Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: polypeptideexonCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGTTTGAGTATTACTCTGATTTAGCGCAGCGTGATCGATTTCTTAGGGGTCGTAAGATGGGCGAAATTGAAGAGCCTGTTACTTTTTCCGACGGGAATTCCACTATCCAGATTAGGGTATCTGTCATGTTTAAACAGAGAAAATGGTTAACATTTTGCTGAAATGTTTAGTTTGTCTTAGCCTCTTAGGTATGTCAAAAAGTTGAATTTAATTTTGGGTTTGATGGTGGTTTTTGATGAACTTGGTAGTGTTCTTTGATTCATGATTGTTTGACTGCTGATTTTACCCACAGAGAAAATTAGGGTACTGATGAAGTTTTTTTTAATAATTTTAGGATGTTCTGCATAATTTAAGTTTTCTAGATAAGAATAAAATTGATGATGAATTTTGGTAGGTAGTGGCAGAGTGGCAGACTAGGAGTTCAGTTATTGTTTGGTTAATTGCTTGATGAGTAGTTTTTCTCCTTCTAATTTTTGTCTCCCTAAAGGAATTAAATAACTTTTGATGATGATATTTGGTAATTTATGGACAGTTTGCATTGTACAACGGTGACATTGGGGACGCAAGGAGTGAATTTTTTGGTGGCATTGGACACGGGGTGATCTGTTTTGGGTGCCGTGTGATTGTTCAAGGTGTGCTCCCATTGAGGCTGCAAGTTATGCATATGGCGCTGTAAGCTTTTTTACTTCACTGCATTTAATTGCTTATATTATAGAGATATTCAGGTTGTAGCTAGCTTATCTGAGGTGTCTTCAAAGGGCTAAATTAGTTGTTTAGTGCCTTAATAGTTAGTTTGTGGTGGTGCTTCTGTTCTAATCTATAACAGGTGTTGGGAGCCTGTTGGCATGTTGCTGGTTTTTTTGCTGAGTGTAGGCTGGTAGCTTGCATCTGTTTTACTGTTTTCAGATTGGGCACAACTTCTTTTGGTTGTTTGTGGACTACGGTGCTGCTGTTTGTTTTGGTGTATTATGGGGTTTGCTTAATATGGTTTAAATTGGTAAATTTAGCCACCTTATGCCTTTACATTCCTAACTTCTTTAATGTGTTATCTTTTGACTTTGATTTATTTTAGCGATGCAGGTGTTTCCAGCCAAGTAGATTGTGCTATCAAGATACGCAACCTATAGTCTAAGTTGGATTTTGTAGTATATACTATAAAAAATCGTAAAGAGCGGGAGAAAGATGTTCAATGCCATCCAAAAATTGTAGTTTTATTACTAAGATTGTTAAGAGCTGGAGAAATATGTTTAGTTACTATGGTACTACGATTTTGATTTTTAATCATATAAGCGCATGAATACTATTTAGATTTTTTAAAATAGGGACGATTAATTTTTCTTTAGATGAACTTTGCGAACATTTTTTCTTGCCTACTACTCCATATTTGTGATGATTAATTGTAATACTACAATTTTACATAATCTCGCACGCATCGCGTGCATATAAGACTAGTGTAATAGAGATGAGCCGAACTTAAACAACTTTTGAGTCTCGTTCATGCTTGTTATTTAAGTTCGTGAACAAGCTCGTCTATTTATGTTCATAATCAAATTTGCCATACATAGTTGTTTTATTATATATAAAAATCGTATTTTGACTTTTAATATCCAAAAAAATATATCATAGAATAAAAATATTATGGATTTAAATGGCTGAATGAGTGTATATTCAAAATTATGTTTTCAAATAGTTAAACTATAATCCGCAAAGCTCATTTAAGAAAAAAGCTCGTTTATAAACTCTGCTCGATTAATAAACGAGATGTTCATGAACCGTTAACGAACACAAAATATATACGGATTATATTTTTTTTAATCAAAAACAAAATCTCTTAAACAAACCAATCTTAAATAACATTTTAAGTTCGGTTAAAAGCTTTGTTCGAACTCAAACTCGCCAAAATTAAATGAACGTGCACATAAATATGGTAATACTCGATCCGTCTCGTCTTGTCTCGTCTCCGCTTGGCTCGTTTACACCACTTTGGTGTGATAAGAAAAACAACCGGTCCTCCCCTCTCCCCTCCATTCTCTTTTTCTACAACTCCAGCTTCCAGCAACGGCGGAAAGCACCTGAGACGTAGTCACCTCTTCTACTTCGGCTACAGAACCTTCTTCTTCCCAAATATGCGCTCTAAGGACAAAATATCTTACTTCTACGACGGTATGCCTTCTCAAACCCCCCCCCTTTTTCTCTCGATTGAAACCCTAATTTTTCTCTCTTCCACTTTTTTTCAACGAAATTCACACATTTTCTGTAATTGATAGAAAAATTTAATATCAACTGTTATTTAGGTGATGTTGGTAGTGTATATTTTGGCCCGAATCATCCAATGAAGCCTCACAGGCTGTGTATGACCCACCATCTCGTCCTCTCCTACGACCTTCACAAGAAGATGGAAATCTATGTAAGTTACACAATTTCTTCAAATTTTCTACATTTGTATTGATTTCGTTTGTTTTCTTGCTCATTAGTTGTGATTTTTTTTGGAGTTTGTACGGTGCAGAGGCCTCACAAAGCGTACCCGGTAGAGCTAGCTCAGTTTCATTCAGCTGATTACGTCGATTTCTTACATCGAATTACACCCGATAAGCAGCATCACTTCATGTCTGAAATGGCCAAATGTATGCTTTAAGTTTTTTCTATTGAGCTTTGTAGTATGTTTGAGTATGTTGGACTATTAGTGTGAAATTGGAAAACATAAAATTTGTTTCTTGAGGTTTTGTTGATGTACTGCTAGTGGTTATGGTTTGTTGGGAAATTGATTGGAGGGGAAGGAGTTGAAAGGGGATTTTTTCTTGGTGCATTGAGAAATTTATGAAAAAGTAGCAAACGAGCTCTTGCTATACGTTTTCGTATTAAAAGACATATTTTTTCTTTAGTTTTTCCATTTAGGCTCTGTTTGGTTTGGAGTAAAACGTTTCCCATTTAAAATGATTTTCGATGTAAAATATTTTTCAAAGGGAAAACAGAATTTCAAACTAGTTTTCCTTTATTTTGTTCCTTATAAGAAAAATAATAGAAAAAGGAAAACGAGAGAAGATTGATGGGAAGAAAGAAGAGAAGGTAAGGAAGAAAAGTGAAAAAATGGTTTCCATTCCTTTCCACCTTTGAGGGAGTTATGGAAAATTGTTTTCCGTCCCTTGCCAAACCAAACAACGTAAAACGATTGAAAAAGGGAAAATCGTTTTCCATCATTTGCCAAACCAAACAACGTAAAACGATTGAAAAAGGGAAAATCGTTTTCCATGAAAACATTTTATACTGAACCAAACGGAGCCGTAGGCAATCAAATGTCAGATAAGGAGCTTTATAGTATGATTTTGTTTGGGTGCTTTTTCTATGTTTGTTTGTAATATACTCCCTGTGGGCTCTGTCCTTCAAGATTGTTTTTGGTACAAGCTAAATTCTAACCCCAAAGATTTTGCATACCTTAAAAAGAAACAGATGTAGTATTTAAAGAGGAAAATTACTTTCTCACCAATAGTCAACGATATAGTGTTGGGATATGAAAGAAACAATTGAAACAAAGGTAAGGAAAATGGATGCATAAAAAATGCCAATGGAACTACACCCAAAAAAACAAAAACCAAAATAAAATGCTAATGGGTTGGGAGGAGTATCATATTTAAACGAGGCATTAGTGTTCTTTCTTCTTTGGATTATGTATTTTGTTATGAGAAGTCGGGAGCATTTGACAATGTGTGAGGAGATTGGTGGAGTCCAGTAATGACATTAAGTTGATAATAGAACATACAAGTGATTGATGTCCTAGATGCACGCTAAAAAACACTATAGAAGTTTTTGGCCAATTAGCTGCTGTGTTCTGGTCCCCTGGATGCTTAGTTGTTTACCCAACAGTTGTTAAATATTCCTTGAGGATAAAATACATACATTTCCTAAAATATTCCTTGAGGATAAAATACATACATTTCCTACAAGTAGATATTGCTCTCATAGGCAATTGGTTGCTTGTTGAGTTCAACTAGCCAATTTAAGAAGTCAAGAAGGGGGGTTTGCTGATTTTATTAACTTTATTTGGACTTTTGTTGTAAGCTTCCTACTCACTAGCTTTATTTGGACTTTTGTTGTAAGCTTCCTACTCACTAACTCAGTCAGTGTTTTGTTGTAAGCTGCCTACTCCCTACTCACTAACCAATAAGGCAACCCTTAATCCATCATGACTTATTTAGGTGGTAGGTTGTTTATTTGGTAATGTTTAGGAGTAGGGAAGCTAGGGCTTATCCTTCTTTTTGAGCAACTGTGTAACCTTTTTTTGAATAAATTATGTCAGGGACCGACGAGGTCGTTTTTGTTTCAAGATTGTGGAGTAGGGTTGGTAGGCATAGCCTTCTGGTATATTTCTTTTTAAAGAGGTGACTACCAACTTGGAATTGGTTAATGTTGAAGTATTTGAGCCTTCAAGGGGATTCTTATTTGATATATAAGAGATGGTGTGGACCGAACTGGCCATTATTGGAATTTTTTAGGCATGGAGCAATAACTGCGGATTTGATACTTGATCCTAGATTAGGTCTTCTAGAAGAAGGATTTCTTATGTAAATGAAATAATTGTGTTTTTAGTTGTTTCTGTTGTGCTCCTTTCTTGTTGCTAATCAATGGGGATCCTTGAGATTCATCTTATGGAGGTTTAGGGTAGATCACCTACACTATTCACCCTAGTAGTTGACGTGTTGAATAGGAGGTAGCTCAAGGTTTAGATTGCATAAAATGATAGGTAGGGACAGTGAGAAAACAGTTTTTAAAAAAACCAACTGATAGGGTTGTTTCTGACATTGCAGCTTTTCCATTTCTTGTTCATATAGAGTTGTGGTCCCTTGTGGAATATTTTATTTCTGAAATTTCCCATTTGTATAAACTTTCCTGCATGTGTTTAATCTTCAAATACCTGTTATAGGTTATTTGTTTGCCATACAATTTGTCACCTATAGCTCGACATAAGACTCAGACTCACAGAGGCCATTCTAACAAC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ATGTTTGAGTATTACTCTGATTTAGCGCAGCGTGATCGATTTCTTAGGGGTCGTAAGATGGGCGAAATTGAAGAGCCTGTTACTTTTTCCGACGGGAATTCCACTATCCAGATTAGGTTTGCATTGTACAACGGTGACATTGGGGACGCAAGGAGTGAATTTTTTGGTGGCATTGGACACGGGGTGATCTGTTTTGGGTGCCGTGTGATTGTTCAAGGTGTGCTCCCATTGAGGCTGCAAGTTATGCATATGGCGCTAAAAACAACCGGTCCTCCCCTCTCCCCTCCATTCTCTTTTTCTACAACTCCAGCTTCCAGCAACGGCGGAAAGCACCTGAGACGTAGTCACCTCTTCTACTTCGGCTACAGAACCTTCTTCTTCCCAAATATGCGCTCTAAGGACAAAATATCTTACTTCTACGACGGTGATGTTGGTAGTGTATATTTTGGCCCGAATCATCCAATGAAGCCTCACAGGCTGTGTATGACCCACCATCTCGTCCTCTCCTACGACCTTCACAAGAAGATGGAAATCTATAGGCCTCACAAAGCGTACCCGGTAGAGCTAGCTCAGTTTCATTCAGCTGATTACGTCGATTTCTTACATCGAATTACACCCGATAAGCAGCATCACTTCATGTCTGAAATGGCCAAATATAATCTTGGAGAAGATTGTCCAGTTTTTGACAATTTGTTCGAATTTTGCCAAATTTATGCTGGTGGAACGATTGATGCTGCCCGTAGGTTGAACAATAAACTTTGTGACATTGCTATAAATTGGGCGGGTGGATTGCATCATGCGAAGAAATGTGAGGCTTCTGGATTTTGTTACATCAATGACTTGGTTTTGGGGATATTGGAGCTTTTGAAGTATCATGCTCGTGTTCTGTACATTGATATTGATGTACATCATGGCGATGGTGTTGAAGAGGCATTCTATTTCACTGATAGAGTGATGACTGTCAGTTTCCATAAATATGGAGATCTCTTCTTTCCTGGAACAGGAGATGTCAAGGAAAATGGAGAGAGGGAAGGGAAAAACTATGCCATAAATGTTCCTCTAAAAAATGGTATTGATGACGCTAGCTATACGAGACTGTTCAAGGCGATTATTTCCAAGGTCGTCGAGTTTTATCAGCCTGGAGTAATTGTTCTGCAATGCGGAGCTGATTCACTTTCTGGTGACCGATTAGGCTGCTTCAACCTTTCTATTGATGGTGCTGGCTTCTGGCATGCAGAGTGCGTTAGGTTTGTGAAGAAATTTAATCTTCCCTTGCTGGTTACTGGAGGAGGTGGCTACACAAAAGAGAATGTTGCTCGATGCTGGACTGTTGAAACAGGAGTTCTTTTAGATACAGATCTACCAAATGAGATTCCAGAGAACGAGTATATCAAATACTTCGGACCAGATTATTCCTTGAGGATTCCAAATGGACTAATAGAGAACATGAACAGTAAATCATACTTGACAACAATCAAGATGCAAGTTCTGGAAAATCTCCGGTGTATCCAACATGCACCAAGTGTACAGATGCAGGAGGTCCCCCCTGATTTTTATATCCCTGACTTTGATGGAGATGAGAATCCTGATGAACGCATTAATCAGCACACACAGGATAAGCTAATCCAGAGAGATGATGAGTATTACGAGGGTGACCATGACAATGATCACCACATGGACGATGTATAG MFEYYSDLAQRDRFLRGRKMGEIEEPVTFSDGNSTIQIRFALYNGDIGDARSEFFGGIGHGVICFGCRVIVQGVLPLRLQVMHMALKTTGPPLSPPFSFSTTPASSNGGKHLRRSHLFYFGYRTFFFPNMRSKDKISYFYDGDVGSVYFGPNHPMKPHRLCMTHHLVLSYDLHKKMEIYRPHKAYPVELAQFHSADYVDFLHRITPDKQHHFMSEMAKYNLGEDCPVFDNLFEFCQIYAGGTIDAARRLNNKLCDIAINWAGGLHHAKKCEASGFCYINDLVLGILELLKYHARVLYIDIDVHHGDGVEEAFYFTDRVMTVSFHKYGDLFFPGTGDVKENGEREGKNYAINVPLKNGIDDASYTRLFKAIISKVVEFYQPGVIVLQCGADSLSGDRLGCFNLSIDGAGFWHAECVRFVKKFNLPLLVTGGGGYTKENVARCWTVETGVLLDTDLPNEIPENEYIKYFGPDYSLRIPNGLIENMNSKSYLTTIKMQVLENLRCIQHAPSVQMQEVPPDFYIPDFDGDENPDERINQHTQDKLIQRDDEYYEGDHDNDHHMDDV Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Homology
BLAST of Spo22110.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902216751|gb|KNA17521.1| (hypothetical protein SOVF_079190 isoform A [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 904.8 bits (2337), Expect = 7.400e-260 Identity = 429/433 (99.08%), Postives = 429/433 (99.08%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22110.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902216752|gb|KNA17522.1| (hypothetical protein SOVF_079190 isoform B [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 892.9 bits (2306), Expect = 2.900e-256 Identity = 429/453 (94.70%), Postives = 429/453 (94.70%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22110.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731362606|ref|XP_010692973.1| (PREDICTED: histone deacetylase 9 isoform X1 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 865.5 bits (2235), Expect = 5.000e-248 Identity = 407/433 (94.00%), Postives = 421/433 (97.23%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22110.1 vs. NCBI nr
