Spo07035 (gene) | SpinachBase

Overview


Name	Spo07035
Type	gene
Organism	Spinacia oleracea (Spinach)
Description	Unknown protein
Location	chr4 : 83565237 .. 83587939 (-)

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideCDSexon

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CCGAAATTACTGACATATATCTGTTTCTCCAAACGACAACAGATAAATATTTCAAGAATGCAAAGTCCGAAAAATACAAGAGTTCAGGCGTTCGACTCCACCCCAAGCTCCAGGAAAGTCAGCCGGAATTTCAAGATTTTAGGAGTCAATAAAAAGCTCTTCTCCCCAGTGAGCATATCCTCAACTGATTTAAGTCCGGGTATTCAAAATTCAAAATTCAAAATTCCAAAAATTCAAGATTCAAAATTTTCGATGCCAAGCTCCGTTCTAAACCAAAGGCGGAAAAGCAATGCAAGTACAAATCAGAGTCGTCACAACCGCACGGTGGTAGACTCTATCCTTTTTCCTAAAGCTTGTCTTGTGCAGTTATCGGTGTACAAAGAATAGTCATGGTTGCAGAACATCTTGACCGTTCTCCGTCCCTAGTCGAAAACTTTGACTTGCACTTTCCTAACTAGACGCTCAGTCAAAGTGGGGGCTTCTGTAGACACCTAAATCGTGTCTTCCCTATGGTATGATGACGATACTATTATCCTTACTAGGTGGTTGGTACAACTCCGTGCGGAAGTCCCAATTGCTAAAACATATTCCAAAGTCCAAATCCCGAGATCTTTCCCATTCCGAAACTCGGTACAAAATTCAATTTCCAAAAATCAATTTCAAAATCCAAACACAATATCACCCAATGGATCTCTCCATTGGTTTTATAAGGCCCTTTCCAATAAAATGACACTAAGCACCCCAAATTCGGGCGCCGACCCACAAAACCGAGCAAGCTGGGCCTCGTCCAGTAAAACCGAATTCAAAAACCCAAAAACGGCTAGTTTTTAGTCGCTAAATCACAGCCTTAATCATTAGGCAAATGCCACTTGCCAAAGTTCATACATTTCGTACAATGGTACATTCACAAAAGACAAATGCAAGGACGGTGTCATCGTCCTTGCATTGGCGTTTCCTATGCCACGTCAGCGACGCCAGACGCTAGAGCCTGCGTTGGGCATAGCTGGCACTTGGCGTTTAGCCATCCAATTTTCTATTTAAACCCGAATTTCCAAGCATTTTAGGGAACCAAATTACAATCAGAACATCGTAATTCTGAAATTCCCCCTCAAAAATCAAATACAAAAACTTAAAATTCTCATACAAATCTCGATCAAGTGTTCAAGTAATTGGGAGCTCCATGAGGAATTCTAACCTAATCCTAACTAGGTAACTCCGAATCCCAATCCCAATCTACTATGTGTTCTATAATTCTTATTTCAAAATGATTAGTAAAGTTGACACTTTTTCTCTCAAAAGTGTCACTTACAACAATCACATATTTTTACAAAATCAACACTTTTCCATGATTCAAATACAAAGTTATTGATTATATGATGTTTAAGGTTGTTTGTAATCACTTCCTTAAACTAGAATCATTTTCAAGATATGGAGAAAATCAAAGGTGAGGCCTTTTTAACGTTTAAAGGTCTAATCTTTGAGATTCAAGACTCCCCATTTCAATATTCAAGTGCAAGTTTCATTTTCAAGATTCTATGATGTTTAAGGTTGTTTGTAATCACTTCCTTAAACTAGAATCATTTCAAGTTATGGAGCACATCAAATATGAAACCTTTTTAATATTAAAAGGTCTAATGTTTGAGATTCAAGACTCCTAAGTTCAATATTCAAGATTCAATATTTCAAGTTCAATTTCTATGCCCAAAATCTAAGACACTTTTGGATGAGCAACTTGTCCTAAAGTTAAGATTTTTAGACTTGAATCCGTGTCGGACGCACTTATTATTAAGTAGTCGTTTGGCGTTCGGATCTCAAATACAATAGTTCAATTTCAATATCGTCATTTCAATACTGCGATTTCATTAATGCCTTTCAATATCGCACCTTTCAATATTGTACTTCAATTTCGCACCTTTATTATTTGCTAGTTCAATTCCGCATTCTTTACTCATCTCACTTTGAGATGATGTGTTTTTGTACGCACTTTCGATAATTCCTTTATTTATTGTGATGTTTCTTTACTTGTTTATTGCTTTCATCACCTTACATGCTAAATACAACAAAATGCAAAATTACACCACGCTTAACAAAGATAATTTATTGGACAAACCGGCCTTAGGTTCCCTTAAATTAACTTTAAAGCGAAATGGTCACAATACACGTAGAAATTCTATGTGCTAAAATTCCATGTTCAAACCCACATAGTGTCATGACTAGGGTTATTCGAAAATGCTCTTTGCCATGCACTCGAATACAATTTTTAAGGCTCGCGGAATAAGCATCTGGTTCCTTTGCCTGGATCTCACCCATCCGTTTCTAAGATTCTATATCTTATCCACAATAGAGTCAACTTTGGTCTTTCCAAACGGGACCCTTAAATTTATTTCGTGGCGACTCCTTCGAATCCAAAAACTTACAAAGCTCCAAGCCTTCCGTAGGAAAATACAAAAAAGAGTACGACAAAAATACCCCCTACAATTACTATTTACTAGATTTTATAACAAAAGCATGTCACAATTATGTTTCGTAATTTTTTTGCAAACTATTTACTTTTGATTTTAACTTTATACGAAGGACTATTAATTGTATTTTATCTACATAACTATTTTAAATTTTGGTCATTAAGAGTACCTTTAAAATTAGTTTAGTTAATTTAAAATGTTGATAGTTTTATTTTTATTTTTTTAGGGAATAAAATGTTGA

