Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: polypeptideexonCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGGCGGAAGGACCCAAAAATCAGATCCAAAATCTCCATAATCAAGACAAAATCCCCTCAATATCTCTTCGCGTTTACCACAGAAGACATCGCCCAAAATTAAACCCCAATTTGCCCGAAGAATTGGTGATTGAAATCCTCAAACGCCAACCAGTTTCATCATTACTTCGATTCATGAGTGTTAGCAAATCATGGTACTCTATAATCACAAACCCGTCATTTGTTTCTGCTCATTTATCTCAGCAATTAAACCCTACCTCCAAAAATGGTGTCACAACACTTTACGGTGTTTCTCGTAAATTTTTCTTGCATAACGTTGATGAACCTTTAGATAATTGGGTTGAAATCGATTCCCCTTTCCGTTTTAAGAGCCTAATTGTGGGTTGTTGTCATGGAGTAATTTGTTTGTTTGATTATTGGTCTAATAATGGTCTTAATCCTTTGATTTTATGGAACCCTTCTATTAGAAAAGCTTTCACCCTCCCATTCCCGATTGTTGTTGAGGGTTTTCGAAATTTTACTTTAGGGTTCGGGTTTGATTCGAGTTCGAAGGATTACAAGGTGGTTAGGGTAAGTTGGAAGTGGGAAAATGGGGAAACTTACCTTCGGGCTGAGGTTTGTAGCCTTAGCAAGGGTGGTTGGAGGAGGGTTAGATCATCGGTTGAGGGCGGGAGGTTTGAAATTGAACGTAGAGGGATTTGTGTGAATGGGGTGATCCATTGGATGTGTAAGATGAGAGTTGGCAATAATGTATTTTTGAAAACAATTTTGGCTTTTAAACTAGCTAATGAGGAATTCGATCTAATTGTATTGCCAAATCCTTTGTCGAGTTTTGTGTTGTTTTCGGTTAGATTAGTCGAGGATAAACTTGCTGTATCGTGTACTGGCGATGGGAGTTATGTATGGGTGATGGAGGAATACGGGGTACAAAAATCCTGGAGAAAGCTTCTTAATTTTCATTTAGGATATAATGTGGGTTCAGTATTAGGTGCTATGGTTGCTGCGGATGGTAAGATTGTGGTCACAACGTCTGTTGGAAATTGGATTTCATGGGATCCCAACAATCAGGATATGAAGAACCTTGTGTTGCCTGTCCTGGAGCCGGATTGCGTGGATACTTTTGTCCAAAGCCTGGTTTTTCTTAGATTCCAAAATCAAGCTCTGTGTTGCAAAAAACTCCCTTTAGAGAAGAAAGAAAGCAGGGAAGAGACTCACAGCACGTAAATATAGGTAATCTTGAAATGTTACACTACTGTTTGTGTTCATAATAAATTTACTTTTACTCCGAATCTTTGTTCAATGCTTATCAGAGAGGACTCAGCCCTTGTCTGATGTCATTCCTCCACACTCATTAAAGCTGTGATTTTTTTTATTTTTTTATACAACTGTGCTTTCGAATGCAATGTGTGTTATATTCTTGATGATTGTTTGTCAAATATTTTTGAGAGACTGGATGATGTTGTTCATATGGACAAGCCGGATTGCGTGGATACTGTTGTCCTAAGCATGAGTCAACCTTTATCCTTTGTGCAAACCATTCATTACTAGCCATTTTTGTTGGGCGAATTCAGATATGTAGACCATGAAGACCTTTACATTGGATTATAGCGTTTTCAGTTTGAATTAATGTTCTAGTGCTGTTGTGGCAAATCTACTTAGTTAATGCCCGTCAAAAAAAAAACAAAACAAACAAAACTTAGTTAATGCCTTTGGATATTACGTTTCTTGTTTTTGTTTTTCATAAGAAAAGCTGCAATTTGCTTGTAGTTAGTCCTGTTAGACTGCCAGTTAATCTCAAAATGGTTCAGTGTGCACAAATTAGCAAGCTATTACTTATGCAATCTTCAGAAATATCTGATTACAGCTCAAACAAATTGGAGCACCAAATTAGCTGTTGCATCTGACTGCAACTAATATAAATGGCCCCTCATTTTAGTGAAATTAGGGGGGCAAAAGTAGAATTAAGAAGAAAGTGAAGCTGGTTCTGATTGTGATTCCGTTATCATAGTTGGTGCGCTGGAGATGCTGGTGTTTACCTTGTTACGTTTGAAGGGGTTTCCAAACCTTGTTATGTTCTGGGGCCTTTCTCTGTTTCTTCAACTTGAAACTTTGAAAGCTCGTGGAAGTGACTGTTATTTTCATGACTAACACTCAATCAAAAGCAAAGATGCCAAACTGTTATGTTTTGAAGGGTCGTATGGAATTTGATGTGAAAATTTGAAGCCAATAAGGCTGGCTTGCGTAATTGAAAGTTTACTTACCTAAATTCCAACACTCCAATGAATACCCGTGACTTATGTTAGAAGGACTATACTTTGTTGTTTGATTTGTCTAATGAACCAACCATGATCTCTCACCTTGCAGATGTATGCTAGACGTAATGGCAGGGGAATGTAGGCAATTCAGTTTGAGGGAAGTTGACATGGCAGGAAGTTTGTTAGAAAAGTAGGAAGTCAGACTTGCTATAGAAGGGGAGGTAAGCTGTACGAGGGATTCATTCAGAAAGTGGGTTGTTTTTTTTTTTTTGCTAGGGAGAGAAGCTGGGCCTCTCAAATGCTCAGTAGTTTTGTAACCTTCACACCAATTATCTATCTAAAAAGTACCGCCCTCCTCTTCTCCAAATATGTTCCTGTTATTTCTTTTCTCTGCTCTTAAATTACTCTGTTCTTCACATTATGATCTGACTTCATCACATTTTGTCATGTAATTATTTGGTGTATAAAAGGATATACGTCCACTGTTTCCCTTTTACTCTGTTCTTCACATTATTTGGTGTATAAATATGGATATACATATCTTTAGGGTAGAATAGGAAGGGAAATTATATTGGCTATGTGTTTCTGTAGAAAATTAACACGCACATTGAAGGTTGATGGTAATATGGTATGAACTAGAATGTCAGATATTTTAAGTGGCAGGAAGTGGCAAATAAGAGACCTTGTTTAATGAATTGGCAATTCTGAAGAGTTGAAGGTCAACAACTGCTGGTTTTCTGTTAAATCAGAATTATTAGTTATGGATGTAATTTATCTTGGCAAATTGGTGCAGATTAAAGGGAAATGAATCGCTGAAAGTTGTGCATTCGTGGCTTGTATAGTAATTGGCCATAAATGGTGGGAACGGTAATGAATGTCTGTATAATTCTACACCCTTAGAAGTTCAGGGCACTACTTTTCTTGGCACAAAGGTAGTGGAGTTGGAAAGACTGCTAGCAGAATTGATTGGGGTTTGGGAAATGATTTATGGCCTCAAACTTTTACGGATCTGGTGGTAGATTGTTTAAAATCTGTAATTTCCGATCCTGCTCCTTTGTTGACAAAAATTGTTTGCCTAACTCAGAAAGGGGAGGCCGTATGGTTTTCAAGTTTTTAAATTACCTTGCCTGTCATAATCAATTTATTCCTTTCCTTTGCCTCGCATCTTATATGCTTCAGCTTTGGAATAAATTGAGCTAAGATGAAAATTCAGCTGAAGAAGTTGCATAAAGGGGAGTTTGTTGGGACTTCTCAGAGAATAGGGCTTGCTAGAATAGCCCTGGCAACAATAACAAATCATCAAAGTGTGTCAATGATCTCAGGAAATGGTTAGGGGTGGAGGAAACTGCCTTGAGGCAGAAGTTAACTCTTCAGTAAAGGAAAGACTTAAGGTTAATAGAATCAATACTCTTTGTAATGATGCTAGGCTTAAATTGGATAATGTTGAAGGATGTTCCGAGAGAGAGTATTGGTTTTTATAAAGGTCTTCTTGGTTCTTCTTGTCTTTCTGGTGTTTGTATTCCAGCTCTTACCAAAGGTCCTAGGCTGAGTACGGAAATTAGGCAAGGCAGTTTCCGAGCAGGAAATTGATTGGTTTTGATGGAAAGATGTCAGGCCTATTTCCTCTTGTAATGCCATTTCTGAGCACTAGGATGAAGACACATTTCTGACAACATTTTGCTATGGGAGAGCTGATGTTTTTCCTAGGCATATGATCAAGGTGGACTTCAAGAATGCTTATGAGTCAGTAGAGTGGAGCTTAAGTTAGTTAGGTGGACCTTTGCCTGTGGCCCTGTGTTACTTTTGTTTCCTATAGTATTCTTATTATTGGTAAACCTTGCTCTCCCTTAAGATGAGGTCAGATGATGTGCAAGGATTTTCATCAATTCTCTCAAGCTTCTAGGTTGGAGGCAAACCTTGATAAGAACAATGTCTATGATGGTGGGGTTTCTGAGATAATTTGCTTCCAATACCAATTGGTGACTTTCCTTTTAGGTATCTAGGAGTACTTTTATCGACAAACAAGCTGGCTTACTTTCAATGCAAGCAGCTTATTGATAAGTTATTTGCTAGAGCTAAAACTTGGAATACTGTGGATCTGTCCTAATGCAGTATGGCTTGCAATCATGTTGGTGATTTTTCTTGGCTTGCAATCATTTTGGCGCTCGATCTTTATTTTACCCAGCAAGATTTGAAAGAGATTCAGATAGTACAGTTTGGCTATGATGGAGTGTTCTTAATAAAAAAAGAAGATGTATCAGCCCCTTGTTGGTACTCATGCTAAAGTACCCTGGAGTAGGTTGTTGTTCAAGAACATGGCCTCCCGTAGAAACTTGTTCATTTCTTGGCTTGGCTCTTACCTACTATGGATAGACTGTTGGAATGAAATGTAGTTACTGCTGCAGTTTGTTTTTTCTGTGGCTCTGTTACAGAATCTGTTGAGCACTTGTTTTTTCAGTTCACATTTTCGCTCACTAGTAGAAAAAACCTTGAGTGCTTTGAGCCAAGTGCTTGGGTTTTATAAAAAACCCAAGCACTTGATGACAACTAATTTTTTTTAGTAAAAACATTTCACAAGTGCTTGGGTTTTCTTATTCACCCAAGCATTTGATTGCAAATTTTACATGTGCTTGGGTTTTACTATTCACCCCAAGCATTTGGACCTCCTTCACTAGTTAACTTTTCCTTTTTAAAAAAAAAAATATTTCACTTAGGTTAATTCCTTTGACAACATGTTCA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ATGGCGGAAGGACCCAAAAATCAGATCCAAAATCTCCATAATCAAGACAAAATCCCCTCAATATCTCTTCGCGTTTACCACAGAAGACATCGCCCAAAATTAAACCCCAATTTGCCCGAAGAATTGGTGATTGAAATCCTCAAACGCCAACCAGTTTCATCATTACTTCGATTCATGAGTGTTAGCAAATCATGGTACTCTATAATCACAAACCCGTCATTTGTTTCTGCTCATTTATCTCAGCAATTAAACCCTACCTCCAAAAATGGTGTCACAACACTTTACGGTGTTTCTCGTAAATTTTTCTTGCATAACGTTGATGAACCTTTAGATAATTGGGTTGAAATCGATTCCCCTTTCCGTTTTAAGAGCCTAATTGTGGGTTGTTGTCATGGAGTAATTTGTTTGTTTGATTATTGGTCTAATAATGGTCTTAATCCTTTGATTTTATGGAACCCTTCTATTAGAAAAGCTTTCACCCTCCCATTCCCGATTGTTGTTGAGGGTTTTCGAAATTTTACTTTAGGGTTCGGGTTTGATTCGAGTTCGAAGGATTACAAGGTGGTTAGGGTAAGTTGGAAGTGGGAAAATGGGGAAACTTACCTTCGGGCTGAGGTTTGTAGCCTTAGCAAGGGTGGTTGGAGGAGGGTTAGATCATCGGTTGAGGGCGGGAGGTTTGAAATTGAACGTAGAGGGATTTGTGTGAATGGGGTGATCCATTGGATGTGTAAGATGAGAGTTGGCAATAATGTATTTTTGAAAACAATTTTGGCTTTTAAACTAGCTAATGAGGAATTCGATCTAATTGTATTGCCAAATCCTTTGTCGAGTTTTGTGTTGTTTTCGGTTAGATTAGTCGAGGATAAACTTGCTGTATCGTGTACTGGCGATGGGAGTTATGTATGGGTGATGGAGGAATACGGGGTACAAAAATCCTGGAGAAAGCTTCTTAATTTTCATTTAGGATATAATGTGGGTTCAGTATTAGGTGCTATGGTTGCTGCGGATGGTAAGATTGTGGTCACAACGTCTGTTGGAAATTGGATTTCATGGGATCCCAACAATCAGGATATGAAGAACCTTGTGTTGCCTGTCCTGGAGCCGGATTGCGTGGATACTTTTGTCCAAAGCCTGGTTTTTCTTAGATTCCAAAATCAAGCTCTGTGTTGCAAAAAACTCCCTTTAGAGAAGAAAGAAAGCAGGGAAGAGACTCACAGCACAAAATTAACACGCACATTGAAGGTTGATGGTAATATGGATGAAGACACATTTCTGACAACATTTTGCTATGGGAGAGCTGATGTTTTTCCTAGGCATATGATCAAGGTGGACTTCAAGAATGCTTATGAGTCAGTAGAGTGGAGCTTAACATCTTCTAATCTCCCCGCGCTTCCCGCCTGCTTCTTCCCCACCACCACCGCCCACGCCAAACACAACGCCGCCATATCCTCTCCTCTCCTGTGTGTGATATTCTCTCCTCTCCTGCGTGCCATATTCTCTCCTCTCCAGCAGCCAGATCGCGAGGAAATCTCCACCGCAACAACTTCATCTCCTCTACTGGCCAAATAA MAEGPKNQIQNLHNQDKIPSISLRVYHRRHRPKLNPNLPEELVIEILKRQPVSSLLRFMSVSKSWYSIITNPSFVSAHLSQQLNPTSKNGVTTLYGVSRKFFLHNVDEPLDNWVEIDSPFRFKSLIVGCCHGVICLFDYWSNNGLNPLILWNPSIRKAFTLPFPIVVEGFRNFTLGFGFDSSSKDYKVVRVSWKWENGETYLRAEVCSLSKGGWRRVRSSVEGGRFEIERRGICVNGVIHWMCKMRVGNNVFLKTILAFKLANEEFDLIVLPNPLSSFVLFSVRLVEDKLAVSCTGDGSYVWVMEEYGVQKSWRKLLNFHLGYNVGSVLGAMVAADGKIVVTTSVGNWISWDPNNQDMKNLVLPVLEPDCVDTFVQSLVFLRFQNQALCCKKLPLEKKESREETHSTKLTRTLKVDGNMDEDTFLTTFCYGRADVFPRHMIKVDFKNAYESVEWSLTSSNLPALPACFFPTTTAHAKHNAAISSPLLCVIFSPLLRAIFSPLQQPDREEISTATTSSPLLAK Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Homology
BLAST of Spo18081.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902204223|gb|KNA14819.1| (hypothetical protein SOVF_104000 [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 843.6 bits (2178), Expect = 1.900e-241 Identity = 407/407 (100.00%), Postives = 407/407 (100.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18081.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731371228|ref|XP_010665977.1| (PREDICTED: F-box/kelch-repeat protein At3g23880-like isoform X2 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 581.3 bits (1497), Expect = 1.700e-162 Identity = 289/423 (68.32%), Postives = 340/423 (80.38%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18081.1 vs. NCBI nr
Match: gi|870843201|gb|KMS96421.1| (hypothetical protein BVRB_9g225210 isoform B [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 581.3 bits (1497), Expect = 1.700e-162 Identity = 289/423 (68.32%), Postives = 340/423 (80.38%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18081.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731371224|ref|XP_010665976.1| (PREDICTED: F-box/kelch-repeat protein At3g23880-like isoform X1 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 581.3 bits (1497), Expect = 1.700e-162 Identity = 289/423 (68.32%), Postives = 340/423 (80.38%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18081.