Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: polypeptideCDSexonthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.ATGGAAAAGAATCCCGGTGAAGAAGCCCTAGCTCTACTCAGAACCAGAATCTGCGACCCCAACGCCTTTTTTTCTCTCCTCCCCCCTTCTCCAGATACCAATTTTAGGTAATTCATTCTTCTCCTCAATCATCTTATGAATCTGTATTTATTTAATTGCTCATTTACTCTCAATTTCTTTCAGTTGATATAATTGAATGCAATCTGTATTTTCAATTTTGCAGTAAATTGAAATTTATAGTATCTAGCTCAATCACTGAGGCGTGCAATAATTCCGTCTTGCTTCTTGGTCCCCGTGGTTGTGGCAAAACCGCGGTCTGTACTTCATTCTCTTTCATGGGTATTAATTTGATTGTTGATTTACCTGTTCGCTGAATTTGATGATGTTTTTTTTTTGTTTGGGAGTAGGTTTTGGAGCTTGTTCTTAAAGATCTATTGGCTGAATATCCAGATATGATAACAGTGGTAATGTTCTACACCCAATTCCTATTAATATATGCAAAATTCATACTCGTATTATTGATTTTATGGTTGAAAAATCAATAATTAATTAATTTCATTATGTACTCCCTAATATGCTAATAATGATGATATATTGGTGAAAAGTTATAGGAAATAGGAGTGATGAGTGTTTGGTGCCTAACAGTTCAAACTTTTGATGGTTAAACATACAAGTCCGTTGTTGAACTATCAACTTTAAAAGATCTTTAATTTTACTTGGTTTCATTGTACTTCATGTACAAGGTTCATAGTTGAAGAAGTGTTGGGATAATCTCCCCAAATACCAAATAATTAAGTATTATTCTCATATAATGAAAAAGGAAATGAAAATTAATAATATGAATTTTGTAGTGGAGTGCTTTAGACATGGTCTAGATATTTCCATTGGTGGTAGACTTTTCTTGCCAAGACAAAACTCGAAGAAGGTGGGCCTAGGGTGTTCTTAACAGCCGTAGAAGCTTTTTTGTTCCTATTATCAACAAAGTCTACAACTTGTAGAAGTGTGTAGAAGCTTCAGAGGTTGGGTATTATGAAAGGGAGTTTTCTCAACCGGTAGGGTGAATGAAGGGTGTGTGCAAGAAGAAGTAGTCACACTAGAAGTCAGTGAGTGTGTGTTACCAATCGCGGGGGTGCACAAAATCAATAGTGTGAGGGACTACTTGGTTTATGAGGTAAACACAATATTAGTGTGAGGTGTAATTTTTAGGATTAGTGAAATTACCATGGGGTTCATTGTAGACTATCCTAAAAATACGTTGTATCTAATGCAATATTACTGTGAGGTGTAATTTTTAGGATTAGTGAAATTGCCATGGGTTCATTGTAGAGTGTAGATTATCCTAAGAATACGTTGTATCTAATATTGTAGTAGTTGTGGGATTTTAAATATTATGTTTACTTTAAATAAAGGAAACAAAACCATTCTCCTCTATTGTGTTTGGTTTATTAACTTTTTTTTTGTAGTGAACTCTCACCTCCTTCAATAAGTCCTTCCTCTCTTCACTGTCCAACCACAATTATCTTTACTCTTAAATCCTCCCTCTTCTCCTTGCTACCTTCCATGATCTTTTCTCCACCGACCTTTTAGATAATGTGTTTTCTGGTTAGGAGAGGGCTGGATTAAGACAATGTTTTTCGTTTGGAAGCAGTTTGGGTTGTGTTTGCAAGGAGGTGGTGGGTTGATGCCGGTGTTAGCCATTCTTGGTGAGGGTGAGTGGCTCTAATGGCGACTGGCGAAGATGTATGTTTGTTGAAGTCTATGAACAACACGGTGGGTGGGTTAGGATACTGAAGATGGACAGGGATGATGCGATGGTGCACCAGAGATAAGGGAACCTATGTTACTTGGACTCTTCATTTTACCTCAAGTACCCGTGTCGGATCCTCCACACTCGGACATGGGTATGGACACCGGATACTTCATTTTGGACCAAATTCATGTTTTTTTTTTCCCACAAAAGCCGAGTCAGACACTTTGACACGTACCCGTATCCGACATGGGTACCCGAATCCAAGTAACATAGAAGGGAACATATCTTTTGAAGAACCTATGGGAGGCTATGATCAACTTACATGAGGATTTCTTTTTCGCAGTTTATTACCTTTCCCTTCCCTAAGACCCCGTACCAAACAACCCCGACATCTGCTTTGTTGGGGTTTCACCATTGGTTTTTAGTTAGATGAAATATTAGTATTTTTTGGTTTATAGTTCTAGGGTATGTGTTATTCAGGCTTCAGACGGAGAATATTTTGGTTTCAAATTTTAGATACTTTATAGGGTAGAAAAAAGTTATGTGTATTGAGGTTGGGGTGGGATGGGTGTAGGACAGGGTGGTTTGAGATGGGATAGGGTTGGTGCTGAGGATTAGGTATGGCACATTACGTGTCCCTGCTTCATCACTTGTAGTTAAAAGTTTCCATACCCTTCTAACCATGAGGCCATTTCTATACTATCAAGGTAACTATCAAGGTGGCCGCAGGGTGGAATTGGAATCCTCAGATACTCTCATTGTCATCTCTTTATTTTATGTGAGATCAACATAAGTTTTTGCTGTTTTTATCCCCTGGTGGACCTTCTAGCTACTGGCGTACTGATATTTTTTTCTCTATCATACATATTTGAGTTTCTTTTAAGTAATAGTCTTTTGGAGCAATGATATAGTACACAAATTTAGGTTTTGATGTGCTTGTTTTTCAGCAATTTGCTTGTGATTTCAAAGTTTAATTTGGATAGTAGTTTTTGTTCAACTTTTGTGTTCACTACTTCACTGAGATGGAAGGTTTTTAAGTTAGGATTTCTGATATCCTCTCTTGAAAGAGTAGTTGTTAAATTTGATTGCTGAGTGTGAAAAAAGTAGTTGATTGATTAAAAAAAAACTTAAAAAGAAAGAAAAAGGATGTGAAGGGTTTAATAAAAATTGTGTCCTCTTTGGTTAGTTACTTGTTTGTCAGTTCCCCCTTCCTTTTCGTTGGTTGGTTATCTTGCTAAGTGTTAAAGTATCAGCTTTACATTTTTTGCAGATTAAATTGAATGGGCTTTTGCATAGTGATGATAATTGCGCCCTTAAGGTACGACTTAATATGCTGCATATTTTTCATGATCTTGTTAAGTTCAATGTTTGTGAATACCATGAGATTGAGTGTTCTACATCATCTTCCTAGCAAGCGATGATGTGTTTTCCAAATTTCCACCTTGTTCATGTGCAACTGATAATAAGATATTTTCTTCTTGAATGTTTGGCATATTAGATACTTAAGGCTAAGAGCCTACGACTATCCAAATGTTGCACAACCTTTGTGACTGAGCAATATTAATCATGTTGGTCGTTCTTATGTACTCCCTTCGTCCCAATTTAAATGTCACAATTTCTTTTTTTTTCGTCTCAATTTAATTGTCATACTTCCTTTTATGGCATGGACCCACTAATATTTTATTACATCTCTCTTTCCACTACCAAAAGTTATGGTCACACATCCTCACATTCAATTAAAATTAAAAAAACCTGCTTTTCTATTAAACTACAATAGATAAGCTTACAATAACTTATCGCATAAAACTACACAAAAAGTCTATTGGGACGGAGGGAATACACTCTATCCTTAGAGCGTCACTAGCTAAGAAAAGTAAGCTTAGAGCAGATTTTTTTTTTCCTGTTGATGGCTAATGCTCTAAACTTGTTTGTGTATGTTGTCTTCTTTCACCGAATTCTTAGTTCCTCCTGATTTTCATTAACATATTTAAACAATTATTGGATGTACATAAGAAAGATAAACAAGGTTGAGGACGCACGCCATTGCCAAGGACCAAAAAGCAAGAACTTGAGGATATGTGCTATCAGGAAATCCTGTACAAATCCATGGTAGTCATAATTGAGCTCCACTACAAACTCACTGAATTTATATGATAGTTCGTCATTCTCCCTAACAATGTTTTTGGATAATAGGTTAGGAAAGAAAGGAAGGGGAAGGAAGAGGAGAGAAAAGAAAGGGAGGTGAGGGGAGGCAAGAGTGAGCTTGCATTTTCCTTACAAACTTTTAAATGTTGGAAGGATTTGGTTTATTAAAAGGGAGGGAAAATGGATCGCTTCCCTTTCCTCTCCAAAAGTCATATCCAAACAAGGGAAGTTGAATCCCCCCGTTTCTCTTTCATCCATTTCCTTCTGTATTTATCTATCCAAACACACCGTAAGGTCTTATCTCAACACATTAGCGTACTACACATTAATATCCCAAGTGTCAAGAATATCCCGATCCCAAGTCTTCTTTTGGCAAACATTGAATAACTGACAAAGTGTAATTGTTGCTTATTTCACTTCCACAAAACTAATTTCTCTCCTTAACCTTTTTTTTGAGGGAAAGATAGAGCGGACAATTTATTAATTTAAATCAAATTCCGCCTAAGTAGTGATGCTTTGGGGAAAAGAACCAACACAAACATACTCCGAGTTTTTGCTAGCATCCAACCTTTACACTAGTTGAGCTACCAAAATTACATCCCTTTGCACATTAGAAATATGAGAAATATCAAAAAGCAAACTATCTTTCCCAATGTCATCATAGATATGGTGGATAGCATAACAACCTCTGGAGTCACTCTTCATAGCTTGGGCCACATTTATAGCATCACTCTCGACCCACACACGATCATACCCAAGCCTCTCTCCATTTGCAAACCAAACCTAACAGATAAAGCTTCAGCGATTTTCGGCATCGTAACATATACTCTCCTTGTTGCGATATCCATTATCACCCCACATTCAATTCGTATTACCACTCCCAGTCCTGATTTGCAATGCTCGATGACATGTGCATCCGTATAAATCTTGACAATGCCCTGTGGAGGGCAAGTCCAAGGCGAGGAAATACTCGTGCTAGTAGCAGGCACAATCAGATGAACACCTTCTTGGAATAGGAAGCATAGTCCTCCATGGCACGACTAATCTCTAGGAAGCTCATTCTCAAAATAAATCAAGCTTCTACACCTCCAGGGAGCCC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MEKNPGEEALALLRTRICDPNAFFSLLPPSPDTNFSKLKFIVSSSITEACNNSVLLLGPRGCGKTAVLELVLKDLLAEYPDMITVIKLNGLLHSDDNCALKEIARQLCVEHQLLFSKMASFDDNTQFVISMLRECGLAHKTIVIVLDEFDLFAQGKQRLLYSLLDAMQSVTSQAIIIGISCRLDADQLLEKRVRSRLSHRKLLFCPPSKDELERLLECLLSLPVNSSLPQSYVVEFNKELRKILADQKFKDSINTLLSSDSTVDQILRFLFLSVSTMDLKTGILSVENFKSVVEKINRKPKLEYLKDCSVLELYILVCMKRLEVKEQNSYNFNSVMKEYKAIHDSFQTPDSYARNVCLRAFEHLIQRELICFMDNRGYNQSIEFRSVKLLISPYELHQGLEKNQNCPSMLQKLMNQTGQRS Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Homology
BLAST of Spo24804.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902157556|gb|KNA06134.1| (hypothetical protein SOVF_183890 isoform A [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 822.8 bits (2124), Expect = 2.800e-235 Identity = 421/421 (100.00%), Postives = 421/421 (100.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo24804.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902157557|gb|KNA06135.1| (hypothetical protein SOVF_183890 isoform B [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 816.2 bits (2107), Expect = 2.600e-233 Identity = 420/421 (99.76%), Postives = 420/421 (99.76%), Query Frame = 1