mRNA sequence

ATGAAACTGAAATCAGTTTCAAGTCACCATATACCCTCGGAACCCTCTATCAACGAATTGGGCACCACCATCAAAACCCACGAAATTGAAACCCTCCATCATCAATTGAAAATCGCGAAATTGCTGGAGATAGACTTGCCTGCTCTTCAAATAGGGTTGACAAATCAAGTCAAGACGTGGTTGGATTTTCCATATTGTATACAGGTCCTCCCTTGTCGAGTTGTCTGTACCCAGTGTCCTCGTTCTCAACAAGTTGGGCTAGTTGAGTCCTGCTATTATGTCATGAAGTATATGGATCAAATAGTAACGCTTGTATCGAAAAAGGAACGTGATTTTCAAAAGGGAATAAAATGTTGA

Coding sequence (CDS)

ATGAAACTGAAATCAGTTTCAAGTCACCATATACCCTCGGAACCCTCTATCAACGAATTGGGCACCACCATCAAAACCCACGAAATTGAAACCCTCCATCATCAATTGAAAATCGCGAAATTGCTGGAGATAGACTTGCCTGCTCTTCAAATAGGGTTGACAAATCAAGTCAAGACGTGGTTGGATTTTCCATATTGTATACAGGTCCTCCCTTGTCGAGTTGTCTGTACCCAGTGTCCTCGTTCTCAACAAGTTGGGCTAGTTGAGTCCTGCTATTATGTCATGAAGTATATGGATCAAATAGTAACGCTTGTATCGAAAAAGGAACGTGATTTTCAAAAGGGAATAAAATGTTGA

Protein sequence

MKLKSVSSHHIPSEPSINELGTTIKTHEIETLHHQLKIAKLLEIDLPALQIGLTNQVKTWLDFPYCIQVLPCRVVCTQCPRSQQVGLVESCYYVMKYMDQIVTLVSKKERDFQKGIKC

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
Spo07035.1	Spo07035.1	mRNA

Homology

[Close]

BLAST of Spo07035.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902115655|gb|KNA03882.1| (hypothetical protein SOVF_204930 [Spinacia oleracea])

HSP 1 Score: 62.0 bits (149), Expect = 8.000e-7
Identity = 29/35 (82.86%), Postives = 32/35 (91.43%), Query Frame = 1

