Spo22989.1 (mRNA)

Overview
NameSpo22989.1
TypemRNA
OrganismSpinacia oleracea (Spinach)
DescriptionUnknown protein
LocationSuper_scaffold_71 : 396539 .. 400426 (+)
Sequence length2124
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDSthree_prime_UTR
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGCAGACTGGTTATTCGATACTATCGACAGTGTCATGGAAAATTGGTTTTCAATGTCACCGATTACAGGGAGGTATTACTCGGTTTCTTTTTACCCACTTTTTTCTGGAATTTTAGGGGTTTTTTTTATATCAGGTTCCAAATTGTTTGGTTTTACTACAGTGTTAGAGCTAACGGATGGGAATTATGCAAGCTTTTTTTGTATGTCTTATTGATCTTATTCTAAAATTGTAGATATTATTGATCTTATTCTAAAATGAAATTATCATTGGTTGTGTTAAAATAATTTATACTGAAGGGAGTTCATCATAGTTTACTGGTTTTGGATGTGAGTTGTTAATATGTAATGTTTACCAAATGTATAGTAAAATTAATTAAAAGAAATTCATGATATTTTCCACAGTTAAGTATAACTACAATTAGTAGTATCACAAGTAGTGAATCCTGATGTATTTCTGCGTTACTTTGTTGTCTGTATTACCGTTATGGCAAGTTCAGACATGATCATAGAGTCATATATTCCTACAGATTTAATGTGAGAAATTGATTCCTTCATACAAGTATAAGCTTCCTGTGTGTAGCTGTGACTAGTTTTGAATGCATGAGCTTGTTGTTGGCAGAAATAGTCTCAATGGTTATCGATACCAAGTACTGCTAGTAGAGGTTCATCATGTGCTTGAAGATCCTCAATCTCTGTCATTCTGGAAATTCTTTTCTTCCGCTCTTCTGATGCTTCATGATCAATTAATTGCACTTGTTGAATTCTTGCAAGTACTGCTAGTATAGTTGCCTTTTGAACTCGATCTTACACCCCGGCTCACAGGTTTCCTTTTCATTCCCTTCTTTTTTCTGGTCCAAGTAGTTATGTCTAATAATGTAGAATGAGACATATCTTTTAGAATGAAGGGGAGTACATAAGCATAATATATCATGTACTGTGGTTTTTCACTAGGCTGTTTAATGTCCATCATCAAGGAAGGCAACTAAATCTTTGATGAAGGCATTTGCGTGCTAGTTGGATCAGAATGTCTGCTTATGATTGATTGATCATCAGTAGTATGGGAATATATCTTAATGATCACTTTGTTAGTTACACTGAATGATGCTACAATCATATCCAAGCCAAACTCCTGGGGTAATCAAGAGCCAGAAGTCGTATTGTAAAAAGGATTAAAATGTCATTAGTCAGAGCAAATAAATACAGTAGCATTTTTAGCCGAATTTTCTATACTTGTGTTGTTTAGTTATGTTTTAATTTGAAATGTCTGTTTCTTTGTTGTTAATTTGATTACAGCAAAACTTGTTCAATCCTCTGAAGTGTATTCAGTCTTGTTGCAATTCTTGACTGGAACCGTATGTCCTGTGCCATGATATACGAGACTGTTGGCACCTGATTTCTCTTGTATTTGTAAAAAGTGCTGCGGCAAATAACTGAAGTCGATAAATGCTCCAAATTATTTCCTTGCCGGCTTTCTTCTCCTGGAATCTGAATTTCAAATGTTTATGCTGTTTTCAGAAAAATTTATTCTCATCTGCAATGTATTCATTCTCGTTGCACACCTTGATTCAGGTACCTTATTTTTGTGCTATGATATGGTGATTTCTCGTATATTTGAAGAAAGTTTTGCTGCAATGGAATCTGCCTCTTTCCGCACTCTAAACAAAAGCCCAACACGAGAATATGAAGGGTATGTATACAACCTTTCGGAAAAAGTTTATATTTCTCATCAACGTAATATTAATATATGGGGGACTGTTTTAGAGGGAGCCAGGGAGGTATCCATCACAGCCTACAAGGTTTCAATACTCACATGGTATGTTTAGTAACTAACCAATTTTTTTTGTATCTGGAGTAGTAAATTTGTTAATGACATTGATCACTAAAATAGCGCGTCAAAAACTGATTTTTCAATAGTAATGCTTATAATTGTACTTTTTCCTGTTTTGTAGTGGTCTATTGGTAAAACCACATGTAAAATATTGGTTGTCTCGCATAGAGAAGCGACAACCGAATCTGAAATGAAAGAAAAGCTAGAGGTATGTGAGATTAAATGTAAAATACCTTTCAAGCATCTGAGGTGATATATTTCCGAAAGAAATCATGTTGCAGTTTATTTATTCCATTGTCCATTCTATGAACTTTGCCTCTCAATGGTGAAAAGAAAAAAAACCCGATTATTTTATCTCCTATAATTAATGGGCAAAGCTTTTGATAACTAATAACATGGATTACTTTTTTTAGTTGAATTTGAAGTCGGAAGTGTGCAATATTCTCTTTCTGCTGAATTATATTTTGAGTTGAATTTGAATGCCGAGTTATGAAGTTGCATATCTTATTGGCTTAATTATCGGAGGACTAGTTGAACTTGGATTAATTATTTAATTATACTATTTGAACTTAGATCTCTTGTGGAGTACAGTTCCTTTTGATTCTGAAGCGACTGTTCTTTGCTAGTAATGGGTGGAATCTGATAATGCGTTGAAGTCGTGAAAAGTGCTTATTTGTTTAAACATTTTATCCCCTTGATATTTGGTTTGGGAGGGGGTGTCTTTTTGCTGATTTATCTTGAAAACAACAAGAGCAGGATATTAGGTTTTCTAATGACAAATTATTGGATTATTGTCCCTTCAAATTTCTTCTAGCCCGAGTATGAAAATTCAAGATGATTGCAGAGAAGTTAGGCTTGACTTTTTCTCTTTTGTGCTATGTGTTTGAGGCTACTAGAGATAGGGTATGGAAATGAAAACTCCGTTTAACTCTGTTTCTTCATAATTTACATGCTTCTTGGACCCCTCAGATAATATCTCTTACTATCCCTTCCTTTCTCTCACTCTCAGAATTTCTCATCCAAACACACGATAAATATACTCTTCATGTTTTCGTTAGTGATTATCTTAGTAACAGAATTAGGTAACCTGGTATGTGGTTGTGCCATATAAGTGTTTGGTCTGCCTAAGTAGTATATTGATCTAACCATTATTGGACAAATTTTATTGTAAAAACATGACTTCAATGTAACATAGGGTGGAGAAGTGTGTTTATAGAGACTTTGTCTGTTCTCACAGAGCCTTTTCCCGTCATGCCGAAGAATTATGAGAAGAACCACATGTCTGCCTTAAGGATCAGTTATAGTCGTTGTATCCCATAATTTATTGCTGTTGCTTTGTTATTTATGCTTTTTCTTGAAACTTGATTTGCTGTGGCATCCTCTACAGACGATTCTAACAAATGGTCATATTTGATAGAGTCAGAATTTATTTTTCTTTATTGTTCGTTAACATCAATTATGTTTTCTTGGTGAAATGCAGGCAACTATTATCCTCTTATCGATTTTGTAGTTGTAATGAGTATCTAAAACATGCTTACTGCGTCTTACAACACTCTGCTTGCCTTGAGAAAAAGATTTGAATTGTTAATCTGAGTGAGAAATGTGTGCTGCTGAATTTGCCAATGTGATGTAAACATTAAATAACATTGTTCAGATATATCTTAAAATACATGTTGTATAGTACAGAAGCAGGTGAGTCCATATTTCTGACTCGTGTTTTGTTAGTTATACTGAACATTAAATATGAAAATGCTGACCTTTGTGTAAACGGTTGTAGGTGTTGGATGTATCCTGGTTCTGTTCAACCACAAAGCTTATGTATATTTTTCAGAAAGAAAGACTAACATGGTTTACTATCTTAAAATACATGCTATATAGAACAAAAGCAGCATTCTGCTTTCAAAATCCTAGAAAATTGCAGTTTCATTGTTTTAGAATAGTTCATCAGAGTAGTTTAATTGTTTTGGAATAGTTTCATTGTTTTAGGGTAGTTCATCAGGTAATTCTAGTATTTATCCTTTTTCTAAATTTTTTAGTCTTAAACACATTTTCTAGCCGA

