Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: polypeptideexonCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGAGATGGGAGAGGGAGACGAAAAGCAGGTGGGCACAAGTGGCGGCGACGGTGGACTCGGGCGAGGTGAATGAAAATGGTCTAAGGCGGCAGCGGGTCAGGAATGATCTGACAAGGAAGGTTAGAAGGGGATGGGGGCGGTGGATGCGGGGTCAAGAGTGGTTAGGTGGGTGGTTGTGGTGGTTATGTAGGGTTTAGGATTATCTTCCCCTCCAACCACAACAATAATCATAGCCATCCTCTAGTGTTTGCTGATTCAAAAACCTTCATAATCTGTGTGCTTCATTGATGAAACAACTAACGGTCTTTAGTGCTATCTAATTTAGATATTGTGGTGCAAATAAATTTATAAGTAGGTATATACTTTGCAATAAGTTTATAAATATGTGCATTTGGTGAATTATAAACATGACTTAACGGAGGACTAACGTGTTAGGTTATAAAAAAAATATAAACAATATATTTCATGCGGAAAAACCATAAAGCCAGGAATCCAAATTAATTGCCACATAGTCAATTAGCATAATTAGGATACATACAATGTGATGCGTGCCTTCCCTAGCTGCTCCCGAACCGAACAAGAACAAGTTTAGGACTCCAAATGTCGCCCCTCCGTAGATAGTCCACAACACGTTCGGATCCGCCTTAGATTCAACCAACTAGAATATTCTCTAAGGTATTATGTGCACTCGGGAAATTTATTATTATGTTAGGCAAATATTAAATTCTCTCTTGAACTTAATGTATGTGAATACTTATGAATTGCATTATAAATTGTGATCAAGAACACATATTTATAAGGTGGAAATAACGGAGTTAGAATTCTACTAGGATTCGAATAACTAAATCCATTAGGATTCTAGTTAAATTATATCATTAGAATTTTACGTTTAATCAAATACCGAAGTATTTCAGATTTAACTAAAATATCCAATTTGAGTAGAATTAGGAAAACACGATTACTTGACGACGAAGTAATCCTAACCGGCCAAGATAATCCATGCGTGGCCCTTGAGCCCATGCTGCTATGCAGCCCGCAGCCACCCTCGCGCAGCCCGCGGCACGCAGGCCCAAGGGCGCTGATGCTTGCTTGCTGGCCAAAGGGCGCTGGCAGCATGCACGCGGCCCACTTGGGCGCTGCTGCTGCTCGGCCTGCCTTGCTCGGCCTGCTCTACGCGCGCGGGCTTGCTGGGCACTAGGCCTGGCTTTGCGTTGGGCCTTGGCCTTGCAAGCTCGTCCGTCGATCGTTCGTAGTCGCGCTTCCGATTCGTTTTCCAATTCCGGAATTCATTTCCGATTCGAACAAATATTTAATATTTCCGATTCCGGAATTTATTTCCGTTTCGAACAAATATTTAATATTTCCGTTTCCGGAATTTATTTCCGATTCCGACAATATTTCCGATTCCGGTAATATTTTCGTTTCCGGCAATATTTCCGATTCCGGCAATATTTCTTTTTTCGATAATATTTTCCAATACGTACCATGTTTCCGTTTTCGGCAACATCTACGATTTGGATAATATTTATATTTCCATCATGATCCATATTTCCGTTTCCGGCAATATCATCATTTCCGGAGTATTCATATTTTACTTTTTGACGATTTCAGCTCCCACTGGAATCGTGATCCGTCATTTCCGAATGTTCATAAATAGAGTATTTAATCACTTAAATACTTGATCCGTTCACGTACTATTTGTGTGACCCTACGGGTTCAGTCAAGAGTAAGCTGTGGATTAATATTATTAATTCCACTTGAACTGAAGCGGCCTCTAGTTAGGCATTCAGCTCACTTGATCTCACTGAATTATTAATTTGTTTAATCAATTAATACTGAACCGTATTTATTAGACTTAGCACTAAATTCATACTTGGACCAAGGGAATTATTTCCTCCAGTCTCCCACTTGTCCCTAGGGACAAGTGTGCATTGCCTAATTCCTTTGTCGCTTGATGCTTGCTCATGAACATAAGGTAAGAGTAGTCATCCTTATTATGTCCAGAGGTATTTCTCGGTTTCAGAGTTCAACTGATCAAATAAACAGATAATCATAGCCTGTGATTCATCTAAGCACGGCCATGCATTTTTTCAGTTTCTAGCTCTCCGAGTGGCCTTGTACAACTTTCAACATCTCATCCCGATTTATGGGAGGACAATCCCTATCTTGTGATCTTGAAGTTAGACTTCGTTTGATAGGTGATTACCTGAGCATTGCCATTATAGTCTCCTTTTACGGTGCGACGCTTGACAACGTCTAAGTAACCAGTTCTCAAACAAGTAATCTCAAATCACTCAGGTATTGAGGATTCGTGTCTAATAATGTAATGAAATTTACTTATGACAGATTTCCATCTCTTACAGTAAAGTTTCGTAGGTTTGTCCGATACTAATCTTCTCAAGTAAGTATCTATGCAAATGATTGCGACATTGTCATGTCCACATAGTTCAAGAACCAGAACTACTAGTCATCTTGCATTCTAGTCGTCTAGCATTTTCTATGCGTCCACCTTTATAGAAAACTTCCGACCATGGACCATTTTCAACTTTTGACATTCAAGTTCACTTGATAGACATTTCTTAGTCACAGGACTGGTTCTGACAGTCTATCTTGAATATATCGTCAAATTGAAAGGACTCATCATTTAATAAACCACAAAATTAAATGGAAAAATGAATACTATTCATTTATATGAATGGTTAACCAAAACATTTTAAAAAGTATTAAATGTTAGGTTATGATACATATGACAATTCATAAATCATGCGGAAAAACCATAAAGCCAGGAAAGCATATTATTTACACATAATCATTTAGCATAGTTTAGATGCATACTATTTGCTGCGTGCCTTCCCTTGCTGCGCCCGAACCGAACAAGAACAAGTCTTTAGGACTCCAAGTGTCGTCCCTCCGTAGATAGTCCACAGCACGTCCGGATCCGCCTTAAGCTTGACCAACTAGGATCGCCCTTAAGGTACTTAGAATTTTCGGCACTTATAGGCTATTGTATGACTGAATTTTTGCTCTCAAAAATCACTTTGAATACTTGAATACACTCTTTAAATATGTGACCCTAGGCACCTATTTATAGAGTTATGGAAAAGGATTTGGAATCCGATTAGGATACTAATTTATTTAATTATAATCCTACTAGGACTCTAATTAAATAAACTAAATCTTTTAGGATTAGATTTAATCATATGACAAATCCCGGTAGCCTTAGGATTCGAGTAACATACTTCGAGTGATACGCTAGCACCGCACGTAGGCCTTGCGGCCCACGCACAGCGCCAGCCCACTCGTCGCAGCCTCGCGCGCGCGCCAAGGCCATTGCTGGGCCTGGCCTTGCGCTGGACCGGGCGTGGCTTTGCAGCGTGCTTTTGGGCGCTTGGGCTTGCTGAGCGTAGGCCTGGCTTCGTGTTGGGCCTTCGTCTAGCAAGTCTCGTCCGATGCTAATTCGTACGACGCGCTTCTGATTAAATTCCCGATTCCGGAATTTATTTCCGATACGAACAATATTTAATATTTCCGATTCCGGAATTAATTTCCGTTTCGAACAAATATTTAATATTTCCGTTTCCGGAATTATTTTCCGATTCTGATAATATTTCCGATTCTGAAAATATTTCCATTTCCGGCAATATTTCCGATTCCGGCAATATTTCCATTTCAGATAATATTTTCCGATACGTACCATGTTTCCGTTTCCAGCAACATCTACGACTTGGATAATATTTATATTTCCGATACGATCCATATTTTCGTTTCCGGCAATATCATCGTTTCCGGAGTATTCATTTCTTGCCTGTGACGATCTCAGCTCCCACTGAAACCAAGATCCGTCGATTCCGAATATCCATAGATGGAGTATTTAATGCCATTAAATACTTGATCCGTTTACGTACTATTTGTGTGACCCTACGGGTTCAGTCAAGAGTAAGCTGTGGATTAATATCATTAATTCCACTTGAACTGAAGCGGCCTCTAGCTAGGCATTCAGCTCACTTGATCTCACTGAATTATTAACTTGTTAATTAATACTGAACCGCATTTATTAGACTTAACATTGAATGCATACTTGGACCAAGGGCATTATTTCCTTCAGTCTCCCACTTGTCCTTAGGGACAAGTGTGCATTTCCTAATTCCTTTGTCGCTCGATGCTTGCTCTTGAACATAAGGTAAGAGTTGTCATCCTTATTATGTCCAGAGGTGTTCCTCGGTTTCAGAGTTCAACTGATCAAATAGACAGATAATCATAGCCTATGATTCATCCGAGCACGGCCATGCATTTCACAGTTTCTAGCTCTCCGAGTGGCCTTGTACAACTTTTAAGCATCTCATCCCGATTTATGGGAGGACAATCCCAATCTTGCGATCTTGAGATTAGACTTCGTTTGATAGGTGATTACCTGAGCGTTGCCTTTATAGCCTCCTTTTACGGTGCGACGGTTGGTCAACGTCAAAGCAACCAGTTCTCAAACAAGTAATCTCAAATCACTCAGGTATTGAGGATTTAGTGTCTAATAATTTTAATGAAATTTACTTATGACAGATTTTCATCTCTTACAATAAAGTTTCATAGGTCTTGTCCGATACTAGTCTTCCCAAAGTAAGTATCTATGCAAATGATTATGACATTGCCATGTCCACATAGTTCAAGAAACAGAACTACTAGTCATCTTGCATTCTAATCGTCTAACGTTTTCTAAGCGTCCAATTTTATAGAAAACTCCGACTAGGGACCATTTTCAACCTTTGATATTCAAGTTCACTTGATAGACATTTCTTAGTCACAGGACTGGTCCTGACAGTCTATCTTGAATATATCGTCAAATTGAAGGGACTCATCATTTAATAAACCACAAATTAAATGGAAAAATGAATTCTTTTCATTTATTGTGAATGATTAATCAATAATGTTTTACAAAGATTTAAACTCTAAAACTTTAAAACATTAAACATGGATATCAAAGCCATTCTCCAATATGCTT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ATGAGATGGGAGAGGGAGACGAAAAGCAGGTGGGCACAAGTGGCGGCGACGGTGGACTCGGGCGAGGTGAATGAAAATGGTCTAAGGCGGCAGCGGGTCAGGAATGATCTGACAAGGAAGTTAAGACATTTGGGCAAACGTCTCCAACCGTCCAAAATGAACTCAGACGATAACACAACCGAGTCAACCCAAAACTCGGACTGGGCCGAGTTAACTCACGAATGCTTGATCAACATCCTCTCACGCCTTCCATTGGATGACCGATGGAAGGGACCCATGCTCGTCTGCAAACCATGGATGGAAGCTTGCAGAGACCCTTGTCTCAACAACTCGCTCGATCTCGAACCCTACTTCGAGTCATCCACTGAGTCAACTCGTTGGTGGACTCCCGAGTTCCAGAGGAAGATTGATGCGATTCTCAAAGCCGTTACCGATTCCAGTGATGGGTCATTGAAGGAGATCCATGTTAGGCATTGCTCTGATCACGCTCTCATTTTTGCTGCTCAAAGCCAGAGTGTCTCTGATGCGGCCGTGACTGAGGTAGCCAAGAGGTGCCCTATGCTGAAAGAACTCGATATTAGCTTCTGCCATGAAATCTCCCATGAATCTCTATCATCAATAGGGAGAAACTGTCCTAGTTTAAAGGTACTTAAACGCAACTTCATGAACTGGTTAGACTCTTCCCAACATAGGGGAATTGTACCAAATGAATACCTCGATTCTTGTCCACAAGACAATGACTCTGAAGCTGCTGCTATTGGTAAATTCATGCCCAATTTGGAGCATCTCGAGCTTAAATTTTCTAAGATGACAGGTAAAGGCCTTGCTTTGATTTCAGAAGGCTGTGTAAACCTGGAATATTTGGATCTGAATGGGTGTGCAAACATGACCAGTCGTGATATTGTAAATGCATCCTCAAATTTGAAGAAGTTGAGGACAGTTAAGAGGCCGAACTTTTACATTCCAAGATCGGTTTATCACACCGAAAGGTATGGTCATTGGAGTTTGTATGATGAACGGTTTCAGACAGACGTGTTTAGGATATAA MRWERETKSRWAQVAATVDSGEVNENGLRRQRVRNDLTRKLRHLGKRLQPSKMNSDDNTTESTQNSDWAELTHECLINILSRLPLDDRWKGPMLVCKPWMEACRDPCLNNSLDLEPYFESSTESTRWWTPEFQRKIDAILKAVTDSSDGSLKEIHVRHCSDHALIFAAQSQSVSDAAVTEVAKRCPMLKELDISFCHEISHESLSSIGRNCPSLKVLKRNFMNWLDSSQHRGIVPNEYLDSCPQDNDSEAAAIGKFMPNLEHLELKFSKMTGKGLALISEGCVNLEYLDLNGCANMTSRDIVNASSNLKKLRTVKRPNFYIPRSVYHTERYGHWSLYDERFQTDVFRI Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Homology
