Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.CAGTGAGCCGTTCAAATAGGATTAAAAAAAATATAGACGTTCAAATATTTCCTAGTGAGCCGGATATCGAAATTTTATCAAGTGCCAAACAATTTAGAACCCTAGAGAATGTAGACTGCAGATACTAGAGTTTTGTGACCAAAAACACTTTGCACTCTCATGAATTTTTTCCTCCATTTTTAACCCTTAATTCTTGCTCTTCAGAGTTGCATATTTCCATGGCAGTTGGCTCCATTGGTAAATTCCATTTCATTGTTTCCATTTTAATACTGTCACTATTACTGTTGTATTTCATTTCCATTTCTGTATTTTTTCTGTTTTTCATTTCTGTTTTCATATTATCGATTTCCAGCAATTTATTGTAGATTTTCCTTTTAATTAGCTTTTTGATTTATTTCGGCAGATGGGTTGGATGAAAGTTTACTCAATGAAGTTGTTGCTCAGGGTTCGTTGGACTTCGAGGATTGGATAAAGTTCATCGCTAGTGTTGATCGAATATACCATGTTTGTAGCTCCTTCAATTAGTTTTTTTTTAATTGATTATCTGATTTATGCTTTTTTTTTCATGGTTATATGTTTTTGTCTTGGGTGGAAAAACATGATGAGCAAGAAAGTATTAATTTAGGACCCTTTAGGATACTCTACTAGGGTGTGGGTGGGACAGGTATATTGTAATTGATGACATTGTAGCCTTGCTTTCCCCCAAAAAAAAGAAATGGGGGGTTGATGAGTGTTATTAATGTTCAATGTTTCCACTTTTAGCTTCTTTGAGGGGTACATTTGTTGTTTTCCGGTGTCTAGATACTGCTTTTGATAATTTTTCTATACCCTTGAAATACGAAATTATATTTGTAATTACTGCAGGGTGATATAGATAAAATCAGTTTGGTATATGACTCGTTTTTATCGGAGTTCCCTCTTTGCTATGGTTACTGGAAGATGTACGCTGAGCACACGGCACGTTTATGCAGTGTGGAAAACGTTGTTCAGATCTTTGAAAGGGCAGTCGAAGCAGTGCCTTACTCTGTTGGTGTATGGGTTGAGTACTGCAGCTTCAGTATTTCATCTTTTGCGGATCCATTGGATGTTTGCAGGTAGAACTTTAGAAGTAATTATGAAGTTTCAACAATAAAGCCTACTTATTGCAGATATTTTGAGTGCCATGCCATGCTTGAGAAAGTTTATATACGGAGTAGTTAATTTTCAATTGAAGATACTGGTGATAGTTTTAGGTACAGTGGATGAGCTTCTATTCATTCTCCATTAAGTGACTAGAGGATTTTGCTTTGTATACTCAAGGTCTCAAGCTACTTGAAGTCGGCATTTTGTGTGGTTTTACTAGTGTGATGAAGTTTGCCTTTCTCTACACTGCTTCCCATATCAATAAAATGACTAATTTCTATGAAAAGAAATCCTGTATTCAAGTTCCGAAAGTAATAAGGTCTAAATGTCTAATCAGTAAGATGAGAAGTAAAAGGACTTTTCCCCTCGAGGCCGTATGATATGAACTGCTTTTTGTAGTCTTCAAATGTACTTCTATAATTCAGTAATAGTCTAATCAGTAATAGCTAATGCGATACACAATTTCTAGTGGTGATATTACATGCTATGTAAAATTATGGCAATATGTACTTCTATAATTCAAGTGCATCTAATAAGTTTTTGAGTGAAATTCTTTTGTGCCTGCATTGCTGTCAATAATTATGAATATTTTCATCTCTATCTTTTCTATGTGTGTCTGAGTATTGCCATTTTGTTGTCAAGGTGATTGTGGTCTGGGAATGGTGATTATTGCTGAGATACTTCCCTTCGTGCAGATTATTTGAAAGAGGGCTGTCCTTTGTGGGGAAGGATTACCAATGCCATAATTTATGGGACAAATACATTGAATTCGAGTATTCTCATGAACATTGGAATTCTTTGGCTAGCATCTATATCCAGACATTAAAGTTTCCAACAAAGAAGTTGCATCAATATTATGAAAGGTATTCTCGGCATTGTCCCTCAAAGTTTTTTAGGAAGCATATAAGTTAAAGGTGACATGTTATGTTAATTGGTTACTTATAATTTTTTGAGTTGTAGTTCTTTGTAATTTTGTAATCCTGGTCAAGGCTAGAGATAGGATTTTCAATATGATATTGACAGGCTGCTTTAGTTAAATGTTGACGCAGGCATTCATAAGATAATCTTGCTAACTTATGCTTATATTTTTTTATTACTCCGTAGTTTATTGTAATCAACACTGACCAGGGAAGCGTGAGTTTGGGTTTAGTGAATTAAGCATGACCTCTGATAAATACATTTAACCAATTACCATGACCAGGAAGTTGCTTATAATAGCTCATAGAGACCTGAAGATTGTTTCTGAAATATTTGCCATTGAATGGCAATGAAAAAGGTAGATGGACGCGTATGAATCTAACGTAGACAAGGTACCACATAAGATGCTCTATGAAGAAGCAATCCACCTCAAAGAACTGAGTAAATCTGACCTTGGTAGTCTATTCTCAACTCTAGTTCCCGTGAATATCTCTTTTTTAAAGGTAATACAAAAGGTTGCGCTAGAAAAACTTTGCCTTCTCAAAATTTGTTGAAATAGCATTTACACATGCTAATGAGTTGTGGTGGTCTTTTGAAGAAATATACGAGCTTCAATATTCAGCATAAAGTTGGAGTTCCGTTACAGAGCTTATCTAGATCTTCTGTTTGATTACATTACCAGTTTTATTTTTTCTCAAACCCTGACGAAGATTGCTAATTCTATTGACATGTGTGTACTTCACCTGTAAATCATATTGTTGCTACAGTGTTACTTTAATGTCTATTCTGTATCTATTCAATAGCCTTGCATCTATATAATTGTGCTAATTTTTGCACGTATTTTTTTCTTCATAAAATATTAGTTTCAAGAAATTGGTTGCCATCTGGAAGGAGGATATGAAAGTCCAGGGAAATTCTCGAACGGAAGAGCAGCCAGAACATGATATGGATAGTGAAATTATGCTATCTGAAGATGCTGAAATCTCTCATGTTATAAGTGACTTGATTGATCAATCCACTAGAAGTAAAGCATTGCAGAAATATATTACTGTTGGAGAATTCTTTTATCAAAAATCCTGTGACTTGGATGCAAAAGTGCAAAAGTTTGAGCAAAACATACGTAGGCCTTATTTTCATGTGAAGCCACTTGATGACAATCAGCTGCGTAATTGGCATCGATACTTGGATCTAGTTGAGATGGAAGGTGATTTTGACTGGGTATAAGACTGCTCTCGCCATGATTGAGGGTTTCAGGTCTTCTCTTTTGTTTACAAACATCTAACTATGCTTGGCTTTATGGATGATAGGGTGTGAAACTGTATGAAAGATGCTTAATTTCTTGTGCTCATTACCCTGATTTCTGGATGCGTTATGTGGATTATGTGGAGTCTAAGGGAGGAAGGGAAATAGCAACTGATGCTCTGGGAAGAGCAACACAAATATTTTTGAAGGTATGATCTATAACTGTTGATACTTCCTCCACTTTTTTTATTTTTTATTTTATTTTATATATATATATGCAACGTCTCCCTTTTTTGAAAGTTACATATTAGTTGCGACATCTGGCTTCTCTCTATCTTTCTCCTTATCACATTGGACTACCAGTGTATCTCTCTCCTCTCTAATTTTTTTATAACCCCATCATGTTGCAATTATGAATAAATAGAGGAAGTATATCTTGAAATTTTTTACGACGGTGTTCCTGAACTTTTTTTTTCGATAAAGAAATTATACTGAAAAAATATAATCAAATGTCTTAATTCCAATGTGTAAGTCTGATTTGTGGAATTCGTTTTTTAAAGGAATATCAAATGTTATCCAAATCAAACACGGGCTGGATTATTTGGAGCAAGTAGTCAATGAAAGTTTACATGAACATTTTAAGACATTAAAATACAGTTTATTTATTTATATTACAAGTCAAATCACTTTGCAAGTAAAATTGATAGACACGTAGATGAACCAAGGGAAGTAAATATTTGGGCGACCTCTTGCCTTAAGCAATAGGGATTAATGTTGGTTTTTCTCTTGAGCCATTTTTGTTTGATCAATCTTGCCACAGAGACGGTAGACTCCCCAGTAAAGAAAACCTTCAAGGCCTTTCTCGATCTTAAGTTACAACAGTAGCGACCAAATTTGGATAACGGCTCTCTAATGTAAATAAAATAAAGGGACTAGTATCATTCCCTACTCTCAAAGAAAAGTTATCAATTACAGTAGATCATTAAAACAGTTTTATTTGCACAATTAGTTATATAGTTTGTTACATTATATAGCATGTACAATCTAATCAAATTGAAGTGAGGTAGATTGGCTGGGAGGGGGATAGTGGGAAATAGAAAGTAGCAGAGTTGGAAGTGGGGTTAAACAGTAGAGTGCCTTTAGATTTAGGGGCTTTTGTTTTTCTTCATATTAAATCTAACCTCGAGGGTACAATGAGATCATTGGGGTACATGGTGAATTTCGTTTAACCTTAGGGGTACATAGTAAAAATTCCCATAATAATACTTCCTCTTCTTTTTTACTTGCAACACTTTGCTTTTTGCACTATTCACATACTCTACTTTGTTTAATTTTTTATGACCCATACTTAATAAAAAACATATTCACGTGAGATCTAGTTAGATTCGTCTTAATGTATATATTCCGAATGTCAACTTTTTATAATTTTTACTTTTCGATAATTAAAGATATTAATTGTTCAAGTTATGCATTGGCAAACGTGAAAAACAAAGTGTTGCAAATAAAAGAAATGGAGGAAGTACTACGTATTTGATAAGAGAAACAAATCAACAATAGCATGATTTGGTCGACATTTTGTAATTCATTAAAATATTAAACAGGTTTCGAAGATATTATATTTAGAGACTGAGTTGCTGGTAACAACTTGAAACAGTGAAGGAAAATTCTGATTTGAGTGTAAGTAGGAGGTGGCTATTTATAGAAGTCAAGGA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MAVGSIDGLDESLLNEVVAQGSLDFEDWIKFIASVDRIYHGDIDKISLVYDSFLSEFPLCYGYWKMYAEHTARLCSVENVVQIFERAVEAVPYSVGVWVEYCSFSISSFADPLDVCRLFERGLSFVGKDYQCHNLWDKYIEFEYSHEHWNSLASIYIQTLKFPTKKLHQYYESFKKLVAIWKEDMKVQGNSRTEEQPEHDMDSEIMLSEDAEISHVISDLIDQSTRSKALQKYITVGEFFYQKSCDLDAKVQKFEQNIRRPYFHVKPLDDNQLRNWHRYLDLVEMEGDFDWGVKLYERCLISCAHYPDFWMRYVDYVESKGGREIATDALGRATQIFLKNMPEIHLFNAWFKEKIGDVDGALAAFPQCGQDNGSYFIETIRRKANMERRMGNHAVASSIYKEALDLSAKKRPDLLPMLYVHFAHLQYMITDSKEEAKEEAAREVLLNGIRRVPHSKLLIQELILFALRHDGARQVEFLDSVMGQTLGADVSGGLSNKEREDISILYLEFIDSCGSINDIRRAWNRHLKFFPHLVRGQSSLKKPDNKAGDMWKKVIEGRPDSVSSYPPKSPKKLDENDLIQLSPAETVVVSENIDNSEQAIREQTHFENGNRNPNDLSLVTSEVTKTFAEDECKANESGIGLLYQAVDDRNPAEVVKDSRSLGIQEEQEQDRKFQQQNPDSLGGHSFNPRDDEYQNRNASCSRGLEAPREAAQSNGSTPVGGDDTNEIPSTSCPISPRSNNAAVTCNESPCPSRMTCKDPSSVLSPDHPSDKEGNQHRFNSSGKSRSRLGSPADSGERLERSLSPRRRNSHGYLIDRRHRDRSLSPRRHNSRWNSDERWPRDRRHRRYPRYQDNSRGYRDGRVQNQNIVVIGNKGQTQNSQQQPTGSVSQTQLPVQHVGYPQPQTNQYMPINEQFGNLQNNQSYNQMMQYYYYNHHQQQLLLQQPLGSQQLQQMQPPEQLQQQIQNPAQQQLVQNPQQPQGLQQTLPHQQQLSILQYQQQQLYQQLQFQQQPTNEQPQSQQQHVQLQQQTQLPQQHVFLQQQQQPPEQQEQQVHIQQQQQQTQPQKQEEAYLQQQQQQSYQYQQAQQQQYLLYLQQLHQYQLSQQQPGLALDQKSFQQQYKLPEEQQKELSELLCMNEKSQIQKDDGSAEVTLISSPQQQDEGMKHGHGSTAGAPSQDELPEIDGTDI Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Homology
