Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDS Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.AATAAACCGGCCTGCTGCTGAAAGAAAGGCGCGGAAATAACGTAACTGAAGAATTTTCCTTGTAAATGCGATTAAATTATTAAAAGCTTGCCACTGCACCGGCAAAGCGGCAACTGAGTAATTTCAAGTTCTGAGGCTGTACTATTCTCTCTCTTAGGGTTCCATTATCTCTTCTCTCCATTCGCATGCTTTCGGAGCTTCTTCAATGGCGTCTTCTCAGGTATCTCTCATTCGTTACCCTTTCTCTCTCTCCTCGTAATTTTGAATTTAATGGGACGTTTTTGGTGTTTGAAGATAGGAATTCTGGTTCCGTTGAACAAGAACCTGGAGAAGGAGAAATCGTTGCCGGAATTTCCGATTTCTGAAGGTGATAATGTGATAGGGCGTAATAATGTTCCGGTGACTGATAAAAGACTCAGTCGCAAGCACCTCATTTTGTCCGCTTCATCTGGTGGCTCTACTGATTTGCGTGTGGTATAATTTTTGAACTTCTCTCATTTACGTGTTTCATTTGGTGCATTTTGTCTGAATTTTGCTTGTGATTGGAAATTGGAATTATCTACTTATGATGAGTCATTATTTAGAAAATTGATAGTACTTGTATGAGTTGTATCGCTATTGATGCAATGTTAAAATACTGAAGTTGAAGCTTACTTTTCAATTTTTCATTTAATTTAAATGAATATTTGACCTTCATTCGGATTTGGACAAATTGAAGTTGTGGCGATTGGCGAATATTTAAGCTAATAATTATATTAGCTTATACTTCGTAACATGTAAGTTTGAAGCAAATAGCTACGCATGATACATTTCGTTTAGAAGTACAAAACAGCTGTAGTTTTTTTACGTGAAGTGTAAGCTTTTAATTTCAAGAGGGAAGGTCCGTTTGCAATGTGCAATCTCACACTACATTATGTGCATTATTAAACATTAGAAAAGAAAGTAAAAAGGAGAAATTGGACAGTTGCGAAACTATGATTAGCATTCTCAAGTGTTCTCTTATTTGGAATGCAAGAGATGGTATCAGTAATGTTCAGCGAAAGCTGCTAATGTGTTGTTTGAAGTTTTGAGGACAATGTGTTTTCCTTCTAGGCTGAAGTTTGCAAGTGGTAATGTAAGTCCTTGAAAGTTGGCTAATCAGAATTGGTTAAGCTGTGCCCTATTCATTGAGATATTGGGAAGTTATTGAAGGGTCAATTTAAGTTATGTTGAAGGACTTTCTCTATACACTACTCCGTATTTGTTTAATAGGGCACTTGTATTCCGAGGATTAGACACCATCACTTTTGGCCAACTTTTCAATTGAAAATAATATGTCCAAATAACATTGTTGCTCATTCTTATCTTGGATCTTTAATGAATGACCTGGCAGGAAGGAATGAATCCTGTGGTGATTAATTCTGGTGGTCAGAGGAAGTTACTGAATTCTGGGGAAAAAGTTACATTTAGAAATGGTGATATCTTGGAGTTGATTCCAGGGAGCCACTATTTCAAGTATGAAATTTTAAGTAATCAGAGAAACCCCGGCGTTGTTAGCAAAAGGAGTGAAGATGTTAGTGAATGTACAAATGTTGGAGATGGCAGGAAGAGAGCACGAGAAGACTTGAATGCTGGAGCTTCTACAGAACAGTCAACGGTACTCTCTGCTGTTTGAATCCTCACATCATATATTGCTCACTGTATTCGTCAACTTCCTTTTTAGTTCCCAACTCCAATTCATAGATGTCAGCTGTGTTCTCCCTTGAGCATAGTAATATGACATAGATTTCTCCCCTTCCTCTTATGGCATTTCTCCTCAGATCGCCCTCTACTGACGGGAAGGGAACTTATTCAGAAGACTGAATCGTCCTCTTCCTGTAATCTGACCTTACCATAGCTTTCTTAAAGCTTTTGGCTTATTGATCTCCAACTGTATTTGTATTCGTATCTGGTAATTCCCTTTGTAGTGGATCAAGATATTCTAGGCTAATCATTTCTTCCTTGAAAATGGAAATCGCCCTTAGTAATTTAACTAGAAGGAAAGTTCTAATAATCTTGATACAACTCAAAATTATTGACATTTTTTTTGAGGAAGTAAAATAAAATATAGACATTTATGGATTCAATGCGAAAATTGTTATGCATTAAATTATAGGAAATTGCTGAAGTAAAAAATGGGTATTCGCTTAAGTCGAAGCTTTTGGTATGAGGTTTTGTTTGAAATTCCAGTATGAATCTGGGGGTTCAAGCGATTCATTGGGTCTTAACAAGATAAATTCCTATAAGTGAATTATTTTAAAGAAAACTCACATTATAATTGTACACAAATAAAAAAAGAATATTCAAGAGGACTATAGTCAAGAGAAAGACGATTGAGCTGACTTGATATTTTTTATCAACTTGTTATTGAATAGCTGGATATTAGTGGCTTCTGTCATTTTCACAGAAAAAGAGAAATTGCCTTTGCAAAGAGAGACAGAAGTTCACTTCTTTATGTAAAGTATAGTGGTTGACATTAGTGATTCCTACCCTCTCTTTTCCTTACTCTTTTAAATTACTTTTATAAATATGTTTAAGAAAACTTTACCTGCAAACTGCATAGTAATTTGCTAGTTGTCTCTTACCTGCTCTTTTGCTTTGTGTATTTGTACAGCTTCCACATGGAATTGGGAGAAAATTAAAAGAAAATATAGATAATGTAAGTGTTGAATCAAAAAAACAAAATCTTTCAGTCTCTGGGAATAGCGAGGAGGCGATACGTCATTTCCATGTATCCGATGATGGATTGCCTTTAACTTTTCGTCTTATGAAAGTACAAGGGTTACCAGAATGGGCGAACACCTCTTGTGTATCTATTGACAATGTGATTGAGGTAATGTGTACTATGAACGTTGAGCTGCACGTGTTATGGTTTGCATGAAAGACATTTTTGACATGAATAGCTAGAATGCACTTGATCAAGGTTGACATTTAATTATGAGTAATTGGATATTCATTTTTGCCTCGTGTTTGAGGTGATCGATCTTAGGAAAAGGTCCTTGTAGATTGAATATTTATTTTTGCCTCGTGTTTGAGGAATAAGTGATCGATCTTAGGCAAAGGTCCTTGTAGATTAATGAGATTATGAATTTATGAATTTATGATGTTGTTGACAACCTGGATTGAAAATGTAATTGCCTTCAACATTATTTGACTGATCTAGTGAGTCTCTGTTCAATTATTTATTATGAGCTTTAGGAGAAAATACTATCAAATCATTTGAAAATATATTTAGGCACATCCATTCATGTTGTTTTTTTATTTCACTTTTGTGCTTGACATCTGTCTTAGCATGCAAAGTGAACTAGGACGTATATTAGTTGGATGAATTTCCTGAATAGATAAATGTGCTTCGTGATTCATGAAGTTATCAGACTGACTGGTTGTTGATCTTTTATTTAGGGGGATGTGCTTGTTGCTGTACTTTCAAATTACATGGTGGACATAGACTGGTTGTTATCTGGTAATAACCTTGATAAATTCACTCCTTTGAATGTGCCGTTTGTCAGATCAACTATTATGGAGCGTAAGGTGTTGACAGGAAGCTCGCTTTTAAGTTGTTATAGACTTATAGTAGAATCAGGTCATATAGTGCATAATGCTGTTGTGTGGGGAATAGTATTTGAGTTGTCGTTGTTGTCTCTTTGCCTCTATGCTGTTTTATGTTGGAATAATTATTGGGGTGTCGAAAATTCAATTCATACACAATTACACAGTTACATCTAAATATATAATCCCCTGCAAAAAAATCTTTTTGTGGATTTGAAAAAGGTTTGATTTTTAATCGTTCAGCTTCCCTGTTCTTCAAGTAATCCTTGCTGCATTAGAGTCTGCAGTTGCTACTTTACAGGGAAAGATATATTCTTGAAGGTGCTTGTGGGTACGCGATTATGTAGAAGGTTGTTTAGTTACATATAAAGGCAGTTCTGTAAAGGAGTTTCGACTTTCCTTGTTGCTAAAACCTATCCCATAACATCTGTCGTACAATGACACATCAATGTTAATTATAGGCTATGTTACCACATTAGCTTACATGATTGACACTTTTGAATGGATACATTAAGTTCCGACTCAAAATATAGTCACTATAAATGTACAGCCACTTATTTTTTAGCATGCTGGAAAGGATTTTATCAAGTATTCGTATAATCGTATGTTATAAAAATATATTTTAATATTTATATTACTCGTATGATGTTGAAGTGAACGTTTCCAACTTTTCAATTCAGGCCATGGCAACCATGACGCAAAATTTAACACTGTTAATGCCGTCTCTGTAACTCATTGACTATTATTGCAGCCTTGATTACAACTGTTGGTTTTTCTGTGCTTGTGGGTTCTGGTGATTTTTAGTCTTAGATCTTTTGAGCATTTCATCGTACGAGATAGCTAATGTTTATTTATTTGTTTTCATAGAATCCAAATGTTTGGTTTTGTCCGTTTTCAAGTGAAATCCTAGTTGACTTCTGGTTGGGATTTAATATGGAAATCTTGTTATTCATCCTTGGGTACCCCCAACTGTTGAATGTGTTCTATTTTGTAGTACTACTTGCTACGTCACTCTTTTCAGCTCAACCCTTCCTGACATTTATTGTCTTCATCTTCTGTTTTATTCTGTAGCATGCCCAATGCTTAAAAAAGTTCCTCAGGTGCTAGTTGTTCATGGAGAAAGTGACGGTACCGCTGATTACATGAAGGTATGTTGCGTGGACTAATATTTGGACTAATATTTGGACTAATATCTTATAATGCTCCAGATCTGGAATCTGAGTATCTAGTTGACGTACTTACTCAGCATCAGATACATTTTCTTTGTAGAGGAACAAACCCAGCAATTGGATTTTACACAAACCCCCATTACCCATCTCGTACGGGACACACCATTCGAAGGCTATGCTTCTTGTGTATCCTCGAGGAGTGAGGGTCATTGTGCATACAGCAAACTTGATTAATGTCGATTGGAATAATAAAAGTCA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This mRNA is a part of the following gene feature(s):
The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:
The following five_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:
The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:
The following exon feature(s) are a part of this mRNA:
Homology
BLAST of Spo14921.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902233940|gb|KNA23261.1| (hypothetical protein SOVF_026200 [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 1350.9 bits (3495), Expect = 0.000e+0 Identity = 658/667 (98.65%), Postives = 661/667 (99.10%), Query Frame = 1
