Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: polypeptideexonCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGGCCTTTCATTCGGACCGGATTGATCACCGCGTCCTATTTTTCAGTCAAACGTTCCTCGATATCGCAGGTCACTGAGGTTACGGAGTCGCGCCCGTACCTCGCCTAGCTAGAAAACTCGGTCCATTGCCTATTTAAATTAAAATAATGTTATTGTTATAAAAAGTCTAGTCCAGTCTAGCCTAGTCTAGTTAAGTATGGTCGTTAGATTATCATGCTTTGTTTGCCCTTAATTATGTTTAATAGTATCATGTTAGGATTATTATTGCTTTAGTATGTAGTACTCAGCTTTGCTGATTACGTGCTTGTTTGTGTGTGTTGATCATGGCTATGCCTTATTGATCCTGTGATGACCCATTTCTGGTGAACAGTCTCTAAGGATCAATAAGCATTGCCCATCTACAGGTTTGAAGATGATGCATCATTGGGATCGGGATTAGAGAGCTTGTAGTTCTATTTGTTTAATTAAGTGATTCAATTTGTTAACTTGGATTTGAAACTTGTCGTACTATTCGTATTTCCTTATTTCAGTTGATTGTTTTGGACCTAATATGTAATAGATTAATTATGAACCCAAAAGTTAGTTTTATGTTTTCCGCTGCAAAATTCTGAATAAGCCGTACGTTTTTACACGGGCGATAATACTTTGATAATTCCCTACAGTTATATTTAAAAAGAGGTTATTCTAGAAAATGGGAATTGTCGGGGTGTTACATGTACGTTAACTTATTCGAAAATTTATAATTTGAAAATATTTTTTAAGGTAAAATTATTTCGTTGCAGAGTCACCCAACATTTACAATATAGATATAGACCAAAAAATCAAATATGTAGTACATAACAAATGTAATTAAAATAATATTTTTAATCAAAACTACGATAATTGAGTAAATTCTAAATGTTATCCTATATATAACTAGTTTGTATGCACGCGGTGCATGTTTGTAATTTAAAAATGCAAACACGATAATACTTATTTGATTAATTAATTCTCTTCCTTTTTATTGATGTTTAGTAAATATATTTTTAAATTGATTATCTTCTACGTTGAACGTAAAATATGTTTAATTTGTTTAAAGCGTTTCTTTGTATAATAGAAATGTAAGAACATGTAATATTTTGACCTAACAATTTATTATAGTTGCGAAAATAATTTCTCTTTGATTTATCTAAGTGTATTCGATAATATTGACGTATGCCACGATCCCGCACAAATCATTACAAAAACAAACCAATTTCATAGTAATCTATCTATTATGAGAAAGAACAAACAAAAACACAAACACAAACTAACTACGGCAAACAAGAACCAACAACAACGACAAATTATACTCATAACACGTACTTCGTAGATTTATTTAATTTAAGAGACAAAAATAAATTCACAAATTCTTATTTACAATGGGTGTACAATAAATATTGTACACCGGAGTAAAAGTTAACTCAAAATGCTTAAAAGTTAAGCATATATAAGTAAAAGTTATCTATTTTTCAGTTATAAATTTTTTCATTTTAGTAAAACTTATTTCTTCAAAATAACTAATAATGTATAAAATTAATCATTTAACCCTTCAAAATATTTATGTATCAATTTTTTTTTACTAATATAAAAGTTAATCAAAACTAGGTTAAAGTTATAAAAAAAAGGGTTAAAGTTATCTTGGTGTACAATAAATTTATTGTACACCTTGTGCGCACAAGACCTTTTGAAATAAATTAAACTAAAGAGGATATTTTTTGACTACTTATGACCTAAACACAATAAAAAAGTAAAACCCTAAAAGAAGAGGGGATAGAGAAAAAAAAGGGATAACGGCGGCACATACACACATATTGATGTATCTTATATATTTGGAATATCCTTTTATAAAGATTGTGATTGTTAATTGATTTATAATTTTCTTTTTTCTTTCCATAAGTGGTTATTAGACCTTTGAGCCATAAGAAAATCCAATGCAGCAAAAGATGATTACAATTAGTTACCCTTAGACCTTAGTTGTTAAAAAAAAAAAGTTACCCTTAATTTTTGTTGGGATAGTATAGTAAAATTTAAGAAAGTAAAATAGGAGGAAAAAAATCAAATAAACTTTCTCTCTCCTAAAACTCCAACTCGCATCTGCTCTTCATCTCCTTCCTGTTCCCCCCCTCCTCCTCCCCTAACTTCCGACCGATTGCCTCCTCCTCTTAAAATCATCCAACAAAACCACCTTCTAGTGGCTGTGTCACCACCTCTAGTCGGTGGCACGTCTGTCATTGTGAATTTCCGACCACCTCTCCTTCTCTGCAGCTGCTATTCTCGGGGTTGACGACAGTGTATAGCTCCTTTTCGTCATCTATTTTCTTCACCTTTCTACTTTGTATCTTTTGTTGGATTTTTCTGTTGATTTTATTCGTAATTATGTAATCCAGATTGTGTCTTAGTCAATTAGTCTCATGTGGGGATGATGAATTTTGCCTGAAATTTTGTTTCAATGTGGTGAATGATGAAATTTTGTTAAATATATACTGCTAGGTTTTTTGTTGGTTTAATTAGTCTACACCCAGTTCATAATTGTAGTTGAAGATCATATTATCCTTTTTCACTTTGTTTTTTTAAATTTTTTAATTAGATATTATGTTTTAGGGGTTTGATTTTGTTTTTTCAAGAAGGGAGCAAAGTATTAAGTATAAGAGGGCAATAATTCAAGGGCATGCCCCTCCTGTCCTGGCTCAGGGATGGGCCTGTTTATAACCACTTCCGAACTAATTGAATATTTGTAGTTGTTTTTAACCGGTTGCAAACCAGTTGAGTATTTGAAGTTGTTTTCTCGAATTGTTTAGTTGATTTTGTTTTTTTCAAGTGTTTATATCGCTTGCAGAACGGGGGGTCACTCGAATTGTTACAATGAGCCGACCGTCTACTCGTAACAAGAATAAACGCACTAGACCAGAGGATGAGCTTGATGCAAAATCTGAAATATTGAGGTATGAAATTAATCCTCTTTTTGTAAAAAGTATTTTTGAGTTTTCCCTTTCTTTCTACTGGTGCCTCTTCAAATTATTCTTATTTTGACCAACAAATATGGCTCAGGAGGATTAACTCAACGGGCCAAGTATCAGATGATGATTTAGCACAACTTTACAATATTAGAAAGACTAATTGTCACGGGTGCCGTGTTAATACGAAGGACAATCCCAACTGTTTCTGTGGGCTGATCCCACCATCAAATGGAAGTCGTAAAGCTGGATTGTGGCAAAAGATCTCAGATGTAGTCAGTTCATATGGTCCTGATCCATCAAATGATCTCAGGTCTTCAGTTGATTCCCCTGCGGGGTTGACAAACTTAGGCGCCACATGTTACGCCAACAGCATACTCCAATTCCTTTACATGAATAGGGATTTTCGTGAGGGTATTTTTTCGGTTGAACCGCATGTCCTTGAGCAGCAGCCTGTGTTGGATCAGTTAGCACGCCTTTTTGCACAGTTGCATGGAAGTAAGATGGCTTTTATTGACTCGGCACCTTTAATAAAAGCCCTAGAGCTGGATAATGGTGTTCAGCAGGACAGCCATGAGTTCCTCACTTTACTTTTGTCCTTGCTGGAACGATGCCTAAGCCATTCTGTGGTCTCTGAAGCAAAAACTATTGTTCAAGACCTTTTTAGGGGAAGCATGTCACATGTTACCAGGTATAGTTGGATAATTTAACTTGGTTAGCTGTGTTGTCCTGTTACTCATGAACACTGTTTTTATTTTTAATTCATTACATGCTTTTGTTGCGTATTAGCACTAGTAATCTAGTATGCTTTATTCTAGCTTGAGAAATGTGCCTTCAGGGCTCAAACTAATGCTAATTGTGACTACTGCAGTCCTGCTGGCTATATGGTATATTGATATCTTGTATCTTCGTTGTTTCTTGCTTGTCTATATGCGGGACCACAACTGCTCTTCTAGATAAAAAAGGATCATAAAATATGCATGTTGTTGTGTCGGTAGAATGTGAAAGATTTTAAGTTTCACCAACAACCACTTGATCACTTTCTTTGACAGTGTAGACTAGATATTCAGAGCATTCAGGCAAAATGTGTTGATAGGCAAGAAAGTGGAGAAAGTGGGAGGATTCTTGGATTGCCGATTGATTAAAGTGCTCTAGTTTTTGTGAAGGAGCTAAGTAAGCACGTATACATAGATAACATATGGTTTGAAGATACATTCTACGCTATCGGAGTGCAATTTCATTACACAAAGAAATGATGATGTAAAGGGATTTTCTTCTATATAATGCGTATGCTTACTTATCAAATGTAACTCAGGTATATTACTGGTTTACCATTTTGAAACTAAGCTCACATTATTATCAGCCAAGAGAGAAAGCATGCACGTGCATCACGCATATACAGACACTCACTACCAGTCTACCACACATTTTTTCAACCACACCATAGTCACTGACAGAATAACATGATTTTCATTATTCAGGACATTACAATTATTTTGTTTGTATCTAGCTCAAAGAAGTAAATTTAAAGGCCATGATGCTTGTCATAAGTTTAACGTATTCTTGTTTGTTACCTTCTAAATTGATCTCTACATGTGAGAGGGAAGGGTATTTCTGTTCAGCACCTGTCGACTGCCGTAGATGATTTATCCACTTCCTCTTGGATGATATTCCTAACTGTAAGAACCTGCTCAACTTGTTTTGAGCTTTGGGGTGTTCTTATTTAATAATGGTTGCTTCTAGTATTCCTGGGCTTAAAGTGGGTTCTTCCTACTCTAGATATGCTTTTCTTCCCTTTATGTGGTTTAGTGTCTTCGTATTACATAGCTTTGCGAAGTTCAAGAACATGCTCACTTTTCTTTGTGTTTTTGAGATTGGGCTTTTTTTTGTATACATCTAGGTAATAATTTGGTTCCTCCCAATCTATATAGCTCTGCTTCCTGTTCTCTGGTAGTTTGGTGCAGAGTTTCATGTTATGTACCATTGAACTCTTTTAGGGGGCAAATTCTTGGATTTCC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MAFHSDRIDHRVLFFSQTFLDIAERGVTRIVTMSRPSTRNKNKRTRPEDELDAKSEILRRINSTGQVSDDDLAQLYNIRKTNCHGCRVNTKDNPNCFCGLIPPSNGSRKAGLWQKISDVVSSYGPDPSNDLRSSVDSPAGLTNLGATCYANSILQFLYMNRDFREGIFSVEPHVLEQQPVLDQLARLFAQLHGSKMAFIDSAPLIKALELDNGVQQDSHEFLTLLLSLLERCLSHSVVSEAKTIVQDLFRGSMSHVTRCSKCGQTSEASSNVEDFYELELNVKGLKSLDGSLSDYLSEEKLEGDNQYHCESCGTRVDATRSIKLRTLPSVLNFQLKRCVFLQKTTTKKKITSAFSFPEELDMGQRLFEPSESAFIYGLSAVLVHKGTAVNSGHYVAHIKDESSGQWWEFDDEHVSNLGFHPFGEGSSCSVSKTNGNSSPEVKNSVSDENHIDVDQRGSTNAKSHVKSYSSCDAYMLMYTLRPRKGYQNGLMVYNGTVKKISGASVPSQSSLSLPPHLAEEIKAQNNLYLDLCEKYNSRKEQEVNTITERRQEVRSILSEAPVLSLEEPYFWISMDWLRQWADNVTPSAIDNTNIQCMHGKVPVSNIVAMKRLSAKAWTLLCSKYIGGPCLGKDDYCIDCLIDSASAIVTADSYRDRRAYMKEFAEAALAGNCPDGKQYYISKPWLHQWLRRKASDNPSEADTGPTSSIRCPHGQLMPEQAPGAKRVLVPESLWIFLYENSNLVKPDDQLGCSTFPSDAETCTECRLELTEVASWEDTLRELKLKQRQNHEKLSLGKGVPLSSDCKYYLLPSSWLSTWRSYINTSGKNSSSTVEPERLDSVISSLICPTHSQLLERPLGLTCKRGVIMQKLPATEGLTMVSESDWKHFCEEWDGREESGILAEIYFKNSAEGFCQDMPITEEHMDEDKSNELESREPVIKTSPEICEECIGEKESCELMRRLNYSNEDIWVCFVRGKEPPKFILEASGNNCEADRRTSKRSRKTAFGDSKVLKVSGSTTIYQLKMMIWESFGVVKENQIIHKGSRVIDGESDTLADFNIFPADVLWMTDSEIHEYRDIADELSEQKFEVREAEEGFRGTLLTSNSTSQVV Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Homology