BLAST of Spo01478.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902181624|gb|KNA09781.1| (hypothetical protein SOVF_150450 [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 2281.1 bits (5910), Expect = 0.000e+0 Identity = 1187/1187 (100.00%), Postives = 1187/1187 (100.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01478.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731373610|ref|XP_010666695.1| (PREDICTED: uncharacterized protein LOC104883831 isoform X1 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 1476.5 bits (3821), Expect = 0.000e+0 Identity = 837/1210 (69.17%), Postives = 955/1210 (78.93%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01478.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731373613|ref|XP_010666696.1| (PREDICTED: uncharacterized protein LOC104883831 isoform X2 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 1431.4 bits (3704), Expect = 0.000e+0 Identity = 819/1210 (67.69%), Postives = 933/1210 (77.11%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01478.1 vs. NCBI nr
Match: gi|870842507|gb|KMS95904.1| (hypothetical protein BVRB_003880 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 1425.2 bits (3688), Expect = 0.000e+0 Identity = 811/1173 (69.14%), Postives = 923/1173 (78.69%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01478.1 vs. NCBI nr
Match: gi|870842508|gb|KMS95905.1| (hypothetical protein BVRB_003890 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 689.1 bits (1777), Expect = 1.400e-194 Identity = 453/697 (64.99%), Postives = 517/697 (74.18%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01478.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9QTD1_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_150450 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 2281.1 bits (5910), Expect = 0.000e+0 Identity = 1187/1187 (100.00%), Postives = 1187/1187 (100.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01478.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8B3Z3_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_003880 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1425.2 bits (3688), Expect = 0.000e+0 Identity = 811/1173 (69.14%), Postives = 923/1173 (78.69%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01478.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8DYF3_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_003890 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 689.1 bits (1777), Expect = 9.400e-195 Identity = 453/697 (64.99%), Postives = 517/697 (74.18%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01478.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: D7TJZ3_VITVI (Putative uncharacterized protein OS=Vitis vinifera GN=VIT_10s0003g02700 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 673.3 bits (1736), Expect = 5.300e-190 Identity = 502/1173 (42.80%), Postives = 691/1173 (58.91%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01478.