0K9QUA4_SPIOL1.8e-1693.7Uncharacterized protein (Fragm... [more]
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BLAST of Spo00564.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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BLAST of Spo00564.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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RNA-Seq Expression
   



Co-expression
Gener valueExpression
Spo166800.71Barchart | Table
Spo230420.69Barchart | Table
Spo142400.68Barchart | Table