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Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.GGAGTTCGAACATACCAAAGGGGGAATTTTTGGTAAATTAAGATCTCGATTCAAAAACAAAAAAACAATATCTCCAATGATCTCCCTGCGAGCCCGCTCACAACATCACCCTCACCTCTCTACCTCAACCGCAGCGCCCGCATCCAGTGACCACTCCGACTACCAGTAATCCGTCGTCATCTCCGCCTTGTCTCACGCTCCTCCCCTTTTCCCATTTCAGAGTTCTCCTCTCTTATTGCACCGCCGTGGCGCCGTCTTGCTGTCTCAGAAACTTTTATTCCTGAAGAACTTCGAATATTGTAGAATAGGTCAGCACAAATTTGTTAGTATCATTGTTGTTCTCGTCTGGAATTACGTTCATTGAATTCTTAGCTACAAATTTACAAAAAATCCCTTCGCAAAGCTCTTTGTTAGCAGTAATGTCTGCAAGGTGTTCGATAAAATGTCTCAGTTAGTTTTTATGGGTAAATGTCGTTGAGGAAAGAAGCATCAGATACCTTCACTTGTATGATTATCTGGGAAAGTTCCCTTTTTTGTTTGTCTTCATGAAGCTTGTAAGTTATACTCCTATCTGTTTCAGTTCTTCCGTCAGTAATTAATCGTCGCGGTTAATAGTGTAATTTGAAATGGTAATGTGAGTTATATGACAAATAGTATATGATGATGCCTTCATACGATTATTTATTATTTGTTCTGTTTCTTGTGTAATTGCAGACTTGTTTGAGCAAGGGGCAGGGTTATTATTTCCCGCCTTGTCACATAATTGAAATTAGTGGATTCCGCATTTTGGTGGATTGTCCATTGGATCTTTCTGCTCTGTTGATTTTCGCTCCTATTCCTGTCTATTCTGATAGACGGCTCGAATATGCTTTTGATTGCTCATGCCATGTGTCTGTGGACACTGATTGTGCAGTTCATAAGAAGCAAAAGGTTGAAAATTCCCTTGATGCTAGTAGTTTGATTCATGGGGTCCCTTGGTATAAAACCGTTAGCAGTTTGCACTTATGGGATGTTTCTTTCATTGATGTTGTTTTAATCTCAAGTCCTATGGGAATGCTTGGGTTGCCATTCTTGACTCGGAATAAGAATTTCGTAGCTAAGGTAGTAATTTAACTATTTTCCCGCAATAGTTTATTTCTGTAATCCAATTGTCTTTCTTTCTTTAGTTTTGCCCCTCTGGATATGGTAGTTAGTTTTTGATATGGTTTTCGATGATCAGGTTTATGCAACTGAAGCAACGACAAGAATTGGGCAGCTTATGATGGAGGATCTTATTTCTATGCAGAAAGAGTTCAGGCAATTTTATGGATCTGAGGACTCAGGGTGTGCCAAGTGGAAGAAGTGGGAGGAGCTTGTCAAGCTTCCACCTTCCTTACAAGAAATAATCTTGGGCAAAGATGGGACAGAGCTTGGTTGCTGGTTATCTTTGTATAGGTACTATTTTGCTAATGCAGCTCCTTCACGTTGTTATCAACTTATCATGCAGATCTGTTAGTGGTCGTTTGGTTCAATTTATTTTGGAATCAGGTATGGGTTTGGTGGAATCATCCATAGCCATACCTAGTGTTTGGTTTAGTTTTTTTTTCAAATTTAAAAACCCGAGGGCCCCACCCCCAAACCCCCAAGGGGGAGGTGGGTTTGGGGGAAACCCCCACCCTTGGAATCAACTAAATTACATAAAAGAATAATAATTAAACATCGCAATATCCAGTTTCACGGCTCATCCAACACGCCGTCCACCATTGCTCCGACCTCCACCATTCACCAATCACATAATAAACACAAACTGTCAGCTGCAATTTTCACCAAGAACCGTCAAAGCAACCACCTAATCACAACCACCACCAAACCCACAGGTAAAATTGTATTTTTCCACCACCACCCATAAACATACACCACCGTAACACCCACCAAGGCCAATTTTCCAAACTAATCAACCTACAAAGAAGCTGAAAAATGATACAGAAATTTTGGGACATTAATTTGCCATAAAAGTTCCAGATTTGGAAAATTAAACCTGGCCGGTAAGGGATGACACTGCGACAAAGATTCACATTGGCAGAGGATTATATTACAAAAAGTAACAGCCAGATCAAAGGGGAAAAAAGAGCAAAAGTTGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGAGGTATAGGGGGGTGGGGGGGGGGCTGGGGAGAGGTGGGGGAGAGAGAGGGAGGACGTGTGAGAAATCGAGGAGACAGAAAAAAAGAGTGGGGTTGGGTTTTTCATTTTTTACAACCAAACACATGTATTGGGTTAATAGGTATCATCCATTCTAAACCCATGGGTTTGATATTGAAACCCATACCTGATACCTTTGTTTGAACCAAACGGCCCCTTATGCTGCTTAAGCTTTAGCCTTTATGGCTGATGATAACCGATGATGTTTTGTGGTTTCATGTCAACATTTTGACAATTCAACTTATTAAGGCTTTTATCATGTAAAATATAACTCGCTCACTCTGTTTTAATTTTTTGTTGCTTTGAGTGTTTTCTCTCTTGTTTCATAATATGAACTATATGCTATTAACACAATGGCAAGGTAAGTCTTTGTAAGATGTCCTTAGTGTACCGGTGTACCCTCCCTTTTATGAATCCTTAGGCAATCCGAAATAATTAGTTATACAAAAATAGTCAAGAACAAAACACATCCAAACGTATTGTATGTTCATTTTTTCTTTTCCACTTTTAATTTGAAATGGAGGAAGTATTTCAAGTTCAACTGTATACTTAATTACTTAGTTATAATTTATAAGGAAGATTACAGAAGTTGGATGAAAATTGTCATCTTACTGATTTCTATTTCTAGTGTTACTTGAATGTTTAGCTGTTTATTTTGAATTCCTTTCAAAGCCAAAACGATTTTCGAATTGAAAAACATTATAAATGGAATACAACATTTTAATTTGGCTGGTAATAGTAATTGGATTTGCAGGGTTATTGAAATGATCTTTATGAGACGTTTCTTGATTAACAGACCTTGATTAATGGACTAATTGAACTGTGAGTGTTGAACCATAATGCAACCAAAAAAAAACTGATGTGCGCAAAAGTGAAGTAAGTGGTTTAACTTTAAGATCTCAGAAACTTTATTGGGATGGCCTTTTTGTAGATTTATGTCACAATGAACTGGTTCTCTCTTTCCTCTTGTTTCTCAAGCTATAGCTTTCAGAGTCTGTTCCATAAATTGGCTTTTATAATCCTTCCTCATATCAGATGTCTGCTTCTGAAACTTAGTTTCTTCATTCATCAATCCTATTTATCTTATACGAAGTATTATAAATTAAAGTTCTTCTCAGTGCAGCTGATGTGAAGGATTGTATTCAGAAGGTACATTCACTTAAATATGCTGAAGAAACTTGCTTTGGGGGAGTGTTAATTTTCAAGGCATTCAGCTCTGGTCTAGATATTGGCACATCAAATTGGGAAATTAAAAGTCCAAAAAAGGATATTGTTTTCATATCTAGCTCTGTGCTTGACGCTGCTCCAGCCATGAGTTTCAATTACCATGCCCTACAAGATCATGACCTAGTACTGTTTTCAGATTTCTCTTCTCTCGATTGCATGGAAGACGTTGAAGTAGAGACTAGTCACTCAGCTCCAATGTAATCTTCTTTTACACTCTTACTCTTACTTGTTTCTTGCTTTTGGTAGTCCATTTAATCAAGACATTTATATCATCTATGGAAGAAAAACAAATAAGACACGTAAATCTTTTGATTGGATATTCTGGGGGTCATATTATTCCATAATCTAAAGAAAGTTTGTGCTCTCGTATATTTGTAGCAATGAAATTGCAGAGGTGGCGGCCATCCAGCCCTTAATTGACTCTGATGAAAGTTCAGAGGAGGAGCAGAAGCTAGGATTTATATGTTCTTATGCTGTTGATTCCCTTAAAGCTGGAGGCTCAGTCCTGATTCCTATCGGTCGAATTGGTGTAGTGTTGCAATTGTTGGAGCAGATATCAGTTTCTCAGGAATTTTTAAATTTGAAGGTATGTGACCTTTCCTCTGTGGCAGAGTGTGTTTCAATATAAATGAAGGATATGTCAAATTGGTTGAAGAGAAGGATCAGTTTCTCGGGATAGTGTCATATTTCCTGCGTTTCACAATAGATGTATCATTTTAACTTTTTTACACTATTTATATACGGAGTACTAAATTTGACCATCAATATCTTTTATTATATATTAATAAAAATTATATAAATTCGATATTTTGAAAATATACTGAGATTAACCTAATAACAATTTTTTTTAAAAAAATTCTTTACATTATTAATAATAGATGTGGTCAACGTTAGTAAATGAATAGTGTGAAAAGTTAATATGATGCATCTATTAAGAAACAAAGGAAATACTTTAATGTATTTGTCTGTCATTTAAGATTAACATGGAACGGACAAAGGAGTATAGTCCGATGCATCATTTTTTAATCACTGGTTTAGTGGGTTTTTGAAAATGTG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ATGAAGCTTACTTGTTTGAGCAAGGGGCAGGGTTATTATTTCCCGCCTTGTCACATAATTGAAATTAGTGGATTCCGCATTTTGGTGGATTGTCCATTGGATCTTTCTGCTCTGTTGATTTTCGCTCCTATTCCTGTCTATTCTGATAGACGGCTCGAATATGCTTTTGATTGCTCATGCCATGTGTCTGTGGACACTGATTGTGCAGTTCATAAGAAGCAAAAGGTTGAAAATTCCCTTGATGCTAGTAGTTTGATTCATGGGGTCCCTTGGTATAAAACCGTTAGCAGTTTGCACTTATGGGATGTTTCTTTCATTGATGTTGTTTTAATCTCAAGTCCTATGGGAATGCTTGGGTTGCCATTCTTGACTCGGAATAAGAATTTCGTAGCTAAGGTTTATGCAACTGAAGCAACGACAAGAATTGGGCAGCTTATGATGGAGGATCTTATTTCTATGCAGAAAGAGTTCAGGCAATTTTATGGATCTGAGGACTCAGGGTGTGCCAAGTGGAAGAAGTGGGAGGAGCTTGTCAAGCTTCCACCTTCCTTACAAGAAATAATCTTGGGCAAAGATGGGACAGAGCTTGGTTGCTGGTTATCTTTGTATAGTGCAGCTGATGTGAAGGATTGTATTCAGAAGGTACATTCACTTAAATATGCTGAAGAAACTTGCTTTGGGGGAGTGTTAATTTTCAAGGCATTCAGCTCTGGTCTAGATATTGGCACATCAAATTGGGAAATTAAAAGTCCAAAAAAGGATATTGTTTTCATATCTAGCTCTGTGCTTGACGCTGCTCCAGCCATGAGTTTCAATTACCATGCCCTACAAGATCATGACCTAGTACTGTTTTCAGATTTCTCTTCTCTCGATTGCATGGAAGACGTTGAAGTAGAGACTAGTCACTCAGCTCCAATCAATGAAATTGCAGAGGTGGCGGCCATCCAGCCCTTAATTGACTCTGATGAAAGTTCAGAGGAGGAGCAGAAGCTAGGATTTATATGTTCTTATGCTGTTGATTCCCTTAAAGCTGGAGGCTCAGTCCTGATTCCTATCGGTCGAATTGGTGTAGTGTTGCAATTGTTGGAGCAGATATCAGTTTCTCAGGAATTTTTAAATTTGAAGGTCCCTGTATTTTTCATTTCTTCTGTCGCAGAAGAACTTTTATCCTACACCACCATAATACCAGAGTGGCTGTGTGTGCAGACACAGAAAAAGTTGTTTGCTGGTAAGCCCTTGTTTGCTCATGTTGATCTTATGAGGGAAAAAAGGCTTCACCTGCTATCTTCAATCTGTACAACTGATCTAATGAAAATTTGGCAGGAACCATGCATAGTATTTGCTCCTCATTGGAGCCTGCGGGTTGGGCCTGCTGTTCATTTTCTTCAGCGTTGGCATGGGAATGAAAATGCTTTGCTTGTTCTGGAGAGAGGATTGGATGCTGATCTTGCTCTCCTACCTTTTAAACCTATGGCCATGAAGGTCCTTCAATGTTCATTTCTCTCTGGCATAAGATCAAGTAAAGTTGCACCTTTAATGGAGAAACTGCAACCCAAGTGTGTGTTGTTACCAGAAAACTTGAAGACTTTTGTTGGAAATTCAAACACAAAGTCAATGTCAGTGATCTACTACTTTGAAAGCATTATGTTACGTGTCCCTAGCCTAAAGAGAAGTGCAGAGCTCAAGATTTCAGCAGATTTAGTCTCCCGATATCAGTGGATAAGTTTAAAGGAAGAGGATATTAACATTACAAGACTAAAGGGGGAGCTGAGCGTAGAACATGGGAAGTATCGGTTACTTACAGGGAAGGAATCCAAGGGGACCTGCGTTGATTTGGAAAGGCTTTCAATTGCTTTAGAAAATATGGGTTTTAAAATTACTGTAGAACAAGAAGTGAGTTGTAGATCAGGTATATCTTTTGATATACATGTGCACGAGCCTAGCAAGGGTTTGATAAAAGTCGGGCCAAATATCACAACAATCAGCACATCTGACAAAGACTTGTCCTCCAGAATTCACAAAGCTGTGGATACTATATTGTGCGACATCTAA MKLTCLSKGQGYYFPPCHIIEISGFRILVDCPLDLSALLIFAPIPVYSDRRLEYAFDCSCHVSVDTDCAVHKKQKVENSLDASSLIHGVPWYKTVSSLHLWDVSFIDVVLISSPMGMLGLPFLTRNKNFVAKVYATEATTRIGQLMMEDLISMQKEFRQFYGSEDSGCAKWKKWEELVKLPPSLQEIILGKDGTELGCWLSLYSAADVKDCIQKVHSLKYAEETCFGGVLIFKAFSSGLDIGTSNWEIKSPKKDIVFISSSVLDAAPAMSFNYHALQDHDLVLFSDFSSLDCMEDVEVETSHSAPINEIAEVAAIQPLIDSDESSEEEQKLGFICSYAVDSLKAGGSVLIPIGRIGVVLQLLEQISVSQEFLNLKVPVFFISSVAEELLSYTTIIPEWLCVQTQKKLFAGKPLFAHVDLMREKRLHLLSSICTTDLMKIWQEPCIVFAPHWSLRVGPAVHFLQRWHGNENALLVLERGLDADLALLPFKPMAMKVLQCSFLSGIRSSKVAPLMEKLQPKCVLLPENLKTFVGNSNTKSMSVIYYFESIMLRVPSLKRSAELKISADLVSRYQWISLKEEDINITRLKGELSVEHGKYRLLTGKESKGTCVDLERLSIALENMGFKITVEQEVSCRSGISFDIHVHEPSKGLIKVGPNITTISTSDKDLSSRIHKAVDTILCDI Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Homology
BLAST of Spo09356.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731319749|ref|XP_010670439.1| (PREDICTED: integrator complex subunit 9 isoform X2 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 1087.0 bits (2810), Expect = 0.000e+0 Identity = 533/683 (78.04%), Postives = 607/683 (88.87%), Query Frame = 1