BLAST of Spo18494.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902220543|gb|KNA18641.1| (hypothetical protein SOVF_068810 isoform A [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 2177.1 bits (5640), Expect = 0.000e+0 Identity = 1076/1077 (99.91%), Postives = 1077/1077 (100.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18494.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902220544|gb|KNA18642.1| (hypothetical protein SOVF_068810 isoform B [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 2164.4 bits (5607), Expect = 0.000e+0 Identity = 1072/1077 (99.54%), Postives = 1073/1077 (99.63%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18494.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731318156|ref|XP_010669570.1| (PREDICTED: ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 26 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 1882.5 bits (4875), Expect = 0.000e+0 Identity = 934/1077 (86.72%), Postives = 1002/1077 (93.04%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18494.1 vs. NCBI nr
Match: gi|870866687|gb|KMT17620.1| (hypothetical protein BVRB_2g035690 isoform B [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 1877.4 bits (4862), Expect = 0.000e+0 Identity = 934/1079 (86.56%), Postives = 1002/1079 (92.86%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18494.1 vs. NCBI nr
Match: gi|225429898|ref|XP_002283635.1| (PREDICTED: ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 26 [Vitis vinifera]) HSP 1 Score: 1510.7 bits (3910), Expect = 0.000e+0 Identity = 764/1094 (69.84%), Postives = 875/1094 (79.98%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18494.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9RGM3_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_068810 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 2177.1 bits (5640), Expect = 0.000e+0 Identity = 1076/1077 (99.91%), Postives = 1077/1077 (100.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18494.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9RIH2_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_068810 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 2164.4 bits (5607), Expect = 0.000e+0 Identity = 1072/1077 (99.54%), Postives = 1073/1077 (99.63%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18494.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8CZT9_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_2g035690 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1882.5 bits (4875), Expect = 0.000e+0 Identity = 934/1077 (86.72%), Postives = 1002/1077 (93.04%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18494.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8CV67_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_2g035690 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1877.4 bits (4862), Expect = 0.000e+0 Identity = 934/1079 (86.56%), Postives = 1002/1079 (92.86%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18494.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: F6H2X7_VITVI (Putative uncharacterized protein OS=Vitis vinifera GN=VIT_04s0008g03170 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1510.7 bits (3910), Expect = 0.000e+0 Identity = 764/1094 (69.84%), Postives = 875/1094 (79.98%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18494.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: UBP26_ARATH (Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 26 OS=Arabidopsis thaliana GN=UBP26 PE=1 SV=3) HSP 1 Score: 1297.3 bits (3356), Expect = 0.000e+0 Identity = 658/1084 (60.70%), Postives = 811/1084 (74.82%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18494.