Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.TCATCACTAAAATGCCCTTGAAAATCTGAAGTCAGATTGATGCGAAAACTGTGGAGAGGGCGGAATAACATTTTGAACGGATAATAAAATCTGAAAACACACACTCAAAACAAAAGCGCAAAGCAAGCCTTTGTGGCGAAGAAACCGTTACATGTCATCGTCTTTGGTATCTTTCTATTTCCTCCCTATTCAGTTTTATTGTTCCTGTAAGTTAGCAGAGTGAATGTGAGCTCGGCGGCAATGGCGGCGAAGCTATATACCTGTTTTTTGAGCCATGGATTGATTGGATTGAACGCCAAGAATTCCAATTTGTGCAATGCTGATTTCTCTCGTCATTATCATCGATTGCCTCCTGCATCTTGTAAAATTCGCCAGCGTAATATCAGGTGTTCATTTTTAATTTGTTTTTGGCAAATTAGAGTGATTTTAGTCGGAATATATTGATTGATTGATTGTTTGAGTCTTTGATGGAGTTAAAATTTGATTTCAGTTAGAAATTAATTTTTTTAGAGGTTATTTATTCATTTAAATTGCATTTCAAGGTTAGATAACCTAGACTGAGAGCTCAAAAATTTATAGTTTTCACGTTTTAATCCCTTTGATTGCTCTTCTGGACATGGGAAAATTATATATAGTTTGATCGATTGAAATGATTCTTGTTAAATACTTCAAAGCATTCGGAGCTTGCTACTAGATGAATTAGTGCATAGGCATAAAATTATAAACTCAACTAGACTAGATCCCGTGCACGCACGGATTATGATAATTATTTTTTACAAAATATTTAACTAAATATTCCCAAACTATTGCATTATAATTTTTTTTTTAACATACTCATTTAAATGTATTCATCTAATATGCATATTATATATGTGTAATATGCTAATTTGATCGAGATATCGAGTTAATATATTTTCCATTATTATAGTACCGATTTGACTAAAATATTATCAAAAAATATTTAGCAAAATTATTATTACGTGATATCTATTATTGTCATAATTTATAAACATTTTTTCCATATAAAGATAGTTTACAAAAAGGTAGAGAATAAAAAGATATACTTCATCCGTTCCAGAAATATCGCACCATGGTTGATTTTTACTCCTTTAACCATTACTTTGACTCTTAATATCTCAAATCATGTGCAAGTAAAAATTATAAAAAATTAATATTTAGAAAACATATATCGATACGAATCTAACATGACCCCGTATGACTAAAATTTCCTTACGTACGGATCACAAAAAATGGCCAAAATCGTGTTGTGAATAGTGTAAAAAACAAATGGTGCGATATTTCCGGAACGGAGGAAGTATATTTTTGGAAAATATTTTAGGCGGGAAAGTTTCACACCAGGAAATGACATGTGTCATTCCTGGTGTCTGTTTTAGTGGTGCTTTAAAATTATAAATTATACAGACAATAATGACATGTGTCATATACTGGTGAAAAAAATTTCCGCTAATTTTTTGTTTGTTTTTTCTTTCAATAACTTTTTATGAAAAAAGATTTAGTATATTTGACGAAAACTTTATTAATCTTTTGAAAATTTGTCAAAATCTTTTGTATTATACTACTTTATTTTCGAACAACCCTGTTAGTAAAATATTTTATAAAAAATGGTCAAATTATAATTTTATAATATCCGTGCGTGCACGAGATCTCATCTAGTGATTTTTTAAAAGTGTACCTGAGAATCTGAGATTTCAAAGCATAATTAATTGTTACAGCCTTACAGGTTATCAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAACTGTCGGGAATTTTTTTGGAAATTGATTTTGGCATACCTCTGTGTTTCAATTTTAATCTTTGTTGTTGTTTGATAACTCCGCTTATGCATTTTGTTGCGTGTNGAGAATCTGAGATTTCAAAGCATAATTAATTGTTACAGCCTTACAGGTTATCAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAACTGTCGGGAATTTTTTTGGAAATTGATTTTGGCATACCTCTGTGTTTCAATTTTAATCTTTGTTGTTGTTTGATAACTCCGCTTATGCATTTTGTTGCGTGTGTATTTCAGTTCTCAACCTAAGCGCCGCCAGGTGAAGAAAACCTCTCCCGAGAAACTCCGTATTGATGCAAACCTGGAACCAAATGACGAAACAGATGTTGAGTTTGGGAATGCTTCAATCAACGATGTCTCAAGCTCTAAACAAGGGAAAGAGAGTGACACTGATAACAATGAAGTCAACAAGGACGAGAATGCGAATAATTTGGATAACTTGACAATGTTAGATAAAGAAATTCTGATGTTGCCACCACCACGTCACAACAATGCAACTCAACTAAACAACACCATGATGGCACATATTGATGGTTTTAGTGTTGATCCTAAATCTTTGGTAAGCTTAATGATTTGAGAAATTATCCATGTCACATAGTTAGGATACTCTTACAAACTAAGCATGCCAAAAAAAGTTTCTTTCATGCGACTTTTTGCCTTGGATATGCTACCTTTCTTCCTATAAGAAGATAAAATTTGGTGGCTTTGTTATACATGTTGATTTAATTCGAGTATCATACTCTAGCTTCAATGCTATGTCTTGATGAGCCTCTAAATCATGCATGGTAATAGAATTTATCCTCCACACTCTCCGAGGGATATAAAGATATACATACATTAAGGATTTGTTCTCTTCACTTAAAATAGTGTCGTGGTTTGAATTTTGTAATTTTGGTGGTCATATCTACTCGGTGGACTACTCGTCTAACTGTACTTTGACCGTATTTGTATGTAGTACAATGCGAGAAAAAAGACATCTTGTTCAATCCATCTTAACGTGTATTTTTCAAATACCCAACTTTTATAATTTTTGTTACTAGGAAATTAAATACATATGGCATTAAGCAAAGGGAAATAAGAATTAGTCTAAAGTTTTATGATCTTCTCTAGTTTGGTCTGATTCTAAGAATTAGTAGTTTCTAAGTAAGGTGAAAAGAACAAATCCTAAGTCTCTGGATTTGTGTAGCTATCTATCCCTTCTAGTCACGTTCCTTTTTTTTTCTTCTTTCACATGTACGGTCTTAATAAGTAGAACAATATGTATCATATAAGAGTTATTCATTTAGGAGTTATTACCGGTGGCGGTCCTGACCTTTTGTGTCCCCAGGCGAAAAAGAGATATGGGCCCTATATACAAATAAGAATTTTAAATTTCAAAATTACATGACAAATAATTTGATCAAAATAATATGCTTGATTATACTTTTATGGTACATTTCGTTACGAAGTACTTTGTAGAGATTAATAAGATGCATCAATATTTTCTTTCATCTTATTTCTATGATGTCGTTAAAAGAAAGATGAGGAATATTTTGTTTCTTGTATATAGGTTTCATGAATATCATAAATGTGTGAATGAAACTGATTGTAGATCGTGCAAGAAGAGTATGAAAAGTTAATCTTGATGGGACAAGATTCTTAAGTAAATTTCATAAATGTTAATATTTTAAAAAAATATTGAATGATTTTTATTAGAGATTGATTTTATTGAATTAAATATGTCAAATAACTCAAAAAATTATATTACAAAAAAAAAAAAAGGAAGGATAAGACTTTAAATTTATCAAACATAAAAAGAGAATAAAAAAGAAAAAAAGAAGTTGTATTAGGGAATTCATTTTTTAAAAAAAAGGAAAAAGAAAAGAAAGAAAGATGCCATAGTGAAAGAAAAACCAAAGAAGAATGGAAAGAGAAGTTCAGCGGGGTTCAAACACATTGACAATAATCAACCAAGTGATTGTCACTCCCTCTGTCCCCCTTATTGTTTGCTCCATGAACCAAATGTGATTTATTAAGAAATGGGTGAGTGGAGTTGAGAAGAGACAAAAGTGATGGGGCAAATGTATCAACCTTTTAGGGACGACCTAAAATGGTAAATGGGGCAAACAAATAGGGACAGATGGAGTACCACTGAGCCATAGAGAATATTATGCTTATTCCATGGCGTTATTTCGTACTAATAATAAATAACTGTGCGCAGATTTGTTTTAGGGCCCCTTCCGGCCTTGGGCCCTAGGCAGTCGCATACCTCGCCTATGCCCAAGGCCAGGCCTGGTAATTACTCTAATTTCTATACGAGTTAGAAGAAAAAAAAATAAAGGTGCAAAAGAAGTTTGTCACGACTCTGTCTTTAGTCGAAGAAGTCGGAATACAAGTCAAGTCTCCCAGTGGCTTAGCTTTTAAGAGTGATTGTATAACTTGTAAAATGCTTATAAGAGCTTTAAGAGTGTAGTTGTACAAGTGGCATATGCACAACGCTTATATAGTTCTACACAAGTAGAATGAACAAGAAGATATTTGCAAGAGGCATGACAGGAATCTAGAAAGATATACTACGAAGGTTTCCTCCAGAACTTTCAAGAACTTTGTAATGCTTCTGTGCAAAGCCTATATGCATCACTTATGTTATGGACCCATTTGTACAACCTGATATTCCTTCTCTATCCCTCCTTACGTTTGGTTTTTTGTGTGTTCACTTGGAATTCATGAGCAAGGAGGTATATTCCTCTTTATAGGGAAGTGGTGAGTGGTGTGTTTTAGCACATTTGCACTTATGGGCATTGCTACCATACACCCAATTATGCTCAGTAGGGTAAGAGACGAGTTATGATAATCATCTCCTTGTAAACAATGCAACTCACTTTTGTGGTTACATATGTATCCAAGTTAGGAACCCTTTTGTATTCTTGTTTTGTTATACAAGCTCTTCAAAGCATCTATTTCTTCTCTGTCAAAGTGGCCGTAATTTGTAAATGGACGGGATCAATGTCGCTGCCAGTTTACTCTTGTTGGACGTAAGGCTGTGTAGGATTCATCTAGGGAGGTTGATTTTGTTTTCTTCATGTTTTTTAGCATAATGGATTGTTAGCACATGATATTATTAGCCTTTTCTACCAATTGAAAATGTAAAATTTCCCAGTTTTGGAGGCCTCTCTTAATAAATT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MAAKLYTCFLSHGLIGLNAKNSNLCNADFSRHYHRLPPASCKIRQRNISSQPKRRQVKKTSPEKLRIDANLEPNDETDVEFGNASINDVSSSKQGKESDTDNNEVNKDENANNLDNLTMLDKEILMLPPPRHNNATQLNNTMMAHIDGFSVDPKSLSLNLVGAEQLSSLQFDDLINMIRSAEKNVLLLNQARIRALENLEKILQEKETLQGEINVLQLKLAETDTKIQVASQEKIQVEHLQKQLEKTRKEFSQNDAEVREISSNEDPQSLSSDFYSQSKELSSLKAENISLKDDINTLRAELSNLNITDGQVTSLQKERSSLHSTVKDLEFKLATSQEDVTKLSTLQYEYNILCEEVQKLQALLDNATKKAEHAIIVLQQNQELCKKVERLEESLAEANDFKQSTEKMQQYNELMQQKVKLLEERLGRSDEEINSYVLMYQESMKEFQDTLSNLKKENEERAVEGPVDDLPWEFWSQMLLIIDGWLLEKKLSSNDAKMLREMVWKRERSICDAYLECKEKSEREMLPKFLSLTSTPSRSALHVIHIAAEMAPVAKVGGLGDVVTGLSKALQKKGHLVEIVLPKYDCMQYDLIHNLRALDVEVESYFDGQLYKNKIWVGAVEGLPVYFIEPYHPDKLFWRGQYYGENDDFKRFSFFSRAALELILQAGKKPDIIHCHDWQTAFVAPLYWDLYASKGLNSARISFTCHNFEYQGTAPARELASCGLDVSQLNRPDRMQDNSAHDRINAVKGAVVFSNIVTTVSPTYAQEVRTPEGGKGLHTTLNTHSKKFIGILNGIDTDTWNPATDSRIEVQYNSGDLQGKAANKQALRRHLGLLLSDSTRPLVGCITRLVPQKGVHLIRHAIYRTIELGGQFVLLGSSPVHHIQREFEGIANQFQHHDNVRLILKYDELLSRSIYAASDIFIIPSIFEPCGLTQMIAMRYGAIPVVRKTGGLNDSVFDVDDETIPHQFRNGFTFLSPDEQGFNGALDRAIQYYKNDRETWEQLVQKVMSMDFSWESSAEQYEELYAKSVTRAKATKRV Relationships
This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following five_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Homology