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731371221|ref|XP_010665975.1| (PREDICTED: F-box/kelch-repeat protein At3g23880-like [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 203.8 bits (517), Expect = 7.600e-49 Identity = 138/406 (33.99%), Postives = 213/406 (52.46%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18081.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9R765_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_104000 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 843.6 bits (2178), Expect = 1.300e-241 Identity = 407/407 (100.00%), Postives = 407/407 (100.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18081.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8DZY1_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_9g225210 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 581.3 bits (1497), Expect = 1.200e-162 Identity = 289/423 (68.32%), Postives = 340/423 (80.38%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18081.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8B5Z1_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_9g225210 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 581.3 bits (1497), Expect = 1.200e-162 Identity = 289/423 (68.32%), Postives = 340/423 (80.38%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18081.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8B5A7_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_9g225200 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 203.8 bits (517), Expect = 5.300e-49 Identity = 138/406 (33.99%), Postives = 213/406 (52.46%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18081.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A061F7J2_THECC (F-box and associated interaction domains-containing protein, putative isoform 1 OS=Theobroma cacao GN=TCM_031361 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 175.3 bits (443), Expect = 2.000e-40 Identity = 118/343 (34.40%), Postives = 181/343 (52.77%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18081.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: FB244_ARATH (F-box protein At4g22390 OS=Arabidopsis thaliana GN=At4g22390 PE=2 SV=3) HSP 1 Score: 102.4 bits (254), Expect = 1.500e-20 Identity = 108/404 (26.73%), Postives = 183/404 (45.30%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18081.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: FBK67_ARATH (F-box/kelch-repeat protein At3g23880 OS=Arabidopsis thaliana GN=At3g23880 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 100.9 bits (250), Expect = 4.300e-20 Identity = 87/300 (29.00%), Postives = 135/300 (45.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18081.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: FB138_ARATH (Putative F-box protein At3g10430 OS=Arabidopsis thaliana GN=At3g10430 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 95.9 bits (237), Expect = 1.400e-18 Identity = 71/241 (29.46%), Postives = 118/241 (48.96%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18081.