Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGTTATAAGATGTCACAGTCCGCAAGTGTGGAATTACAAAATTACCCCTATATTTTGAAGTCAGCTTCCGTCTTTTGTGCAACTGAACAAAAAGACGAAATTCAATCAACCCCAAATTCAAAATTGATCAGCGAAACTGAAGAGCAACAATGGTGAAAACAGTAGTGGGAGAAGAAACCCGCCTTCAATTAGCCGAAGATCGTCTTGCTCAATCCGCAATTCCTGCGCAGGTCCACGTTTTCTCCATCTTTCTATCTCCTCTGAAATTCTCAAAATTAGGGAATCAAGTTGAATAATGAAGTTTTGTTTTGCGAATAATTGTTGTTTTTTAGGTAGGGTTAGTGATAGGCAAGCTCAATTCCAAATTAGATCGAGGGTTTATCTTTGATTTAGTGCCAACACCACCAAATGATGCCGGAGATCCCCCATGTTCCATCACTGACCCTCTCAAAGGTGGTGGCGATAAGAAGAAAGGTTCAAAGCCCAAATCTTCTGTCGATTCTTCTTCACTCGCTATCGACAAGGATTGGGTCACAGAGCACGCTCGTCAGGTAATCTAAATTTTGGATTGTTGATTATGGCGGAAGTTAGAAAATTCTTCAACAGCAATTTGATTTTTATCGGTTATTGAACTGCAACAATGTCTGTCGTTGTACATTACTTGTTCCTATGAACTGCTGTTGAATTTGGTTTCAAAAGTGTTGTATGTTAATGTAGCTGTTATAACTTTGTTGGTGGGTTTTGGCGAATTTGGGAGATAATGTAGGGAGGAGGATATTGTATACTTCGTATATCTGAAATTTCAGGGTATTAGAATCAGCCTAAGTTTTTGCCAAAAAGGGAAAAAAAATATCAGCGTAAGTTTGAGAATCCTCAAATTGTTAGTTGACATTTCTTGGTTACTGAGTTGCATTTTGTCTATGTAAATTGGTTTAGTGATTTCCTGGTGCAGGAAATTTCATTTGTGGTTCCCTGCTTGTGATTTTAAACTGAAGTTGATTTCCAGTGTTGGATTTTGGTGAAATTTGGAATGATGTAGGGGGAATAATTACAACCAACCTTCATTTTCTACTTTGTCCTAATTCGAGCGAGTTGCTAAAAGTTTTATGAACACTATATTTGGTGGGGGTTGCCTCATTTTCTACATTAATTCTTAGATGGACTTGGTCCACACTAAATTTATTGTGGACTATGCCTTAAAATAAAGTCAACAAGTTGTTCCGAATTTATTTTGGCATTTTATTAGGATTATTATGAATTTTTTTTAGCAAATTAGTGTCGTTATACATGTTGTACAGTTGTACTTGGATAATGTGATATTAAGTCACAATTCGCTTTTAAAAATATAGGGTTACTATGCTTCAAAAAATGGTTATTATGTCTAAGAATTTTGGTGTTTAATTTATTATAGTTACTATAAGAGCAACAAAAGTCACTATGAGTGTAAAAAAGGTGCTAGATAAAACTATTGATTTTGGTTCTACACTAATATTATTGTGGACCAGGTCTACGCAAGAATAATCCTTCTATCTATTCTCTCCTTATTGTAGAGCTCTGTTATAAAAAATATCACCAGAGCGAGTTGCCAAAGGTTCTATGAATTACTACCTCTGTTTTCTTGTTCTAGTAGCTACTGAAACCAAAGAGAACCTAAAATTGGGACCACCAAGTGGATACTTTTACATGTAAGAGTAAAGACTAACAAAATTATTAAATATGATTAAGTCTCACGAGATGATAAAGTACGAATAATAGGTTGACATAAATTGCTGCAAATCCATGTATGCGAAATATAAATCCTGCAAATAAAAATCTGATCCTCGAAATTAAATATGATCCTCCAAATTGAATTTAGATCTCACAAAAACAAGTCTGATCTTGCATGAGATTTTACATATTGAGTTGAATTCTATATCTAGTAGGGTTCCCCATAACCTAGTTTAGTTAGAGTTTTATTCGTATTTGGTCTCTTTTTCTTTTTAATAATTGTAATTAGTTTAGGATTCGTTTTTAGCGAAACCGATTTCTACTCGTTTTAGGATTTATTTTGTAGAATTCTATCTTTCTGTTTAGTTGATTGTTTCCAGGCTATCCTAGGGTCATTAGGACTCTATTAGGCGTGCTTGTATGCCTATAAAAAGCTGGTTTATTTCTAAATAAAAAAAAGGAGAGTTGAGTTATATGAAAAATAGTCAGAGCATTTTGCTTGATTTCAGTTTTGTGCCAAAAGTACACTTACTGCGATTTGTGTTCTATTTTATTGACTGCGATCGATAAGAATCCCTTAATTCCTGCAAGAGTTGAGAACTATCCATGTTACTTTCTATTGGGTCCGTCTACCTAAATCAATATAATTAAAAGTGCGTAGAACATAGGAAATCAAAACATAAAGTGAGTAGAGCTTAGGAAAACAGAGGAGGTACTTTATTTGGTAGGGGGTGTCAATTGGAGGCCTGGTCCTGGAATAGGATATATATTTCATATTGAGAAACCCGCAAAAGATTGAGTCATTTGGAACAGATAAGAACCAATTTGTGCTCCATTATTGAAAATTATCCTAGTACACGACCCGGTTATTGAATAGCGTTCAATTTAAGTTGTTGGATAAATTAAACAATTAGGATTGTATAGCTCAAAGATAACAATCATGCATTTTTATTTACCTCAATTACATGAACATATAGTTCAGAGATTACAAATATATACTCTCTTCATTCCTTAATATTCTACACACTTTTTGTAGATTCTTGTTTATAGGAAAGTTAGTAATATGTTAGTTGTGGTAAGACAAATATGGATTATGTAAGAGAGATATAGTATAAAGATGAGTGTAAGGAAAACATCGATAAAATAAGAAAGAGTGTGGAAGGGTGTAAATATTTTAGGGAAAGATGAGTAAGATGATAAAAGGTGATTTCCAAAATAGAATAAAGTGGAAGTGAGTAGAACAATACGAAGCACCCCAAAATGGAATGAATACAATATTAAGGTAGGAGGGAGTAAGTTTATTATTTGTTTTTAGTGAGTATCATTTACTTCAGAAAAGTTATGAAAATATATCAATGCACTTTATTTTGTGCCAAAATCATAAAATTCCTAGTAACATCGATTATGCCCAGTGTTTAGAAAAGTGCGGCTAGGCAATAGGGGTCCTGCTCTTTTTTTTTTTGGGTCTAGGCAAAGTGATTTTGATGATCCCACCAAGACGCTTTACTTCTTTTCACAGAACTTTACTTTTTTTTTATTAAGGAATAAGGCCCCGTTTGGTTTGGTGTAAAATGTTTTCAGTGTAAAGTGACTTTCCATGTAAAACATTTTCCAAGAGAAAACACAATTCCAAACTAGTTTTGTGTTTTCCTTTGTTTGGTTCCTTAAAGAATATGAGAGAAGATGGTGAAGATTGAGGGGAAGAAGGAGAGGGAGGTAAGGAGGAAAGGTGGCAAAGTGGTTTCCCTCCCTTTCAAATGGAAAAGGTTATTCCACCTTTGAGAGAGTTATGGAGAATTGTTTTTCATTCCTTGTCAAACCAAACAACGTAAAATGATTGAAAAGGGGAAAATCGTTTTCCACGGAAACGTTTTACACCCTACCAAACGGAGCCTAAGTGCGCCTCACTCCAACGAGGGTCGCAGGGGATCCCAATTCCCTTGGTGCACCTTGAGCGTTTTTATGCACTGATCATTCATCCATGTTGGAAGTAATTAAAATACTGGACAAAGAAGTAGCAAATATGTTCTTAATTTTTGGACATATGTTCATCCAAGCAAACTGCGTATCATGGTTCGTAGTCCATGATATAATAATTGCTTTATAGGTACTGGCCACACTAGTCTTTTGAATTCTTGCTCACAAGGTTTTTGGAATCTAGGTAAATGACTAATCATGTAATTTTGTTGGGTATGTATTTCTCTATTACATTTTTTTTGATATTTTATATCTGTAGAATTCAAAACCTTTACTTGGTAGTTGGTAAGCATCAGTTGTCTTGTGTAGTCAGACCCCCAAACCTTGCATAACAAATTTTATACAACCTCTAAGTTTTGGGAGCGACTAGTGTACTTAGCTTCTCTCTGGTCTCATGTTAAAGGGGCATTCCCTAACATGTTCCTTTGTGATGTATTGCGAGTATGGAATACTTTTTTTTTCTTCTTTTGTTTTGATATATAGTGGACTTCTCGTCCTCCTTCGTATGCATTCTTTTGCTGGTATACTTCCATTTTTTCTCAATACGTGCATCATTTGACTGGACACGCTTAGCTGATGCACACCTTTCACCATTAATATCGTATTTTTGGCAATTAAAATGATATGTTATTACCAAATAGGAAGTGATTACATGTAGCAACAGCTAATTCCAACAGAGCACCGTTTACAACCAAGGATATTAATGAACTTTGCTAAGGCGTCAGTATGGATAACCCCATACCTTCTGGGGTTGAGTTATCCAATCATCATTTACAGCAAAAAGATCAATACAAAACCAAAAGAACTCAAGCTAATTCATAAGTAGCAGCTTCTGAATGTCAGTAACTTTACAAACTTACTCTGAATCTAATATCCTACATCAAATCTGAAGGACTTATGCATATGTGGTTAAACACTTTCTCATTTCTGTGGATCTGGATCCAACTGCTGTACATACTCGCAGCATTCAGCAAGAACATCATCAGCAAGTTGAATCTGTCTCCTACCCTTTTAGAGGTCCTGATTACCCACTGTAATCTTGATCAAATTGAGCAGGGTTCTACTGAACTGCAGGCAGTTAAGCACCTTACTCCAAACTGCTGAAGGATAGCAGCATTCAAAAAACAAATTCCCTATTGGTTCAGGATATCTGGAACACAAAGAGAACAGTTAACTGTTACAACTTCTTTATAATTATCCTATCCAAAGTAGGCAATCTCTTTGGCGTAGCATTGTTATTACATATCAACCTTCTCCATGTGACCTTTTCACAACTGCAGACTGCCTATAAGTTTCTGATACATGCTCT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ATGGTGAAAACAGTAGTGGGAGAAGAAACCCGCCTTCAATTAGCCGAAGATCGTCTTGCTCAATCCGCAATTCCTGCGCAGGTAGGGTTAGTGATAGGCAAGCTCAATTCCAAATTAGATCGAGGGTTTATCTTTGATTTAGTGCCAACACCACCAAATGATGCCGGAGATCCCCCATGTTCCATCACTGACCCTCTCAAAGGTGGTGGCGATAAGAAGAAAGGTTCAAAGCCCAAATCTTCTGTCGATTCTTCTTCACTCGCTATCGACAAGGATTGGGTCACAGAGCACGCTCGTCAGGTTTCGCGGTTGCTGGTAGGCGGTGTTAAGGTCGTTGGTATATATGTATGGGTTGGTGAATCTTCCTTCAAGAATTCAACTTTAGCACTTTGCCAGACTGTTAAGGGAGTAGCAGATGCAACACCATTATTGGAAAATGGTTCTGATGAAATGTTGCTTCTTCACTTATCTTATAGCCCTAGAAGGTGGACATGTCGAAATTGTTCCGTGTCTTCAAATATAACATCCAGTAGCCTTCGACCTTGTGATTTTAAATTGGGAAGGGTTCTAAATTCCCTCCAAACTTTTCGGTGCATCTACAATTTTTTTATAAGGTGGCCAGTTTATCGTGAAAATCTATCAAAAGCCAAAATGTTGAATGATGTCTTGCTTGATGGAATTTCAAATCATGTCAAGGAGTTAAAAGGAGCAAAAGCAGTCATTGATGGTAATTTGGTTGACGTAATTACGGATGAGCCTTGCACATCTGGTGGCGTGCATGAAGTTGAAATGCTTTTGCCTTTTATGAGAGACGCGTCATTGGAAGCCAGCAGCCAAAAGGGAGTTGTTGGTATTCTCGTCTATTCTGGTACAGTGTGCTCATATTCATATCTAAACTCAAAAGAATCTATTTCACAAGCAGTGGCTGATATAAAGGAAGATATCATCAGGAGTTTGAGAAGTAGATTGGATATGATCTCCGATGAGGCTGATAGGGAAACTGCTGGAGCTTCTAAAAATGGTTCTGAAGCAAACATAGAGACGTCCAGCATAGAATCTATCTACCAGATTATCCACCAACCCTTGAGAAAGCAATGCATACTTCCATTTCCACAGAGAGTCTTCATACCTTGGCTGGCAGGCACTTTCATTTGTGACTATCTTTTGCCAACTGAATGTTTTGAG