Spo06933 (gene)

Overview
NameSpo06933
Typegene
OrganismSpinacia oleracea (Spinach)
DescriptionUnknown protein
Locationchr3 : 28300128 .. 28322899 (+)
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
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mRNA sequence

ATGTATTCTCCAATCAACCCTCTTTTGGACCCATTCAAGCCCATTTCCCCTGTTGCATGCCCATGGGCCTTCCCTATTGACCTTCAATTTGGCACAATTCCAAAACACCTTTTTTGTTCTCAACTTTCCCCATCCATAACCAACCAAACACACAAAGCCTCTTCATCCATGTCCAAGCCCAACCCTCGTCAAGAGTCCTCGATCTTAGAAATTAAATTTTTTAAACCATCCCTTGATTCCCTCCCTGAGCCATACAAAAAAATCCACTCCACACTCCTGATCTCATTGAGGATTCCCTTCCTGTATCCCCAACCTCACTCGAGTCATTTACTACTGCTCCATCATCTTCGAATTCGTCCGACCTTAATTGATCTAGAAGGTGTATTCAAAACACCTGCGCAAACAGGGCATTTTGCAAGACTAGATATTAAGCGAGGGATTGAGAAAGAAACTGAAGCTAAAGATGATTATGAGCGTTAA

Coding sequence (CDS)

ATGTATTCTCCAATCAACCCTCTTTTGGACCCATTCAAGCCCATTTCCCCTGTTGCATGCCCATGGGCCTTCCCTATTGACCTTCAATTTGGCACAATTCCAAAACACCTTTTTTGTTCTCAACTTTCCCCATCCATAACCAACCAAACACACAAAGCCTCTTCATCCATGTCCAAGCCCAACCCTCGTCAAGAGTCCTCGATCTTAGAAATTAAATTTTTTAAACCATCCCTTGATTCCCTCCCTGAGCCATACAAAAAAATCCACTCCACACTCCTGATCTCATTGAGGATTCCCTTCCTGTATCCCCAACCTCACTCGAGTCATTTACTACTGCTCCATCATCTTCGAATTCGTCCGACCTTAATTGATCTAGAAGGTGTATTCAAAACACCTGCGCAAACAGGGCATTTTGCAAGACTAGATATTAAGCGAGGGATTGAGAAAGAAACTGAAGCTAAAGATGATTATGAGCGTTAA

Protein sequence

MYSPINPLLDPFKPISPVACPWAFPIDLQFGTIPKHLFCSQLSPSITNQTHKASSSMSKPNPRQESSILEIKFFKPSLDSLPEPYKKIHSTLLISLRIPFLYPQPHSSHLLLLHHLRIRPTLIDLEGVFKTPAQTGHFARLDIKRGIEKETEAKDDYER
Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:

Feature NameUnique NameType
Spo06933.1Spo06933.1mRNA


Homology
[Close]
BLAST of Spo06933.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902160134|gb|KNA06393.1| (hypothetical protein SOVF_181510 [Spinacia oleracea])

HSP 1 Score: 68.9 bits (167), Expect = 8.900e-9
Identity = 31/36 (86.11%), Postives = 34/36 (94.44%), Query Frame = 1 

		  

Query: 124 DLEGVFKTPAQTGHFARLDIKRGIEKETEAKDDYER 160
           D EGVFKTPAQTGHFARLD+K+GIEKE +AKDDYER
Sbjct: 32  DPEGVFKTPAQTGHFARLDMKKGIEKEADAKDDYER 67
[Close]
BLAST of Spo06933.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9QI76_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_181510 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 68.9 bits (167), Expect = 6.200e-9
Identity = 31/36 (86.11%), Postives = 34/36 (94.44%), Query Frame = 1 

		  

Query: 124 DLEGVFKTPAQTGHFARLDIKRGIEKETEAKDDYER 160
           D EGVFKTPAQTGHFARLD+K+GIEKE +AKDDYER
Sbjct: 32  DPEGVFKTPAQTGHFARLDMKKGIEKEADAKDDYER 67
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo06933.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr)
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
gi|902160134|gb|KNA06393.1|8.9e-986.1hypothetical protein SOVF_1815... [more]
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BLAST of Spo06933.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL)
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A0K9QI76_SPIOL6.2e-986.1Uncharacterized protein OS=Spi... [more]
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BLAST of Spo06933.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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BLAST of Spo06933.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0006816 calcium ion transport
biological_process GO:0009630 gravitropism
biological_process GO:0006486 protein glycosylation
biological_process GO:0032259 methylation
biological_process GO:0006470 protein dephosphorylation
biological_process GO:0006355 regulation of transcription, DNA-templated
cellular_component GO:0016021 integral component of membrane
cellular_component GO:0005634 nucleus
molecular_function GO:0008168 methyltransferase activity
molecular_function GO:0003676 nucleic acid binding
molecular_function GO:0046872 metal ion binding
molecular_function GO:0004721 phosphoprotein phosphatase activity
molecular_function GO:0008022 protein C-terminus binding
molecular_function GO:0003723 RNA binding
RNA-Seq Expression