Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: polypeptideCDSexonthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGATTTCATTTAACCAAAATGTCTCTCTCAAAACTTTGGAGTTCCCCGCGCTCAACTCTTCCCTCAGTTTTCAATTCCCTCCGTCGTCGTCGAACTTAGAGCTTGCCCGGTCCTGCGCCGCCGTCGAACTCAGCTTGCTCGGATCCGCCGTCACTCTCCTCGTCGGTGAGTGTCTTTCCTCGCTTCCTCGCCACCCGTCGCGTCCTGTACGTTCTCCGCGCTGAACCATGACTGACATAGTCGCTGAAAACTCAGCTAGCTCGGCCGGTGGTTCCAAGAAAGAACGATCTGTTCTTCGGTGCTTGCTCGGCCGTCAATCTAATCGCCACAACAAGTAATTCTCTTCCTGTCCCCTTTTGATTTTCGTTTTCAGAATTAGGGTTTGTACAATTTTTTTTCTTTTGCTAGTTGTTCAATTCGTTCTAATTATATTCAGAATTTTCTCTTTTTCCTCTTAATTTTACTTAGTTGTTCAAGTCATTGCACTTAATTTTTGAAGATTGTAGCTGCCTGCAGGAATCTATCATCGTGCTTGTCTGGATTTCAAAAGTGGTTTTCCACTTTATTCTCTTCTTGTTGAGATTTATTGGACGACTCAACTGATTAGTATATAAATCGCTCAAGTTATTGGTCAACGGCAGCATGTAGAGAAATATTACCGTGTTTACAAAGATGAACAGTAAGTGCGTGCTTATATTCTTGCTACTTTATGCTATTTCCCCTATAACCCTATGGTGGTTTGCTGTCCGTCTTGCATCTCCTTAGCTAGGCGAATACATCAGTGACACTAATAACTAATTTTATTCGCACTTACAGTGTCGTTGTATGTCTATCCGTCAATAGCTTTCATGTACTAATTGTAATTTGCTTAAAATATGCAGTCACCGTTGGTTTTTTTCCAAGGAAGTGAAAAAGGTGGACATGCTGACAGATGACTTGGTATGTCTTTAAATTGCTTTTTATTTACCATAATTATAATTAGCCTTATACATCATGCAAACTAGTCATCTCCTGCTTGTGAAATACCCCCTCGCAAACACAATTATTAAACTGATTTTATTTCTATGTGGAGTTTGAGTTTTCTATGTAGAGTTTTCTCATTTCAAACTTATAACATAATTCATATGATTAGTTTTAAGTTTCCAAGACTCAATCCAATCTATTTATTCACATTTGAGACTTGTTTGGTCGGTATAGGTCATATTTAGGCTAAAATAAGGCATTTTCGCTCCCAATTTTGAACTAGATAACCTAAGGACTCATTTCAAACTTATTACATGATTAATATGCTTAGTTTTAAGTTTTCAATACTCGTTCCAATCTATTTATGCAAATTTAAGGATAATTGGATCGTTATAGGTCATATTTAGGCTAAAATGACATTTTCGCTCCCAACTTTGAACTAACGAACCTAAGAACTCATTTTAAACTTACTACATGATTCATATGATTAGTTTTAACTTTCCAAGACTTAATCCAATCTATTTATGCACATTCGAGACTTCTTTGGCCGTTATAGGTCATATTTAGGCTAAAATGACATTTTCACTCACAACTTTGATCTAACGAACTTACGAACTCATTTCAAATTAATAACATGATTCATATGATTAGTTTTAAGTTTCCAAGACTCAATCCAATCTATCTATGCACATTTGAGACTTGTTTGGTCGTTATAGGTCATATTTAGGCTAAAATAAGGCATTTTCGCTCCCAATTTTGAACTAGATAACCTAAGTACTAATTTCAAACTTATTACATGATTAATATGCTTAGTTTTAAGTTTTCAATACTCTTTTCAATCTATTTATGCACAGTTAAAGATAATTGGATCGTTATAGGTCATATTTAGGCTAAAATGACATTTTTTCGCTCCCAACTTTGAACTAACGAACCTAAGAACTCATTTCAAACTTACTACATGATTCATATGATTAGTTTTAACTTTCCAAGACTTAATCCAATCTATTTATGCACATTCGAGACTTCTTTGGCCGTTATAGGTCATATTTAGGCTAAAATGGCATTTTCGCTCCCAACTTTGAACTAACGAACTTAAGAACTAATTTCAAACTTATAACATGATTCATATGATTATTTTTAAGTTTCCAAGACTCAATCCAATCTATCTATGCACATTTGAGACTTGTTTGGTCGTTATAGGTCATATTTAGGCTAAAATAAGGCATTTTCGCTCCCAATTTTGAACTAGATAAGCTAATGATTCATGTCAAACGTATTACATGATTAATATGCTTAGTTTTAAGTTTTCAATACTCGTTTCAATCTATTTATTCACATTTAAGGATAATTGGATCGTTATAGGTCATATTTAGGCTAAAATGACATTTTCGCTCCCAACTTTGAACTAACGAACCTAAGAACTCATTTCAAACTTACTACATGATTCATATGATTAGTTTTAACTTTCCAAGACTTAATCCATTCTATTTATGCACAATCGAGACTTCTTTGGCCGTTATAGGTCATATTTAGGCTAAAATGACATTTTCGCTCCCAACTTTGAACTAACGAACTTAAGAACTAATTTCAAACTTATAACATGATTCATATGATTATTTTTAAGTTTCCAAGACTCAATCCAATCTATCTATGCACATTTGAGACTTGTTTGGTCGTTATAGGTCATATTTAGGCTAAAATAAGGCATTTTCGCTCCCAATTTTGAACTAGATAAGCTAATGATTCATGTCAAACGTATTACATGATTAATATGCTTAGTTTTAAGTTTTCAATACTCGTTTCAATCTATTTATTCACATTTAAGGATAATTGGATCGTTATAGGTCATATTTAGGCTAAAATGACATTTTCGCTCCCAACTTTGAACTAACGAACCTAAGAACTCATTTCAAACTTACTACATGATTCATATGATTAGTTTTAACTTTCCAAGACTTAATCCATTCTATTTATGCACAATCGAGACTTCTTTGGCCGTTATAGGTCATATTTAGGCTAAAATGACATTTTCGCTCCCAACTTTGAACTAACGAACTTAAGAACTAATTTCAAACTTATAACATGATTCATATGATTAGTTTTAAGTTTCCAAGACCCAATCCAATCTATTTATGCACATTTGAGACTTTGGTCGTTATAGGTCATAGTTAGGCTAAAATAAGTCATTTTCGCTCCCAATTCATAACTAGATAACCTAAGGATTCATTTCAAACTTATTACATGATTAATATGATTAATTTTAAATTTCCAACACTCGTTCCAATTTATCTCTGCACATTCGAGACTTCTTTTGCTGTTATAGGTCATATATAGGCTAAAATGTCACTTTCGTTCCCAACTTTGAACTAACGAACCTAAAAACTCATGTCAAACTTAAATACATGATTCATATGATTAGTTTCAACTTTCCAAGACTTAATCCAATCTATTTATGCGCATTTGAGACTTCTTTGGCCGTTATAGGTCATATTTAGGCTAAAATGACATTTTCGCTCCCAACTTTGAACTAACGAACTTAGGAACTAATTTCCAACTTATTATATGATTCATATGATTATTTTGAACTTTTCAAGACTCAATCCGATCTATTTATGCACATTTGAGACTTGTTTGGTCGTTATAGGTCATATTTAGGCTAAAATGAGACATTTTCGCTCCTAACCTTGTACTAAGGAACCTAAAAACTCATTTTAAACCCTTTACATGATTAATATGGTTAGTTTTAAGTTTTCAAGACTCTTTCCAATCTATTTACGCACATTTAAGTCTCATTGGGTCGTTATAGGTCATATTTAGACTAAAATGACATTTTCGTTCCAATTTTGAACTAAAGAACCTAAGGACTTATTTCAAACTTATTACATGATTAATATGCTTAGTTTTAAAGTTTTCAATACTCATTCCAATATATTTATGCACATTTAAGGCTCATTGGGTCCTTATATGTCATATTTAGACTAAAATGACATTTAATCTAATGCTCCTATGAAATTTTTGTTTTTGAAGGTCTATACTACGAGGAATGCGCCTTATGCTAGCGAGGAAATTGATGTGGTTCCTGAGCAATGGGCTAAGTTTTTTACCAGCAAGTATTTATTATTGGCCTGAGCGCGTTTGATCGAGTTGGCTTAGATGTTATAGAACAATCTTTTATATTAAAATGTATGCGTACGTTGAAATTGGAACGTACATATTTTTGAATGTACTACATGCACTTTGTTTTGGGATATATAATATACAAAACACCAGTTATTGTTTTTATAATTGTTATACAGGTTGCGATATTATTAGCGATATTATTATTGTTGTGACAGGTTTCTATATTTGTGTGCAAGGCACTCCAGATATCCCTAAATAAATTAAAAAATTTCCGCCTAAAGCTCTTTGTTGCAGCGTACATATATATGTACGCTGCAACAAGGGTGTAAAATTTAGCAAAAATCATTACCTGTTGCAGCGTACAAAGAGATGTTCGCTGCAACAGAATGGGTTTTTTGCAGCGTACACCAATTTGTACGCTGTAACAAGTCTAGATTTTGGCTAAATTTTACACACTTGTTACAGCGTACATATAAATGTACGCTGTAAAAAAGCACTTTTCGCAGTGAACAATGTACGCTGCAACAAGTTCAGACTTGTTGCATGCCCCCCAGTTGCAGCATACGATGTACGCTGCAACAGGGGTCTAAAAGCCCGCTGCAATAAGAGTTTTTTCTACTAGTATCCGTATCTTATTGTTCTTGCCTTCTAAGGCTTAATTATCTCCCTTAATAGGTGTAGTGATAATTGCTTGTTGCCTTGATTTTTGGCATAAGAAAAAACGATTGACATTGAAATTAAGTAGCTCAACTAAGGAGTTTATTTATTTGCCGTGTGATTGAATCTTGTAAGCACGTGTGCGGTGGGGCTAAAATAAGCTTAATTGATATAACCGGTTGTACAGTAAAGATTCTATAAAACAAAAAGTTATATAAGGAGTAAATAATTAGTTTTAGGCATCTATATTGCT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MISFNQNVSLKTLEFPALNSSLSFQFPPSSSNLELARSCAAVELSLLGSAVTLLVASSAGGSKKERSVLRCLLGRQSNRHNNHRWFFSKEVKKVDMLTDDLVYTTRNAPYASEEIDVVPEQWAKFFTSNPHFLPLSLKFLSHRSRIFSVNRRRHSLLKMREILHIQGGQCGNQIGSKFWEVVCAEHGIDPTGKYNGTSDLQLERVNVYYNEASCGRFVPRAVLMDLEPGTMDSVRTGPYGQIFRPDNFVFGQSGAGNNWAKGHYTEGAELIDSVLDVVRKEAENCDCLQGFQVCHSLGGGTGSGMGTLLISKIREEYPDRMMLTFSVFPSPKVSDTVVEPYNATLSVHQLVENADECMVLDNEALYDICFRTLKLTTPSFGDLNHLISATMSGVTCCLRFPGQLNSDLRKLAVNLIPFPRLHFFMVGFAPLTSRGSQQYRALTVPELTQQMWDSKNMMCAADPRHGRYLTASAMFRGKMSTKEVDEQMINVQNKNSSYFVEWIPNNVKSSVCDIPPIGLSMASTFIGNSTSIQEMFRRVSEQFTAMFRRKAFLHWYTGEGMDEMEFTEAESNMNDLVSEYQQYQDATADEELEYDEEEEEDYQQ Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Homology
