Spo11610.1 (mRNA)

Overview
NameSpo11610.1
TypemRNA
OrganismSpinacia oleracea (Spinach)
DescriptionUnknown protein
Locationchr6 : 39793083 .. 39819144 (+)
Sequence length1088
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR
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CCTAAGTTTTATTGAGAGTGCTTTTTATTTGAGCTTCTTGTTGAAGTATTTGTAGTTCGGTTTATTTGATGTCTTATATTGAAATCTTCTTTGGAGTAAATTCGTGAAGGCTTGATAAATTTAGCTAATTTTGGGACTTGTCTTAGGAATATTGTTCAACATGATTTTATGGGCAGTGTTGTGTTTGATTTTTGGGTCTTGATGATGAGAGTTGAAAACTTGTGGGGTTGTTCAGCTGAGAACCAGTTACTAGAGAATATTTTACTTTATTTTGATTTATAAAATTAGTTATAGAGTCCTTGAAACCGATTTTTTTAAAGAACGGGGATGTTTTTACTAATGATTTCTTATCCAACTGTTTGAAATTTGTTTTGACAATTTTTTTTAATAGTGAATAGCTATTTTTCCGGGCCTAGAGACTGTTATCATGTGCTTTATGGAAAGTTCTTTTGGAAGCTTTGGAGAAAAGTCTTGAATGTTTCAGGTGGTTATTATTGGGAGGAACGGTGTTTACTGACTAAGGTAAGTGATTTTGACAGTGTCGTGCTCATAGGAAATTTGATGGTGCCTAAAGTTATGAGTGAAGGGAAAGTCTTTTATTGTAAGCGTACTTCGGAGTTAATTTGTGTAGGCCTAGTTTCATTTAAACAGTATTTGGAGTAATATAAGGAACCAAGTTCACTGTGCTTTGGTGGTTCTTGTGTTTGATGTATGGGTCTTTCTTATTAAAGGAGTTGTCTCGATGCTGGATTAGTCAATTAAAATTTAAAATGTGATTGCTGAATTTTTTTTCTACCTCTTGATGGTTATAGGTAGGCAACTAGGTATATAAGTATGTAAAATTTAGTCTATCCTTTAGTTCGTAAAACTAAATTTACTGATAAACTATTTTTTTCTATAGTATGTGTTACTTTCTTTTAGTGCATAAGACTTGGTTTGACTGAATACTTCTTTAAGCATAACTACATTTGAGGTCCTAGCGATTATGTTGATCACGTGGTTTTTGGACAGTCATATTCTTGAAGCTTAGTGAGAGTGATCTTGAATGTTCTCGTGGTTATTACTTGGATGACCGATGTTGACCTGTAGAGGAAAGTGATTTTGATTTGTAGAGGAAGGTAATTTCGACAACCGAGTGCTTTTTATTTGAGCTTCTTGTGGAAGTATTTGTAATTTGGTTTATTTGAAGTCTTATATTGAAAGCATCCTTGGAGTAAATTCGTGAAGGCTTGATAAATTTAGCTACCTTGGGAGTTGTTTTAGGAACCAAGTTCACCTTTTTTTTATGGGCATTGTGTTTGATTTTTAGGTCTTGATAATGAGAGTTGTTAACTACAAGTGGAATAATTCAGTTGAGAACCTGCTATTAGGGAATATTTTGCTTTGTTTTGATGTATTAAAGTTAGTTATAGAGACCTTAATCCCAAGTTTTTAAGAACGGGATGTTTTTACTAAAGGTTTCTTATCTAACTGTTTGGCATTTGGTTTGACTTATTTTAAAGAAAAAATAGTGAATAGCTATTTTTCCGGCCCTAGGGACAGTATTTATCATGTGGTTTATGGAAAGTTCTTCTGGAAGCTTAGGAGAAAAGTCTTGAATGTTTAGATGATTATTATTAAGAGGAATGGTGTTTACTGATTACGTTAAGTGATTTTGACATCAGTGTCGTCTCGAAAGAAATTTGATGATGCCTAAAGTTTTGAGTGAAGAACAGAGTGTGTTTGATTTTGAGGTTTTTGTGGTTGTATTATCACGCGGTTTATAGGAAGTCTTATATTGAAAGGACTCTTGGAGTAAGTTTGTGAAGGCCTAGTGCTCCTTATAATTTAAGCAACAGTATGCGGAACCAACTCATTGTGGGATTGTTTAGAATATCCTATGATTAGGTAACATTTGACTTCCTTTTGTTGGATTGAAGTTACTTATAGAGTCCTCTAAAACTGATTTTCTAAGAAAATTAGTTTTTTCACTAATGGTTTCTCCAATTGTTTCAAATTTGTTATAAATTTTCTTCGTAAGGCACCTATTTGAGGTCCTATAGTAGTGTTTATTTTGTGGTTTATGAAAAGTTCTATTTTGGAAGCTTATTGAGAATCTTAAATGTTCTGATGGTTTTATTTTAAAGAGGAACAATGTATACTGGTCGAGGTAAGTGACTTTGACAACAGTGATGTTACAAAGTTTTTGATTACTAAATATTTCTAGTAAAAAGAAGAGAGGTGTAGTGTATGATTTGGAGGTTTTAGGTGTTGTATGCACTTTATGGATAGTCTTACATTGAAAGCGAAAAGCGTGTTTTGAATAAATTTGTGAAGGCGTAGTTTAATTTAAGCTTTCTTCATTAAAGAAGGTTCAATTTAGGGAAAGGTCACAATGCTTTGATGGTTCTCGTTGTGTTTGATTTATGGGTCCTAGTCTTACTGATTAAAGGAGTTGACTCAATGCTGGATTGTTTTGAGAATTGAACTGTGATTGGAGAATATTTGACTGCCTATTTAATGTTTATTGATAGGTATATAAATATGAACGATTAGGTCTTACTTATAGTTCATAAAACTGACTTTACTAATAAACTGATTTTTTATATAATTATCTGAATGTTTATAACTTGTTGTGACCTGACTGAAGATTTTTTCAAGTGAAACTAGTATTAAGGTCCTAGAGAATAGAGTTTGTGTCGAAGGTTTATGAAAAGTTATATTTTGGTAGCTTAGTGAGGATATTCTTGAATGTTCTGATTTTTTATTATTGAAAGGATTGATGTTGACTTGTAGAGGAAAATGATATTGACAACCAAGTGTAGTGTGGAGTTTTTGATGCCTAAGTTGTCTTAGTGAAGAATAGAGTGTCTTATATTTGAGGTTTTAGTGGTCGTACTTGTTATTGGGTTTGTTGTAAGTTTTTTTTATTGAAACCTACTAGGAGTAAATCCGTGAAGGCTTTATGCCTTTATTTAAGAATTTCTTTAGGAACAAAGTTCATTATTTTTTATTGTTATCATCGTCTTTTACTTGTGGGTCTTGATGATGAGAGGTGTTTACTTAATGTAGGATCTATTTGTTGAGGGGTTAACTATGATTAGGTAATATTTGACTCCTTGTATGGATTAAATTTAGCTATAGAGATTTGTACTATTATATCTGATTTTTAGTTTTTACTTTTTAGTTTTCCAAAATGGTTTCCTATCTAACTGTTAGAAACTTGGTTCGACGGTAGATATTTTATAAGTCAATTGCTTATATTGAGGTTCTAGTGATAGTTTTTATTATGTGCTTTTTGAAAAGTTCTGTTTTGGAAGAGTAGTGGGAGTATTTTTAATGTTCCGGTGGTTATTATTAAGAGGTTCGATGTTGCCGGACGGAGGAAAGTGATTTTGACAACATAGGGTGGTAGGGGAGTTTTTGATGCCTTGGTTTTCTTAGTGAGTAGAAGAGCTGTTTTATTTTTTGGATAGAGAGGTTGTATTTATTATGCAGTTTATGGTGAATCTTACATGGAAAGCATACTTGGAGGTAGTTTGTGAAGGCTTAGTTTGAATTCGGGGAATATTACAAGGATCCTATTTCACTATGTTTAGATGGTTATCGTGGTGTTTGATTTGCGGGTCTTAATGATTAACTCAATGGGGAATTGTTCTGTTGAGAAATAAACTGTGACTGGGGAATGTTAAACTACTTTTTAATGGATTTAAATTAGTTATAGTGCGTTCTACAATTAAATCTGATTTTAAGTTCTTCAAAACAATTTGCCTAATAGTGATATTTTACTAATGATTTTTTATGTAACTGTTTGAAACATGTTTTGATTGAATAGTACTAGTACATATTTAGCTGTTTTTGAGGTCCTGAAGATGTGTTCATTATTTGGTTTATTGAAAGTTCTATTTTGTATTCCTAACGAGAGGAATCTTGAATGTGTCCTGATGGTTTTTATTAAGAGGATTGATATTTTCTGTCACAGGAAAGTGATTTTTACAATAATGTGTGTCGGGAGTTTTTGAAGCCATGTTTCTTAGTGAAGAGAAGAGAGTGTTTTATTTTTGCGGTTCTATGGTTGTATTTATGTATGCGGTTTATGGTAGTCTTATAAATGAAAGCATACTTGAAGTAAATTTGAGAAGGCTTAGTCTAAATTAAGTGTTTTTTGGAGTAATACAAAGAACCAACTTATATATCAATATATGTTTCAAATGTTATCATGGTATTTGATTTTATGGTCTTAGTGATGAGAGTTGTTAACTCATGTGGGATTGTTCTGTTTTGAATAACCTGTGGTTAGGGAATATTTGACTTCATTTTGATGGCTTAAAGTTTGTTATTGTGTCCTTAGACCTGATTTTACTTAGAAAAGGATTTTATACTAATGCTTTCTTATCCAACTGTTTTGGGGGTGGAAAAAAGTTAAACTACAGAACCTATTTAAGTGAATAACTATTTTTGCTGGCCTAGAGATGGTATTTATTATGTGGTTTATGGAAAGTTCTATTTTGGAAGCTTAGTGAGAGTAATCTTGAATGGTCCGTTGGTTATTGAGAGCACAAATGTTGACTAACGGAGGAAGTGATTTTGACAACATAGAGCTGTAGTGGAGTTTTTTATGCCTAAGTTTTCTGAGTGAAGAGAAATAAGTGTTATATTTTGAGGTTTTAGTGTTTGTGTTTATTATGTGATTTACGGAAAGTCCTATATTAAAAGCATGCCTGGATAAGGAGCTAAGTTCAGTATGTTTTGATGGTTTATGGTTATCCTTGTGTTTGATTTTTAGGTCTTAATGACAATATATGTTACTCAATGTGGAGATTGTTCTGTTGAGAATAAACTGCTGATTATTGAAGTGTTCAACTTCATTGTTATGGATTTAAGTTAGTTAAAAATATTTGTACAATAATCTGATTCTTAGTCCATAAAACTGGTTTTACTAAAGAGAGGATTCTTTACTAATGGTTTCTTATCTATCTGTTTGAATCTTGGGGCTAGCTAGTTTTGAAGGCCTAGAGATATGTGGTGTATGGAAAGCTCTATTTAAAAGATCAATGATAATGGAGGATAGTAATTTTGACAACAAAGTGTGGTAGCGAGTTTTTTATGGCTAAATTTTCTTATTGAAGAGAAGATACCGGTTTTTTTTTTGAGGTTCTAGTGGTTGTGTTTATTTTGTGTTTAAGGAAAGTGTTATGAAAGCATACTTTGAATGAATTTATGAAGACTTGGTTTATAGTAATCAACTTTTGGGGTTAATATAATTAACCAAGTTCATTATGTTGTGATGGTTATACTTGTGTTTAATTTGTGGGTCCTAATGATGAGAGGTGTTGACTCAATGCGATATTGTTTAATTGAGAATTAAACTGTGATTGGGGAATATTTGACTGCCTTTTAATGTTTCAAAAGGCAGACATGGAAATTTGTACAATGAAATCTGACCTTTAATTCTTGGATTGATTTTATTAACAAATTGGGTTTACTGATGGTTTCTTGTCTTACTGTTTGAAACTTGATTTAACTGGAGATTTTTTCTGTAGTGAATAGCTACTTTTGAGGTCTTAGAGATAGTGATGAGTATGTAGTTCATGGAAAGTTCTATTTTTGAAGCGTAGTGGGAGTAATCTTAAATCTTCTATGGTTATAATTTTAGAAGATCGATGTTAAGTAATGAAGGAAAGCTATGTTACCCTGACACTCTGGTTGAAGGAGGGTGTCGGTGTCAACACGACCCGACTCGGGGGAAGTGTCGAAACCGGTGTCGGAAAAGAATCCGAAATCAAGTATCGAGGTCACAAATTTGAAACCCTAGCTCTAGCAATTGAAGGTGCGGGAAAGCGAAAGAAGAAAAAATATGTTGGGGCTTTTGTTGTAGAAGAAAAAACGAGATGAAAGCACTTATCAATTCTTGTTTTCATTGATTAATGCTTCAGATTCAGCCGTGGCTGTTGCGTCGTCCTGCTTTCTCCTTCCATTAACGCGTTTATGTTTGCTGCCTTTTGCTGGTGGGCCTTTGATTTTTCTTTTATTTTTTTAAAAATAAGTAGGGTGGAAATCAGGAAAGGGAAACAAATCCACGT