BLAST of Spo09356.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731319747|ref|XP_010670438.1| (PREDICTED: integrator complex subunit 9 isoform X1 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 1082.4 bits (2798), Expect = 0.000e+0 Identity = 533/684 (77.92%), Postives = 607/684 (88.74%), Query Frame = 1
BLAST of Spo09356.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902161340|gb|KNA06567.1| (hypothetical protein SOVF_179850, partial [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 875.2 bits (2260), Expect = 7.600e-251 Identity = 436/436 (100.00%), Postives = 436/436 (100.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo09356.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731319751|ref|XP_010670440.1| (PREDICTED: integrator complex subunit 9 homolog isoform X3 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 872.5 bits (2253), Expect = 5.000e-250 Identity = 425/520 (81.73%), Postives = 472/520 (90.77%), Query Frame = 1
BLAST of Spo09356.1 vs. NCBI nr
Match: gi|296081277|emb|CBI17721.3| (unnamed protein product [Vitis vinifera]) HSP 1 Score: 764.2 bits (1972), Expect = 1.900e-217 Identity = 393/700 (56.14%), Postives = 506/700 (72.29%), Query Frame = 1
BLAST of Spo09356.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8CTK2_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_2g041220 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1087.0 bits (2810), Expect = 0.000e+0 Identity = 533/683 (78.04%), Postives = 607/683 (88.87%), Query Frame = 1
BLAST of Spo09356.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9QH38_SPIOL (Uncharacterized protein (Fragment) OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_179850 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 875.2 bits (2260), Expect = 5.300e-251 Identity = 436/436 (100.00%), Postives = 436/436 (100.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo09356.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: D7SPZ2_VITVI (Putative uncharacterized protein OS=Vitis vinifera GN=VIT_13s0019g00700 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 764.2 bits (1972), Expect = 1.300e-217 Identity = 393/700 (56.14%), Postives = 506/700 (72.29%), Query Frame = 1
BLAST of Spo09356.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: M5XQW3_PRUPE (Uncharacterized protein OS=Prunus persica GN=PRUPE_ppa002193mg PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 755.4 bits (1949), Expect = 6.200e-215 Identity = 389/703 (55.33%), Postives = 499/703 (70.98%), Query Frame = 1