BLAST of Spo19577.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902211200|gb|KNA16644.1| (hypothetical protein SOVF_087250 [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 610.5 bits (1573), Expect = 1.800e-171 Identity = 296/308 (96.10%), Postives = 296/308 (96.10%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19577.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731352571|ref|XP_010687614.1| (PREDICTED: F-box protein SKIP1 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 515.0 bits (1325), Expect = 1.000e-142 Identity = 245/303 (80.86%), Postives = 267/303 (88.12%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19577.1 vs. NCBI nr
Match: gi|225445832|ref|XP_002277519.1| (PREDICTED: F-box protein SKIP1 [Vitis vinifera]) HSP 1 Score: 436.4 bits (1121), Expect = 4.600e-119 Identity = 202/308 (65.58%), Postives = 248/308 (80.52%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19577.1 vs. NCBI nr
Match: gi|1009109832|ref|XP_015892359.1| (PREDICTED: F-box protein SKIP1-like [Ziziphus jujuba]) HSP 1 Score: 434.5 bits (1116), Expect = 1.800e-118 Identity = 196/301 (65.12%), Postives = 248/301 (82.39%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19577.1 vs. NCBI nr
Match: gi|645275855|ref|XP_008243014.1| (PREDICTED: F-box protein SKIP1-like [Prunus mume]) HSP 1 Score: 427.9 bits (1099), Expect = 1.600e-116 Identity = 197/307 (64.17%), Postives = 246/307 (80.13%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19577.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9RCD5_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_087250 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 610.5 bits (1573), Expect = 1.200e-171 Identity = 296/308 (96.10%), Postives = 296/308 (96.10%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19577.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8BTW1_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_8g191330 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 515.0 bits (1325), Expect = 7.100e-143 Identity = 245/303 (80.86%), Postives = 267/303 (88.12%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19577.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: F6HYK3_VITVI (Putative uncharacterized protein OS=Vitis vinifera GN=VIT_11s0037g00430 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 436.4 bits (1121), Expect = 3.200e-119 Identity = 202/308 (65.58%), Postives = 248/308 (80.52%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19577.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: M5VRB2_PRUPE (Uncharacterized protein OS=Prunus persica GN=PRUPE_ppa009141mg PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 427.6 bits (1098), Expect = 1.500e-116 Identity = 198/307 (64.50%), Postives = 245/307 (79.80%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19577.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: W9R9B6_9ROSA (F-box protein SKIP1 OS=Morus notabilis GN=L484_013967 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 427.2 bits (1097), Expect = 2.000e-116 Identity = 200/306 (65.36%), Postives = 244/306 (79.74%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19577.