Spo27168.1 (mRNA)

Overview
NameSpo27168.1
TypemRNA
OrganismSpinacia oleracea (Spinach)
DescriptionUnknown protein
Locationchr1 : 10604776 .. 10629966 (-)
Sequence length567
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideCDSexon
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ACAGCACCAAATTTTCAAGTACTGGCTATTTTCCAAAACTTGCAGCACCAAATTTGTCAAGTGGGGCTCATATTCCAAAATTGGCAGCACCAAATTTGTCAATTAGTGCGGACACATTTTCTAAATTGGCATCACTTGAGAAACATCAAGTGCGGGCACGCAATGTGATGCACATGTAAAAGCCCACACTTGAGGCCTTAAAATGAGCCCGCACTTGATCATTTTTGTACTAGTCATTCTCTAAGAAAATTAATCAATCTTACAACAACATCCACGATCATGTTGCGATCATATTGGCGGTGTTTTGATCCTTCTCTCTCCAGCACTTTCTGTAAGTTCTTCCCCCCAACTTTCATTTATTTTATAAATTGAAATTAATTGATTAATTAGGTTTAGGGATCATATGATTGAAAAGGGAATTAAGGGTGATTATTTGATAATGTTGGTTTAATTTTCATAATTTTGAGATTAGATTTCAAAATTTTCTCAAATTATGTAGTACTTTTTATTATTATTCGAACAATTAGAGTGTTAGCTTAGTTACTTTTAATGCAAATTCGTAATTCGAGTTTAGATTCCTGCTGCTTTTGTTTCGTAATCTCTCTATTTAATTGGTGGATTGTACCTAACAATATGGCTTAAACTGCTTAATGTCACAGATACTTTTGATTATTCAAACTATTAGTTTAGTTAGTTTGCGTACTGATTCAAATTCAGTAACAATACAATGTCGCAATTCCAGTTTTGGGAAATGTATTAGTTAAATATTTAAAATGCAAACACGTACTATAATAAGTTGGAGTTCGAAATGGAAAGTATAGAGTTGCTTTTAAGGTAGATGTAATTACTTCAAAGGTCGGCTATTAAGTTTGCTATGATGGTTGTTCTGAAGGCAAGATTGTTTCCGCTCAAATCAACAAAATAGAAAATGAAATTGCTTCACATTATTCTATATTCATTTTTATTTGATTGAGTCTTGCATCTGCCAATTTTTTTCAAAGTTGTTTTTACGTGGTACTGTTGAAGTTTTCCTTATTAGATGACCAATGAACATGTGTTGAAGTTTTCTATGGTTCTGTCTTGATAAACTAGATGATTTCTATGAGACTTATGATAGTATGATATTGTTGATGTGTGTAATTGAAAGTTTTGGGTCATATTATCAGANATATTTTTATATCGATTGAGTCTTGCATCTGCCAATTTTTTTTCAAAGTTTTTTTTACGTGGTACTGTTGAAGTTTTCCTTATTAGATGACCAATGAACATGTGTTGAAGTTTTCTATGGTTCTGTCTTGATAAACTAGATGATTTCTACGAGACTTATGATAGTATGATATTGTTGATGTGTGTAATTGAAAGTTTTGGGTCATATTATCAGANGAGACTTATGATAGTATGATATTGTTGATGTGTGTAATTGAAAGTTTTGGGTCATATTATCAGATATATTTTTATATCGTTTGACTTTTGCAGGCTTTGACGTCATACCCATTCCAGGATCCAACTTTTGGAGGAGTTATGTCTTATGCCCAAGTACAACAGGTGTTTCTGCTAGTGTTGTATACTTGTATGTCCATCATAACTGGGCTCTTGCTTGTTCGGTCTGTGTGCAAATTTTGAGTTGGCTTATGCTGAATTATGGTTGACTTGGATTTTGGTATTAGGACCCGGGAGGATTTTATGTCTTCGTTTGTAAAAATTTAGTGATTAAGATTCTTGTTGGATACTTTAATTGCTATTATAGAGAGGCTTAGTTTTTTTGTTCCTTTCCCCCTTTCTGAATGAGGTCAACAAGAGGAATAACAAGTAGTGTATTTGTATTATTTTTTCTTCTCTGAAAAGGTGTCAAATAACTCTAAGAAAAAACTAAATATCATTTGCAAAATTGCATGTATAGGGTGATAGTTAGGACATACTGCCCCATTTTATGGCTCGTTTCTTTTCTCTCTATGGGGAAGTTTCTTATTAAATGTTCTCATTCCCACTAGTCTTGTCTTAGGTAATTCCTCAATTGTATGGAATGCACCAGAGTAGGATGCATCTACCTCTTGCTTGTTTATGTTAATGCAAAGCAATATCACGGGATCCTAAGGCGCAAACAATCACGTGCTAAGGCTGAGATGGAAAAGAAAGTTATTAAAGCTACTATATGTTCTTGAATCTGCTGAATTTCCCTTGTATTAACAAAAGTTGGGATCTAATCTTTCTGACTTAAAGTTGAGCCTACATGCCCACTTTCCTACCTGGTGCTAATAAAAACTTAATGTTTATGGACCTTAGAATCATGATTATATGGAAGTTATATTTGATATCATGGGCATAATCTTAACACTTATAAAGCCATGAACTTACATTACATTTCTGTAACCGTTGGATTACTATAATGCCCCTATTTTTGCTTTGTTTTACGTTCATCCCTTGCCTTATGTTAATCTCCCATTTCCCTGGTTTCTTCAGCTATGCCTCTCCTCTTCTCTCTCATGGAGGTAAGTAGATCTGCCATGACTACCTTTCTCTTCTTCGATTTTCTATTTCTCTACTTCGATCTATAATCATCGTTGTCCTGTAATTAGCAAGGTGTTCCAATAATATCTTTGATGCTTCTGAAGCAAAACTCACTTGAAGAAAATAGGTTTGCTTTGGAATCATCAAAGGTATTATAGGGAGTCAAATTGAAATATGAAATTATGGTCTTAGGATTCAAGCGGCTCCTGCGGTTTGTCGGCTAATCGATTCGTTTTGTATGCTTTTCAATTTGGGGTTTGTGGGTTCAGATCTTTTCTTTGGCGGTTTCTGTTTTAGGTTTGCTCTAGATCGCTGTGTTTTCTTTGCAAAGTTTCATTTTGGAGTTTTCTTTGTTTTGATTCTTGAGTTTTGTTAGTTTTGATTTCTTCTTGTATTCGATTTGTGTTTTTAATATGCTTGATTTGGTAGATGTGGATGATATTTTGGTTTTCAAGTTTTCTTTGTTTTGATTCTTGAGTTTTCTCTGGTTTCTTCAGCTCTGCCACATCCTCTTTTTTTTTGCATCTGTTCTTTCTAAAAAAATTATGACTAATCCGTCTGCAGTGTCACCCTCTGCATTTCGATATTCCGCGTAAATGTAGACAAACCCCTTCTTCTTACAACATACCCATCTAACATCTTGGTCATTTGTCCCGATCACCGTGGAAATGTTGCTCAATTCATCATGGCATCAATGACCACACTTAGTAAGCCATTTATCTTAAAAGTATTCCTTTTGATTCTGAAACTATTCCTTTCGGGTCTAATATTGTTGTACAAAATAAAGGGCTTATTTCTTTTAACCGGGCTATTTTCCTACATGATATACACACAGTATTTAGCTTCTTAGCATTTGGAAATGTGACACATCCCCTGTACTTTATTTCTATTGGGTGATAGGTGAGGGGTTATTCTTATTGTGTGAGAATAACTTCGATAAAATTGAATTGGATTAGCATTGTTTGAATGTTGAGCTTCAGACATAGATGTGGTATCTCGGTTATCTGCGGTTGGATGTAGTTTCGAGATGCTACAACATATATGCAGTCGCATTTTATGAATTTATTTGGTTCATTTATTTGCAACTGCGTCAAATATCAGATGCCAGTGTACTGCTGTATATGGCGGTTATTGTTGTCGTCCAGCTAGTCTAGCTTTGGCAGCAGAATCGGCTAAACTTGAATTAAAATTTGGCCTTATTGGTCCTGATCTTACTTTTACGTACTATATAATTAATTAGTTAAACTCTGAAAAATGTTTTGACGATGTTGCATGTTTAGACATTGCAACATCCAGAATGTCTCTTTTTATTGGCATATCCACACAACATACTCCATAAGCATTCATAAGGTAAAAATTCAGTGAACATACTCCATGAACATTTTCTCGTGTAGAAACAAAAATCAATATCATATTGCATATATCTCAATGAAGAGAATATTAGTGATTATAGCTGGTTATTGTGTAAGCAACTCTGATTGGGTTATCTCCACCCATTATATAGTCGATGTTGCACAATGCAAGGTTCTCAAACCACTGTGCAAGCAGTTTCCCCGTACTTCTTGAAATTAGTCAGGTTAACAGTACCATAACCATGGAAGTAGATAGTTATCTTATTTTTCATACTATCGACCACCTTTCTCATCATTGAATGATTCAGTTGTCTTGTTTGCATTTTTTATTCTCATTTGTGTTTTTTGCATTTTGTTCTGAACATATATTTTTTTTCTCATTTGTGTTTTTTGCATTTTTTTATCAACCTCTCCTCCGTTGATAACAGGAGTATTGTGTGTATTTTTAGATAGTTGTAATGAAATTGTATCATTTAGTTTGTATTCTATTGATTTATAAAATTATGCGAAGATGAATACTGAGGTACTACTTCCATCTATGCTGCATTGTAAAGAAATTCTTGATACTGCTTCACTGAAGAGGATATTTGTTCTTTATTGGCCATCTGCTTATGTAACATTAGCAAATTAATGTAACATGATTGTCTCAGTTTTAGTTTTTGCTAAAAAACTGGTTGCTGGTATTTCCCAAATCTAATTTACTTCAGCTAGCTAATGTTGTTCATAGTAACTGGTAAGTGATGTTCCCTTTCGAGTGTAAGTGTGTAACTATACATCCTATTTCAACATTGGGACTTGGAGGTTGTATCGAGCTTGTTGGCGTGATACCATTGTGTATATTGATGATGACAAACCTATATATATTGGTCAATCTTATGGAAAAGTCAGCCGACAATTACTTCACAAGGAACTGGTGCAAAGGTAAAAATTGCATTTGGTCATTTCATTTCCTGCTTATTTGTCTTGAATTTTTTTATGCCTGCTATGGTTTGCCAGCTTTATGGAGTTAAGTAATTCATACAATATTAACTTTTTAGGTGTTTTGGAGTCAGGTATCTCTTATTTGAATGCGGAAGTGGAAAATATCATGGAAGGGCCTTATGGAAATAGGCTTGTTGCTTGTGAACATGGTGTCACTATTCCCTGCAGGTGTTTATATTTCTACTTTTCTCCATCGTGACAAGTTATGGAATGTTCATACTTATTGACTCGATATCTAAAGTTCTATCTTCATTACTCATAAGTCATAACAGGTCCTAAGATTCATAAAGGCGAGCAACGTAACGTCCTTACCAGTAAGCATCTCTAGCAACATAACATCAAATGCATAA

