Spo00593 (gene) | SpinachBase

Overview


Name	Spo00593
Type	gene
Organism	Spinacia oleracea (Spinach)
Description	Unknown protein
Location	chr4 : 46868538 .. 46895777 (+)

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS

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ATTTTCCATATTCTTCGATTTTTGTTTAATTTGAGTAATCTTTTGTTTTTGTTTTTGATATTTAGGTATTCTTTTTAGGTTTTCTTTCCGCTTGTCACGAAGGATGGAGGTTTGAAAGAAGATTGGAGGTTTAAACATCTGGTTTTTCAATTTTTGTTCCATTTTATTCAATGAGTATCACTACATTCTTTCATATTTATATTTTCCATCTTTAGGGGTTTTTTCAGGGATTCGATGACTGGGTTTACCCGGCTAAAAGAGAAAAGTTGAACGTGTTGAACTGCTCGTGATGAGGTTTTCTCTTTACTCCCTTATTACATTGTTTAATTTTTCTCTTTTAGTTTGATATTAAGAAATTTAGATTTTGTTATATTTCAAATTTATATGTTGGGGTTGATTTGTTCGTCATCTAGATTGAAATCAGGATTGTATTCAGGTGGTTTGAATCAAATAGTGGTTTGTTGCTTAAAAATATACGTGGTGCTAGATGTCCGTATATGAGATTGTCAAATTTACTTGTCCTCATAAATTCAACTTTGTGATTGGTAATGCTCAAGCTCTGGCCCTTCCGGGTAACTCTTGTTTGATTTCTTATTCCTGATCGCTTAAGCTTATATTTTGAAAAATATTAGGGTTGACTAGTTTATGGTGGACATAAGTATCATAAGATATTTGGGACTGAACATTTACAAATTTACACTCTAGTTAGCCTAGTTTATAAGATTAGTACTTCTTCAACCTTTCTTAAAGTATATGACAAAACGAGATTTGGAGGAGATTATATTTGTAACACAACTTATACCATATTTATCCTTCTTTGGCCAATTATGACGCATCTAATGAAATTTCTTTTAGTTTGTGTGCGAAGGGGCTTTCAGTTAACATATTATGCATGATCAAACTTATGTGAGTAGAACCACTGTATAAATTAAGATACATATCGACTAGGTTCTCTGCATGTAATTCAGTGGTCAAAGTGTGCATTTATCAGATTACTTGGAGTTTTATATGATTTCTTATATATATAGACAGTGGGAAGTTTTATTCTTTGTATTTTAACCTATTGATTATATGTATGGTATTTCCTTTATTAGTTTTTGGTGGCTACTAAATTGGCATAAGCATCTCTGAAAAAGATTTTTATAGTGTTATATTCACATAAAGTCAGCATGACATTAACATTTATTAGGAGTAGAAATTGTGAATTAATATCCCTTGTGAGATTCTTAGGAGTAGCAATTGTGAGACTCCTAACAAAAAATTTGTCGCCGTTTATTAACCTTGTAATGACAAGGCAAAGTAGTTTTCTCCATAATTGGTTATCAATGTAATTATACTTGGAAGCTTCAAGCTCTTCTACATAAACAAAATTTGAACACTTGAATTATCCCAAAAGAAACTTGTGAACATTTTTTTAGTTATAGTAGTGGTGAACATAAGCCAATTATACTTTTGGAAAAATTCGCAAAGCTTTTAAAGCAAACTTGCATCAATCTCCCTTGGCCTTCGCTGTACTTTTATTTAATCTCCGCAATTATCTTCATGAGCTAATGTAAAATTTTGTGCTAGCTTCTTACTTCTTAGCTAATTAATAGGCCTATTTAATGTTGTCGTTTGGGGTTTGTTTGTTCAACTAGATCTTTTACAGTCTGTAAATTCCAGTTCAGTTCTTACTCTTTAAAAATGGCTATTGAGGTTTATGTCATGTTCTGCTGGTATGTGTCGTGGCATCTATGTATAAGCCTTGTGAGTTGTGAGTAGCTAGTGTGCTTTATATTGACCCAAGCGCATACCTACAATGTTCTATACTACCAGAATTATTGTTCAAGAGTTTATTATGTACTGTTTAACCAATGACCATGAAATCTGATGTATATTATTCCTGAATGCTGAAATTGATAAAAATAAAATAAAATAAAGGGTTTTGATGAAGAGGGGACACCGTGTATTGAGGGTGAAGCCGACTAAACTAAGTAAACAATCACATTGCACATCACTCTTCGCATGCATTTCTCTCCCATCTTTTAGTTTAATGTTTTAGTCAAGATTTTCTTTGAGCTTGCTACCCCTATTTTAATCTTCTTCGAATATTTGAAGGAATGGTTTTTTTAATATTAGTGTAGGACATGACAATTTTCCATGCCTGTTCCTTTGGCATTTTGATCGATTTATTTTCCTTTTGAAAAGAAAATTTATCATTATTTCTGATGTACATTTTTAGCAGGGGCCAAGACAGATAG

mRNA sequence

ATGGTGTTGGAGCTGTACACTCTAATGGTGGATTCAAGAAGCACAAGTAAGGCAATGAACAAGGGGCTTGTGGACATGAACAAACCTCCAGAAAAGATATTAGGCAACATGACTGAAATGACGAGACAGCTTGGTCGTGCTGTTTTCTTTCCGCTTGTCACGAAGGATGGAGGTTTGAAAGAAGATTGGAGGTTTAAACATCTGGGATTCGATGACTGGGTTTACCCGGCTAAAAGAGAAAAGTTGAACGTGTTGAACTGCTCGGGCCAAGACAGATAG

Coding sequence (CDS)

ATGGTGTTGGAGCTGTACACTCTAATGGTGGATTCAAGAAGCACAAGTAAGGCAATGAACAAGGGGCTTGTGGACATGAACAAACCTCCAGAAAAGATATTAGGCAACATGACTGAAATGACGAGACAGCTTGGTCGTGCTGTTTTCTTTCCGCTTGTCACGAAGGATGGAGGTTTGAAAGAAGATTGGAGGTTTAAACATCTGGGATTCGATGACTGGGTTTACCCGGCTAAAAGAGAAAAGTTGAACGTGTTGAACTGCTCGGGCCAAGACAGATAG

Protein sequence

MVLELYTLMVDSRSTSKAMNKGLVDMNKPPEKILGNMTEMTRQLGRAVFFPLVTKDGGLKEDWRFKHLGFDDWVYPAKREKLNVLNCSGQDR

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
Spo00593.1	Spo00593.1	mRNA

Homology

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Spo00593.1 vs. NCBI nr
BLAST of Spo00593.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
BLAST of Spo00593.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
BLAST of Spo00593.1 vs. TAIR (Arabidopsis)

BLAST of Spo00593.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr)
Total hits: 0

Position :

Zoom :

x 1


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Spo00593.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL)
Total hits: 0

Position :

Zoom :

x 1


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Spo00593.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt)
Total hits: 0

Position :

Zoom :

x 1


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Spo00593.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR)
Total hits: 0

Position :

Zoom :

x 1


Match Name	E-value	Identity	Description

GO Annotation

GO Assignments

This gene is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
biological_process	GO:0016043	cellular component organization
biological_process	GO:0009987	cellular process

RNA-Seq Expression

Co-expression


Gene	r value	Expression
Spo14942	0.74	Barchart \| Table
Spo24018	0.70	Barchart \| Table
Spo24549	0.70	Barchart \| Table
Spo02749	0.69	Barchart \| Table
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