Spo02989.1 (mRNA)

Overview
NameSpo02989.1
TypemRNA
OrganismSpinacia oleracea (Spinach)
DescriptionUnknown protein
Locationchr1 : 30289944 .. 30296447 (-)
Sequence length1132
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideCDSexonthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGAAAAAATTCCCACCCTTCCCAATTTTCATTCCCCGCCTTTTGTTTATCTCACAAGGCAGAGGTTGCTTCCTTCTCGCTGCTTGTTGCCCCTTACACCGCCCACCCCCCTTCTCCCCTACTGCCCCAACACCGCCCACCCGCGTTTCTCCTCAACTTCCCCAACACCACCCATCGCGTTTCTCCACCAACACGACCCACCTGCAAAGCACCACCGTGTCGTGGCTTGCATATCTCCTCGACACGCGTTTGTCCCCTGATGCGCGACTGGAGCCGTGTCTCTTACTGCTGGAAGCCGTCCGTGTTTCTCCGACTAGCTTACTGCTGGAAGCCTCCCCGCAACCGCCTCATCTCCTCTCCTCTACTGCGCGCAGTGCCGCCGTCGATTGACTCCTCTCGCTGGCCACCACTAGGTTATTTCTCACCAATTTTGTGAATTATGTTCTGCAAATTTGATAATTATCCCTCAAAAGTACCAATGAGTGAATCTACCAGTTAATTTTGTTAACCCCAGTTAATTTTAATAATAATTTTGCAATTTTGTTAATTATTTTGTGAATTAACCACCAGCTATAAGTTATTTTGTGATTGACTGATTGATATAGTAAACAAAGAATTGGCTAGCTGTTCTACCTTCTTATTTCTGGTTGTGCTGTTCATTATGGTTGTTGGTTTTAAATCTTGGATGGTTTGCGTTTTTGTTAATGGTTGTGGAATCAGTGTTGTGGTGAGCATTGTTTGGAGATGTTAATACCTTTTGCAGTTGCAATGGAGATTAGTTCCCTCATTGACACACGCAATAATTATCACCACCCTGTTGGTGTTTAGTTTTACAGGTTTTGGTTTCTTTTTTTCTGGTTTGTCCATTCACAAGTTATAGTTGTGGGCTTCTCTGTTGGTTGCAGGCTGTAGTTGTGGGCTTCGCTGCAGCTGTTTTTTTTTTTGTTGGCCTCTTCTTCCGTGTGTTCGATTGTAGTTTATGCCCTGCTGCTGGTGGTGTTAGGCAGTTGGTTTTTTGTGTTTGTCTTCAGTGACTTTCTAGTTCTGTGTTGTTCTTCCCTTTTATGTTTCTTAGTATAAGCTTACTATTGTGTGCTAATTAATGTGCTAATATTTATGATTTATTTTTGACTTCGGTTGCCTGTGTGTCTGTTGGTTTTCGTTGTTGTGGTAGTTTATTGCTGAAATTTGGTGGTTTCTGCATGGTACAATTTGCAGTTCACATAAGTTGACATATGTTGACCTCTACGGAATGGAAGTTTGACACTTGTTTTGTTATTTTGCTGATCTTCTTCTTCTTATTATTTTTTTTACTTTTTGATCTATTCTGCTATTCTGATTTAGGCTTGATGTTGTTTTATTTTGTGTTGTTGTTCTGAGATGGTTTTGAGGTGCAGTTTTAGTTTTACTATTCTGCTTTCTAGCTTGATGTTTGTTGCTGCATTCTGGAATGTTGTTGCTGCATGCTGATCTGCTGTTCCTACTTTCTTGTGTTTTGCCTTGACAAAGTTGTTGAGCTGCAACTGCTTTGCTCGAGTGTGCATAAGTTGAGTTGGTGGCTGGTTGTGAAAGTCAGCTAGCAGCTCTCTTCATTTCTGAAATTCAGTTGGCTGCTCCCATGGTGTGTTTCAACATGATGATATAGATATAAACTTGAATTAAATAAATACTATTACCGTTATTTTATGCTTATCCTGTTTGTTTAGAAGGTTGCATTATGAATTATGACTAAGGGGCTTTTTTGTGTGCTAAGATTGTATATTTACTTGTCCATCTCCTTTATCTGTCGCAGGGCGTATTAAAGCTTGCAGAAAGGCTACCTTAGTGAGTATAAGCTTGTAAAGGGAGTTCAAGTTACAGATGAGTTGAATTGGAAAATGCGGAACTGTCTCGAGAGGATTTACTTGAACATTAGTGAGTATTCCTTTTTTGTAACCAATAGTGTAATTTTTTAATTAAAGATGTTTAGATAATCTTCCTATATTGATCAATATGAATTAGGTCAATGAAAGGTTATACCTAATTGGCAGCAAATTGCAAATATAAGGTCCTCATAAAGTTCAGTAAGTTCATAAAATTGCAAATTCGTTGTTTTTGTCCACCGGAAAGTTGAGTTCCGCCTTGTCCCACCTCAAAGTCATTAGCATCCATAGTGTTAACTGTGCTTCAGATTGTATATTGTTGAAAGTTCAGAGTTTTTAGCCTTTTTTCGTTACTTTCAGTTGGCATTAACTTCACAGTATACTTCACTACATACTCCTTGACATCTTGCTAGTAGTTGATGTTTGCACCGAAGTAACTCGCTGCATACTCCTTGACACCTTGCTGGTAGCTAATGTTTGTGCCTAAGTAATGTGCATTTGTTTTCATTAAGAGTGTAGTTGGGGGATTCCGAGAAAAGGTGCATGATTTTAATTTGAAAGCAGATACATACATCAAGGTGGGAATCCTAAGTTGTATGTTAGAAAATGTATGATTGACCTGAGAATTGTCTCCTGTCCTACCCAAAGCATCACTAATTGGGGCCACATTTCTCCAAACATCAGATTATATTTCTAATCTTCCCTCTCACTCTCTCAAGTACAATTCCTCCAAACTCATTCTTTCTCTCTATGAGCATCATATTATGTGGTGTAACGTCAAATTTGATCTCCATGCGGAGTAATCTCTGGTTGTTACTATGAATTTATGTATCAAACATAACTCTGTAACTCTGGAATAATTCTCAATTGTGGATCTTGCTCATCTCCACTTAGTTGTATACTAGGATTTCTGTCGTCCTAATTCTTCACGGAAAAACTGTGTCTTATTTGGACAAACGACTTTCTTGAATAAGTAGATCCTTGAACATTATATTGTTGTTTTTTTATGTATTTATTCCCATTTTGTAGTAGATATATTGATCATTGCATTTTTTAGTAGTTGCCTCAACTTGTTAGAATGTATGCCAAAAAATTGAGGGTGTGTTTCACAAATTTATCTATACTTTGAATTACTAAGGTATGGTCCTATCATTAGAACCATGTGTTAAGAAATACATCTTCCATCCATTTCTTTTGGCACTTGCCGTTGTCGCTGTTGATGGTTTGAGCTTATTGTTACAAATTCATTGGTGAAACAGGGAATGCCTTGAGAATGGTGGCTCTTGAATTCCCTAAGCTAAATCATCTATAGTAGCATGTCTTTGTTCTTAGATTTCTCATTTCTCAATTCTGATCAATCTGCACAAAGTGGGACAATTGTTATTTTTTAGAAACACAAACAAAGGAGCGTGAAACCACCAAACCCTAGTTTTAATGTATGATATCGCAGGCCAAGTCCGTCCTATTTTTGGTAAGTTGTCAGATTAGTTTGAATTGTTTGACTGTTATTCTGGTCAACTTGGGTGGTAGTCTGCTCTTCGTTGATTGCTATGATTTTCTTGATTTAGTGATTGGTATCCATGGTTCACATTTCAGCGTTCTGGATGGATTTCCTGGTGCTGTTGGGATCATGGGAAAGGATCCCCGTGCTAATCGCCAGGCTGCCAGGATTAGAGTATTAGACTGAAAGAAGACGATGCAGAATCTGTTGCACAGGAAGAACATAAACATGACCAGTTAAACCGCTGTAAGAGATTCTACTATGTCAACTGAAGGTAATTCTTGCAACTCTAGTTGATCATTCAGTCTTCCTTTTTGAGGATGTCCAACAGTGTGTTCGTATGGCTGAAGAATCCTGCACTCTGCCTTTATGTAGTTAGATATGTGCATAACTGCATCAAAACAAAACTACAAATTTATTTTTATGGGCCAGGATCGATTAATTCGTTGTTTAATTTAGAAGAAGTCTTTTTCTGTCTTTATATGCAGTTATATGCAGTTATATGCTCTTTTTCTGTCTTTATATGCAGTTATATGCTCTTTTTCTGGGGCCATGCATGAAAAGAACATGGATGAAGTGATTTATGTTTAAAAAAGATTGGCCTTTTATAGTTTTTTGAATACTGGTTGAAGAAAGATGACTATTAACTGGTTTACTTTGTAATTTTGTCCTCTTATATTATGGTGACTAAATGTTGGTCATAGTTTACAAATGTTTGTGGCATAAAGATAGCACACGGTTACGTATAGGCCTTGCTTTTGTTTATTGTTATTTAACTCCTAGCCTATCTTTTGTCCATGATATGTTATTACCTGATAACAGTTGTGTCAAAGTTTTTGACAAGATAGTGTGAACCATTATTAAATTGCTGTAGTTCTGGATCTTTATATTTAGTGTGGTTGATCTTAAAGTAGCTTCACCCAGGTACTCCTCCAGGTAATTTTGTTGAATCAATATCGGGTGCATGCTTGCTAGACTGTAACTTAAGTGTGTATTTAGTGTTGTTTAGGGTTTAGGTATAACGATCAAACGAGCCTTAAATGTGCATAACTTGACAAAACTAGGAGTGAGTCTTAGAAACATAATATTTAGTATATTAAACATGTAAAAGGTTTAGAATACCTATGTAGGTTCATTAGTGAATGATTCTTATTAACACAATGCTAAGTATATTATACATTTAAAGTGTTTAGATTTTAGAATACTTATTTAGCTTCATTAGTTGAGAGTTGAGAGCGAAAACAACCATTATAGTCAAAATATGTCCTATAACGATCAAACGAGCCTTAAATGTGCATAACTTGACCGATATAGATTTGAATGAGTCTTATAAAAATAATACTAAGCATATTAAACATGTAAAGGGTTTAAAATGCCTATTTAGCTTCATTAGTTGAGAGTTGGGAGCAAAAACAACTATTATAATCAAAATATGTCCTTTAACAATCAAACAAGACTTAAATGTGCATAACATTACCAACGTAGATAAGAATGAGTCTTAGAAACCTAATACTAAGTATATTAAACATGTAAAGAGTTTATAATACATATTTAGCTTCATTAGTTGAGAGTTGGGAGCGAAAACGACCATTATAGTCAAGATAAGTTATATAACGATCAAACGAGCCGTAGATGTGCATAACTTGACCAAAGTATATGAGAATGAGTGTTATTAACATAATACTAAGTATATTAAACATTTAAAGGGTTTAGAATACCTTTTTAGCTTCATTAGTAGTTGGGAGCGAAAACAACCATTATAGTCAAAATATGTCCTATAACGATCAAACGAGCCATAAATGTGCATAAATTGACCATAGTAAATGAGAATGTATTTTATCAACCTAATACTAATTATATTAAACGTGTAAAGGGTTTAGATAACTAATTTAGGTTCATTAGTTGAGAGTTGGGAGCGTAAACGACTATTATAGTCAAAATATGTCATGTAACTATCAAGCGAGCCTTAAATGTGCATAAGTTGACTAAAGTAGCTGAGAATGAGTCTTATCATCCTAATAATAAACATGTAAAGGGCTTAGAATACCTATTTAGTTTCCTTAGTTGAGAGGTGGGAGCGAAAACAACAATTATTGTCAAAGTATGACATATAACGATCAAACGAGCCTTAAATTGCATAATTTGACCAAAGTAGATGAGAATGAGTCTTAGCATCCTAATATTAAGTATATTGAACATGCAAATGGCTTATAATACCTATTTAGCTTCATTAGTTGAGAGTTGGGAACGAAAATAACAATTATAGTCAAAATATGACATATAACGATCAAACGAGTCTTAAATTGCATAACTTGACCAAAGTAGATGAGAATGAGTCTTATCATCCTAATATTAAGTGTATTTAATATGTAAAGGGCTTAGAATAAGTATTTAGGTTCATTACTTGAGAGTTGGGAGCGAAAAGAACAACTATAGTCAAAATATGTCCTATAACGTTCAACCGAGCCTTAAATGTGAATAAGTTAACCAAAGTAGATGAGAATGAATCTTATCATCCTAATATTAAGTTTATTAAACGTGTAAATGGTTTGGAATAAATATTTAGGTTCAGTAGTTAAGAGTTCGAATCGAAAACAGCCATTTAAGTCAAAATTGTTCATATAACTCAATTATTGTTTTAAAATAATGTCTATATTATATTTTACAATATTCATTTCTCTTACTAATTTATTACGTGTTTTTTTTGTTGGATTTGATTATAGGAATTCATGAACAAACGAATGGAGCGTTCCTTCACGACTGATGAAATAAAATGTGTTCGAGACAAGTTGGCATGATTTATTACTAATGAATGTCTTTGATTGTTCACGTTTTTAGCATTATAATGAATCTAATACTGTAGTTAGCAACCTTTTTCCAATAATCAATTTAGATACAATATGTTTTAACCCGTTGTTTGATATTTGTTTTGATTTTTTTTTTCACTTGTGTTTTTGAACGGTGTATGGATGAGCTAAGGGCATGTTTATTGGTGTATAGTATATATGTTGTGGTTGAATGAGGTTTTTTGGTGTAGGTACAGGTTTTATAGCTACAAGCCTACAACATATTGTGCTAAAGTGGTACGGGCTTGGCAAAATTTACAAAAAAAAAAAAAAAAATTGAATATTATGTGCTTGG