BLAST of Spo24804.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731341027|ref|XP_010681707.1| (PREDICTED: origin recognition complex subunit 4 isoform X1 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 717.6 bits (1851), Expect = 1.300e-203 Identity = 359/421 (85.27%), Postives = 393/421 (93.35%), Query Frame = 1
BLAST of Spo24804.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731341029|ref|XP_010681709.1| (PREDICTED: origin recognition complex subunit 4 isoform X2 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 711.1 bits (1834), Expect = 1.200e-201 Identity = 358/421 (85.04%), Postives = 392/421 (93.11%), Query Frame = 1
BLAST of Spo24804.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731341031|ref|XP_010681710.1| (PREDICTED: origin recognition complex subunit 4 isoform X3 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 675.2 bits (1741), Expect = 7.200e-191 Identity = 344/421 (81.71%), Postives = 377/421 (89.55%), Query Frame = 1
BLAST of Spo24804.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9QFU8_SPIOL (Origin recognition complex subunit 4 OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_183890 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 822.8 bits (2124), Expect = 1.900e-235 Identity = 421/421 (100.00%), Postives = 421/421 (100.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo24804.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9QFW8_SPIOL (Origin recognition complex subunit 4 OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_183890 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 816.2 bits (2107), Expect = 1.800e-233 Identity = 420/421 (99.76%), Postives = 420/421 (99.76%), Query Frame = 1
BLAST of Spo24804.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8EY98_BETVU (Origin recognition complex subunit 4 OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_6g143040 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 717.6 bits (1851), Expect = 8.800e-204 Identity = 359/421 (85.27%), Postives = 393/421 (93.35%), Query Frame = 1
BLAST of Spo24804.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A067FBU0_CITSI (Origin recognition complex subunit 4 OS=Citrus sinensis GN=CISIN_1g014789mg PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 623.6 bits (1607), Expect = 1.700e-175 Identity = 310/416 (74.52%), Postives = 366/416 (87.98%), Query Frame = 1
BLAST of Spo24804.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: F6HFL3_VITVI (Origin recognition complex subunit 4 OS=Vitis vinifera GN=VIT_01s0011g04400 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 623.6 bits (1607), Expect = 1.700e-175 Identity = 307/412 (74.51%), Postives = 364/412 (88.35%), Query Frame = 1