Match: gi|470128220|ref|XP_004300044.1| (PREDICTED: histone deacetylase 9 [Fragaria vesca subsp. vesca]) HSP 1 Score: 830.1 bits (2143), Expect = 2.300e-237 Identity = 392/433 (90.53%), Postives = 414/433 (95.61%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22110.1 vs. NCBI nr
Match: gi|595824440|ref|XP_007205234.1| (hypothetical protein PRUPE_ppa006053mg [Prunus persica]) HSP 1 Score: 829.7 bits (2142), Expect = 3.000e-237 Identity = 392/434 (90.32%), Postives = 415/434 (95.62%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22110.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9RDB1_SPIOL (Histone deacetylase OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_079190 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 904.8 bits (2337), Expect = 5.200e-260 Identity = 429/433 (99.08%), Postives = 429/433 (99.08%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22110.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9RF65_SPIOL (Histone deacetylase OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_079190 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 892.9 bits (2306), Expect = 2.000e-256 Identity = 429/453 (94.70%), Postives = 429/453 (94.70%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22110.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8BDF5_BETVU (Histone deacetylase OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_2g044990 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 865.5 bits (2235), Expect = 3.500e-248 Identity = 407/433 (94.00%), Postives = 421/433 (97.23%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22110.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: M5WAZ3_PRUPE (Histone deacetylase OS=Prunus persica GN=PRUPE_ppa006053mg PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 829.7 bits (2142), Expect = 2.100e-237 Identity = 392/434 (90.32%), Postives = 415/434 (95.62%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22110.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: D7SN35_VITVI (Histone deacetylase OS=Vitis vinifera GN=VIT_06s0061g01510 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 828.6 bits (2139), Expect = 4.700e-237 Identity = 391/434 (90.09%), Postives = 416/434 (95.85%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22110.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: HDA9_ARATH (Histone deacetylase 9 OS=Arabidopsis thaliana GN=HDA9 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 768.1 bits (1982), Expect = 6.800e-221 Identity = 357/428 (83.41%), Postives = 397/428 (92.76%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22110.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: HDAC1_RAT (Histone deacetylase 1 OS=Rattus norvegicus GN=Hdac1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 557.8 bits (1436), Expect = 1.400e-157 Identity = 256/428 (59.81%), Postives = 329/428 (76.87%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22110.