BLAST of Spo12026.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902236350|gb|KNA24349.1| (hypothetical protein SOVF_016490 [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 913.3 bits (2359), Expect = 2.200e-262 Identity = 446/446 (100.00%), Postives = 446/446 (100.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo12026.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731325985|ref|XP_010673793.1| (PREDICTED: tubulin beta-4 chain [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 901.7 bits (2329), Expect = 6.700e-259 Identity = 438/446 (98.21%), Postives = 445/446 (99.78%), Query Frame = 1
BLAST of Spo12026.1 vs. NCBI nr
Match: gi|460240381|gb|AGH08240.1| (beta-tubulin 15 [Salix arbutifolia]) HSP 1 Score: 897.5 bits (2318), Expect = 1.300e-257 Identity = 436/443 (98.42%), Postives = 441/443 (99.55%), Query Frame = 1
BLAST of Spo12026.1 vs. NCBI nr
Match: gi|944074735|gb|KQK10219.1| (hypothetical protein BRADI_2g52790 [Brachypodium distachyon]) HSP 1 Score: 897.1 bits (2317), Expect = 1.700e-257 Identity = 438/457 (95.84%), Postives = 444/457 (97.16%), Query Frame = 1
BLAST of Spo12026.1 vs. NCBI nr
Match: gi|661890154|emb|CDP06213.1| (unnamed protein product [Coffea canephora]) HSP 1 Score: 895.6 bits (2313), Expect = 4.800e-257 Identity = 445/483 (92.13%), Postives = 457/483 (94.62%), Query Frame = 1
BLAST of Spo12026.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9RZJ2_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_016490 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 913.3 bits (2359), Expect = 1.600e-262 Identity = 446/446 (100.00%), Postives = 446/446 (100.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo12026.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8CM93_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_4g074050 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 901.7 bits (2329), Expect = 4.700e-259 Identity = 438/446 (98.21%), Postives = 445/446 (99.78%), Query Frame = 1
BLAST of Spo12026.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: M4PPG3_CHOAR (Beta-tubulin 15 OS=Chosenia arbutifolia PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 897.5 bits (2318), Expect = 8.900e-258 Identity = 436/443 (98.42%), Postives = 441/443 (99.55%), Query Frame = 1
BLAST of Spo12026.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0Q3IX48_BRADI (Uncharacterized protein OS=Brachypodium distachyon GN=BRADI_2g52790 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 897.1 bits (2317), Expect = 1.200e-257 Identity = 438/457 (95.84%), Postives = 444/457 (97.16%), Query Frame = 1
BLAST of Spo12026.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A068UF43_COFCA (Uncharacterized protein OS=Coffea canephora GN=GSCOC_T00022900001 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 895.6 bits (2313), Expect = 3.400e-257 Identity = 445/483 (92.13%), Postives = 457/483 (94.62%), Query Frame = 1
BLAST of Spo12026.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: TBB5_MAIZE (Tubulin beta-5 chain OS=Zea mays GN=TUBB5 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 889.0 bits (2296), Expect = 2.800e-257 Identity = 432/440 (98.18%), Postives = 436/440 (99.09%), Query Frame = 1