mRNA sequence

ATGTATGGAGATGAAAGAAGAAGCACTCCTCGACTCCTCGACCCTCGTTGCCGTCACGGTGATAATTCCGACCTAGTACTCCATCCTTCTTTTTTCTCTCTCCAAACCACCCTGTATAAAACTAACAATCCGATCAAAACCCTAAGCCTAGATAATGTTTTTTCTTTCTTCTGTTCTTAGGTTTCGGAGGCGATTCCGGTATTCACGTGTTTCAGGCAACGAAACAGTGAAAATTACACAGAGACAGTAATGCTAGGGTTTCATCGGGGGTCATTCGGCACATTACCGTCTTCTATGGCATCGAATTCAGTCATCCCACGGTGTAAGCATTTACTGAGCTATTCGAGAGATTATGGATGCAAGAGGTCAAACATAGCTTCTTTTTCGCGGTCCTTTGTCATAACTCTCTGCTGCTTATTAAAAGAGGTCCAACTGCCCACGCGCCAAGGAACTGGTTTAGCAGATAGCTAAAGAATCCCGCTTTCCACCAGATGGCTGAGCAATTGCAGCAAACCCTTCAAGACTATCTGGAACCACAATAACCCTTCAGGACTATCTGGAACCACAATTTGATCCTCAGCAGTATTCTTGCACTTGCAGCAAGCCAACACATGATAGAGAATCCTCCTTATATGAACGTCTTGGTAGGGCTTCGAGGCAGAAGATCGATGTTAAGTAATGAAGGAAAGCTATGTTACCCTGACACTCTGGTTGAAGGAGGGTGTCGGTGTCAACACGACCCGACTCGGGGGAAGTGTCGAAACCGGTGTCGGAAAAGAATCCGAAATCAAGTATCGAGGTCACAAATTTGAAACCCTAGCTCTAGCAATTGAAGGTGCGGGAAAGCGAAAGAAGAAAAAATATGTTGGGGCTTTTGTTGTAGAAGAAAAAACGAGATGAAAGCACTTATCAATTCTTGTTTTCATTGATTAATGCTTCAGATTCAGCCGTGGCTGTTGCGTCGTCCTGCTTTCTCCTTCCATTAACGCGTTTATGTTTGCTGCCTTTTGCTGGTGGGCCTTTGATTTTTCTTTTATTTTTTTAAAAATAAGTAGGGTGGAAATCAGGAAAGGGAAACAAATCCACGT

Coding sequence (CDS)

ATGCTAGGGTTTCATCGGGGGTCATTCGGCACATTACCGTCTTCTATGGCATCGAATTCAGTCATCCCACGGTGTAAGCATTTACTGAGCTATTCGAGAGATTATGGATGCAAGAGGTCAAACATAGCTTCTTTTTCGCGGTCCTTTGTCATAACTCTCTGCTGCTTATTAAAAGAGGTCCAACTGCCCACGCGCCAAGGAACTGGTTTAGCAGATAGCTAA

Protein sequence

MLGFHRGSFGTLPSSMASNSVIPRCKHLLSYSRDYGCKRSNIASFSRSFVITLCCLLKEVQLPTRQGTGLADS
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameType
Spo11610Spo11610gene


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo11610.1Spo11610.1-proteinpolypeptide


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo11610.1.exon.1Spo11610.1.exon.1exon
Spo11610.1.exon.2Spo11610.1.exon.2exon
Spo11610.1.exon.3Spo11610.1.exon.3exon
Spo11610.1.exon.4Spo11610.1.exon.4exon
Spo11610.1.exon.5Spo11610.1.exon.5exon
Spo11610.1.exon.6Spo11610.1.exon.6exon


The following five_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo11610.1.utr5p.1Spo11610.1.utr5p.1five_prime_UTR
Spo11610.1.utr5p.2Spo11610.1.utr5p.2five_prime_UTR
Spo11610.1.utr5p.3Spo11610.1.utr5p.3five_prime_UTR


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo11610.1.CDS.1Spo11610.1.CDS.1CDS
Spo11610.1.CDS.2Spo11610.1.CDS.2CDS
Spo11610.1.CDS.3Spo11610.1.CDS.3CDS


The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo11610.1.utr3p.1Spo11610.1.utr3p.1three_prime_UTR
Spo11610.1.utr3p.2Spo11610.1.utr3p.2three_prime_UTR


Homology
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo11610.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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BLAST of Spo11610.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL)
Total hits: 0
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BLAST of Spo11610.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt)
Total hits: 0
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BLAST of Spo11610.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR)
Total hits: 0
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