BLAST of Spo09356.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8CYT0_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_2g041220 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 737.3 bits (1902), Expect = 1.700e-209 Identity = 368/477 (77.15%), Postives = 424/477 (88.89%), Query Frame = 1
BLAST of Spo09356.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: INT9_NEMVE (Integrator complex subunit 9 homolog OS=Nematostella vectensis GN=ints9 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 219.2 bits (557), Expect = 1.400e-55 Identity = 156/530 (29.43%), Postives = 255/530 (48.11%), Query Frame = 1
BLAST of Spo09356.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: INT9_HUMAN (Integrator complex subunit 9 OS=Homo sapiens GN=INTS9 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 218.4 bits (555), Expect = 2.400e-55 Identity = 178/686 (25.95%), Postives = 317/686 (46.21%), Query Frame = 1
BLAST of Spo09356.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: INT9_BOVIN (Integrator complex subunit 9 OS=Bos taurus GN=INTS9 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 216.1 bits (549), Expect = 1.200e-54 Identity = 177/686 (25.80%), Postives = 312/686 (45.48%), Query Frame = 1
BLAST of Spo09356.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: INT9_MOUSE (Integrator complex subunit 9 OS=Mus musculus GN=Ints9 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 213.4 bits (542), Expect = 7.800e-54 Identity = 176/687 (25.62%), Postives = 314/687 (45.71%), Query Frame = 1
BLAST of Spo09356.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: INT9_MACFA (Integrator complex subunit 9 OS=Macaca fascicularis GN=INTS9 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 213.4 bits (542), Expect = 7.800e-54 Identity = 176/686 (25.66%), Postives = 313/686 (45.63%), Query Frame = 1
BLAST of Spo09356.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT3G07530.1 (Beta-Casp domain (InterPro:IPR022712)) HSP 1 Score: 622.5 bits (1604), Expect = 3.200e-178 Identity = 326/700 (46.57%), Postives = 462/700 (66.00%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo09356.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr) Total hits: 5
BLAST of Spo09356.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL) Total hits: 5
BLAST of Spo09356.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt) Total hits: 5
BLAST of Spo09356.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR) Total hits: 1
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
RNA-Seq Expression
Co-expression
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