mRNA sequence

ATGGACAAACCATGCCTCGATCCACAATTTGGACAAAATAGCTCATCTTTTATCAAAACATTTGACATTTATAGCCTGGTAGTTGGGTTGGGTAAGCAACGTGGTATTCTAACCGAGGAATTGAAGCTCGATGCTAACAACCTACTTTACCCCGACGATGCTTCCACTAGCACGTCAGCTACCGCTGCTTCTCCTCTCATACCAGTTGAAGGGTCTAAATCTTACCGGATCTTTGCCCGAAGAATTCGTCTGATTTGCATGTCGGAAGAGCATACAAGGGTTTTGTTAACAAGTACTGCTTGTTTTTATATGAGGAAAGGTGACTTTCCAAATTATACTCGAAATTTGTCTCCAGCAAGCCAGGCTATTTACACTCAGGCCCTGCTGATACAGAGAAAATATGGTGTCAATAATGAATATGCTTTGACGTCATACCCATTCCAGGATCCAACTTTTGGAGGAGTTATGTCTTATGCCCAAGTACAACAGGTCCTAAGATTCATAAAGGCGAGCAACGTAACGTCCTTACCAGTAAGCATCTCTAGCAACATAACATCAAATGCATAA

Coding sequence (CDS)

ATGGACAAACCATGCCTCGATCCACAATTTGGACAAAATAGCTCATCTTTTATCAAAACATTTGACATTTATAGCCTGGTAGTTGGGTTGGGTAAGCAACGTGGTATTCTAACCGAGGAATTGAAGCTCGATGCTAACAACCTACTTTACCCCGACGATGCTTCCACTAGCACGTCAGCTACCGCTGCTTCTCCTCTCATACCAGTTGAAGGGTCTAAATCTTACCGGATCTTTGCCCGAAGAATTCGTCTGATTTGCATGTCGGAAGAGCATACAAGGGTTTTGTTAACAAGTACTGCTTGTTTTTATATGAGGAAAGGTGACTTTCCAAATTATACTCGAAATTTGTCTCCAGCAAGCCAGGCTATTTACACTCAGGCCCTGCTGATACAGAGAAAATATGGTGTCAATAATGAATATGCTTTGACGTCATACCCATTCCAGGATCCAACTTTTGGAGGAGTTATGTCTTATGCCCAAGTACAACAGGTCCTAAGATTCATAAAGGCGAGCAACGTAACGTCCTTACCAGTAAGCATCTCTAGCAACATAACATCAAATGCATAA

Protein sequence

MDKPCLDPQFGQNSSSFIKTFDIYSLVVGLGKQRGILTEELKLDANNLLYPDDASTSTSATAASPLIPVEGSKSYRIFARRIRLICMSEEHTRVLLTSTACFYMRKGDFPNYTRNLSPASQAIYTQALLIQRKYGVNNEYALTSYPFQDPTFGGVMSYAQVQQVLRFIKASNVTSLPVSISSNITSNA
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameType
Spo27168Spo27168gene


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo27168.1Spo27168.1-proteinpolypeptide


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo27168.1.CDS.7Spo27168.1.CDS.7CDS
Spo27168.1.CDS.6Spo27168.1.CDS.6CDS
Spo27168.1.CDS.5Spo27168.1.CDS.5CDS
Spo27168.1.CDS.4Spo27168.1.CDS.4CDS
Spo27168.1.CDS.3Spo27168.1.CDS.3CDS
Spo27168.1.CDS.2Spo27168.1.CDS.2CDS
Spo27168.1.CDS.1Spo27168.1.CDS.1CDS


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo27168.1.exon.7Spo27168.1.exon.7exon
Spo27168.1.exon.6Spo27168.1.exon.6exon
Spo27168.1.exon.5Spo27168.1.exon.5exon
Spo27168.1.exon.4Spo27168.1.exon.4exon
Spo27168.1.exon.3Spo27168.1.exon.3exon
Spo27168.1.exon.2Spo27168.1.exon.2exon
Spo27168.1.exon.1Spo27168.1.exon.1exon


Homology
[Close]
BLAST of Spo27168.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902224967|gb|KNA19931.1| (hypothetical protein SOVF_056920 isoform B, partial [Spinacia oleracea])

HSP 1 Score: 61.6 bits (148), Expect = 1.700e-6
Identity = 28/34 (82.35%), Postives = 30/34 (88.24%), Query Frame = 1 

		  

Query: 90  EHTRVLLTSTACFYMRKGDFPNYTRNLSPASQAI 124
           E TRVLLTS ACFY+RKGDF  YTRNLSPAS+AI
Sbjct: 74  EQTRVLLTSAACFYLRKGDFSKYTRNLSPASRAI 107
[Close]
BLAST of Spo27168.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731330923|ref|XP_010676390.1| (PREDICTED: uncharacterized protein LOC104892224 isoform X1 [Beta vulgaris subsp. vulgaris])

HSP 1 Score: 61.6 bits (148), Expect = 1.700e-6
Identity = 28/34 (82.35%), Postives = 30/34 (88.24%), Query Frame = 1 

		  

Query: 90  EHTRVLLTSTACFYMRKGDFPNYTRNLSPASQAI 124
           E TRVLLTS ACFY+RKGDF  YTRNLSPAS+AI
Sbjct: 74  EQTRVLLTSAACFYLRKGDFSKYTRNLSPASRAI 107
[Close]
BLAST of Spo27168.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902224966|gb|KNA19930.1| (hypothetical protein SOVF_056920 isoform A, partial [Spinacia oleracea])

HSP 1 Score: 61.6 bits (148), Expect = 1.700e-6
Identity = 28/34 (82.35%), Postives = 30/34 (88.24%), Query Frame = 1 

		  