mRNA sequence

ATGAAAAAATTCCCACCCTTCCCAATTTTCATTCCCCGCCTTTTGTTTATCTCACAAGGCAGAGGTTGCTTCCTTCTCGCTGCTTGTTGCCCCTTACACCGCCCACCCCCCTTCTCCCCTACTGCCCCAACACCGCCCACCCGCGTTTCTCCTCAACTTCCCCAACACCACCCATCGCGTTTCTCCACCAACACGACCCACCTGCAAAGCACCACCGTGTCGTGGCTTGCATATCTCCTCGACACGCGTTTGTCCCCTGATGCGCGACTGGAGCCGTGTCTCTTACTGCTGGAAGCCGTCCGTGTTTCTCCGACTAGCTTACTGCTGGAAGCCTCCCCGCAACCGCCTCATCTCCTCTCCTCTACTGCGCGCAGTGCCGCCGTCGATTGACTCCTCTCGCTGGCCACCACTAGGGCGTATTAAAGCTTGCAGAAAGGCTACCTTAGTGAGTATAAGCTTGTAAAGGGAGTTCAAGTTACAGATGAGTTGAATTGGAAAATGCGGAACTGTCTCGAGAGGATTTACTTGAACATTACGTTCTGGATGGATTTCCTGGTGCTGTTGGGATCATGGGAAAGGATCCCCGTGCTAATCGCCAGGCTGCCAGGATTAGAGTATTAGACTGAAAGAAGACGATGCAGAATCTGTTGCACAGGAAGAACATAAACATGACCAGTTAAACCGCTGTAAGAGATTCTACTATGTCAACTGAAGGAATTCATGAACAAACGAATGGAGCGTTCCTTCACGACTGATGAAATAAAATGTGTTCGAGACAAGTTGGCATGATTTATTACTAATGAATGTCTTTGATTGTTCACGTTTTTAGCATTATAATGAATCTAATACTGTAGTTAGCAACCTTTTTCCAATAATCAATTTAGATACAATATGTTTTAACCCGTTGTTTGATATTTGTTTTGATTTTTTTTTTCACTTGTGTTTTTGAACGGTGTATGGATGAGCTAAGGGCATGTTTATTGGTGTATAGTATATATGTTGTGGTTGAATGAGGTTTTTTGGTGTAGGTACAGGTTTTATAGCTACAAGCCTACAACATATTGTGCTAAAGTGGTACGGGCTTGGCAAAATTTACAAAAAAAAAAAAAAAAATTGAATATTATGTGCTTGG

Coding sequence (CDS)

ATGAAAAAATTCCCACCCTTCCCAATTTTCATTCCCCGCCTTTTGTTTATCTCACAAGGCAGAGGTTGCTTCCTTCTCGCTGCTTGTTGCCCCTTACACCGCCCACCCCCCTTCTCCCCTACTGCCCCAACACCGCCCACCCGCGTTTCTCCTCAACTTCCCCAACACCACCCATCGCGTTTCTCCACCAACACGACCCACCTGCAAAGCACCACCGTGTCGTGGCTTGCATATCTCCTCGACACGCGTTTGTCCCCTGATGCGCGACTGGAGCCGTGTCTCTTACTGCTGGAAGCCGTCCGTGTTTCTCCGACTAGCTTACTGCTGGAAGCCTCCCCGCAACCGCCTCATCTCCTCTCCTCTACTGCGCGCAGTGCCGCCGTCGATTGA

