Spo02638.1 (mRNA)

Overview
NameSpo02638.1
TypemRNA
OrganismSpinacia oleracea (Spinach)
DescriptionUnknown protein
Locationchr2 : 27314145 .. 27320268 (-)
Sequence length819
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideCDSexon
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGTCTTTCCATGGATTTACTGATTCCGGTGATGATAAACCCTATTCTGGGCCTTATGAATGCACCGAACCCGATCATTGTGATCTTGGTTCCTTGTGTGAGGGCGAACATAGCTATTCTCGTGAGTATATTCGATTTAGATGGGGAAGAAATGAGTCTTCTCTATCTGATCCAACGGTGGAGGGTAACAACCCGTCGCCGCCAAAGTCGCCGGAAAAAGGCCCTCCAAATTTGCCAGAAAAAACGCCTCCAAAATCGCCCCCGCATGAAAATTTTGAGGTAAATTAACCACATCCAGTTTTTCGTGGTGTTCCTGATCCAGATCCGGTGGTTCCTGGTGTTCGTGTGGGCGGCGACCCTTGGAATCCCCACGAATCCGATGTGGTTAATGACGGTGAGGAGGATTTTGACACTATATCCGGTGCTGAATCGAGTTGTTGGTGACTAGAGCTAAGTCCTCTCTCTCTTTAATTTCTCTTTCTCTCTTTAATTTTTGATGGAGGATGATTTGCATGTTGATATGGTTGCCAGCAAGTGTGATCTCTTGCTGACCAGGGTGGATGTCTTTTGGAAATTGGTTGATTATTGGTTGTTTGTTGCTGGCAAGTGTGATCTTCTTTAAATTGATTTATTGATGATTGTTATTCGAGCCGTAAATTGAATATTTGATGTTGATTGATTCCCCAAATTTGACCCTTAAATTGAATTATTGATGATTGTTGATGCCCTAATTCGAGCCTTAAATTGAATTTTTTATGATGATTGATGCCCCTGATTCGAGCCTTTAATTGATTTTATGATGATTGTTGATTCCCCAAATTCGACCCTTAAATTGAATTATTGATGATTGTAGTTCGAGCCTTACATTGAATTTTTGATGATTATTGTTGCCCCTAATTCGAGCCTTAAATTGATTTTATGATGTTGTTGATTCCCCAAATTTGACCCTTAAATTGAATTTTTGATGATTATTGATGCCCCTAATTCGAGCCTTAAATTGATTTTATGATGATTGTTGATTCCCCAAATTCGAGCCTTACATTGAATTATTGATGATGTCCCTTATGATGACCCTTAACTGATTCCCCTTATATTGATGACCCTTATGATGACCCTTAACTGTTAATTGATTGTTGATGTCCCTTATGATGACCCATTGACCCTTAACTGATTCCCCAAATTAAATGTTAAATGATTGTTGATGTCCCTTATGATGACCCTTAACTGTTAAATGATTGTTGATGTCCCTTATGATGACCCTTAACTGATTCCCCAAATTAAATGTTAAATGAGTGTTGATGTCCCTTTGTTAAATGATTGTTGATGTCCCTTATGATGACCCTTAACTGATTCCCAAATTAAATGTTAAATGATTGTTGATGTCCCTCTTATGATGACCCTTAACTGATGCCCCTTATGTTGATGCCCCTTATGATGACCCTTAACTGATGTTTGTTTGATGGTGTGGGGTGGTGAATTTGTGTTGGTTTGACTTGTGTGTGAGGTTTGATTTGGACATTTGAGATTGTTGTTGTTAGTGATAGAGTTTGTTTTTGTGATGCTTGGGGGCATTCTAAGGTTTATGTCGTGTCTTACCAATGATGAGTCTTCATAAATGCTGAGAAACAAACTCTTTATGCCACTAACCACTATGTGTCATTAGCAACCGGTCAATATTTACTGATTTGAGGCTTCTCGGGCGCTAAGTGATTAGTGGTAGAGTTTGTTTCTGTGATGCGTGGGGGGCATTCTGAGGTTTATGTCGTGTCTTACCAATGATGAGTCTTCATATATGCTGAGAAACAAACTCTTTGTGCCACTAACTACTCTGTGCCATTAGCAACCAGTCAATACTGATTGATTTGAAGCTTCTCGGGTGCTAAGTGGTTAGTGGTAGAGTTTGCTTCTGTGATGCTTGGGGGCATTCTGAGGTTTATGTCGTGTCTTACCAATGATGAGTCTTCATATATGCTGAGAAACAAAATCTTTGTGCCACTAACTACTCCGTGCCATTAGCAACCAGTCAATATTGTCTGATTTGAGGCTTCTCGGGTGCTAAGTGGTTAGTGGTAGGGTTTGCTTCTGTGATGCTTGGGGGCATTCTGAGGTTTATGTCGTGTCTTACCAATGATGAGTCTTCATATATGCTGAGAATTAAACTCTTTATGCCACTAACAACTCCGTGCCATTATCAACCAGTCAATATTGACTGATTTGAGGCTTCTCGGGTGCTAAGTGGTTAGTGATAGGGTTTATTTCTGTGAGTTTTGGGGGGCATTCTGAGATTCGTCCCATTTTCTATGCTTAATGGGTTTTGTAACACCTTTATAATTTCTAAAAATGTTGAGAAACAAACTCTTAATGACATTTACTACTTTGTGTCATTAGTAAATGAGTTGATGTTTTTCGTATGCTAAGTTGTGGTTTGTCCCATATTTATAGTACTGTTTTTATCAGATCAATGATGAGTCTTCATATATGCTGAGAGACAAACTCTTTATGCCACTAACCACTCCGTGCCATTAGCAACCGGTCAATATTGACTGATTTGAGGCTTCTCGGGTGCTAAGTGGTTAGTGGTTGGGTTTATTTCTGTAATTTTTTGGGGACATTCTGAGATAATTCAAATCATCACAACTAAGATTGAAACCTTAAAATGTTTATAAATCATCATTACCCGAGTGGTTTCAAAATACATTCAAGTTGACAAAAGTTATACTACATGCCCCAAAACACAAAAGTTTAACTACATGCCCCCAAAACACAAGTTTAAGCCTCACTACCCCAAAATTCTTAGTGAATTTGATATGTTTTTGTTTCTTCCCCTTGCATTAGAGCTTTCAGGTATATCTCTGTTGGGTTGTGTGGCTGTTGTTATGTTTCTGTTTAACTCCCTTGCATTAGAACTCTCTGGTGTGTCTCTGTCCGGTTGTGCATTTCTTGTTCCTATTGCTGCAATTACATGCTCTGGCTGTGCATTTGTTTCCCCATGTACTGCATCCCATTCTTGAATGACTGCCCACATTAGAGCTTGTACTTGCTCTTCCAATCTACCTTCAGCTTCAAGTCTTGCTTTGTTTACATGTGGCAAGACATATTCATTTTCCCCCATGTGACTTTAAAATAGCATTCCAAACATATTGCAGTGAATATCAAACATTACTCAGTGTTTTAGGCTCCAACTCATAAAAGGCATCATGAACTGCTTGCATCATTGCATCTACGTCTTTTGGCATTTTTTGTGCATTAATGATTGAATTCTCCTAAAAAAACCGAGGTCCAATATGTTCATGTCAGGACTATTAGGTGGTTGTTGCACTAGTATGAATGTGAAATCACCTTGTTGGTACACTTGTTGCCATATAGCATCATCTTGAGTCACATGTGCCTTTGCATTGTCTTGCTGAATGAATATTGTCTTCGGACCTTCAGTAGGTGGCCATTTTTCTATTATTGCCGGTATGATTTGCTCGATTAACATGCTCCTTTCACCTTTTGATTTACTGATTCAATGACTTTGGTCACTAATGTCCCCTTCTCTCTGTATTTTGAACTTCTCTTTGTTGGTTCACTATATGTTAATGGGAATATGCCTATTTTTCCATCAAAAGTGCACTCCTTTTGTGTGTTGAATCTTGGTCTTGCAACAACTGCTGTGAACATTACTTTTGGTATCCATTTGCTTGATGCTGCAGCTCTGTGTTTGCCTTTTTCATTCCTTGCAAGATAGCATCTCTGTGATTTCTTTGTCAAATAAAACCATTTCTCATCTAGATGAACATAGTCATACATTGGTTTGTACCGTGTCTTTGTTTCCGGTGTGTCCCCCACCAGCATACCCAAAATGTATGACATCCTTGCTATCTTGTTTGGATCCCCCAATCCAGGATATAATGGATTTGTATGTGGCTTGATATCTCCCCTTTTAATCATTCGATGAATTGTACCCCTCGTTATGCCAAGCTTTGGAACTAAGCCCCTTATACATATTCTGTCTCCCATTGCAAGTTTGGTTAGCTCATCAATGTCTAATTGAATTCTCTTCCTGCCAGCATTGTGATGTAGAGTTGCAAGATTATACCTTCGCATTTCTTGTTTCTGCCTCCTTGCTGTGTTCCATATCCTAGATAGGGTCCTTGCCGTGACCCCAAAGTGAGTTGATGCTGCTGTTATTGACCCGTATTCTTTTTTGCCCCTTGTTGCCCTATCTAGGAGCCATATGAGAATGTGAAGCTTGTTTTGACTGCTGAGCCTGCGGCGCTTAGGATGATTCTGTGTTGCTTGTTGCTGATTTCCTGTTTGATGGAGTGGAGTCTCTAGTGGTGGATGGTTCAAATCAAAATAAACGGTGTTGCCTTGAAGTATGTCCCCAACTTCTTCCATATCATCATCAGAACTATCATCAGAATTGATTATGTGATGATTGCCATCACTTCCAGAGTCTTCTTCCATCTCTGATTCTGGAATCGGAGCATCGTTCAAGTTAAAGCCGGAATATCCACCCATTTCTTCATCTTCATCATCTGGAAACCAAGCGTCGTTGAGATTGAAATCTGAAGTCATTCCCCCGCAGGCAATGATGCACCCTTACTCTTTTTTTTTCCTTTTTTTTTTACTTTGATTTTTTTTCTAGAATAAACTCTTTCTCCCTCTATTTTCTCCTTTTTTTCATGGGATTTATACCTTTATAGTTAAATGAGGTGCTGCCCACTTTTTATGGGATTTGTATCTGAAATTGTGAACGTTTTTTTTGCTCTAACCCTCTGTATTTAAATGAGGAAGAAGAGTACCAAAAAAATAGGGAGTCTGATTACAGATGGAAAAAATGACCCCATATTACCCCTATTTGTGTTGAATCTGTGTGCTTTAAACTGAGCATTTTGATTGGTTGAGAATAAATATTATTATATTCTTATTGGTTAAACTATTTTGATTAAGATCCATGTGCACTTATTTTTTTAAATATAAATGAGAGGCTGATTTGATCAGCACATGGGGGAAAACAAAGACAGTTTGTCTTTTTGCTTATTCCAACCCAAGTACAATCCAATCATTAGACTTATCCACTTCAAATATTTTTCTTAAAAACCGTAAAATTGATCAAACAGGACAATAATTTTAGGACGGATGGAGTATTAAGTAACCTCAACAAATCAACAAATAAAGGTTTAACAAGAATAAAAAAATTCAATACACAAGTACTTCTCAGCAAAATTTTAAAAAAGATCAATAAAATTAAATTCGAACCAAATAAGTTCACATATGTTAGTTACAGTCAAATTCAGATAAACCAAACGGACCTTTGGTTATCCAAGTTCGAGCAATCCTCACATTCCTAAGTTTCCCTCTCACTCTCTCAGTATGCTCTCTTCTCTCAAGAGTAAATAAAAGAAACGGCTATCCTGTTATCGGCGGCGAGCAAGAGCCACCGCAACTCGTCGGAAAGAATTCGGAAACGGATTCCATCGCCGGAGCTCGACCACGGCAACAACCAGTACTAGTTACCACCGAGGACGCATCACTAAGCGCGGCAGCAAAGGTCAGTTTTCGTTCCCCTCCCTTTGGAAATTGCAATTACTATTTCATTTGTTTTGATGATTGATGTTATTTACTGGAATTCTCTCTCTTTATGCTTTTGTTGGTTTGAACGGTAGAATTTGGAGGGAATTTTGTTCTCACAAGATTGAATTGCTGTGTAAAATGAACTAAATTTGGCTGAGATTTCAGCGAAAGTAATGAGTAGGGAAATGCTGTTGGTTTTAACATTACCGAAGCCGTAATCGAAAAGGAAGGGTTGCCGGAATTTTGTTCTCAAAAGATTAAATTGTTGTTTCAAATGAACTGAATTTGGATGAGATTCAGCGAACTAATGACTAGGGAGATGCTGTTAATTTTAACAACACCGAAGTTGTAATCTGGAAAGAAAGGGGTTGGCTGCACGAACCAATTATTTATCTCCTTGGTCGTTCGCAAAGATTTAAGGGCACTTTGTAGAATACGAGGATGCCAATGAGCAATTGATTTATTTTAACCCCTTCGATTGAGCTTTTTGGTGAATTGAATTCTGTATGTGTATGTTTTGTAGTGTCTTGATCCTAATATAAAAAGATCGAGAACAAATTGA

