Spo11661 (gene) | SpinachBase

Overview


Name	Spo11661
Type	gene
Organism	Spinacia oleracea (Spinach)
Description	Unknown protein
Location	SpoScf_06977 : 695 .. 2874 (+)

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

GTTTTTGGATATGTTGCAAATTTTAATTTTTTTACTTGTCCAAATTGTGGATCGAGGCATGGTTTGTCCATTTTTTTTTGTGTGAAATTTTCTCTTTCTTGGGTGATAGGGGTAACTGTTGCGAACATACTTTTGGGTTATGCAGAAGCTTGATTTCGAAAATTGTAGTTTACTACTTACAAATTTCTCTTATGGTATCTTGGACTCATCCACTTTATCTTTAGTTATATGATATCTATATGGTTGCATCCTATTTATAACATTTTGATTGCAAATGGACAATACAATATTTGTGAACTTTTTCAACTTTTGGGGCGCATGTGGAATTGAAGGATTACCCTGCACCTACTAATTAGGTTAAGACCCAACTAGGTTGTGCTTAAATTAGGTTCGGGATTCAAGTAATAACCTTTTTTACGAGTTGTGTTTTAGCTTAATGTCGACACTAGTTTAGTATATGGTTCTCTTTTTAAGTTTTGCTGCATTGTTTGTCCTGCTCATCTATATGCCTTGGATTCTTTCTTTATTCATTTTAAGTATGTGTTGTTCTGATGTTTTTTTTGCACGGATTTGCTGCACATTTTGTCATAAATTCCAAATGATCTGGGCTTCGTGAATCATACCAACCACGTTGGATGGAAAGAGTGAGTCACTTTCACTTGTTTCACTTGATTGAAACCCTTTTAGTAACTCCGATTTCATGTGAAAATTTAGGGGTTGAAGGATGAAACCCATTATATTTTGGATCTTGGACTTTGTCTTGCAGAAAAGACTGTTCACAAGTGCTTACCAGTTGTTCCCGAGTGAGTCCGCTTACTATAAATTTCTAGTAACGTGTCAAGATTAGTAAGATTGTTTGAGCCTTGCAGTGCTTAAATCCCATGTTAATTGTATTCTTCCTTTTTAATTGTGAACCTTAGTCGATCGCTCTTGTAGTCTTCTTTACACTTTATGTTCAGATCTACTTTCGTTTTCCTCAATGAGTATGAGATATTGATTAAACGATGCTTCAAAAGGGATCTTACACTCCTACACTCCCCTTTGAAGTTTTCATAAACTTAGGGAATGGATTTTGAGACAGGGAGTGACATTGTAGCTCTTTTTAACGAATCAAATTGTTGTGGCTCTTGTTATATACTCCTATATACTTATAATTGTTATTCTATAATGGGTTATAGCTCTCTTTAACTGAACCACATTGTTGCGACTTGGGTTATATACTTATAATTGTTATGCTATAATGCGTTGTAGTTCTCTTTAACTGAATCACATCGTTGTTACACTATAATGGGAAATGCAGCTAAATGTAGGCCTTTGTATACATGTATTTGGTCTTTTCCAAATTACTTTGCTCGAACAATAGAATTTTCCAGGTAATAATTTCTCTCTCCTCCAATTGTTTTGAAAATTCCAGGCTTTTGTTTCAGGTTTTGTTCGTTTCAAGTCGAATTTTAAGCTAGATTTGAATTTGTTGTTAATATTTTTCTCTATATTTATTCTTTTCTCATTTACAATTCTTTGGACTATATTGTAGAAAGTTGTTGACGATCAAAGACGTTTTTAAAGTTAGTGGCTGAGGGCTTGATAAATATGTTCAATATATTGTAGAAAGTTGCTGATAATCAAAGTTATTATGTCAGGTTGTTCTATGTTTGTAAATTGATCTGTCAATTATTTAGGCAATTAAAAGCCTAATTAAGTTTATTGTGATTTTAGATTATTTTAAGAATGATATTCACATATTGCTAATGCTAATCATGACTAATAAATACTTGTACAGTTGTCCTACACTCGGTCTCTACTCTCATTTTATTGATGAATGGTATCTTGAAAGTCAGACGCTCTTCAGCCTTACTGTTCGTGCCTCCGACGAACCCATCTATGCCTCAACTTTGAGGATAAGAGAAGTTTACAACAATTCGCACAATGTCTGGTGAGGAGGTTGTTGTTTTTGTTCGTTGTTAATCCTGCTACTGTACTCCATCGGGGGAGACTATTGACCTAACAATCATTGTTCTTAAGCTTATATTAATTAAGTCTATTGCTCATGCTGAACTTTGTCGTGGTCTTCACCAGAGTTCCAAAGTAATTTAGAAGCATGCTGCTTAGCTATGCTTGCTGGCAGAAGACTTTAAACAACCTGACTATTTCAAATTGGTCAAAGCTCTTTGTGATGAGCG

