Spo21027.1 (mRNA)

Overview
NameSpo21027.1
TypemRNA
OrganismSpinacia oleracea (Spinach)
DescriptionUnknown protein
Locationchr1 : 42184110 .. 42192650 (-)
Sequence length565
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ACCCTTAATCTGCTAATCCTATTCCTATTCTTATCAAATAGGGCTGTCAAGAACCGATCAAACCGATTTCTTACTATAATCTAAGTGATCGAAAAAAATTCACACATTCAATCGACATAAGTCCAATGACCCCGCACAAATTCACAACTACGTGATTCGATTTAACCATGATTGAATTGATGAAGCCCAAAAGATCTTTTCCAACCAGACAGCCCAACTTGACCCAACAAAGCCCAAACCGATTCACTTCAAGCTAGGGTTTCACTATATATCACAGCAAAACCTCACCACCATAATTTCCTATTGAAACCTCCCCCTTTCTCTCTCCTCAGATTTCTCCATCGATTAGGGTTTTGAGTTTGCATCTTTTCTTCGTCCGATCACCATGAGAGCCAAGGTATCTCTTCGGCTTTATTCATTCGATTCATGGATTTAATCATCAATTCTCAATCTTCTTCCATAAATTTCAACGTAATTCTCACTGATTTTGTTTAATTTTTGTTGTTTGTGCAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGAGGTTGAAGAGGAAGCGCCGAAAGATGAGACAACGATCTAAGTAGGAGCTCGTCGTCAGCTGCTGCGTTCGCGTTTAGATTTCCGTCGTTTTTCATCTTATTTCGTCCAACTATTAGCTATTTTTGTAGCTACTTGACTGGTTTTAGGTACTCAGTTTTATGTATTGGTACGTTTTGTTAAACATGATATTATCAGTAATTTTACTTGGATAATTTACATGATTTTCGACATTTATCGCCCTTTTTATTATATGTTTAATTTCATTATTTATTATCCGATAATATCATCTTTAACTGGATCTATGATTGATAGGTTTATTGCGATATTTTGGTTAGGTTCTAGGTTTATGGAAATTGGAAAGTCATATAATTATATCGTCGTAGCCGAATAACATTGATGATGATGGGAATTTAGCTGGGTTAGTTGTTGTAGATAAATTATTCCTAGATCAATCTGGGTTGATAATTTCTTTCCACAAAACAAGTTTGATTTATTTGGAGGAGTTTGAAGGTTGCCATTTTTGTTTGTTCAACATGAAAGTGGATTAGGGTTTTGTCGCTCAATTTATATCTAGGATGGCTAGGTTTGTTTGCTCCGGATTGTTTGCTTATGCGTCAAAGGAAAATATGGTAGTCTGAGACTGAACAATTGGGTGTTCTAGTATAGTTTTGCTACTTTCTAGTATTTGATTGTTTAAGATTGGATAAAGGCATTGGAATAGTTTTCTGTGTACTTTTCAACTGCTGGGAAACAATTGAGTTGAAATGCTGGATTGGGATGTTGTGGCTACGAAGAAAAAGGTAGATTCGCCATGGATATGTTTTCATGAGGGTGTCAAGTAAGGTTGATGTTCCTAGTTCTATTCAGCAATGGGTTGTGCTGAGGTCGACATAAGCATTAGGGATGATGTAGAATTTCGGGTGTTGAATGTGTTTGTTTTCCTTTTGCTAAATGTTGTATATCAGCATTAGGGGTTATGTAAAATTCTTTCCATTTTCCAAGCATAACATCTGAAGTAAAGATGATTATTGTTCTGATGGATGGAAATTTCTGTAAACAGGAAGCGTTCTTGCATTGTGCCAGTGGTTGTGTTATTCAGATGTTGGGTTATTGAATTGTGCTAGTGTTTTGGTATTCAGATGTGGAGATGTTCCAAATTGGAGCAGTTTTACTCTATAGAATTAGGATTTAGGAGCTCCCTTTCGATGTGGGGGTACCCAAAGGATGCTTTGTCCTCTCTTTTGTAGAGTTTAAGCATCTGTCATTGTAAGTGTGTTATTTGTTTTTACGGAAATTAACTTAAATTACCGAGGTAAACGATATGAAACTCAAAAGTTGCCTAATTTTGAAACTGTATAAGTGTACTCCTGTGCGAGGAAGGCTTTGTCATAGTGGACACAAGTGGGTACCAATACAGAATATAGAGCACCAATATAGAACATGTTAGTACTAATACAAATTATGTGAATACCAATAACACAATATGACTTTGTATTGGTGGTACTTCTAAGCAATTTTGCATTTTGATACTGACATATTATGTGCAATTTTGTATTTTGGTACCAACATATTATGTGTTGGTACTCAAGATGGTTGTATTTGGATCACTTGTGTCCATTTGGACACAAGCCACTTGAAGTTTAGAAATCCTCCTCCTGTGCACACATTCAAACAAATTTACTCAAACTCTATGGGATGAATGATTCTTGGTATCGTGAAGACTCAATATGCATGAATAATATGTCGTACCTGATTACAACTCAGAGTTGCCGGTGTTGAACCTGTTATGTCTACTATGGTATCAGTACTACTAAGGCTATTTTGTATTAAAATAGTCTTCTGTATGCATACATTATTGCTACTGATGACTGAGGCTGTATCTATTTGTTTACTGCATTGGTTTGATCTTCCTCGTATCATCTTGGATTGTTTGCTGCGAGGCCTGTAATATGGTGGTGGAAAGCTGGTGCTGTTTGGCTTGCAAATACGCCTCAAACATACTTTAATTTGATTCTAAGGCTTTATCTAATCAGTATTAACGGAGGAAAAAAAGTTGGTATATTATTTGGTTTGCATTTCATGGTAAGGCACAATTTTCTTGCGTAATTTTCAAGAAAATAATTAACAACTTTTTTTTGGGGGGAATAATAGCTGGTCATGTTGTATTCAAATATTCATTAATGTTAGTCTCATAGAGTCATGGTCAAGATTTTGGAGAAAAGCTTTATATTGCTATTGGTTATATTGTATTCCCAAAGGGGATAAATTGCTGGTGATCAAATTCGGTAAATCGGACTTGGCAGGTCCTGTAGGAGATTAGTGGGTTTGTTGATAATGCTAGTTGGGATTTATCGATTTCGGACTTATTTTTGGTCGTGCCCTAATATGTCATTATGATTTTCATCTTTTGATAATTTCCTTCCCACTCATCATCTAAATTGAAAAATTAGGGCTAACCTCTCAAGGGGGCTGGACTTGGTTTTATTTCCTTATCAAAAATAAAATAAATCGAAGGTTGCACCTCGGTACCAACTCACTAATTATTCGGTGAAGCAATATTAGGATCACTAATATGAAATACATGTTCCCTGTGCACATCAATATTAATTTCTCAAATTCGAGCAAGTATTAGGTGAAATAACAATCTATTGTGGTACAGCTAGAAGTATCATTCGGGTTTCTTTAGAGAGTTATCATTGCAAGCAATGAGACGCTTGGGGGATTATCTTTGATTTCGGTGGATGGTTCGTGGATTAGTAGAACTCTGAATGCTGGTATGAGTGAGGAAGTATAAATCCATCTTAGATATGTTTTTATAAAGATATATCACCACACTAAACGACAAAATAGACTAAAGACAAACGCTAAATGACAAAATCAATTCTTTTTGAAAAATAAAATCCGTTTTTTAAAAATGGCATTCATTTTTCCAAAATGACATATGTTTTTGAAAAATGACATATGTTCTTTGAAAAATGGCAACTGTTTTAATACTTGTTTTATCCCTATTTTTTCATTTAGTGGGGTGATATGTTTTTACAGATATGAGGCACGCCGCCCCCGGTATGAGTCGGTATGTGGAGGAACAAGTTATTTCTTGTAGGGTTCTAGGTGGTGAATGTGCAGGAATTGCAGCTTCCGCTTTGCAAACTGAGGCTTTGGCTTGTCTTATGGGTCTTCGACTCTTCAGTGGGCTTGTGGAACTTCTTTTGGCGGAAAATGTGTTGGATATGCGGTTCATATGAATAGTTTCAGCGGTCACATGTATTGATAAGTGCTTCAATTGGTGCTGCATCAATAAAGTGGAGGAAGTCCAAATACATGCCAGGCATGTATTTGCAAAAACATGCCAACTCCAAATAAAAAGGTAAATCTAAATGGTAAATATTTTTGGGGGAAATGTAAAACGGTATTGTACATTTGTAAAACGGGGTGCTGACTTGGCATTGCTGAGTTGGCAATTCATTAGAAAAATGGTATTGGTATTACAAAAATGGTACTAAACTTTTTCTAAATGAAATTCATTTTTCTTAAATGGTACTCGTTTTGTACTAAATTTTATAAAGTGGTATTAATATCACAAAAATGGTGCTAAATATTTTAAAATGGTATTCATATTACAAAATTGGTACTCAATTTTTCTATATGGTATTCATTTTAATGATTATTGATGGCACGTTGGCAAACACACTCAGTAACGGGATCCAAGTTGGCAAACGGGGTTGACTATTCAACAATTTCAAAATGGCTGGGAAATTACAAACAAGCCCATGACATGTATTTCATAATACATGCCTGGCTGCGATTTTGACGCCCTCAACAAAGTGAACCAAGATAGGGTCATGCTCATGACCTTGCAACAAACTGTTTCTTCTTTACCTTTGTCTTTTTTTTTTAAATTTTTAAAATTTTTCTTTAATATTTGTTGTTTAAGCCCAGGGTCATGCCTAAGGCTAATTTTACTAAATTTAGCGTGCTTTGTTATGTCCGGTCGAGTCGTGTCGTGCCCTGTCGTGCTTTCTTCCAAAAAAATAAGACCCAGGTCCGGCTATGGCCCACGATTTCATTCCCGTGCTGGGTCATGCTTTTTTCGTGCTCAGGCAGGACCGGGCTTTTCATGTTGGATCGGGCTTTGGGGCGGGCCGGCCCACATCCATCTTTACTTACGACCACTAACAGTTATCAAATTAGTTCATAAAGTATTATCTCTATCCTACATTTGTAATTTGTATATACGGTTTTTTCATGAAATGCCCCCGAGGTTTGCAAAAACGCACCAAATACCCTCGCGTCTTTTGAATCACATAATATACCCCTATTTTTGCGTACTGTTCATGAGATGCACCTTTGAGTTAACGGCGTTAGTCTGCCGTTAGTCGTGTTTTACTATTTTACCCTTAATACGTATTTTTCGACATAAATTCCAAAAAAAAAAAAAAATCTCAACTTCTTTCTCTTTCTCTCTCCTCTCCGATGTTCTTCCTCCTGCTCTCTGGTCGCCGGCGGCGTCCGACTCCTGCTCTCTGACCGCCGACGAAAGTCGATCCTCTCCTTCCCCTTTCCGACGTCCTTATTCGCCGCTGTCGAATTTGCCCGTCGTGAGGTTCCACTCTCTCCTTCTCTCCTTGACTAGATTGGAATTGCATTTATTGATTTGTGTTGAATGTTGTTGCCGTCATTGTTGTTGGTTTTTGTTGTTATTGTTTTCAATTTTCTGGTTGTTGTTGTTGGGAATTGATGGACTATTAGAGTAAATTTATTGTTTTTTTCGAATCAAAACATAATCCATTTGCTGCTATTTATTGATTTCAGTGTTGATTGTTGTTGTTTTTTCTTGCCATTGTTGTTGTTGCTGTCAATTTTCTGGTTGTTGTTGTTGTCGGTGGAAGTGATAGACTATTAGAGTAAATTGCTTCAAGTTCGTCTCATTGTTTAGTTGGTTGAAAATTCATCAATTTTCATTGAATTAATGTATTTAAGGAACGTTATTTGAGGAGAGTGAGAGAATTGTTTTCGGGTTTTCAACTATGGTTCCAAATTTGGAGTTTCGGTATTCTCATTTCTGTGAACAAGGGTTGAATTAGTTTTGTTCATGAAAAATTGCACTTCTTACGGTGACCTGTGATTATGTAGCTCAGTAGATGACTGGGGAGTGCAATTTCCATTATACACTGCTCTAGCTACACCCAAGGCTACTTTTTCTCCCCCAAATGAACAGGTAATAGCTGTAGGTTCATGGATGTATATGAGTACTCTTGAACCTTTGCTATATTCCTGAAGATGAAATAGTAGAGTTAGCTACTTGGCTTCACAACACATGTTTGATAAGGCTAAAAGTTGGGTTGTTAATTACATGTGTATGAGAAAATATGTTGATCGGACTGACTTTATAACTGATCTGTATGCAAAGTTTAAAGAATAGTGGGTGGATATTGTTAAGTTCAATAAAATTGAACCAATATGGAACTACCGAATTATTGAGACTAATTTTGATGATTCTTTGAGCTTGATAGTTCACGTTTCGCAGCCCAATCTCGAAGAGGAGGTTCAAAGTGTTTGCTGGCAACATCAGGTGGAGGTAAATCTTGGCAAGTACAAGAAGACATTTCTCCCTAAGCAAAGAAGGCTTGTTGTAACAAGTGTTCCACAATGAATCAACCAGTTGCCTATCAAGTTCCTCGAACAGTTGCATCAAGTTCAATTCAATCAATTTCTTATTGGATTTGTTGTTTGAGCATTTCAATTTTCTTTGATTATTACTTCTATTTCATGTTTTAGGTTTAACTTTTTGGTTGATTAATTTGATTAATTAGGTGAACGCTTTGTGGAAATTAAATTCTGCAGTTTAAAAGCATTTTGCGTATTTTGTGCAACTTAGTTTCAAAATAGGTGTATATTGTGCAATAAATTTATAAATAGGGGTATTCTGTGAATTATAAACACGACTTAACGGAGGACTAACGGAAGGTCGGTTTAGGGGTATTTGGTGCAAACTTGGGAAAAAATAGGGGTATATTATGTGATTCAAAAGACGCGAGGGTATTTGGTGCGTTTTTGCAAACCTCGGGGGCATTTCATGAAAAAACCGTAAAAAAAATATCTACCGTGGCAAAAAAATAGTTTGTATTAACACTCTATTCTAGTACTTTCGTATTAAAAAACAAAACCATAGATGATTAGATGACAAGTGTCATCCCTTCCTTTCATCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTCCAATTGTTTCTTATGTTGTTTGCTATATTTTACAACTAAAGCTTCTTCCACTCCATCTTTCTCATGCAACATCAATTCACCATTTAATTCGTATATCCATTCAACATCTTCCACTTCATTTATTTCTCTAACACTTATATTAAAATTCACCATTTAATTTAATTTGTATGATTCATATTTCAACTCTATTTAAATCATATATTCTCACTAAAATTAAAAATCCTCAAAAAAAGTTAGAACTTTTAAAGAGAGTTAAACAACCACTAATTGACGGGCTCAAGAGCCAGATTATACTGAAAGCAACACAACAAAGAAAATAGGGCGGGAAAAGACCATACCCATTTTCTCCAGACTGCAGTGCACATAGCTAAACAAAACAAAAAGCTTGAACTTACATTTACCACCAAACTTTTTGTGCATACAACAAGATACAACAGCTTCTATCTATCGACATACAACACAAAAAGCCTAATTCCCTCCTTCCCTAAGTTCACAGCACAAAGCCACTAATGCTGAGCAAACTTGAAAATGCACAGTTAAATGTGACAAGGTCTTTACTGCTGTGGTTTATATCTATTTTTAAATGACAAACAACCTATCTTTGAAGGCAACACTTTTCGTTGCAGCTTCAAAATTGAAGGGAAAAATACTAAAATAGACTGAACTTTCTATTCCCTCTCCAAGAAAGACGATTCAGCGAGATCAATTGCACGAGCAAGGCCAGCAGCCTTATTTTCACACTCGCGCTGTTCATCTGCAGGGACACTGTCAGCAACAATGCCTGCCCCAGCCTGAAGGTGGGCCACCCATTCTCTTCTTTTATCAACATCCTTGTACGAATACATTGTATCATATCGCGTTGCAGTTGAAAATACCATAGTTCTCAAAGCAAGAGCTATGTCCATGTCTCCAGTGAATGAGATTCCACCAAATCCACCACTATATGGCCCTCGTCTATTCACCTCAAGCTGGTCTATCAACTCCATTGCTTTAACCTGTTAATCATGCCAATGGGACAATAAGCATAAAAAGGACACCTTAAATGGTATTATAAACTCATGAACCAATGTTCAAAGGGAAGCCAGACTTCAACATAGAATTTAAAGAGTATTCTCAAATGGAATCCCATTGAGGCTGGGGCAGTAAACATGTACGGAGTATGTGACATATACTCAACCTATATGATGTTCAGGATTTGTGTCCAAAAGAGAACTATCCAAATTCCTGGTATATCACATAATGAGGAAGTCAAGTATGATAGATAGTTCCATAGAGCATGGTTTCATGATTCCTTCAAACATTAGAATTCTAAAAACAGACAAGAGTACTAGACTGTTCCATGACATTTCCTAGAAATATCACCTCTTTGCAACAAAAAAGTTAAAAAATCCTCATACCGGCGTCTGTAACTTTTCTCCAGTAGTTTCTTTGGTTGAGGGTTGGGGGCAGGACTCTCAGAATAGGAATACAAATCAAGCAGATTTTTAACAAAGATTTTTCTGGACTACAAAGTTACTCTGCCTGCGTTAGTATAGACATGGATACCCTCCATTTTAAAACACTTAATCTGCAAAATGAATTAGACAACCAAGCAAGAAGGCATCCCACTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCNCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCACGCACGCACGCACAAGCTGTCTTATAATTTATAATTGATAAAGACAGACATAAAGGATAACATCACCTTAAAAGAGAAAAAAGGTTAA

mRNA sequence

ACCCTTAATCTGCTAATCCTATTCCTATTCTTATCAAATAGGGCTGTCAAGAACCGATCAAACCGATTTCTTACTATAATCTAAGTGATCGAAAAAAATTCACACATTCAATCGACATAAGTCCAATGACCCCGCACAAATTCACAACTACGTGATTCGATTTAACCATGATTGAATTGATGAAGCCCAAAAGATCTTTTCCAACCAGACAGCCCAACTTGACCCAACAAAGCCCAAACCGATTCACTTCAAGCTAGGGTTTCACTATATATCACAGCAAAACCTCACCACCATAATTTCCTATTGAAACCTCCCCCTTTCTCTCTCCTCAGATTTCTCCATCGATTAGGGTTTTGAGTTTGCATCTTTTCTTCGTCCGATCACCATGAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGAGGTTGAAGAGGAAGCGCCGAAAGATGAGACAACGATCTAATTCACGTTTCGCAGCCCAATCTCGAAGAGGAGGTTCAAAGTGTTTGCTGGCAACATCAGGTGGAGACATAAAGGATAACATCACCTTAAAAGAGAAAAAAGGTTAA

Coding sequence (CDS)

ATGAGAGCCAAGTGGAAGAAGAAGCGTATGAGGAGGTTGAAGAGGAAGCGCCGAAAGATGAGACAACGATCTAATTCACGTTTCGCAGCCCAATCTCGAAGAGGAGGTTCAAAGTGTTTGCTGGCAACATCAGGTGGAGACATAAAGGATAACATCACCTTAAAAGAGAAAAAAGGTTAA

Protein sequence

MRAKWKKKRMRRLKRKRRKMRQRSNSRFAAQSRRGGSKCLLATSGGDIKDNITLKEKKG
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameType
Spo21027Spo21027gene


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo21027.1Spo21027.1-proteinpolypeptide


The following five_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo21027.1.utr5p.1Spo21027.1.utr5p.1five_prime_UTR


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo21027.1.CDS.4Spo21027.1.CDS.4CDS
Spo21027.1.CDS.3Spo21027.1.CDS.3CDS
Spo21027.1.CDS.2Spo21027.1.CDS.2CDS
Spo21027.1.CDS.1Spo21027.1.CDS.1CDS


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo21027.1.exon.4Spo21027.1.exon.4exon
Spo21027.1.exon.3Spo21027.1.exon.3exon
Spo21027.1.exon.2Spo21027.1.exon.2exon
Spo21027.1.exon.1Spo21027.1.exon.1exon


Homology
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo21027.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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BLAST of Spo21027.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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BLAST of Spo21027.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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BLAST of Spo21027.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29
IPR TermIPR DescriptionSourceSource TermSource DescriptionAlignment
IPR007836Ribosomal protein L41PFAMPF05162Ribosomal_L41coord: 1..24
score: 4.0
NoneNo IPR availableunknownCoilCoilcoord: 3..23
scor

GO Annotation
GO Assignments
This mRNA is annotated with the following GO terms.
Category Term Accession Term Name
biological_process GO:0006412 translation
biological_process GO:0042254 ribosome biogenesis
cellular_component GO:0005840 ribosome
molecular_function GO:0003735 structural constituent of ribosome