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Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: polypeptideCDSexon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGTATAAGGTACCCCATTGCTCAAAAGTCAAAACAGTTTTCACCTGATTATGTATTTATTTTATTTTAATTTCACTTTTGCCCCTCCTGCCTCCCTTGTCCAATAAACCACGATTCTAAAAATAAAGTTAAAATTGTCAAAAAAAATATCTTCCTTTTGCCTCACTTTGTAAGCTACTACCTTATATTTTCAGTTTTATCAAATAATACCTTGAATTAAAAATTTATTTTAAAAATGGTACCTTATTGCAACATTTCGGCCAAAATCACAATATTTCTGCGATTGATTCCGGTTGTTATTTTAAAAAAATTTATTTATATGGAAATGTCAAAAATAATAATTTTTTGAATTTTTTTAAAAATTATTTGAACTTAATTGAAGTTATTTGGTACCAAAGTATGAAACGAGTTAAAATAAGGGTAACACAACCTCAGTCTCTCTGCAACTCCCTGCTCTTCATACTCAGGAAGTCTCGCCGATAGGTTCGCCGCTCTTCATACTCCGGCGATCTGTCGTTATCTTTCACGGCGGTGATTGATTCTAGAACAGGTTAGTCTCGTCTTACTACTTTCTTAGGTTTTCTTTTTGTTTATTTTCGTCTGATTTTTGATGTAATTCTTTGAGCTTTTAGGTCATCAATTTAGGGGTTTTATTGTTTTTGGTCTGATAAGTTCGTTGTTTACGCAATTCAGGTTCTTTGTTTATTGATAGAGATTAGTGGGTTTAATTCGTCCAAAATTTATGGTATTATTGTTGATACCTGAGTATAAAATTGAAACGAATTGATCAAATTAGGGATGATTGTTGTATGATAATGGCGCACCTTAGAAAGGGAATGATTTTTATTATACAGGAAATGTGATGATTGATGCCTCCCCTGCTTTATCTCAGATCATTCCATAAATTTCCACCGTTCCCCGTATTATTTTCCTTACTCTATTCCAAAAAAAGTAAAAAAAAAATCTATGTAACCCAACTACATTTATTTGTTTTTCAAAATATATCTTTAATTGATTCACAAGGGTAAAAACAATGTCACCCAGATCACCTCTAGTAAATTTCCCTTCTCTGTTCATCAATTATTATATAGAAAAAGTATAATTTTCAATTTTCATCGTACTAATTTAGTCCCTAATTTATTTTATTTTCTGTGATTTTTTTTTAGAGAAATGCAGCTTTGGTATGCAATGTTGCTATTTGGCTGCTCATCTTGATTTGCAGAGAAGGTAGATTGGTAAAAGCACAATCAACAGTTTCATACAAGGGATGGAATTGCAGGAAACACAGTGCATTTGTAACTGAATATGGAGCCAAAGGAGATGGAAAGACGCTTAATACCAAGGCATTTGAGTCTGCAATTCAAAACCTTTCCAAATTTGCCGCTGATGGTGGGGCTCAGCTTATTGTTCCACCGGGAAAGTGGCTAACCGGTAGTATCTCTCTTATCAGCCACTTCACTCTTTACCTTCATAAGGATGCTGTTCTTCTTGCTTCCCAGGTTTGTTCATTTTTTTTTTTTTATGTTTAATGAAATTTTATGGATGTTTTATGCTTATAAGTTATATTTGGGACGGAAAGGTACACGAAGCATAATGGTCCCTTATGTTATGAGAGTATTCCATATTTGTTCCCGTTATGGTCTTTTATCACCCATGGTACCACCTACTAAATGGGTTGATAAAGTATTAGTGATTGAGTAGAGATTGGAGAATAATACGTAGTACTTGCCTACTTGGTAAGTTGGTAATGTAAGGTGGTATATTGAAGATTTGTAGTAAGAAGTTCTATGATTGGTAATTCCAATTTTATGCTTAGCAAAATGAAAACATAGAACACTCATTATTGTCTTCTATTGCTGCATGTTACCTACTAAATGGTCTGATTGTACAAAATGGGTGTCCTATATTCAAGTAATACTCCACATCGCGATATAGATTTTTCCTACAAAATTTGGAATTGCAAATTCAAGGCCTTTTGACCCAATCTGAACTTAGGTGGAACAAGTAGTAGATTAGAGATATGGACCCTTTTTCATCTACTATTTCAACCTCTTTTCTCAACCTAAAAAGTGGAAGAAAGGAAAAAATGTCCCCTAATTAGCTCCATAATAAAGGGATTCCAATTATAGTCAAGGGAGAAAGCTAGGTATCACATGCTTCTCTTTTTTCTTTTTTCCCTGGGGGATTTGGTGATCCACGTTATGTGAACATCACATGCGCCTTTCTCAAATGCATTCATGCAATTTATGCGTCCCTTATATCATTGATGGGTGAGGGCAGGGGGATATAGTTACATCATTGATGCTTCTATTAGAAAAGAACAACGTATAGACATTTCCTGTGTTCATTTTCATTAGAAAATGTCCAGCGTTTCCTTTCCGGCATTTCATTAACATTAGCTAAACTTTCACTTCTTAATGTAGGATATGAGAAGGATCAGTAACTTTGTTATAGTCTTTAGATGATTAAAATTCTTATATGGGACCGCTCATGATGATATTTCATCAGTTTGGGTTGCAAAAGGTCTGAGCTAGGCATAACTTTGGGGTTGAGGAAGTTTTGCATCTTGGGTCAGCAGTATGGTCGACCAATATACTGATTACTCATGTTTGAAAAAGAAAAAGATGATGAGCAAAGAGGCTTTAAGATTATTCTATAACTTTGTGCAGTTTCAGTTACTGTTTTTCATAATTCATTAACTAGAATTTTGTCCTTACACCCATCAATAACATGGTTGATAAACGAGCTAACCTCGACCCTGTACATGATTTTACACATAAATGTGTCCAACATTTATTATAGTATCCTATTCCTATCCCTAACAAAGAGTGTAGTATGATATAATCCATGATGTGAAGTTGTTTTATGTGGATATGTCAATATAATGATGAAGCATTCTCCCCATACTTCCAAGCCTAGATCTTGTTGAGGAAGCTAAGGTTTCTTTATCGTCATGAAATGAGCATGTTGGTTATGGATAAGTCCGTCCCATAGCCGATGAGCCTACTGAATTCATGATTTGGTTTTGTTATGCCATTGAGGTTGTCTTTTTTTTTGAAGGACAATAAGTTAAGAAAGTCAAATATGATGATTATGGTGTATCCATCTAATTCGAGCAGGATCAGAAAGACTTCCCAATGCTTACACCATTGCCATCTTACGGTAAAGGAAGTGACGCCCCTGCTGGTCGTTATCAAAGTCTTATCTTTGGAACCAACCTTACTGATGTGGTTGTTACAGGTAAAATTACGATCTAAATTTCAATTCAATTACTCATATTCTCTGACAAACTACTATTTTGACAACCTACTAATGTATGATTGGTTACAGGCGCGAATGGGACACTTGATGGGCAAGGTGAACCTTGGTGGACAAAATATAGGGCCAAGCAAATAAATGAGTCGAGGCCTAACTTGATAGAGTTCGTGTACTCTAATCAAGTCCAAATCTCCGATATCACCTTGCTCAACTCTCCTAATTGGAATGTCCACCCTACTTATTGCAAGTAAATGCATTCTCCCATAATTTGCTTAATTATGAACCACTAATACAAAGTTGCACCTTTGAAAAAAGAACACAATCTGGATAATTGCTTAATTGGTGATTAGTTATGTTTAGGTTTCATTTCTAAGCTCACATTGATTTGTGTACCTTGTGGCTAAATACCTAATATTTCCGTATTGCAGAGATGTGATAATTAGTGGATTGACCATCCTTGCACCAACTCATTCTGCGAACACAGATGGTATTGATCCAGGTAATTTGTTACTTTATTCATCTATTATTTCCAATTTGTCGAAATCTTTTGCATACTTGGTCACTTTAGGAAAAGATGTTTCTTAATAAAACTAGTTTTGTGCATTATACAGATTCATGCACAAATGTCAAGATTGAGAACAACTACATAGTCTCAGGAGATGACTGCATAGCAATCAAGAGTGGGTTGGATGAGTATGGAATCACCTTCGACATGCCAACAACGAACGTGATCATCCGCAACCTCACGTGCTTCTCTCCAACGAGTGCCACCATTGCGCTCGGGAGTGAGATGTCAGGCGGGATCAGCAACGTACGGGCTGAGGACATCACAGCCATCAACACCGAGTCAGCAGTCCGAATCAAGAGTTCTGCAGGACGGGGTGCTTTTGTCAAAGACATCTATGTAAGGAGAGTGACAATGAAGACCATGAAATACGTTTTCTGGATGACAGGGTACTATAGCTCGCACGCTGACACAGGCTTTGACCCGAAGGCGCTACCCGCCATCGACAACATCAACTACAGGGATATGACAGCTGAGAACGTGACCATGCCGGGTTATTTGGAGGGGATCGCGGGGGATACTTACAAGGGGATTTGTATGTCAAATGTTACAATCGGGTTGGCCTCGGTACCTAACAAGATGTTGTGGAACTGTACTAATGTTGAAGGGGTTACTAGTCGGGTCACACCTCAGCCTTGTGCGTTGTTGAAGGAGGACGCCAAGGTTACGGATTGCAAATTCCCCGAGGATAAGTTGCCAATTGATCAGGTGGTGCTGAAAGTTTGTGCAGCGCCTGTTCTGGCTTAAGTTTATGTAGCAATATAGGGGATGTGCTTTGTTTTGTTTTTGGTTGATTTTAGCTTGGCTAATATGGCGTTTTCCATGTAACGTGACTAACGCCTATTTAAGTATGTACTCGTAATAATATTAAGATTTGAACTCTTGATCTCGATGTCCCTCATCGGTTTTTTGAGTGTGTAATTTAAATATAATGTGGTTGTTAATCAAAATTCTTGACTCCTTGAGTTCTACATGGCTATTTATAGGAACAATGTTTAACTGTTAAAGCACTAGGGTACAGAAAATATTGTACAACTATTTTTTTGAGAGAGAAGTTGAGATGATGCATTAATTTTACGGATGGAATATTGAAAAGTATATAGGGAGAAATCTTTGTAAGACAGTGATTTACTATACATGTTCTTCACCACACGTTACAAGTTTAGATAGG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MYKVRRSSYSGDLSLSFTAVIDSRTEKCSFGMQCCYLAAHLDLQRSAFVTEYGAKGDGKTLNTKAFESAIQNLSKFAADGGAQLIVPPGKWLTGSISLISHFTLYLHKDAVLLASQDQKDFPMLTPLPSYGKGSDAPAGRYQSLIFGTNLTDVVVTGANGTLDGQGEPWWTKYRAKQINESRPNLIEFVYSNQVQISDITLLNSPNWNVHPTYCKDVIISGLTILAPTHSANTDGIDPDSCTNVKIENNYIVSGDDCIAIKSGLDEYGITFDMPTTNVIIRNLTCFSPTSATIALGSEMSGGISNVRAEDITAINTESAVRIKSSAGRGAFVKDIYVRRVTMKTMKYVFWMTGYYSSHADTGFDPKALPAIDNINYRDMTAENVTMPGYLEGIAGDTYKGICMSNVTIGLASVPNKMLWNCTNVEGVTSRVTPQPCALLKEDAKVTDCKFPEDKLPIDQGITGLVCNVAIWLLILVCREGRLVKAQSTVSYKGWNCRKHSAFVTEYGAKGDGKTLNTKAFESAIQNLSKFAADGGAQLIVPPGKWLIGSISLISHFTLYLHKDAVLLASQDEKDWPILKPLPSYGKGRDAPAGRYQSLIFGTNLTDVVVTGANGTLDGQGELWWTKYKANQLNETRPYLIEFMYSNQVQISDITLLNSPSWNVHPTYCKDVIISGLTILAGTHSTNTDGIDPDSCSNVKIENNYIVSGDDCIAIKSGWDQYGITFNMPTTNVIIRNLTCFSPTSATIALGSEMSGGISNIWAEDITAIDTESAVRIKSSAGRGAFVKDIYVRRVTMKNMKYVFWMTGYYNQHADAGFDPKALPTIDNINYRDMTAENVTMPGYMEGIAGDTYKGICMSNITIGLAPVPNKMLWNCTNVEGVSSRVTPQPCALLKEDPKVTECKYPENKLPIDQANKVVVLALLSVILLLTNNLLVECRTVRVLEDGLPKGCRKHGAFLTDFGGVGDGKTSNTKAFASAIASLSKYASDGGAELIVPPGKWLTGSFNLTSNFTLYLDKDAVLIASQDESEWPVLPPLPSYGKGRDDTDGRFSSLIFGTNLTDVVITGGNATIDGQGAYWWEKFKKKELKLTRPYLIEIMFSDQVQIFNLTLLNSPSWNVHPIYSSNVIVQGLTILAPVDSPNTDGINPDSCTNVRIEDNYIVSGDDCIAVKSGWDEYGIKFGMPTQHVNIRRLTCISPDSATIALGSEMSGGIQDIRAEQITAINTESGVRIKTAPGRGAFVKDIFVKGMTLKTMKYVFWMTGDYGSHPDPGYDPKAMPIVSGINYRDVTAEDVQMSGNLAGIEKDKFTGICMSNVSISLAEKKKKVQWNCSNIEGFTSGVNPKACDLLPDKQPGKLVPCPFPTDKLPIDDVELKICSIRPKPPRYY Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Homology