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A061GF72_THECC (Tetratricopeptide repeat-like superfamily protein, PRP39-2,PRP39-2, putative OS=Theobroma cacao GN=TCM_029561 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 636.0 bits (1639), Expect = 9.500e-179 Identity = 464/1141 (40.67%), Postives = 640/1141 (56.09%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01478.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: PRP39_HUMAN (Pre-mRNA-processing factor 39 OS=Homo sapiens GN=PRPF39 PE=1 SV=3) HSP 1 Score: 190.3 bits (482), Expect = 1.200e-46 Identity = 149/553 (26.94%), Postives = 256/553 (46.29%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01478.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: PRP39_SCHPO (Pre-mRNA-processing factor 39 OS=Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) GN=prp39 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 187.2 bits (474), Expect = 1.000e-45 Identity = 124/419 (29.59%), Postives = 202/419 (48.21%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01478.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: PRP39_XENLA (Pre-mRNA-processing factor 39 OS=Xenopus laevis GN=prpf39 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 186.4 bits (472), Expect = 1.800e-45 Identity = 140/551 (25.41%), Postives = 255/551 (46.28%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01478.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: PRP39_MOUSE (Pre-mRNA-processing factor 39 OS=Mus musculus GN=Prpf39 PE=1 SV=3) HSP 1 Score: 181.4 bits (459), Expect = 5.700e-44 Identity = 144/554 (25.99%), Postives = 254/554 (45.85%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01478.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: PRP39_DANRE (Pre-mRNA-processing factor 39 OS=Danio rerio GN=prpf39 PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 179.9 bits (455), Expect = 1.700e-43 Identity = 141/551 (25.59%), Postives = 249/551 (45.19%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01478.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT5G46400.1 (Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein) HSP 1 Score: 508.8 bits (1309), Expect = 8.800e-144 Identity = 363/1022 (35.52%), Postives = 534/1022 (52.25%), Query Frame = 1
BLAST of Spo01478.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT1G04080.3 (Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein) HSP 1 Score: 232.3 bits (591), Expect = 1.600e-60 Identity = 123/317 (38.80%), Postives = 183/317 (57.73%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo01478.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr) Total hits: 5 Position : 0 Zoom : x 1
BLAST of Spo01478.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL) Total hits: 5 Position : 0 Zoom : x 1
BLAST of Spo01478.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt) Total hits: 5 Position : 0 Zoom : x 1
BLAST of Spo01478.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR) Total hits: 2 Position : 0 Zoom : x 1
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29 Position : 0 Zoom : x 1
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
RNA-Seq Expression
Co-expression
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