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: HDAC1_MOUSE (Histone deacetylase 1 OS=Mus musculus GN=Hdac1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 557.8 bits (1436), Expect = 1.400e-157 Identity = 256/428 (59.81%), Postives = 329/428 (76.87%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22110.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: HDAC1_BOVIN (Histone deacetylase 1 OS=Bos taurus GN=HDAC1 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 557.8 bits (1436), Expect = 1.400e-157 Identity = 256/428 (59.81%), Postives = 329/428 (76.87%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22110.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: HDAC1_CHICK (Histone deacetylase 1 OS=Gallus gallus GN=HDAC1 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 555.8 bits (1431), Expect = 5.300e-157 Identity = 254/427 (59.48%), Postives = 327/427 (76.58%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22110.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT3G44680.1 (histone deacetylase 9) HSP 1 Score: 768.1 bits (1982), Expect = 3.800e-222 Identity = 357/428 (83.41%), Postives = 397/428 (92.76%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22110.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT4G38130.1 (histone deacetylase 1) HSP 1 Score: 517.7 bits (1332), Expect = 9.000e-147 Identity = 236/400 (59.00%), Postives = 302/400 (75.50%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22110.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT5G63110.1 (histone deacetylase 6) HSP 1 Score: 483.8 bits (1244), Expect = 1.400e-136 Identity = 233/429 (54.31%), Postives = 302/429 (70.40%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22110.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT5G35600.1 (histone deacetylase7) HSP 1 Score: 407.1 bits (1045), Expect = 1.700e-113 Identity = 197/389 (50.64%), Postives = 268/389 (68.89%), Query Frame = 1
BLAST of Spo22110.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT3G44490.1 (histone deacetylase 17) HSP 1 Score: 253.8 bits (647), Expect = 2.400e-67 Identity = 117/147 (79.59%), Postives = 137/147 (93.20%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo22110.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr) Total hits: 5
BLAST of Spo22110.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL) Total hits: 5
BLAST of Spo22110.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt) Total hits: 5
BLAST of Spo22110.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR) Total hits: 5
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
RNA-Seq Expression
Co-expression
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