BLAST of Spo04444.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902217592|gb|KNA17781.1| (hypothetical protein SOVF_076780 [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 1827.0 bits (4731), Expect = 0.000e+0 Identity = 891/897 (99.33%), Postives = 893/897 (99.55%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04444.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902217591|gb|KNA17780.1| (hypothetical protein SOVF_076770 [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 844.7 bits (2181), Expect = 2.200e-241 Identity = 413/416 (99.28%), Postives = 415/416 (99.76%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04444.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731321957|ref|XP_010671628.1| (PREDICTED: probable polygalacturonase [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 719.2 bits (1855), Expect = 1.400e-203 Identity = 346/470 (73.62%), Postives = 397/470 (84.47%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04444.1 vs. NCBI nr
Match: gi|567858700|ref|XP_006422033.1| (hypothetical protein CICLE_v10004864mg [Citrus clementina]) HSP 1 Score: 704.1 bits (1816), Expect = 4.700e-199 Identity = 336/463 (72.57%), Postives = 393/463 (84.88%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04444.1 vs. NCBI nr
Match: gi|947086518|gb|KRH35239.1| (hypothetical protein GLYMA_10G231000 [Glycine max]) HSP 1 Score: 689.9 bits (1779), Expect = 9.200e-195 Identity = 334/465 (71.83%), Postives = 389/465 (83.66%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04444.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9RE46_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_076780 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1827.0 bits (4731), Expect = 0.000e+0 Identity = 891/897 (99.33%), Postives = 893/897 (99.55%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04444.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9RE48_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_076770 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 844.7 bits (2181), Expect = 1.600e-241 Identity = 413/416 (99.28%), Postives = 415/416 (99.76%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04444.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8CVR3_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_3g053390 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 719.2 bits (1855), Expect = 9.900e-204 Identity = 346/470 (73.62%), Postives = 397/470 (84.47%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04444.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: V4RM26_9ROSI (Uncharacterized protein OS=Citrus clementina GN=CICLE_v10004864mg PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 704.1 bits (1816), Expect = 3.300e-199 Identity = 336/463 (72.57%), Postives = 393/463 (84.88%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04444.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A067F0S5_CITSI (Uncharacterized protein OS=Citrus sinensis GN=CISIN_1g011615mg PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 704.1 bits (1816), Expect = 3.300e-199 Identity = 336/463 (72.57%), Postives = 393/463 (84.88%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04444.