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: SKIP1_ARATH (F-box protein SKIP1 OS=Arabidopsis thaliana GN=SKIP1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 346.7 bits (888), Expect = 3.000e-94 Identity = 169/297 (56.90%), Postives = 215/297 (72.39%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19577.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: FBL19_ARATH (Putative F-box/LRR-repeat protein 19 OS=Arabidopsis thaliana GN=FBL19 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 261.9 bits (668), Expect = 9.800e-69 Identity = 126/279 (45.16%), Postives = 181/279 (64.87%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19577.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: FBL23_ARATH (Putative F-box/LRR-repeat protein 23 OS=Arabidopsis thaliana GN=FBL23 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 113.6 bits (283), Expect = 4.300e-24 Identity = 77/257 (29.96%), Postives = 120/257 (46.69%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19577.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: FBL21_ARATH (Putative F-box/LRR-repeat protein 21 OS=Arabidopsis thaliana GN=FBL21 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 96.7 bits (239), Expect = 5.400e-19 Identity = 74/261 (28.35%), Postives = 115/261 (44.06%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19577.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: FBW2_ARATH (F-box protein FBW2 OS=Arabidopsis thaliana GN=FBW2 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 93.6 bits (231), Expect = 4.600e-18 Identity = 72/247 (29.15%), Postives = 116/247 (46.96%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19577.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT5G57900.1 (SKP1 interacting partner 1) HSP 1 Score: 346.7 bits (888), Expect = 1.700e-95 Identity = 169/297 (56.90%), Postives = 215/297 (72.39%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19577.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT4G30640.1 (RNI-like superfamily protein) HSP 1 Score: 261.9 bits (668), Expect = 5.500e-70 Identity = 126/279 (45.16%), Postives = 181/279 (64.87%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19577.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT4G05470.1 (RNI-like superfamily protein) HSP 1 Score: 96.7 bits (239), Expect = 3.100e-20 Identity = 74/261 (28.35%), Postives = 115/261 (44.06%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19577.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT4G08980.1 (F-BOX WITH WD-40 2) HSP 1 Score: 93.6 bits (231), Expect = 2.600e-19 Identity = 72/247 (29.15%), Postives = 116/247 (46.96%), Query Frame = 1
BLAST of Spo19577.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT4G05497.1 (RNI-like superfamily protein) HSP 1 Score: 93.2 bits (230), Expect = 3.400e-19 Identity = 72/246 (29.27%), Postives = 110/246 (44.72%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo19577.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr) Total hits: 5
BLAST of Spo19577.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL) Total hits: 5
BLAST of Spo19577.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt) Total hits: 5
BLAST of Spo19577.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR) Total hits: 5
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
RNA-Seq Expression
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