Protein sequence

MKKFPPFPIFIPRLLFISQGRGCFLLAACCPLHRPPPFSPTAPTPPTRVSPQLPQHHPSRFSTNTTHLQSTTVSWLAYLLDTRLSPDARLEPCLLLLEAVRVSPTSLLLEASPQPPHLLSSTARSAAVD
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameType
Spo02989Spo02989gene


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo02989.1Spo02989.1-proteinpolypeptide


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo02989.1.CDS.1Spo02989.1.CDS.1CDS


The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo02989.1.utr3p.4Spo02989.1.utr3p.4three_prime_UTR
Spo02989.1.utr3p.3Spo02989.1.utr3p.3three_prime_UTR
Spo02989.1.utr3p.2Spo02989.1.utr3p.2three_prime_UTR
Spo02989.1.utr3p.1Spo02989.1.utr3p.1three_prime_UTR


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo02989.1.exon.4Spo02989.1.exon.4exon
Spo02989.1.exon.3Spo02989.1.exon.3exon
Spo02989.1.exon.2Spo02989.1.exon.2exon
Spo02989.1.exon.1Spo02989.1.exon.1exon


Homology
[Close]
BLAST of Spo02989.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902228241|gb|KNA21026.1| (hypothetical protein SOVF_046770 [Spinacia oleracea])

HSP 1 Score: 67.0 bits (162), Expect = 2.700e-8
Identity = 53/129 (41.09%), Postives = 60/129 (46.51%), Query Frame = 1 

		  

Query: 1   MKKFPPFPIFIPRLLFISQGRGCFLLAACCPLHRPPPFSPTAPTPPTRVSPQLPQHHPSR 60
           MKKFPPFPIFIPRL F  +           P    P FSPTAPTPPT     LPQH P  
Sbjct: 1   MKKFPPFPIFIPRLCFSHKSELTSFSLLVAPNTAHPRFSPTAPTPPTVF---LPQHGPPA 60

Query: 61  FSTNTTHLQSTTVSWLAYLLDTRLSPDARLEPCLLLLEAVRVSPTSLLLEASPQPPHLLS 120
                    S   +++       +S  A   P  L L      P       + QPPHLLS
Sbjct: 61  KHHRVVASISPQPAFVPRCATEAVSLTAGSRPMFLRLAYCWKPP------RNRQPPHLLS 120

Query: 121 STARSAAVD 130
           ST R+AAVD
Sbjct: 121 STTRTAAVD 120
[Close]
BLAST of Spo02989.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9RNC4_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_046770 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 67.0 bits (162), Expect = 1.900e-8
Identity = 53/129 (41.09%), Postives = 60/129 (46.51%), Query Frame = 1 

		  

Query: 1   MKKFPPFPIFIPRLLFISQGRGCFLLAACCPLHRPPPFSPTAPTPPTRVSPQLPQHHPSR 60
           MKKFPPFPIFIPRL F  +           P    P FSPTAPTPPT     LPQH P  
Sbjct: 1   MKKFPPFPIFIPRLCFSHKSELTSFSLLVAPNTAHPRFSPTAPTPPTVF---LPQHGPPA 60

Query: 61  FSTNTTHLQSTTVSWLAYLLDTRLSPDARLEPCLLLLEAVRVSPTSLLLEASPQPPHLLS 120
                    S   +++       +S  A   P  L L      P       + QPPHLLS
Sbjct: 61  KHHRVVASISPQPAFVPRCATEAVSLTAGSRPMFLRLAYCWKPP------RNRQPPHLLS 120

Query: 121 STARSAAVD 130
           ST R+AAVD
Sbjct: 121 STTRTAAVD 120
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo02989.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr)
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
gi|902228241|gb|KNA21026.1|2.7e-841.0hypothetical protein SOVF_0467... [more]
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BLAST of Spo02989.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL)
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A0K9RNC4_SPIOL1.9e-841.0Uncharacterized protein OS=Spi... [more]
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BLAST of Spo02989.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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BLAST of Spo02989.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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