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: UBP26_ORYSI (Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 26 OS=Oryza sativa subsp. indica GN=UBP26 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1251.1 bits (3236), Expect = 0.000e+0 Identity = 653/1094 (59.69%), Postives = 800/1094 (73.13%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18494.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: UBP26_ORYSJ (Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 26 OS=Oryza sativa subsp. japonica GN=UBP26 PE=3 SV=2) HSP 1 Score: 1250.7 bits (3235), Expect = 0.000e+0 Identity = 653/1094 (59.69%), Postives = 799/1094 (73.03%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18494.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: UBP48_MOUSE (Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 48 OS=Mus musculus GN=Usp48 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 318.5 bits (815), Expect = 2.800e-85 Identity = 248/875 (28.34%), Postives = 403/875 (46.06%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18494.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: UBP48_HUMAN (Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 48 OS=Homo sapiens GN=USP48 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 317.8 bits (813), Expect = 4.800e-85 Identity = 239/826 (28.93%), Postives = 382/826 (46.25%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18494.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT3G49600.1 (ubiquitin-specific protease 26) HSP 1 Score: 1297.3 bits (3356), Expect = 0.000e+0 Identity = 658/1084 (60.70%), Postives = 811/1084 (74.82%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18494.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT5G06600.1 (ubiquitin-specific protease 12) HSP 1 Score: 134.4 bits (337), Expect = 4.200e-31 Identity = 100/289 (34.60%), Postives = 143/289 (49.48%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18494.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT3G11910.1 (ubiquitin-specific protease 13) HSP 1 Score: 127.1 bits (318), Expect = 6.700e-29 Identity = 109/352 (30.97%), Postives = 159/352 (45.17%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18494.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT1G17110.2 (ubiquitin-specific protease 15) HSP 1 Score: 117.9 bits (294), Expect = 4.100e-26 Identity = 92/298 (30.87%), Postives = 141/298 (47.32%), Query Frame = 1
BLAST of Spo18494.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT4G39910.1 (ubiquitin-specific protease 3) HSP 1 Score: 115.5 bits (288), Expect = 2.000e-25 Identity = 92/318 (28.93%), Postives = 153/318 (48.11%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo18494.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr) Total hits: 5 Position : 0 Zoom : x 1
BLAST of Spo18494.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL) Total hits: 5 Position : 0 Zoom : x 1
BLAST of Spo18494.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt) Total hits: 5 Position : 0 Zoom : x 1
BLAST of Spo18494.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR) Total hits: 5 Position : 0 Zoom : x 1
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29 Position : 0 Zoom : x 1
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
RNA-Seq Expression
Co-expression
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