Query: 90  EHTRVLLTSTACFYMRKGDFPNYTRNLSPASQAI 124
           E TRVLLTS ACFY+RKGDF  YTRNLSPAS+AI
Sbjct: 74  EQTRVLLTSAACFYLRKGDFSKYTRNLSPASRAI 107
[Close]
BLAST of Spo27168.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731330925|ref|XP_010676392.1| (PREDICTED: uncharacterized protein LOC104892224 isoform X2 [Beta vulgaris subsp. vulgaris])

HSP 1 Score: 61.6 bits (148), Expect = 1.700e-6
Identity = 28/34 (82.35%), Postives = 30/34 (88.24%), Query Frame = 1 

		  

Query: 90  EHTRVLLTSTACFYMRKGDFPNYTRNLSPASQAI 124
           E TRVLLTS ACFY+RKGDF  YTRNLSPAS+AI
Sbjct: 74  EQTRVLLTSAACFYLRKGDFSKYTRNLSPASRAI 107
[Close]
BLAST of Spo27168.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8CE49_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_5g099700 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 61.6 bits (148), Expect = 1.200e-6
Identity = 28/34 (82.35%), Postives = 30/34 (88.24%), Query Frame = 1 

		  

Query: 90  EHTRVLLTSTACFYMRKGDFPNYTRNLSPASQAI 124
           E TRVLLTS ACFY+RKGDF  YTRNLSPAS+AI
Sbjct: 74  EQTRVLLTSAACFYLRKGDFSKYTRNLSPASRAI 107
[Close]
BLAST of Spo27168.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9RK87_SPIOL (Uncharacterized protein (Fragment) OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_056920 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 61.6 bits (148), Expect = 1.200e-6
Identity = 28/34 (82.35%), Postives = 30/34 (88.24%), Query Frame = 1 

		  

Query: 90  EHTRVLLTSTACFYMRKGDFPNYTRNLSPASQAI 124
           E TRVLLTS ACFY+RKGDF  YTRNLSPAS+AI
Sbjct: 74  EQTRVLLTSAACFYLRKGDFSKYTRNLSPASRAI 107
[Close]
BLAST of Spo27168.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9RKA8_SPIOL (Uncharacterized protein (Fragment) OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_056920 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 61.6 bits (148), Expect = 1.200e-6
Identity = 28/34 (82.35%), Postives = 30/34 (88.24%), Query Frame = 1 

		  

Query: 90  EHTRVLLTSTACFYMRKGDFPNYTRNLSPASQAI 124
           E TRVLLTS ACFY+RKGDF  YTRNLSPAS+AI
Sbjct: 74  EQTRVLLTSAACFYLRKGDFSKYTRNLSPASRAI 107
[Close]
BLAST of Spo27168.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8CIV8_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_5g099700 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 61.6 bits (148), Expect = 1.200e-6
Identity = 28/34 (82.35%), Postives = 30/34 (88.24%), Query Frame = 1 

		  

Query: 90  EHTRVLLTSTACFYMRKGDFPNYTRNLSPASQAI 124
           E TRVLLTS ACFY+RKGDF  YTRNLSPAS+AI
Sbjct: 74  EQTRVLLTSAACFYLRKGDFSKYTRNLSPASRAI 107
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo27168.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr)
Total hits: 4
Match NameE-valueIdentityDescription
gi|902224967|gb|KNA19931.1|1.7e-682.3hypothetical protein SOVF_0569... [more]
gi|731330923|ref|XP_010676390.1|1.7e-682.3PREDICTED: uncharacterized pro... [more]
gi|902224966|gb|KNA19930.1|1.7e-682.3hypothetical protein SOVF_0569... [more]
gi|731330925|ref|XP_010676392.1|1.7e-682.3PREDICTED: uncharacterized pro... [more]
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BLAST of Spo27168.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL)
Total hits: 4
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A0J8CE49_BETVU1.2e-682.3Uncharacterized protein OS=Bet... [more]
A0A0K9RK87_SPIOL1.2e-682.3Uncharacterized protein (Fragm... [more]
A0A0K9RKA8_SPIOL1.2e-682.3Uncharacterized protein (Fragm... [more]
A0A0J8CIV8_BETVU1.2e-682.3Uncharacterized protein OS=Bet... [more]
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BLAST of Spo27168.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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BLAST of Spo27168.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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