BLAST of Spo12026.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: TBB_HORVU (Tubulin beta chain OS=Hordeum vulgare GN=TUBB PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 887.9 bits (2293), Expect = 6.300e-257 Identity = 430/442 (97.29%), Postives = 438/442 (99.10%), Query Frame = 1
BLAST of Spo12026.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: TBB1_ORYSJ (Tubulin beta-1 chain OS=Oryza sativa subsp. japonica GN=TUBB1 PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 887.5 bits (2292), Expect = 8.200e-257 Identity = 432/442 (97.74%), Postives = 438/442 (99.10%), Query Frame = 1
BLAST of Spo12026.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: TBB1_WHEAT (Tubulin beta-1 chain OS=Triticum aestivum GN=TUBB1 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 887.1 bits (2291), Expect = 1.100e-256 Identity = 433/441 (98.19%), Postives = 435/441 (98.64%), Query Frame = 1
BLAST of Spo12026.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: TBB4_ELEIN (Tubulin beta-4 chain OS=Eleusine indica GN=TUBB4 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 886.3 bits (2289), Expect = 1.800e-256 Identity = 431/441 (97.73%), Postives = 437/441 (99.09%), Query Frame = 1
BLAST of Spo12026.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT5G62690.1 (tubulin beta chain 2) HSP 1 Score: 883.6 bits (2282), Expect = 6.700e-257 Identity = 427/446 (95.74%), Postives = 439/446 (98.43%), Query Frame = 1
BLAST of Spo12026.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT5G62700.1 (tubulin beta chain 3) HSP 1 Score: 883.6 bits (2282), Expect = 6.700e-257 Identity = 427/446 (95.74%), Postives = 439/446 (98.43%), Query Frame = 1
BLAST of Spo12026.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT5G12250.1 (beta-6 tubulin) HSP 1 Score: 880.9 bits (2275), Expect = 4.300e-256 Identity = 428/443 (96.61%), Postives = 437/443 (98.65%), Query Frame = 1
BLAST of Spo12026.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT5G23860.1 (tubulin beta 8) HSP 1 Score: 877.1 bits (2265), Expect = 6.300e-255 Identity = 426/442 (96.38%), Postives = 434/442 (98.19%), Query Frame = 1
BLAST of Spo12026.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT2G29550.1 (tubulin beta-7 chain) HSP 1 Score: 867.1 bits (2239), Expect = 6.500e-252 Identity = 424/446 (95.07%), Postives = 435/446 (97.53%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo12026.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr) Total hits: 5 Position : 0 Zoom : x 1
BLAST of Spo12026.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL) Total hits: 5 Position : 0 Zoom : x 1
BLAST of Spo12026.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt) Total hits: 5 Position : 0 Zoom : x 1
BLAST of Spo12026.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR) Total hits: 5 Position : 0 Zoom : x 1
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29 Position : 0 Zoom : x 1
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
RNA-Seq Expression
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