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Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.TTTACGATTTTACGCGCTGCATGCCTAATTTTTGGTGAAGGGTAAATAAAAAGTTAAAAAAACCCAAGCAATCAAATGAAACTGAGTTGGAAGAGCAGGTAGCTATAACGTTGACGTAACATACAATTCTCCCATACATGACATGTTAATATGTGGTTTAAAAAAGATACTTTCTTAACTTAATTGTTTGCTAAATACGGAGTAGACGTGCATTGTAAAATTTGTGGTTGCCCCAATCAATTGGATTGAAAAAACTTTAAACTATCTCCAGATTCAAACAAGTCATTTTATTCCAATATCCTCATTAATTTAACCAGAAATTGTCACACCACCTATTTCCTGCTCTGTATCTAGATGGTAGAGTATGGTCTGTTCGTTAAAGAAGTGGAATATTAGGCGTTTTTATAGAAGACGAGCTGATGATTTGTAGCGGGTTCAGAACGGGTAACATTAAGGTGGCGAAAATTTGTGTCGCCAATTGTAAGTTCTCTTAAATTAAAACAAATGCAAGAATAAAGATGATGGTGGAAGAGTGAGTTATCATCACACTAATTCACGGGTTGCTTTGTTGGATAATGTTGGTGATGATGACGACTAACTGACGCAGCAATCTCAATTCTCAATGGGTTTACCAACCACAAAACCATCTTTTTCTGCATAATAGTCCAACTTTTCGTAAAATCAATTATTGGTAGCAAATAGCAATGCTCTATTAATCTTGTTACAGTGTTGCTACTCTAACCAAACTTGGAGTACTGAGTCCGAATCTTCTATCCCGCAATTTATGTAGCCATAAAACAAAAACAAAAGCGTCTACTGTATCCATCATTATATGTTCTCTTCTTTTATTGCGCATGTCTATATATATATAATATATATATAGACATATAGTACATTTGAGATAACATATCCATTATTTTTCCGCAATATATATTCCCATTTCTTAGCTCTTTTCCCCAATAACTCCACCTTTTCAACAAGCTTAGAGAAAAAACATAGTGTAAGATGGGTAGCCAGGATTCAGAAAGAGTGATCACAGGGTGGGCTGCTAGAGACCCTTCTGGTGTTCTCTCCCCTTACTCCTTTCCTCTCAGGTAACTACTCTTTCTCAGACATTAATTCGAGCATTTGTTTTGTCATCTAAAAATAAAAATAATAATAATAATAATAATAACAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATAAGTTGAATTAACTTCGCTCAAGTATTAATCTTTTTATGTGTAAAACAGGAATACAGGAGCAGAAGATGTATACATAAAGGTGCTATCCTGTGGAATATGTCACACTGATCTTCATCAAGCCAAGAATGATCTTGGCATGTCTCGCTACCCTATGGTTCCCGGGTTTGTTTCCCTTTCACTCTATATCATCATATCTTTGTCGATTTTGGTCATTGAATTTTTTCATATACCATTATCACTGTTTTTTTTGAATTAAGGTTCATGTTAATTATTTTGGGACTATGGTGAGATTTGTTGTTGTTGTACCACTTGTACCGCTGTAAGTGGAATTACTCGTCGCACTGTCTCATATCTTTATTATTGTCTATTTCTAATGTACTTTGTTATTATGTCCGTCTCATCTCATCAAAGTTAATCATCAAACTCTTACTCATAATACAAAATACTCTGTATTTGTTAATCCGTATGTCTTTGGCTACTATTCTATTTAAACGGCAAAAAAAAATATAAGCACGAGGTAAAGAACGTTATGAAACTGAAAATGTAAAGATCATTTTAAAACGGAGTTAGCATGACTAACTTCCTAACAAATAGTTGTATTTTCTAATCAAAGAGTTATACATTATGATCAAATAGTTATTTTTATTTAATTTTATAATCAATCAAATAATTCTACTTTCTAATCAAATAGCTAGTTATACTCTGTCATCATATACAATTACGTTTCCTAATGTTGGTCTTATGCATATGTCAATCTCGTATGAGCCTACTACTTAATCTAAAGGGTAGACCCATAGATATTCATTGAATAGATATTGATCGATAGATGTAGAAATCTCCAAGAATTAGTCAAAGGGTTAATTATTAGTTGGTGGCAACATGCGACATTTAAGCCGTGTCACAATAATGACATGGCATGCTTATGTGTCATGATTTAAATTGGAAATTAAAATATTTAACTTATATTATCTATTATACATGTTATAAAAAAAGGTAGGAAAATCTTAATATTCTAATTTGTTTCCTTATTCATATCGACTACCTTATTTACATATTTTCATAGTAGAAATATTGCATTGATAGTAAAAATATTATAATGACGTGTATCCTACTGGCGCCTATATATACCAATTAAACTGCGACACGTAAGATTGCGATAACTAAATGTTGTCGCAACTTGCGACTTTTATCATCGTCCGGTGGGATGAACCTTTGGTAAAAAATATTGTATTTGTCTACACTAGTTTTCCAAGGTTATTGTTCAAGTGTCATTTTAATTAACCTTCTAAAGTCAATAGCAAATTGACCGGTATCTGCCAATATACAATTCAACTTACAATGCTATTCAACAAAAATAAACAACATTTTGTCTAAATGTGTAAATTGTTTCACACATGAATGAATGCAGACATGAGGTGGTAGGTGAAGTGGTGGAGGTAGGATCAAATGTAAACAAGTTCAAAGTCGGTGATCAGGTCGGAGTTGGGGTGATCGTCGGATGCTGTAGGACCTGCCATCCTTGCAAGGCAGAAGAAGAGCAGTATTGTAACAAGAAGATCTGGTCCTACAATGATGTCTACACTGACGGTAACCCAACACAAGGAGGCTTTGCCACAAATATGATTGTTGATCAAAAGTACGTCCTACTCTTACTCAAAGTCCCCTGCCCTACAAATCTACAATATGCATATCGTACATTAAATATGTTATTGCAACCGTTACATTATATAACAAAGTGATGTATTATAACTTTATTATAAGGTTTTTTAAACACTGTGACAGTGTGATGACAACTAATATCAGACAGATTGAGCATTAGTGTAGTGAAGGTGCATTTATTGTTTGAAAATTTTAGGATGTTTTTAAAATTCGAAGAAAAGATCTTTACTGAATTGTAATTCGGAACATGATAAGTACTTGACGAAAAGTTGTGTTAAGCCTTACTCCGTATTTGATAATGATCTTTATCTGTTCCAATCGGTATCATCGCCATGTTTTCAGGTTTTTGATTTTTATTTTAGGTTGATTTATGAACTCAAAATTGTTACCCCTTATAATAGTCATGTTAATTTTTGAAAATCGACAACAGAAAACATAAATAACTTTTTTGTGGTTTTCATTTGTTTTCCTTTTTCATTAACATGACAAAAAATGCAATATTTGCTACCAGGTTTATAGTGAAAATACCAGATGGAATGAAACCAGAGCAAGCAGCACCACTACTATGTGCAGGACTGACAGTATACAGCCCACTAAAACATTTCGGGCTGAACAAGAGTGGGCTGAAAGGAGGGATATTGGGCCTGGGAGGTGTGGGCCATATGGGAGTAAAGATAGCGAAAGCAATGGGGCATCACGTGACAGTGATAAGCTCATCTGATAAGAAGAAAAAGGAAGCATTGGATGATTTGGGTGCTGATGAATATGTAGTGAGCTCAAATGCTGAGAAAATGCAAGAGTTGAGTGACTCACTTGACTACATTATTGACACCATACCGGTGCATCACCAACTCGAACCTTACCTTCCACTCTTGAAGTTGAATGGGAAGTTGATTTTGAATGGTGTTATCAGTACTCCTCTTTCGTTCCTCACTCCAATGGTCATGCTTGGTAAGTCTTCTAACCCTCCCCGTCCGTAAAATAGAGGACATTTTTGCAATATCCGTTGACTATAAACCGGTTTTTTAAATCTTTTTACCTTCGTAAGTTCGCCCTGTTATATTCACCTTAATTTCACTTATAACTTGTCAAATGTTAGCACACGGCGTAAACAAATCATATTACTTCATCTGTTCTCTTTTAGTTGCAACGTTTATATTTTGAGACGTTTCTTTTTAGTTGCAACCTTTTTATTTTTGGCAACTTCACCAATTAACTTTACCAAACTACACTTATCCATATTCAATAACCCACATTTAATTTCACCAAAATATATCTGTAAATGAGGGTATGAATGTAATTTACTACTTATCCACTTACATTGCAAAGATTAGGATAAACAGTAAAAATTGCAACCAAAACACAACAGGGGAAGTATATCATATCAAGTCATTCTAGTTATTTCAACATTTAATGCCAACTTCAACTCAATTACATGTGTTCATATTAACATTGAAGCTTTTAAATAGTTGCACCATGTTCAATTCTCGGAAATGTGGTGAATGATATTGTGACGTGTAACTGATTTACACTATACATGTAATATGTTACAGGGAGGAAGTCCATTACAGGAAGCTTTATAGGAAGCATGAAGGAAACAGAGGAGATGCTACAATTCTGCAATGAAAAAGGTTTAAAATCTCAGATTGAGATTGTTAAGATGGATTACGTTAACCAAGCTATGGAAAGGCTTGAGAAGAACGATGTTCGATACAGGTTCGTTGTCGATGTTGCCGGCAGTAAGCTTGATGATCAATAAGTTTTTCCGTTCACACCATTCATGAGTCATGACTCATGAGAAAGTAAGACGGGAACTTGAATTGAATTTGGAGAAATAGAGAGTGGCAAACTTTATACTTGTTTGTTTTTACTTTTTGGTTTCAATTTGTTCAACTTTTATTGAATTCATCTTCGTGACGTTGACAACTCACTGTTAACTAAATCGTTGCGTTTGTAATGTGTATATGGATGTCAATTACTCTCTCACTTCCTTAAAACGTCTCCTCACTTGCATTTTATGTCTATCTTTTACGTGCATATTTAACCATGGATACCTGTAATTTTATGAACAATACAAAATTTAAACGAATCTAATAATGGTTTTTCATATC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MGSQDSERVITGWAARDPSGVLSPYSFPLRNTGAEDVYIKVLSCGICHTDLHQAKNDLGMSRYPMVPGHEVVGEVVEVGSNVNKFKVGDQVGVGVIVGCCRTCHPCKAEEEQYCNKKIWSYNDVYTDGNPTQGGFATNMIVDQKFIVKIPDGMKPEQAAPLLCAGLTVYSPLKHFGLNKSGLKGGILGLGGVGHMGVKIAKAMGHHVTVISSSDKKKKEALDDLGADEYVVSSNAEKMQELSDSLDYIIDTIPVHHQLEPYLPLLKLNGKLILNGVISTPLSFLTPMVMLGRKSITGSFIGSMKETEEMLQFCNEKGLKSQIEIVKMDYVNQAMERLEKNDVRYRFVVDVAGNRCYLTFYDDVTCTLYSLLFSCVYYTFLNFMFEFQIRLYSSETVLARSETRFAVAPFQDVSETFVHDCVWIGLLFIDCGINGHPTMLAQAALLVNYDPTGPSRLLSTIAEQEGFRADPVELSQFVNFVKRNNLQTETFLLGPNEYLVTSIHENWFHARCMNTSKPSGEGVVVMQTAAFLLVAIYEGSIGSASCAVTAADQFANQLCRKSL Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Homology
BLAST of Spo10121.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902169921|gb|KNA07730.1| (hypothetical protein SOVF_168400 [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 718.4 bits (1853), Expect = 9.800e-204 Identity = 352/354 (99.44%), Postives = 354/354 (100.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10121.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731360180|ref|XP_010691671.1| (PREDICTED: probable cinnamyl alcohol dehydrogenase 1 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 669.1 bits (1725), Expect = 6.800e-189 Identity = 324/354 (91.53%), Postives = 341/354 (96.33%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10121.1 vs. NCBI nr