mRNA sequence

ATGCAGACTGGTTATTCGATACTATCGACAGTGTCATGGAAAATTGGTTTTCAATGTCACCGATTACAGGGAGCAAAACTTGTTCAATCCTCTGAAGTGTATTCAGTCTTGTTGCAATTCTTGACTGGAACCAAAAATTTATTCTCATCTGCAATGTATTCATTCTCGTTGCACACCTTGATTCAGTGGTCTATTGGTAAAACCACATGTAAAATATTGGTTGTCTCGCATAGAGAAGCGACAACCGAATCTGAAATGAAAGAAAAGCTAGAGGTATGTGAGATTAAATGTAAAATACCTTTCAAGCATCTGAGGTGATATATTTCCGAAAGAAATCATGTTGCAGTTTATTTATTCCATTGTCCATTCTATGAACTTTGCCTCTCAATGGTGAAAAGAAAAAAAACCCGATTATTTTATCTCCTATAATTAATGGGCAAAGCTTTTGATAACTAATAACATGGATTACTTTTTTTAGTTGAATTTGAAGTCGGAAGTGTGCAATATTCTCTTTCTGCTGAATTATATTTTGAGTTGAATTTGAATGCCGAGTTATGAAGTTGCATATCTTATTGGCTTAATTATCGGAGGACTAGTTGAACTTGGATTAATTATTTAATTATACTATTTGAACTTAGATCTCTTGTGGAGTACAGTTCCTTTTGATTCTGAAGCGACTGTTCTTTGCTAGTAATGGGTGGAATCTGATAATGCGTTGAAGTCGTGAAAAGTGCTTATTTGTTTAAACATTTTATCCCCTTGATATTTGGTTTGGGAGGGGGTGTCTTTTTGCTGATTTATCTTGAAAACAACAAGAGCAGGATATTAGGTTTTCTAATGACAAATTATTGGATTATTGTCCCTTCAAATTTCTTCTAGCCCGAGTATGAAAATTCAAGATGATTGCAGAGAAGTTAGGCTTGACTTTTTCTCTTTTGTGCTATGTGTTTGAGGCTACTAGAGATAGGGTATGGAAATGAAAACTCCGTTTAACTCTGTTTCTTCATAATTTACATGCTTCTTGGACCCCTCAGATAATATCTCTTACTATCCCTTCCTTTCTCTCACTCTCAGAATTTCTCATCCAAACACACGATAAATATACTCTTCATGTTTTCGTTAGTGATTATCTTAGTAACAGAATTAGGTAACCTGGTATGTGGTTGTGCCATATAAGTGTTTGGTCTGCCTAAGTAGTATATTGATCTAACCATTATTGGACAAATTTTATTGTAAAAACATGACTTCAATGTAACATAGGGTGGAGAAGTGTGTTTATAGAGACTTTGTCTGTTCTCACAGAGCCTTTTCCCGTCATGCCGAAGAATTATGAGAAGAACCACATGTCTGCCTTAAGGATCAGTTATAGTCGTTGTATCCCATAATTTATTGCTGTTGCTTTGTTATTTATGCTTTTTCTTGAAACTTGATTTGCTGTGGCATCCTCTACAGACGATTCTAACAAATGGTCATATTTGATAGAGTCAGAATTTATTTTTCTTTATTGTTCGTTAACATCAATTATGTTTTCTTGGTGAAATGCAGGCAACTATTATCCTCTTATCGATTTTGTAGTTGTAATGAGTATCTAAAACATGCTTACTGCGTCTTACAACACTCTGCTTGCCTTGAGAAAAAGATTTGAATTGTTAATCTGAGTGAGAAATGTGTGCTGCTGAATTTGCCAATGTGATGTAAACATTAAATAACATTGTTCAGATATATCTTAAAATACATGTTGTATAGTACAGAAGCAGGTGAGTCCATATTTCTGACTCGTGTTTTGTTAGTTATACTGAACATTAAATATGAAAATGCTGACCTTTGTGTAAACGGTTGTAGGTGTTGGATGTATCCTGGTTCTGTTCAACCACAAAGCTTATGTATATTTTTCAGAAAGAAAGACTAACATGGTTTACTATCTTAAAATACATGCTATATAGAACAAAAGCAGCATTCTGCTTTCAAAATCCTAGAAAATTGCAGTTTCATTGTTTTAGAATAGTTCATCAGAGTAGTTTAATTGTTTTGGAATAGTTTCATTGTTTTAGGGTAGTTCATCAGGTAATTCTAGTATTTATCCTTTTTCTAAATTTTTTAGTCTTAAACACATTTTCTAGCCGA

Coding sequence (CDS)

ATGCAGACTGGTTATTCGATACTATCGACAGTGTCATGGAAAATTGGTTTTCAATGTCACCGATTACAGGGAGCAAAACTTGTTCAATCCTCTGAAGTGTATTCAGTCTTGTTGCAATTCTTGACTGGAACCAAAAATTTATTCTCATCTGCAATGTATTCATTCTCGTTGCACACCTTGATTCAGTGGTCTATTGGTAAAACCACATGTAAAATATTGGTTGTCTCGCATAGAGAAGCGACAACCGAATCTGAAATGAAAGAAAAGCTAGAGGTATGTGAGATTAAATGTAAAATACCTTTCAAGCATCTGAGGTGA

Protein sequence

MQTGYSILSTVSWKIGFQCHRLQGAKLVQSSEVYSVLLQFLTGTKNLFSSAMYSFSLHTLIQWSIGKTTCKILVVSHREATTESEMKEKLEVCEIKCKIPFKHLR
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameType
Spo22989Spo22989gene


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo22989.1Spo22989.1-proteinpolypeptide


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo22989.1.exon.1Spo22989.1.exon.1exon
Spo22989.1.exon.2Spo22989.1.exon.2exon
Spo22989.1.exon.3Spo22989.1.exon.3exon
Spo22989.1.exon.4Spo22989.1.exon.4exon


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo22989.1.CDS.1Spo22989.1.CDS.1CDS
Spo22989.1.CDS.2Spo22989.1.CDS.2CDS
Spo22989.1.CDS.3Spo22989.1.CDS.3CDS
Spo22989.1.CDS.4Spo22989.1.CDS.4CDS


The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo22989.1.utr3p.1Spo22989.1.utr3p.1three_prime_UTR


Homology
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo22989.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
back to top
BLAST of Spo22989.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
back to top
BLAST of Spo22989.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
back to top
BLAST of Spo22989.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
back to top