mRNA sequence

ATGTCTTTCCATGGATTTACTGATTCCGGTGATGATAAACCCTATTCTGGGCCTTATGAATGCACCGAACCCGATCATTGTGATCTTGGTTCCTTGTGTGAGGGCGAACATAGCTATTCTCGTGAGTATATTCGATTTAGATGGGGAAGAAATGAGTCTTCTCTATCTGATCCAACGGTGGAGGGTAACAACCCGTCGCCGCCAAAGTCGCCGGAAAAAGGCCCTCCAAATTTGCCAGAAAAAACGCCTCCAAAATCGCCCCCGCATGAAAATTTTGAGATCCGGTGGTTCCTGGTGTTCGTGTGGGCGGCGACCCTTGGAATCCCCACGAATCCGATGTGGTTAATGACGGTGAGGAGGATTTTGACACTATATCCGGTGCTGAATCGAGTTGTTGAGTCTTCTTCCATCTCTGATTCTGGAATCGGAGCATCGTTCAAGTTAAAGCCGGAATATCCACCCATTTCTTCATCTTCATCATCTGGAAACCAAGCGTCGTTGAGATTGAAATCTGAATCAAATTCAGATAAACCAAACGGACCTTTGGTTATCCAAGTTCGAGCAATCCTCACATTCCTAAGTTTCCCTCTCACTCTCTCAGTATGCTCTCTTCTCTCAAGAGTAAATAAAAGAAACGGCTATCCTGTTATCGGCGGCGAGCAAGAGCCACCGCAACTCGTCGGAAAGAATTCGGAAACGGATTCCATCGCCGGAGCTCGACCACGGCAACAACCAGTACTAGTTACCACCGAGGACGCATCACTAAGCGCGGCAGCAAAGTGTCTTGATCCTAATATAAAAAGATCGAGAACAAATTGA

Coding sequence (CDS)

ATGTCTTTCCATGGATTTACTGATTCCGGTGATGATAAACCCTATTCTGGGCCTTATGAATGCACCGAACCCGATCATTGTGATCTTGGTTCCTTGTGTGAGGGCGAACATAGCTATTCTCGTGAGTATATTCGATTTAGATGGGGAAGAAATGAGTCTTCTCTATCTGATCCAACGGTGGAGGGTAACAACCCGTCGCCGCCAAAGTCGCCGGAAAAAGGCCCTCCAAATTTGCCAGAAAAAACGCCTCCAAAATCGCCCCCGCATGAAAATTTTGAGATCCGGTGGTTCCTGGTGTTCGTGTGGGCGGCGACCCTTGGAATCCCCACGAATCCGATGTGGTTAATGACGGTGAGGAGGATTTTGACACTATATCCGGTGCTGAATCGAGTTGTTGAGTCTTCTTCCATCTCTGATTCTGGAATCGGAGCATCGTTCAAGTTAAAGCCGGAATATCCACCCATTTCTTCATCTTCATCATCTGGAAACCAAGCGTCGTTGAGATTGAAATCTGAATCAAATTCAGATAAACCAAACGGACCTTTGGTTATCCAAGTTCGAGCAATCCTCACATTCCTAAGTTTCCCTCTCACTCTCTCAGTATGCTCTCTTCTCTCAAGAGTAAATAAAAGAAACGGCTATCCTGTTATCGGCGGCGAGCAAGAGCCACCGCAACTCGTCGGAAAGAATTCGGAAACGGATTCCATCGCCGGAGCTCGACCACGGCAACAACCAGTACTAGTTACCACCGAGGACGCATCACTAAGCGCGGCAGCAAAGTGTCTTGATCCTAATATAAAAAGATCGAGAACAAATTGA