BLAST of Spo14921.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731370342|ref|XP_010665690.1| (PREDICTED: tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 isoform X1 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 1137.9 bits (2942), Expect = 0.000e+0 Identity = 553/668 (82.78%), Postives = 602/668 (90.12%), Query Frame = 1
BLAST of Spo14921.1 vs. NCBI nr
Match: gi|870843494|gb|KMS96656.1| (hypothetical protein BVRB_8g201170 isoform B [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 1134.0 bits (2932), Expect = 0.000e+0 Identity = 553/668 (82.78%), Postives = 603/668 (90.27%), Query Frame = 1
BLAST of Spo14921.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731370345|ref|XP_010665691.1| (PREDICTED: tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 isoform X2 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 1134.0 bits (2932), Expect = 0.000e+0 Identity = 553/668 (82.78%), Postives = 603/668 (90.27%), Query Frame = 1
BLAST of Spo14921.1 vs. NCBI nr
Match: gi|870843493|gb|KMS96655.1| (hypothetical protein BVRB_8g201170 isoform A [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 1134.0 bits (2932), Expect = 0.000e+0 Identity = 553/668 (82.78%), Postives = 603/668 (90.27%), Query Frame = 1
BLAST of Spo14921.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9RUQ3_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_026200 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1350.9 bits (3495), Expect = 0.000e+0 Identity = 658/667 (98.65%), Postives = 661/667 (99.10%), Query Frame = 1
BLAST of Spo14921.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8B6P0_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_8g201170 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1134.0 bits (2932), Expect = 0.000e+0 Identity = 553/668 (82.78%), Postives = 603/668 (90.27%), Query Frame = 1
BLAST of Spo14921.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8E0L9_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_8g201170 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1134.0 bits (2932), Expect = 0.000e+0 Identity = 553/668 (82.78%), Postives = 603/668 (90.27%), Query Frame = 1
BLAST of Spo14921.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: E0CVK9_VITVI (Putative uncharacterized protein OS=Vitis vinifera GN=VIT_10s0116g00450 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 916.8 bits (2368), Expect = 1.600e-263 Identity = 449/671 (66.92%), Postives = 528/671 (78.69%), Query Frame = 1
BLAST of Spo14921.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A067JLC5_JATCU (Uncharacterized protein OS=Jatropha curcas GN=JCGZ_21271 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 899.4 bits (2323), Expect = 2.600e-258 Identity = 434/668 (64.97%), Postives = 522/668 (78.14%), Query Frame = 1