BLAST of Spo10538.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902227763|gb|KNA20826.1| (hypothetical protein SOVF_049050 [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 2014.2 bits (5217), Expect = 0.000e+0 Identity = 1034/1038 (99.61%), Postives = 1035/1038 (99.71%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10538.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731372992|ref|XP_010666511.1| (PREDICTED: probable starch synthase 4, chloroplastic/amyloplastic [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 1668.7 bits (4320), Expect = 0.000e+0 Identity = 868/1043 (83.22%), Postives = 946/1043 (90.70%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10538.1 vs. NCBI nr
Match: gi|225463426|ref|XP_002274716.1| (PREDICTED: probable starch synthase 4, chloroplastic/amyloplastic [Vitis vinifera]) HSP 1 Score: 1323.5 bits (3424), Expect = 0.000e+0 Identity = 686/1039 (66.03%), Postives = 828/1039 (79.69%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10538.1 vs. NCBI nr
Match: gi|1009106924|ref|XP_015876990.1| (PREDICTED: probable starch synthase 4, chloroplastic/amyloplastic [Ziziphus jujuba]) HSP 1 Score: 1310.4 bits (3390), Expect = 0.000e+0 Identity = 689/1046 (65.87%), Postives = 828/1046 (79.16%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10538.1 vs. NCBI nr
Match: gi|802596139|ref|XP_012072081.1| (PREDICTED: probable starch synthase 4, chloroplastic/amyloplastic isoform X1 [Jatropha curcas]) HSP 1 Score: 1309.7 bits (3388), Expect = 0.000e+0 Identity = 687/1047 (65.62%), Postives = 846/1047 (80.80%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10538.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9RMS0_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_049050 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 2014.2 bits (5217), Expect = 0.000e+0 Identity = 1034/1038 (99.61%), Postives = 1035/1038 (99.71%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10538.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8B523_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_002560 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1668.7 bits (4320), Expect = 0.000e+0 Identity = 868/1043 (83.22%), Postives = 946/1043 (90.70%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10538.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: D7TK12_VITVI (Putative uncharacterized protein OS=Vitis vinifera GN=VIT_10s0003g02880 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1323.5 bits (3424), Expect = 0.000e+0 Identity = 686/1039 (66.03%), Postives = 828/1039 (79.69%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10538.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A067KNY8_JATCU (Uncharacterized protein OS=Jatropha curcas GN=JCGZ_04589 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 1309.7 bits (3388), Expect = 0.000e+0 Identity = 687/1047 (65.62%), Postives = 846/1047 (80.80%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10538.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0S2GML8_MANES (Starch synthase IV OS=Manihot esculenta GN=SSIV PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 1308.5 bits (3385), Expect = 0.000e+0 Identity = 696/1066 (65.29%), Postives = 837/1066 (78.52%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10538.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: SSY4_ARATH (Probable starch synthase 4, chloroplastic/amyloplastic OS=Arabidopsis thaliana GN=SS4 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 1231.1 bits (3184), Expect = 0.000e+0 Identity = 650/1050 (61.90%), Postives = 811/1050 (77.24%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10538.