Protein sequence

MSFHGFTDSGDDKPYSGPYECTEPDHCDLGSLCEGEHSYSREYIRFRWGRNESSLSDPTVEGNNPSPPKSPEKGPPNLPEKTPPKSPPHENFEIRWFLVFVWAATLGIPTNPMWLMTVRRILTLYPVLNRVVESSSISDSGIGASFKLKPEYPPISSSSSSGNQASLRLKSESNSDKPNGPLVIQVRAILTFLSFPLTLSVCSLLSRVNKRNGYPVIGGEQEPPQLVGKNSETDSIAGARPRQQPVLVTTEDASLSAAAKCLDPNIKRSRTN
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameType
Spo02638Spo02638gene


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo02638.1Spo02638.1-proteinpolypeptide


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo02638.1.CDS.5Spo02638.1.CDS.5CDS
Spo02638.1.CDS.4Spo02638.1.CDS.4CDS
Spo02638.1.CDS.3Spo02638.1.CDS.3CDS
Spo02638.1.CDS.2Spo02638.1.CDS.2CDS
Spo02638.1.CDS.1Spo02638.1.CDS.1CDS


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo02638.1.exon.5Spo02638.1.exon.5exon
Spo02638.1.exon.4Spo02638.1.exon.4exon
Spo02638.1.exon.3Spo02638.1.exon.3exon
Spo02638.1.exon.2Spo02638.1.exon.2exon
Spo02638.1.exon.1Spo02638.1.exon.1exon


Homology
[Close]
BLAST of Spo02638.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902235897|gb|KNA24131.1| (hypothetical protein SOVF_018730 [Spinacia oleracea])

HSP 1 Score: 64.3 bits (155), Expect = 3.700e-7
Identity = 42/95 (44.21%), Postives = 53/95 (55.79%), Query Frame = 1 

		  

Query: 2   SFHGFTDSGDD--KPYSGPYECTEPDHCDLGSLCEGEHSYSREYIRFRWGRNESSLSDP- 61
           SFHGF+ S D+  K  +  YE T+ +HCDLG  CEGEHSY+RE +R+   RN+S  + P 
Sbjct: 71  SFHGFSSSDDNVAKKETFEYEFTD-EHCDLGEYCEGEHSYNRECLRYLRRRNDSFCASPS 130

Query: 62  -----TVEGNNPSPPKSPEKGPPNLPEKTPPKSPP 89
                TVE   P PP SP +G   L        PP
Sbjct: 131 TRSEKTVEEKPPPPPLSPGRGSKTLIPNAEVDQPP 164
[Close]
BLAST of Spo02638.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9RXB4_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_018730 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 64.3 bits (155), Expect = 2.600e-7
Identity = 42/95 (44.21%), Postives = 53/95 (55.79%), Query Frame = 1 

		  

Query: 2   SFHGFTDSGDD--KPYSGPYECTEPDHCDLGSLCEGEHSYSREYIRFRWGRNESSLSDP- 61
           SFHGF+ S D+  K  +  YE T+ +HCDLG  CEGEHSY+RE +R+   RN+S  + P 
Sbjct: 71  SFHGFSSSDDNVAKKETFEYEFTD-EHCDLGEYCEGEHSYNRECLRYLRRRNDSFCASPS 130

Query: 62  -----TVEGNNPSPPKSPEKGPPNLPEKTPPKSPP 89
                TVE   P PP SP +G   L        PP
Sbjct: 131 TRSEKTVEEKPPPPPLSPGRGSKTLIPNAEVDQPP 164
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo02638.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr)
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
gi|902235897|gb|KNA24131.1|3.7e-744.2hypothetical protein SOVF_0187... [more]
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BLAST of Spo02638.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL)
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A0K9RXB4_SPIOL2.6e-744.2Uncharacterized protein OS=Spi... [more]
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BLAST of Spo02638.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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BLAST of Spo02638.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
NoneNo IPR availableunknownCoilCoilcoord: 267..272
scor