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: FB44_ARATH (Putative F-box protein At1g47790 OS=Arabidopsis thaliana GN=At1g47790 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 93.6 bits (231), Expect = 6.900e-18 Identity = 82/301 (27.24%), Postives = 142/301 (47.18%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18081.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: FB52_ARATH (Putative F-box protein At1g50870 OS=Arabidopsis thaliana GN=At1g50870 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 86.7 bits (213), Expect = 8.400e-16 Identity = 72/303 (23.76%), Postives = 139/303 (45.87%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18081.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT4G22390.1 (F-box associated ubiquitination effector family protein) HSP 1 Score: 102.4 bits (254), Expect = 8.400e-22 Identity = 108/404 (26.73%), Postives = 183/404 (45.30%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18081.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT3G23880.1 (F-box and associated interaction domains-containing protein) HSP 1 Score: 100.9 bits (250), Expect = 2.400e-21 Identity = 87/300 (29.00%), Postives = 135/300 (45.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18081.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT3G10430.1 (F-box and associated interaction domains-containing protein) HSP 1 Score: 95.9 bits (237), Expect = 7.800e-20 Identity = 71/241 (29.46%), Postives = 118/241 (48.96%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18081.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT1G47790.1 (F-box and associated interaction domains-containing protein) HSP 1 Score: 93.6 bits (231), Expect = 3.900e-19 Identity = 82/301 (27.24%), Postives = 142/301 (47.18%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18081.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT1G50870.1 (F-box and associated interaction domains-containing protein) HSP 1 Score: 86.7 bits (213), Expect = 4.800e-17 Identity = 72/303 (23.76%), Postives = 139/303 (45.87%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo18081.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr) Total hits: 5 Position : 0 Zoom : x 1
BLAST of Spo18081.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL) Total hits: 5 Position : 0 Zoom : x 1
BLAST of Spo18081.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt) Total hits: 5 Position : 0 Zoom : x 1
BLAST of Spo18081.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR) Total hits: 5 Position : 0 Zoom : x 1
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29 Position : 0 Zoom : x 1
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
RNA-Seq Expression
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