MVKTVVGEETRLQLAEDRLAQSAIPAQVGLVIGKLNSKLDRGFIFDLVPTPPNDAGDPPCSITDPLKGGGDKKKGSKPKSSVDSSSLAIDKDWVTEHARQVSRLLVGGVKVVGIYVWVGESSFKNSTLALCQTVKGVADATPLLENGSDEMLLLHLSYSPRRWTCRNCSVSSNITSSSLRPCDFKLGRVLNSLQTFRCIYNFFIRWPVYRENLSKAKMLNDVLLDGISNHVKELKGAKAVIDGNLVDVITDEPCTSGGVHEVEMLLPFMRDASLEASSQKGVVGILVYSGTVCSYSYLNSKESISQAVADIKEDIIRSLRSRLDMISDEADRETAGASKNGSEANIETSSIESIYQIIHQPLRKQCILPFPQRVFIPWLAGTFICDYLLPTECFE Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Homology
BLAST of Spo11666.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902150514|gb|KNA05425.1| (hypothetical protein SOVF_190480 isoform A [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 784.6 bits (2025), Expect = 7.900e-224 Identity = 395/395 (100.00%), Postives = 395/395 (100.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11666.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902150515|gb|KNA05426.1| (hypothetical protein SOVF_190480 isoform B [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 773.1 bits (1995), Expect = 2.400e-220 Identity = 395/414 (95.41%), Postives = 395/414 (95.41%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11666.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731362062|ref|XP_010692696.1| (PREDICTED: protein odr-4 homolog [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 616.3 bits (1588), Expect = 3.700e-173 Identity = 316/395 (80.00%), Postives = 339/395 (85.82%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11666.1 vs. NCBI nr
Match: gi|728840381|gb|KHG19824.1| (Protein odr-4 [Gossypium arboreum]) HSP 1 Score: 527.3 bits (1357), Expect = 2.300e-146 Identity = 263/397 (66.25%), Postives = 323/397 (81.36%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11666.1 vs. NCBI nr
Match: gi|823228081|ref|XP_012446814.1| (PREDICTED: protein odr-4 homolog [Gossypium raimondii]) HSP 1 Score: 524.2 bits (1349), Expect = 1.900e-145 Identity = 262/397 (65.99%), Postives = 322/397 (81.11%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11666.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9QDT2_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_190480 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 784.6 bits (2025), Expect = 5.500e-224 Identity = 395/395 (100.00%), Postives = 395/395 (100.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11666.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9QFS6_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_190480 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 773.1 bits (1995), Expect = 1.600e-220 Identity = 395/414 (95.41%), Postives = 395/414 (95.41%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11666.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8E943_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_1g021900 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 616.3 bits (1588), Expect = 2.600e-173 Identity = 316/395 (80.00%), Postives = 339/395 (85.82%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11666.