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: GLGA_PARUW (Glycogen synthase OS=Protochlamydia amoebophila (strain UWE25) GN=glgA PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 480.3 bits (1235), Expect = 5.200e-134 Identity = 237/495 (47.88%), Postives = 320/495 (64.65%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10538.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: GLGA2_METCA (Glycogen synthase 2 OS=Methylococcus capsulatus (strain ATCC 33009 / NCIMB 11132 / Bath) GN=glgA2 PE=3 SV=2) HSP 1 Score: 442.2 bits (1136), Expect = 1.600e-122 Identity = 227/484 (46.90%), Postives = 308/484 (63.64%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10538.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: GLGA2_SYNY3 (Probable glycogen synthase 2 OS=Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) GN=glgA2 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 421.0 bits (1081), Expect = 3.800e-116 Identity = 222/487 (45.59%), Postives = 301/487 (61.81%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10538.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: GLGA1_ANAVT (Glycogen synthase 1 OS=Anabaena variabilis (strain ATCC 29413 / PCC 7937) GN=glgA1 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 416.4 bits (1069), Expect = 9.200e-115 Identity = 212/487 (43.53%), Postives = 305/487 (62.63%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10538.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT4G18240.1 (starch synthase 4) HSP 1 Score: 1231.1 bits (3184), Expect = 0.000e+0 Identity = 650/1050 (61.90%), Postives = 811/1050 (77.24%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10538.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT5G65685.1 (UDP-Glycosyltransferase superfamily protein) HSP 1 Score: 260.4 bits (664), Expect = 4.800e-69 Identity = 149/433 (34.41%), Postives = 249/433 (57.51%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10538.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT1G11720.2 (starch synthase 3) HSP 1 Score: 259.2 bits (661), Expect = 1.100e-68 Identity = 145/288 (50.35%), Postives = 189/288 (65.62%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10538.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT3G01180.1 (starch synthase 2) HSP 1 Score: 230.7 bits (587), Expect = 4.100e-60 Identity = 169/505 (33.47%), Postives = 248/505 (49.11%), Query Frame = 1
BLAST of Spo10538.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT5G24300.1 (Glycogen/starch synthases, ADP-glucose type) HSP 1 Score: 217.6 bits (553), Expect = 3.600e-56 Identity = 161/510 (31.57%), Postives = 246/510 (48.24%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo10538.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr) Total hits: 5
BLAST of Spo10538.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL) Total hits: 5
BLAST of Spo10538.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt) Total hits: 5
BLAST of Spo10538.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR) Total hits: 5
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29
GO Annotation
GO Assignments
This mRNA is annotated with the following GO terms.
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