mRNA sequence

GTTTTTGGATATGTTGCAAATTTTAATTTTTTTACTTGTCCAAATTGTGGATCGAGGCATGGTTTGTCCATTTTTTTTTGTGTGAAATTTTCTCTTTCTTGGGTGATAGGGGTAACTGTTGCGAACATACTTTTGGGTTATGCAGAAGCTTGATTTCGAAAATTGTAGTTTACTACTTACAAATTTCTCTTATGGTATCTTGGACTCATCCACTTTATCTTTAGTTATATGATATCTATATGGTTGCATCCTATTTATAACATTTTGATTGCAAATGGACAATACAATATTTGTGAACTTTTTCAACTTTTGGGGCGCATGTGGAATTGAAGGATTACCCTGCACCTACTAATTAGGTTAAGACCCAACTAGGTTGTGCTTAAATTAGGTTCGGGATTCAAGTAATAACCTTTTTTACGAGTTGTGTTTTAGCTTAATGTCGACACTAGTTTAGTATATGGTTCTCTTTTTAAGTTTTGCTGCATTGTTTGTCCTGCTCATCTATATGCCTTGGATTCTTTCTTTATTCATTTTAAGTATGTGTTGTTCTGATGTTTTTTTTGCACGGATTTGCTGCACATTTTGTCATAAATTCCAAATGATCTGGGCTTCGTGAATCATACCAACCACGTTGGATGGAAAGAGGGTTGAAGGATGAAACCCATTATATTTTGGATCTTGGACTTTGTCTTGCAGAAAAGACTGTTCACAAGTGCTTACCAGTTGTTCCCGATTGTCCTACACTCGGTCTCTACTCTCATTTTATTGATGAATGGTATCTTGAAAGTCAGACGCTCTTCAGCCTTACTGTTCGTGCCTCCGACGAACCCATCTATGCCTCAACTTTGAGGATAAGAGAAGTTTACAACAATTCGCACAATGTCTGGTGAGGAGGTTGTTGTTTTTGTTCGTTGTTAATCCTGCTACTGTACTCCATCGGGGGAGACTATTGACCTAACAATCATTGTTCTTAAGCTTATATTAATTAAGTCTATTGCTCATGCTGAACTTTGTCGTGGTCTTCACCAGAGTTCCAAAGTAATTTAGAAGCATGCTGCTTAGCTATGCTTGCTGGCAGAAGACTTTAAACAACCTGACTATTTCAAATTGGTCAAAGCTCTTTGTGATGAGCG

Coding sequence (CDS)

ATGGAAAGAGGGTTGAAGGATGAAACCCATTATATTTTGGATCTTGGACTTTGTCTTGCAGAAAAGACTGTTCACAAGTGCTTACCAGTTGTTCCCGATTGTCCTACACTCGGTCTCTACTCTCATTTTATTGATGAATGGTATCTTGAAAGTCAGACGCTCTTCAGCCTTACTGTTCGTGCCTCCGACGAACCCATCTATGCCTCAACTTTGAGGATAAGAGAAGTTTACAACAATTCGCACAATGTCTGGTGA

Protein sequence

MERGLKDETHYILDLGLCLAEKTVHKCLPVVPDCPTLGLYSHFIDEWYLESQTLFSLTVRASDEPIYASTLRIREVYNNSHNVW

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
Spo11661.1	Spo11661.1	mRNA

Homology

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Spo11661.1 vs. NCBI nr
BLAST of Spo11661.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
BLAST of Spo11661.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
BLAST of Spo11661.1 vs. TAIR (Arabidopsis)

BLAST of Spo11661.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr)
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Spo11661.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL)
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Spo11661.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt)
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Spo11661.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR)
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

RNA-Seq Expression

Co-expression


Gene	r value	Expression
Spo27160	0.91	Barchart \| Table
Spo27168	0.90	Barchart \| Table
Spo26397	0.68	Barchart \| Table
Spo13825	0.67	Barchart \| Table