Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: polypeptideCDSexon Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGCTGTTATCATCTGTTGATTATAACCTCGAGGTTAGGTATTGGATTGTCAGGGAGTTGCTACTTGCGAATTAGTTATATGTGATTAAGCATTTTCCCGTTAGTAATTTCTCGGAAATCGGACGTGAGGGTAGTTTAAGACTTTAAGCCATGCAGTGATTTAGTCGATGAATTCGATCTGTAGGTCTTCCATAGTCAAGGTCGTTAAGACCCCCTTCCTGAATGATTCCATGACTTGTTTTGTATTCAGTATTTAAATTGGACACTCAGACACTTTTATATACGGAGTACGAACTACGGAATATGGAGTATGACACTTCACTTTTTCTGATTCTTTTTTCATTTTACAATGTATATTTTCTTGTTTATAAAAAATGTTGTCAGAAGGATTATTTCAGATATAATCAGCCAGCAGGCCCAGTAGTAATAATAACCTTTGAAGAAATATTTTGGGTAATTTTTGTTCAAACATTACAGAAGATGCTTCTAGCTATTTACTCCGTAATTTTATCCAATCTTTTTACCAACGAGTACCTCAGTCTTTTTTTGTTGTCGTCACTCTGGCAATATAGCCTGATCCAGTCTTTAAAGTTCTTATCTACTGTAAACACTAACAGTCGACATCAATTGCGGTTAAATAAGTACTTGCAATTGATCATCAAAGTATATTACCTGTACCAAGCTTTATTATAAGTGTAAACAACCTAAGCATTTGACTTTTGGAAACCAGAATGAAGGAGAAAGTGTTAAAGTGGCACACGCTACATTGATAATTCTGGGTTTGACTTTTTTTGGTCATCGCCGGGAGCTTGAGACGCCATTATTGTCCAAGTATTGAAACTTCTAATTTTCTAATCCATTATTTTTCTCTGTTATCATAGCCATATGACCCTGTTTTATGACTTTTTTCGGGTGTCACCCTCAGTATCCTATTCATAAATTAGCGTATGTATATTATGTTTTGATATAGAATAGAATTATACCAAGTACTATTGATCTACCTAGCATTAGACTATGTTCAGGCCGAACTAACCCATCTTGACTGGCATTAGAATTATTAATATTATTAAGAATTTCAATGTTACAAGTTTTGTTGTAAGTCATTATTAGTATGAGTTATCATGATATAAATTAAAATGACATAATTAAGATGTTGTCATTAAGGAAAGATAAACACAGAAACACAGACTACACTAGCTTTATGCTTTCATGTGAACGAGCCAAGTTTTCCACTTACGCAACTTGGTTCCACCACGTCGACAATCGAATGGGAAAGAATTGTAAAATGGAAATTGCCCCCACCCCCCACAGCCCACAGGTCCACAATCCCCACTTGAATGATACAGTAAATACCATCCAACTAGCCATTTTCGTGCCATGGCATACTTTTCTTTGGTCTAACCATACATATCTAGTTAGTCTTGGGTTTGGTTACTCAATATATGTAAGATAAGTGAAGTATATGTGAAAGTTTTCCCTATTAGATCTTTGTAAGATAACAATTGCTTATGGATCACGTGAAGAACCATTTGCAGCAGTACGATTCCATCTAGCCACTGACTACTAATCCTCACTTGGATATTCCATCGGCACTCTGTAGTCAACAAGATATAAATCATTTCGTCGACAACAATTTCTCTTATTTTTGTCTCTGTTATTTTTGACAACTTAGATAGCAATTTGAGATAACACTGGCCTAGTTTTCATGTAAAGAATCCATGTTTTTACGCATCAAAGAACATGATTTCCATCATGTACAAAATTATGCCATAGTTTGGTTATAGCAAAGTCTTACACGTACAAAGTACCTATATAAATCCGTAATTTTCCTATATAATTGTTGCATTATGTTAGGTTTCCTATACGAAGTTGCACCGCGTTACCTATAATTGCTTCAGAATTACTCTAATACCCTCCGAAAGAAAGAACATCCTTCTCCCCAGTCCCACCCATTTGTTTAGTTGACTAGTATCCTCTGTAGTCAAAGTCCACTCAATTCTTCCACTCCTTGTTTCCTCAACCATCCATCCAATTATCCAAACCCGTAAACCCAACATTAAATATCTCTCCTCTTAAATTAAAACTTGAGAAACTAAAACAGAAAGCACTCTCCATCTTTTTTCTACTTTCCAGCTAAGAAGATGACAACTCTCTTTTCTCACCCTCAACTCCTCCTCCTTCTCCTTCTACCACTCTTTCTCATCCTTTCGCCACCATCCGCCACCGCACAAACACCACCCGTGTTCCGGTGCACCACCAGGTCTACATGTAGGGCACTAGTTGGCTACATCTCGCCCAACACCACTACACTCGGCCACATACAATCCCTCTTCGAAGTCAAAACTCTCCGTTCTATCCTAGGAGTCAACAACCTCCCTCTCAACACCCCATCAAGCTACACAGTTAGAGCTAATTCAACGGTCAGGATCCCTTTCCCTTGCCGCTGCAACAACGGTACAGGAATGTCTAACCGTGTACCTCACTACACTGTAGTACAAGATGATGGGCTCTTCCACATAGCTAATCAGGTGTTCTCGGGTCTACTGGATTACAATCAAATCGTGTCCGTTAATCGCATCAGGGATCCTAATCTTATCTACGTGGGCCAGAAGTTGTGGATCCCACTTCCTTGCAGTTGTGATGACGTGGATGAAAACCCGGCGGTTCATTATGCACACGTGGCCACGGTTGGGAGTACTGTAGGTCAGATTGCGGCAGAGTTTGGGATGAGTTCGGAAAGTTTGATGAGAGTGAATGGTATTTCTGATCCTAGGAGCCTCGTTGCTGGCCAAGTTCTTGATGTCCCAATTAGAGGTTTTTCTTCTAATCCTCTTTCTTTCCCTCCTATTTATTTTCGCCGTGTTCAACTTCATCATAGTCACGTTAATAATGTAGTTTGGCTTAACCTAACAGCTAAATACATAATTGAATCCAATTAAATATTTTACTATTTGTGTATTATGCTCACGTTACAACATAATTATATTATCAATTTTGATCGTTAAAGCGCTCCCAAAATGAACAAGTATGCAGTAAAATAACTATCCTTAGAATCTTCAATGCAACATTTAGGAAAGTGATTTTAACTCACTCGTTGTGTGAGCACTCACTTTTATGCTCTACTCAAATAAAATGGTTTTATATATATTTAATTATTTATGTCATGAGAAGAAAACATAGTAATTGACACATGACACAAGAAAAACAAGAATTATTAAAAATTTGGTATCCATTCATTTTTTTCACTTTTAAAACTAGTGTTACGGACAGATTCGAATTTGAGCATAAATGACAAGTAGAAAAATAGTTCCGAGTTTGGATTTTGTAGTCAGAAAAAGCCTGCTATAAATAATGCAATGCACCCATGGGTTTGCAAATTGCTTGTGCACGTGCTTTGCTCATGAGCTTTGCCTACTCTGTTCTTAATTTCAAATATCTCTACATTAAACAACAACCAAATTGGGCCATAAACAATTATTCAAGGTTTAGCAGCGGCAGTAGTTTGTATATAAATATCACTAGTAGTATTTGACTTTTATGTTTGTATGATGGCATGGTGCTAAGAAAAAGAGGACCACATATTTTTGAACATATATTTTAATATTTAGGCTATGTTCTTTAGCGGTAAACAAATTGAATAACAAATACGAAGTAGTAACTAATAATAATAAATTAATAATTATAAATTATGAATAATTAACATGATAATAATAAATAATCATAAATAAATAATTATAATGATAATAAATAAAGAAATATGGAGTAATAAATAATAATAGTTATATTAATAGACTTAAACTGACTGAACTGAATTTAACCAGAAAAGGAAAGGGCTTACACAAAAAGTACTATGTATAAAGTATGTCAAATATGAGCTTGGTAGTCGGTCTTAGACATTTTGTGTATTCTAGAGGAAATAATTATGGACCTCTAATAATAAAACCAAACCTAGTATAGTGAGTTAAGATAAAGATTGGGGTCCAACCTTTTGGTTTTTTCACCTTTAAGGACCTACACCTTTTTTTTTCACCCTTTGGGACCTCAATTTAACTTTCCGGCCATTTAACCTACCTTTAACTCACCGGTGGTTAATTTCTTGTTCATAAATTTATAAATGGGGTCCAATTTTTTTTATTTTTTTTATGAGAATTTAGTAGTACTAAAATTTGTTATATTGGTGAAATAATTTGATGTATGCAGAAAACTATGTTAAGTTAGTGTATGAATTTATTGAGATAAATAGAGCAATTGTGCGTTTGTACCTGTATTATTTTCTTGTTCTTAAAATTATAAATGGGGTCCAACTTTTTTTTTCTTTTTTGCTTTACAATTTGCATGTACGAGTACATCTGCATTATGCTATTTCAATGCCCCTAAATCTATGCAGATGCTCGTAATTATGATTGCAAAAAATTACTCCGTATATGATAACATTGATTAACCAAACCTTTATATAGGGACGCTTAATAAATAAAAAAATTCACGTTATTCTCAAAATTTAGAGTCATTGTGCTATTATATAACGAGACCCCAAAAACTCAAAGAAACAACTACAAATTTTAAAGCATATAAAAATAAGGTACTAATATCTCATATGAATAAGAAACGTCACTCGTCTAATTTCAAATCTTGTTCAATTAAACTTTGTCTAATACTCCGTAATTATTTAATTTTTGCATTTAAATTTAATTCGCAGGGCAAAAAAAATATAAAATCGTTTTGTAAGAAAGGGAAAAAAACATGAAAGAAACCATAAATAAATTAAGAGATTAGAAAAAAGAAGTTAAAAAATAAAACAATTTTTATAAAGTTCATTAGATGGGATATAATGCTTCCCCACGCGAGTACTCCATAACCACTAAGCTGCTATGCATTTTATTGTTACCAGCATGATTTAATTATATACTTAATTTATTTCTTAATATATTTTTTCATTTTTTTTTTCAAAAATAACGAGATTCTCTTTGGACCCCTATAAAACCATACAGGTCTAC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ATGCTGTTATCATCTGTTGATTATAACCTCGAGGTTAGAAAGCACTCTCCATCTTTTTTCTACTTTCCAGCTAAGAAGATGACAACTCTCTTTTCTCACCCTCAACTCCTCCTCCTTCTCCTTCTACCACTCTTTCTCATCCTTTCGCCACCATCCGCCACCGCACAAACACCACCCGTGTTCCGGTGCACCACCAGGTCTACATGTAGGGCACTAGTTGGCTACATCTCGCCCAACACCACTACACTCGGCCACATACAATCCCTCTTCGAAGTCAAAACTCTCCGTTCTATCCTAGGAGTCAACAACCTCCCTCTCAACACCCCATCAAGCTACACAGTTAGAGCTAATTCAACGGTCAGGATCCCTTTCCCTTGCCGCTGCAACAACGGTACAGGAATGTCTAACCGTGTACCTCACTACACTGTAGTACAAGATGATGGGCTCTTCCACATAGCTAATCAGGTGTTCTCGGGTCTACTGGATTACAATCAAATCGTGTCCGTTAATCGCATCAGGGATCCTAATCTTATCTACGTGGGCCAGAAGTTGTGGATCCCACTTCCTTGCAGTTGTGATGACGTGGATGAAAACCCGGCGGTTCATTATGCACACGTGGCCACGGTTGGGAGTACTGTAGGTCAGATTGCGGCAGAGTTTGGGATGAGTTCGGAAAGTTTGATGAGAGTGAATGGTATTTCTGATCCTAGGAGCCTCGTTGCTGGCCAAGTTCTTGATGTCCCAATTAGAGCTTGTAGTTCAAGTGTGAACAGCAGCTCCCCTGACTCCTCCATGCTAGTCGCCAACGGCACTTACGTATTTACTGCCAACAACTGTGTTATGTGCAGTTGTGCCGCCACAAATAACTACACGCTGCAATGTCAACCATCAGGACTTAGAGCAGCAAATTGGCCTACATGTCCTGCTATGCGATGTCCTAATTCAAATTTGTCACTTGGTAACTCGACTGCTCCATCTAGCTGTGGTCGCACAACTTGTGCCTATGCTGGTTACAACAGACAAACCATTCTAACAACCCTTGCTGTTGAAAACACTTGTCAGGCCCCAGGATCGACTGGTGACAGCAACCGAGCTCCGGTGTTACATTCAGAGATTTCTGTGATTCGTTTATACTTGGAAATCTTATTGTGTGTTGTACTACATTACAACTTTGATTTTGTTTTTCTTTACTGGAATGATGAAAATGATGATTCCGAATCATATGTTATTGTGGGACAAAGAACTTCTTCCCAGACGAAAAGCTTACCCTGCAAAAACAAAACGAAAATTCAATCTCTGAGAGAAACTTCGACATTAGAACCGCTTCCCCCGCAATTTCTTCATCCTTCACTCTCATCCTCCCTACAAAATCCACCAAGGTAG MLLSSVDYNLEVRKHSPSFFYFPAKKMTTLFSHPQLLLLLLLPLFLILSPPSATAQTPPVFRCTTRSTCRALVGYISPNTTTLGHIQSLFEVKTLRSILGVNNLPLNTPSSYTVRANSTVRIPFPCRCNNGTGMSNRVPHYTVVQDDGLFHIANQVFSGLLDYNQIVSVNRIRDPNLIYVGQKLWIPLPCSCDDVDENPAVHYAHVATVGSTVGQIAAEFGMSSESLMRVNGISDPRSLVAGQVLDVPIRACSSSVNSSSPDSSMLVANGTYVFTANNCVMCSCAATNNYTLQCQPSGLRAANWPTCPAMRCPNSNLSLGNSTAPSSCGRTTCAYAGYNRQTILTTLAVENTCQAPGSTGDSNRAPVLHSEISVIRLYLEILLCVVLHYNFDFVFLYWNDENDDSESYVIVGQRTSSQTKSLPCKNKTKIQSLRETSTLEPLPPQFLHPSLSSSLQNPPR Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Homology
BLAST of Spo11780.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902204719|gb|KNA14950.1| (hypothetical protein SOVF_102650 [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 693.3 bits (1788), Expect = 2.800e-196 Identity = 346/360 (96.11%), Postives = 353/360 (98.06%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11780.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731357526|ref|XP_010690258.1| (PREDICTED: lysM domain-containing GPI-anchored protein 2 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 490.0 bits (1260), Expect = 4.700e-135 Identity = 240/360 (66.67%), Postives = 292/360 (81.11%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11780.1 vs. NCBI nr