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0B0P6V2_GOSAR (Protein odr-4 OS=Gossypium arboreum GN=F383_07737 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 527.3 bits (1357), Expect = 1.600e-146 Identity = 263/397 (66.25%), Postives = 323/397 (81.36%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11666.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0D2S6D1_GOSRA (Uncharacterized protein OS=Gossypium raimondii GN=B456_009G226700 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 524.2 bits (1349), Expect = 1.300e-145 Identity = 262/397 (65.99%), Postives = 322/397 (81.11%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11666.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: ODR4_MOUSE (Protein odr-4 homolog OS=Mus musculus GN=Odr4 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 79.7 bits (195), Expect = 7.800e-14 Identity = 99/415 (23.86%), Postives = 179/415 (43.13%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11666.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: ODR4_HUMAN (Protein odr-4 homolog OS=Homo sapiens GN=ODR4 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 75.1 bits (183), Expect = 1.900e-12 Identity = 99/417 (23.74%), Postives = 181/417 (43.41%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11666.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: ODR4_DICDI (Protein odr-4 homolog OS=Dictyostelium discoideum GN=DDB_G0283829 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 74.7 bits (182), Expect = 2.500e-12 Identity = 96/394 (24.37%), Postives = 178/394 (45.18%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11666.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: ODR4_CHICK (Protein odr-4 homolog OS=Gallus gallus GN=ODR4 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 74.3 bits (181), Expect = 3.300e-12 Identity = 85/384 (22.14%), Postives = 158/384 (41.15%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11666.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: ODR4_XENTR (Protein odr-4 homolog OS=Xenopus tropicalis GN=odr4 PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 72.8 bits (177), Expect = 9.500e-12 Identity = 88/395 (22.28%), Postives = 162/395 (41.01%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11666.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT3G28670.1 (oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family protein) HSP 1 Score: 436.0 bits (1120), Expect = 2.400e-122 Identity = 225/396 (56.82%), Postives = 287/396 (72.47%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo11666.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr) Total hits: 5
BLAST of Spo11666.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL) Total hits: 5
BLAST of Spo11666.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt) Total hits: 5
BLAST of Spo11666.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR) Total hits: 1
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
RNA-Seq Expression
Co-expression
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