BLAST of Spo14921.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: TYDP1_ARATH (Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 OS=Arabidopsis thaliana GN=TDP1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 714.9 bits (1844), Expect = 8.100e-205 Identity = 336/482 (69.71%), Postives = 392/482 (81.33%), Query Frame = 1
BLAST of Spo14921.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: TYDP1_MOUSE (Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 OS=Mus musculus GN=Tdp1 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 296.6 bits (758), Expect = 6.900e-79 Identity = 187/496 (37.70%), Postives = 269/496 (54.23%), Query Frame = 1
BLAST of Spo14921.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: TYDP1_HUMAN (Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 OS=Homo sapiens GN=TDP1 PE=1 SV=2) HSP 1 Score: 290.8 bits (743), Expect = 3.800e-77 Identity = 197/551 (35.75%), Postives = 286/551 (51.91%), Query Frame = 1
BLAST of Spo14921.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: TYDP1_RAT (Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1 OS=Rattus norvegicus GN=Tdp1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 286.6 bits (732), Expect = 7.100e-76 Identity = 183/519 (35.26%), Postives = 274/519 (52.79%), Query Frame = 1
BLAST of Spo14921.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: TYDP1_DROME (Probable tyrosyl-DNA phosphodiesterase OS=Drosophila melanogaster GN=gkt PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 173.7 bits (439), Expect = 6.700e-42 Identity = 128/373 (34.32%), Postives = 191/373 (51.21%), Query Frame = 1
BLAST of Spo14921.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT5G15170.1 (tyrosyl-DNA phosphodiesterase-related) HSP 1 Score: 714.9 bits (1844), Expect = 4.600e-206 Identity = 336/482 (69.71%), Postives = 392/482 (81.33%), Query Frame = 1
BLAST of Spo14921.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT5G07400.1 (forkhead-associated domain-containing protein / FHA domain-containing protein) HSP 1 Score: 65.9 bits (159), Expect = 1.100e-10 Identity = 54/195 (27.69%), Postives = 83/195 (42.56%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo14921.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr) Total hits: 5
BLAST of Spo14921.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL) Total hits: 5
BLAST of Spo14921.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt) Total hits: 5
BLAST of Spo14921.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR) Total hits: 2
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29
GO Annotation
GO Assignments
This mRNA is annotated with the following GO terms.
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