Match: gi|316939056|gb|ADU64756.1| (cinnamyl alcohol dehydrogenase [Hevea brasiliensis]) HSP 1 Score: 599.7 bits (1545), Expect = 5.100e-168 Identity = 284/354 (80.23%), Postives = 320/354 (90.40%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10121.1 vs. NCBI nr
Match: gi|399515849|gb|AFP43764.1| (cinnamyl alcohol dehydrogenase [Nicotiana attenuata]) HSP 1 Score: 599.4 bits (1544), Expect = 6.700e-168 Identity = 284/354 (80.23%), Postives = 319/354 (90.11%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10121.1 vs. NCBI nr
Match: gi|698480877|ref|XP_009787463.1| (PREDICTED: probable cinnamyl alcohol dehydrogenase 1 [Nicotiana sylvestris]) HSP 1 Score: 597.4 bits (1539), Expect = 2.500e-167 Identity = 285/354 (80.51%), Postives = 318/354 (89.83%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10121.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9QKE9_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_168400 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 718.4 bits (1853), Expect = 6.900e-204 Identity = 352/354 (99.44%), Postives = 354/354 (100.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10121.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8BM48_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_9g223800 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 669.1 bits (1725), Expect = 4.800e-189 Identity = 324/354 (91.53%), Postives = 341/354 (96.33%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10121.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: E9M774_HEVBR (Cinnamyl alcohol dehydrogenase OS=Hevea brasiliensis GN=CAD PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 599.7 bits (1545), Expect = 3.600e-168 Identity = 284/354 (80.23%), Postives = 320/354 (90.40%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10121.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: J7FMA4_NICAT (Cinnamyl alcohol dehydrogenase OS=Nicotiana attenuata PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 599.4 bits (1544), Expect = 4.600e-168 Identity = 284/354 (80.23%), Postives = 319/354 (90.11%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10121.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A067LBX6_JATCU (Uncharacterized protein OS=Jatropha curcas GN=JCGZ_15462 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 596.7 bits (1537), Expect = 3.000e-167 Identity = 284/354 (80.23%), Postives = 317/354 (89.55%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10121.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: CADH1_ARACO (Probable cinnamyl alcohol dehydrogenase 1 OS=Aralia cordata GN=CAD1 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 592.4 bits (1526), Expect = 5.100e-168 Identity = 283/355 (79.72%), Postives = 319/355 (89.86%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10121.