Match: gi|743792694|ref|XP_011045133.1| (PREDICTED: lysM domain-containing GPI-anchored protein 2-like isoform X3 [Populus euphratica]) HSP 1 Score: 357.5 bits (916), Expect = 3.600e-95 Identity = 187/351 (53.28%), Postives = 245/351 (69.80%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11780.1 vs. NCBI nr
Match: gi|743792688|ref|XP_011045116.1| (PREDICTED: lysM domain-containing GPI-anchored protein 2-like isoform X1 [Populus euphratica]) HSP 1 Score: 356.7 bits (914), Expect = 6.200e-95 Identity = 188/351 (53.56%), Postives = 244/351 (69.52%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11780.1 vs. NCBI nr
Match: gi|359474985|ref|XP_002278760.2| (PREDICTED: lysM domain-containing GPI-anchored protein 2 [Vitis vinifera]) HSP 1 Score: 355.1 bits (910), Expect = 1.800e-94 Identity = 181/338 (53.55%), Postives = 247/338 (73.08%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11780.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9R613_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_102650 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 693.3 bits (1788), Expect = 1.900e-196 Identity = 346/360 (96.11%), Postives = 353/360 (98.06%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11780.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8BMS1_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_9g212820 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 490.0 bits (1260), Expect = 3.200e-135 Identity = 240/360 (66.67%), Postives = 292/360 (81.11%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11780.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: F6I0V8_VITVI (Putative uncharacterized protein OS=Vitis vinifera GN=VIT_03s0038g03220 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 353.2 bits (905), Expect = 4.700e-94 Identity = 189/383 (49.35%), Postives = 265/383 (69.19%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11780.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: B9H1Q9_POPTR (Uncharacterized protein OS=Populus trichocarpa GN=POPTR_0004s19420g PE=4 SV=2) HSP 1 Score: 353.2 bits (905), Expect = 4.700e-94 Identity = 188/351 (53.56%), Postives = 241/351 (68.66%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11780.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: D7U4X7_VITVI (Putative uncharacterized protein OS=Vitis vinifera GN=VIT_03s0038g03210 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 348.2 bits (892), Expect = 1.500e-92 Identity = 182/320 (56.88%), Postives = 236/320 (73.75%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11780.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: LYM2_ARATH (LysM domain-containing GPI-anchored protein 2 OS=Arabidopsis thaliana GN=LYM2 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 297.7 bits (761), Expect = 2.100e-79 Identity = 168/355 (47.32%), Postives = 225/355 (63.38%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11780.