BLAST of Spo24804.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: ORC4_ARATH (Origin of replication complex subunit 4 OS=Arabidopsis thaliana GN=ORC4 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 552.7 bits (1423), Expect = 3.400e-156 Identity = 269/414 (64.98%), Postives = 344/414 (83.09%), Query Frame = 1
BLAST of Spo24804.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: ORC4_ORYSJ (Origin of replication complex subunit 4 OS=Oryza sativa subsp. japonica GN=ORC4 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 450.3 bits (1157), Expect = 2.300e-125 Identity = 221/352 (62.78%), Postives = 286/352 (81.25%), Query Frame = 1
BLAST of Spo24804.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: ORC4_XENLA (Origin recognition complex subunit 4 OS=Xenopus laevis GN=orc4 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 181.0 bits (458), Expect = 2.700e-44 Identity = 125/389 (32.13%), Postives = 210/389 (53.98%), Query Frame = 1
BLAST of Spo24804.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: ORC4_CRIGR (Origin recognition complex subunit 4 OS=Cricetulus griseus GN=ORC4 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 179.5 bits (454), Expect = 7.700e-44 Identity = 123/405 (30.37%), Postives = 212/405 (52.35%), Query Frame = 1
BLAST of Spo24804.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: ORC4_BOVIN (Origin recognition complex subunit 4 OS=Bos taurus GN=ORC4 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 178.7 bits (452), Expect = 1.300e-43 Identity = 125/405 (30.86%), Postives = 214/405 (52.84%), Query Frame = 1
BLAST of Spo24804.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT2G01120.2 (origin recognition complex subunit 4) HSP 1 Score: 537.0 bits (1382), Expect = 1.100e-152 Identity = 267/421 (63.42%), Postives = 341/421 (81.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo24804.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT4G14700.1 (origin recognition complex 1) HSP 1 Score: 49.7 bits (117), Expect = 5.200e-6 Identity = 63/288 (21.88%), Postives = 135/288 (46.88%), Query Frame = 1
BLAST of Spo24804.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT4G12620.1 (origin of replication complex 1B) HSP 1 Score: 49.3 bits (116), Expect = 6.800e-6 Identity = 61/287 (21.25%), Postives = 128/287 (44.60%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo24804.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr) Total hits: 5 Position : 0 Zoom : x 1
BLAST of Spo24804.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL) Total hits: 5 Position : 0 Zoom : x 1
BLAST of Spo24804.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt) Total hits: 5 Position : 0 Zoom : x 1
BLAST of Spo24804.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR) Total hits: 3 Position : 0 Zoom : x 1
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29 Position : 0 Zoom : x 1
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
RNA-Seq Expression
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