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: CADH_POPDE (Probable cinnamyl alcohol dehydrogenase OS=Populus deltoides PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 589.0 bits (1517), Expect = 5.600e-167 Identity = 278/354 (78.53%), Postives = 318/354 (89.83%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10121.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: CADH1_TOBAC (Probable cinnamyl alcohol dehydrogenase 1 OS=Nicotiana tabacum GN=CAD14 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 583.2 bits (1502), Expect = 3.100e-165 Identity = 277/354 (78.25%), Postives = 315/354 (88.98%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10121.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: CADH_EUCGL (Probable cinnamyl alcohol dehydrogenase OS=Eucalyptus globulus GN=CAD PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 579.7 bits (1493), Expect = 3.400e-164 Identity = 271/354 (76.55%), Postives = 315/354 (88.98%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10121.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: CADH1_OCIBA (Cinnamyl alcohol dehydrogenase 1 OS=Ocimum basilicum GN=CAD1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 579.3 bits (1492), Expect = 4.500e-164 Identity = 277/356 (77.81%), Postives = 309/356 (86.80%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10121.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT4G34230.1 (cinnamyl alcohol dehydrogenase 5) HSP 1 Score: 563.5 bits (1451), Expect = 1.400e-160 Identity = 269/353 (76.20%), Postives = 305/353 (86.40%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10121.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT3G19450.1 (GroES-like zinc-binding alcohol dehydrogenase family protein) HSP 1 Score: 560.8 bits (1444), Expect = 9.300e-160 Identity = 272/354 (76.84%), Postives = 311/354 (87.85%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10121.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT2G21890.1 (cinnamyl alcohol dehydrogenase homolog 3) HSP 1 Score: 382.9 bits (982), Expect = 3.500e-106 Identity = 178/343 (51.90%), Postives = 249/343 (72.59%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10121.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT4G39330.1 (cinnamyl alcohol dehydrogenase 9) HSP 1 Score: 382.1 bits (980), Expect = 5.900e-106 Identity = 179/344 (52.03%), Postives = 246/344 (71.51%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10121.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT4G37970.1 (cinnamyl alcohol dehydrogenase 6) HSP 1 Score: 380.2 bits (975), Expect = 2.200e-105 Identity = 181/350 (51.71%), Postives = 248/350 (70.86%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo10121.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr) Total hits: 5
BLAST of Spo10121.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL) Total hits: 5
BLAST of Spo10121.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt) Total hits: 5
BLAST of Spo10121.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR) Total hits: 5
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
RNA-Seq Expression
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