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: CEBIP_ORYSJ (Chitin elicitor-binding protein OS=Oryza sativa subsp. japonica GN=CEBIP PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 241.1 bits (614), Expect = 2.400e-62 Identity = 153/369 (41.46%), Postives = 209/369 (56.64%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11780.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: LYM3_ARATH (LysM domain-containing GPI-anchored protein 2 OS=Arabidopsis thaliana GN=LYM3 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 163.3 bits (412), Expect = 6.300e-39 Identity = 112/325 (34.46%), Postives = 174/325 (53.54%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11780.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: LYM1_ARATH (LysM domain-containing GPI-anchored protein 1 OS=Arabidopsis thaliana GN=LYM1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 160.6 bits (405), Expect = 4.100e-38 Identity = 110/328 (33.54%), Postives = 165/328 (50.30%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11780.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT2G17120.1 (lysm domain GPI-anchored protein 2 precursor) HSP 1 Score: 297.7 bits (761), Expect = 1.200e-80 Identity = 168/355 (47.32%), Postives = 225/355 (63.38%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11780.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT1G77630.1 (Peptidoglycan-binding LysM domain-containing protein) HSP 1 Score: 163.3 bits (412), Expect = 3.500e-40 Identity = 112/325 (34.46%), Postives = 174/325 (53.54%), Query Frame = 1
BLAST of Spo11780.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT1G21880.2 (lysm domain GPI-anchored protein 1 precursor) HSP 1 Score: 160.6 bits (405), Expect = 2.300e-39 Identity = 110/328 (33.54%), Postives = 165/328 (50.30%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo11780.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr) Total hits: 5 Position : 0 Zoom : x 1
BLAST of Spo11780.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL) Total hits: 5 Position : 0 Zoom : x 1
BLAST of Spo11780.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt) Total hits: 4 Position : 0 Zoom : x 1
BLAST of Spo11780.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR) Total hits: 3 Position : 0 Zoom : x 1
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29 Position : 0 Zoom : x 1
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
RNA-Seq Expression
Co-expression
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