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: PGLR_VITVI (Probable polygalacturonase OS=Vitis vinifera GN=GSVIVT00026920001 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 645.2 bits (1663), Expect = 1.600e-183 Identity = 309/462 (66.88%), Postives = 370/462 (80.09%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04444.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: ADPG2_ARATH (Polygalacturonase ADPG2 OS=Arabidopsis thaliana GN=ADPG2 PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 118.6 bits (296), Expect = 5.300e-25 Identity = 100/370 (27.03%), Postives = 165/370 (44.59%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04444.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: PGLR3_ARATH (Probable polygalacturonase At3g15720 OS=Arabidopsis thaliana GN=At3g15720 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 115.5 bits (288), Expect = 4.500e-24 Identity = 109/392 (27.81%), Postives = 175/392 (44.64%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04444.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: PGLR2_CHAOB (Polygalacturonase OS=Chamaecyparis obtusa PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 115.5 bits (288), Expect = 4.500e-24 Identity = 113/408 (27.70%), Postives = 174/408 (42.65%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04444.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: PGLR2_CRYJA (Polygalacturonase OS=Cryptomeria japonica PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 114.4 bits (285), Expect = 1.000e-23 Identity = 112/416 (26.92%), Postives = 180/416 (43.27%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04444.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT3G48950.1 (Pectin lyase-like superfamily protein) HSP 1 Score: 643.7 bits (1659), Expect = 2.700e-184 Identity = 298/428 (69.63%), Postives = 364/428 (85.05%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04444.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT4G23500.1 (Pectin lyase-like superfamily protein) HSP 1 Score: 636.7 bits (1641), Expect = 3.300e-182 Identity = 293/429 (68.30%), Postives = 357/429 (83.22%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04444.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT3G61490.1 (Pectin lyase-like superfamily protein) HSP 1 Score: 632.5 bits (1630), Expect = 6.200e-181 Identity = 299/433 (69.05%), Postives = 359/433 (82.91%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04444.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT2G23900.1 (Pectin lyase-like superfamily protein) HSP 1 Score: 596.7 bits (1537), Expect = 3.800e-170 Identity = 287/462 (62.12%), Postives = 356/462 (77.06%), Query Frame = 1
BLAST of Spo04444.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT3G62110.1 (Pectin lyase-like superfamily protein) HSP 1 Score: 434.9 bits (1117), Expect = 1.900e-121 Identity = 198/400 (49.50%), Postives = 283/400 (70.75%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo04444.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr) Total hits: 5
BLAST of Spo04444.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL) Total hits: 5
BLAST of Spo04444.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt) Total hits: 5
BLAST of Spo04444.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR) Total hits: 5
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
RNA-Seq Expression
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