		  
Query: 78  QCPRSQQVGLVESCYYVMKYMDQIVTLVSKKERDF 113
           +CPRSQQV +VES YYVMKYMDQ V+LVSKKERDF
Sbjct: 18  ECPRSQQVWVVESGYYVMKYMDQTVSLVSKKERDF 52

[Close]

BLAST of Spo07035.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9Q9B7_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_204930 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 62.0 bits (149), Expect = 5.600e-7
Identity = 29/35 (82.86%), Postives = 32/35 (91.43%), Query Frame = 1

		  
Query: 78  QCPRSQQVGLVESCYYVMKYMDQIVTLVSKKERDF 113
           +CPRSQQV +VES YYVMKYMDQ V+LVSKKERDF
Sbjct: 18  ECPRSQQVWVVESGYYVMKYMDQTVSLVSKKERDF 52

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Spo07035.1 vs. NCBI nr
BLAST of Spo07035.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
BLAST of Spo07035.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
BLAST of Spo07035.1 vs. TAIR (Arabidopsis)

BLAST of Spo07035.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr)
Total hits: 1

Position :

Zoom :

x 1


Match Name	E-value	Identity	Description
gi\|902115655\|gb\|KNA03882.1\|	8.0e-7	82.8	hypothetical protein SOVF_2049...	[more]

BLAST of Spo07035.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL)
Total hits: 1

Position :

Zoom :

x 1


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A0K9Q9B7_SPIOL	5.6e-7	82.8	Uncharacterized protein OS=Spi...	[more]

BLAST of Spo07035.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt)
Total hits: 0

Position :

Zoom :

x 1


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Spo07035.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR)
Total hits: 0

Position :

Zoom :

x 1


Match Name	E-value	Identity	Description

GO Annotation

GO Assignments

This gene is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
biological_process	GO:0006325	chromatin organization
biological_process	GO:0008152	metabolic process
biological_process	GO:0006468	protein phosphorylation
biological_process	GO:0009069	serine family amino acid metabolic process
cellular_component	GO:0005634	nucleus
cellular_component	GO:0016020	membrane
molecular_function	GO:0005524	ATP binding
molecular_function	GO:0003677	DNA binding
molecular_function	GO:0004386	helicase activity
molecular_function	GO:0016740	transferase activity
molecular_function	GO:0046982	protein heterodimerization activity
molecular_function	GO:0004674	protein serine/threonine kinase activity
molecular_function	GO:0046872	metal ion binding

RNA-Seq Expression

Co-expression


Gene	r value	Expression
Spo14240	0.75	Barchart \| Table
Spo17225	0.73	Barchart \| Table
Spo19609	0.72	Barchart \| Table
Spo20045	0.70	Barchart \| Table
Spo21388	0.70	Barchart \| Table
Spo21422	0.69	Barchart \| Table
Spo08863	0.69	Barchart \| Table
Spo02254	0.69	Barchart \| Table
Spo23771	0.69	Barchart \| Table
Spo23042	0.69	Barchart \| Table
Spo16218	0.69	Barchart \| Table
Spo26995	0.68	Barchart \| Table
Spo08541	0.67	Barchart \| Table
Spo18637	0.67	Barchart \| Table
Spo20555	0.67	Barchart \| Table
Spo07488	0.67	Barchart \| Table
Spo23096	0.67	Barchart \| Table
Spo05445	0.67	Barchart \| Table
Spo12090	0.67	Barchart \| Table
Spo06477	0.67	Barchart \| Table
Spo02749	0.67	Barchart \| Table
Spo15089	0.66	Barchart \| Table
Spo04873	0.66	Barchart \| Table
Spo04985	0.66	Barchart \| Table
Spo07079	0.66	Barchart \| Table
Spo09214	0.66	Barchart \| Table
Spo10021	0.66	Barchart \| Table
Spo10214	0.66	Barchart \| Table
Spo00173	0.66	Barchart \| Table
Spo15410	0.66	Barchart \| Table
Spo20900	0.66	Barchart \| Table
Spo23614	0.66	Barchart \| Table
Spo16909	0.65	Barchart \| Table
Spo01385	0.65	Barchart \| Table
Spo11673	0.65	Barchart \| Table
Spo26491	0.65	Barchart \| Table
Spo18709	0.65	Barchart \| Table