Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: exonfive_prime_UTRpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.CTGATTTTTCTTTACTGTTGGTAATAATCCGATTGTGTTTAGCTTTCAAATGGGTTCTATAGAAGATATTTTCAGAGATGCACAAGTGCTTGGAATCAAACCAGTTTACATAGAAGTAGGTCCTGGAGAAGTATGGCACAGGAAGATGTGCAGCTTCAGGTACATCGGGAATTATTCGTCAGTCATGAAGCTAATATCATTAGGTTATTATGTCACCCTGGGAATGCTGACAGAGATCTAAGCATTGTTGGCATCCTGAGAATGGAAGGTAGGCTATTAGTACTTCGCATATATTATGATTTCTTTCACTACTTTCACTTCATCATCATTTACATTTGCTGCATTTTAGCTGTTTTGATACATATTACTCCATACTATATATAGAAACTTGACAAATATATATTGTAGAACATGATGTGAAGGAAATTCGGAATGTTCTGATACTACATTGAAGTATGGTGGGGGAGTGAGGGTAGCCAATATCTTTGTTTGTCAGACTTCAAAATTCAAATGCATGCTCAAGGACTACCCAATGGAAATTTTATTGAAGATAAATCATGTAGTATAACTTTTTTTGATTGATTTAGCAAGATCAGAGAGAGCCCTAACTACCAATCAGAGAACCTTGAGATCAGTAGAAGGTGTCAATATTAAACCGCTCACTTCTTGAACTTAGCAGTTGTATCAATGTCCTGGTTGATTACCGAAATTCCAAGCTCACACAACTTGTCAAGGACTCTCTAGGTGGAGCTTGTAACAATATAAGCCTTAACAACCATATATTTGGGTAAACAAAAAACACCTTCATTGGGTTGACCTAGCCAAGGAAATTCGGAACAAGGTATACTGGTTGACAGCTCAATGCATTTGACTTAATTAAACAGGTCAACATTTCCACACAGTGAGAGTAGTCGAGTGTTATTGTGGGGAAAATAGTGAATCTTATGGAACAATGGAAGATGAGAGCCAACACAAAAGTTAAAAGGAAATCTGGGAAAGTAGTGAGAGTATAATTTACAGGCATATCAAACAAATGAAGAACTAAAGGTTTCATAATCTGAGGTTGTCTTCAAATCTAGTCTTTGGCTGCTGCAAATGTGTCAATGGTATATTTCGTGGCCACTTTCTCCTTCGTAGTCACTGGACTACGCGTGAAGTGTAGAAAATAGATTGAGACACCAATCAAAATCCTGAACACAATAACTTTGTCTCATCTTCTTACCCTGTAATTCTTTTTTAATGCGTTCCAATCCACATCACCGATGTGACACCTCCGGTCCTTGCCCCACCATAAGATATTAAAGTTTCCGACACGCTGCAGGTCCGTTTGATAGATCTGAATGACGTGTTCACGGCAGAAATGACGACACAAAATAGGGACTCGCCTTTGGGAAAAAACAACCATACATTTAGCAAAAAAAACAAAACATCCTTCATTGGGATGACCTAGCCAAGTAAATTTAGAACAAAGTTCAGTGTATTCAAAAACTAAACAACATAAATGAACTCAGTCGCATGCTGCAAATGTCCCAATTGCATCTCTCGCGGCCACTTTATCAAACACGCTTGAAGTGGGGAAAAAAATATAGGAACATCGATCAAAATGTTGAACACCGTAAATGTATTTCCTCCCTATATTTTGTAATTTTTTGTAAAGGCGCTCATGACCACCAATGTGGCACCTATGCTCTTTGTCTCACCAGAAAACATTAAACTTCTAGACGCGCTGTAAGTCTGTCTGATATATTTGAATGTCTTTGTCTCACCAGAAAACATTAGACTTCTATACGCGCTGTAAGTCTGTCTGATATATTTGAATGTCTTTTTCGCAACCAAAATGCGAGACAGAACAAGGACTCGTAGTCCCATGTTCGTCAAGTCTTTATGCAGTAGCACTTGGTAAATACCAGGTCGTAGTCCCCTGTTAGTCAGGTCCTTATGCAGTAGCACATGGTAAACACCAAGTCGTAGTTCTCTGTTCGTCAAGTATTTAGGATATGGAAGTAGCACCTTGGTAAATACCAAGTGCCTCACCAAAATCGGCTTATTCAACTGCCAAGATTCTTGTGGAGAATAAATCCAGTCATTGACCAGCGCACATCTGTTTTGAGTCAAGCCAGACAGACGCATGTCTGCTTGAAGTCAATCCAGATAGGCGTGTTGTTTGTAGTCAATCCCGAAAGACGTTGTCTGGAATCGAATCAAAAATAAGCTGTATGGGGTCAATCCCGACTGGCGCTATTTGGGACAAACCAAACAGACGCACGCCATTCTGGAGTTAAGTCAGACAAACGCTCCAAAATAATTGTAAACATAAAGATAATCTTTAATTTACAATATACCACAAATAAAAATTACTAATTATATAACATGATGTTCTATATTAATTAATTAGATAATAATATTAGTTGTGTCAAACTTAGCAACAAAGGTGTTAGAAGCCTCGTAAATAGTTTCACTCATCTCTAAATAGTTGAGGCCCGTAAACATAATTTATTTGTGAATTATTATTTAAATAATTTTAGTAAAAAATGAGAGGATAATTTGACTTCAGATAATCTTCAAAAGGAAAAATATTATTTTGCTTACTTTGTTGATAGATGAGAAAGAGAGAAACAATGAGAAAATCTTATTCTTAGAATATTTTAAGACCCTCATAGCGCACGTTGATTACTAAATGATACGTAATAGTTTGAAATTTTGATAATTATTTTAGTTTAAGATTTAATAAAATAAAAAGTATTTCGTAAACGATTTTATGTCATTAGTTTCTTTTATGACAAATATATTAAAAATATTTTAATGATGTGAAATTTGATATTGAAGTTGATTTGAAATCAAATTCATACATTGAAAATATTGTTTTCTAAAATTGATTTTGTGGGGAAAAAAAACTTATCAGCATACTAATAATTAATTTTTGTTTTTATTCTCTATGATTATTTTCATCATAACAATGAACTTTTTTTTTATATATTCTTCATTTCAACCGAATATTTCTTGTCCATGTTTTTCACACTTACCATTGCATAATTGAACAATTAATATCTCTGTATGGATAAGTAAAAATTATGAAGCAAAATTTCGCAAAATGTACATGAAGACAAATCTAACGAGATCTCACATGAATATGTTTTTCCTAAAATATAAATCATCAAAATAAATAAAGTAGATTATGTGAACAGTGCAAAAGCAACATGTTTTAACTATTTTGAAACAGAGTAGTATATGGCTTGAATATTATGTTTTTTCAAAAATAATTGTCTTTCTCTATGATACTTTCAATTATTACATTATGTTAAAAAATAAATTATTTTTAGATATTGTAAAATGTTTTTGTACTTTATTATTCTTTGTAAAATTTGTCAAAATATTTTGTATGGAATACTAGTGTCTCAAACCATTTTTTGTTACAATCTTTTTAACAACTACTACCTCATTTTCATAAAGATATTTACGGTTACTATTTGCATAAATATTAAAACAAAAGTAGAAATTTTGGTTAAATATAATAAAATATGGACAAATTAAGAAATGTGTAAAAGGGTGGGGGTGTAAGAAAAAAAATAAAGTGAGAAGAAAATGAGTAAAAAATTGTAAGTATTATGAGATAAGATTGTAAGGCCCTGTTCTTTTTGGCTTAATTTCAGCTTCAGGACTTATTTGGCAGTTCAGTTAAGTTCAGTTCAGTTCAGGAGCATTCAGTTCAGTTCAGTTCAGTTCAGTTTAGTTCAGTTCAGTTCAGTTTAGTTCAGGAGCATTAAATTCAGTTCAGTTTAATTCAGTTTAATTCAATTCAATTCAATTTATTTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATTTAATAATAATAATAATTATTATAATATATTATTATTATTAATTATATTATTATATATATTATTGTATTACTTATTATTTATATTTATATTATTATATTATTATATTACTTATTATTTATACTTATATTATTATATTACTTATTATTATTATTATTATTATTATTATTTATAACTAAATATTTATTAATAATTAATATAATTTATTATTATTTTTATTAATTATTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTATTTATTTCGGTAATATATTCTGTTAAGTTAAGTTCAGTTCAGTTCAGTTCAGGAGCATTCAGTTCAGTTCAGTTCAGTTCAGTTCAGTTCAGTTCAGTTCAGTTCAATTCAGTTCAGTTCAGTTCAGTTCAGTTCAGTTCAACTCTAAAGAACAGGGCCTAAGAAGGATAAGATAGGAAATTTTCATGTCTAAAAATAGAATAAAGCAAAGTGTAAATAATATTATGAAACGGACTAAAACGAAAAGTGTAAAGATTATTTTGAAATGGGGGTAGTATTATTTTTAATTGATTTTCATTCAAAGCGATTTCACAGCAATCGTTATTTTTATGATAAATGTTATAGATTTTATATGTTCTATTTTAATAATTTTTTTTGGTAAATATATGTTAATTATAGTTATATTAATTATTTAGGTAAATATCATGCCTTATTTTTTGTTATATTATTATTTTGGTAAAGTAAGTAAAAATATTCATTTTGTTAAA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ATGGCTTCTTCTAAGCCTAATTTTGATCATATAATGGTTTGGTTATTAGTCGGAGCTTTTACCATTCTTCGAGTTTGCTCGGCTCATAACCATAACCATAGCCTTACCGACAACAAGTATCCCTCAACATCCCTCTCCGTTGATATTTCTAGAGGACGTCAAATACCTCCTATTTTTTTTGGCATCTTTTTTGAGGAGATTAATCATGCTGGGGCTGGTGGTTTGTGGGCAGAGCTGATAAGCAATAGAGGATTCGAAGCTGGAGGTCGACATATACCATCAATGATTAGCCCATGGGGCGCAATCGGAGACGAAGAAGCAATATCAATAGTAACAGAGCTATCATCGTGCTTTAAAAATAACCCGGTCGCACTTCGAATGGATATACATTGTGATCAAACAACTTGTCCTCCTGGTGGAGTTGGAATTTATAATCCTGGCTATTGGGGAATGAATATTGAAGAAGGAAACGGTTACAAAGTGGTGTTCCACATTAAATCAACCGGACCACTTGACAGTGTTATGTCACTTGTTAGCGAAGATGGGACACAAGTTCTTGCCTTCCAGCGGGTAACGGCTGATGCCGCGAAAGTTAAAGATTGGACAAAGTTGGAGATTACATTACAAGCTAGAGCATCATACAAGAATGCTAGATTTCAGTTTACTACAACCCAAAAAGGAACAATTTGGCTTGATCAAGTATCTGTTATGCCTAATAACACATATAAGGGTCATGGATTTCGAACTGACTTGATGGAAATGCTTCTCAATTTGAAGCCTAGGTTCCTTAGATTTCCCGGTGGATGTTATGTTGAGGGAAGATTGTTAAGTAATGCTTTTAGATGGAAGGAAACTGTCGGTCCATGGGAAGAAAGGCCAGGACATTTTGGTGATGTTTGGAACTATTGGAGTGATGACGGACTTGGTTACCTTGAATATCTTCAGCTAGCAGAAGATCTAGGTGCTGAGCCCGTGTGGGTTGTTAATAATGGAATTGGTCTCCAGGATCAAGTTGATACTCATCTAATCGGGCCTTTTGTGCAAGAAATGTTGGATAGTGTCGAGTTTGCTATAGGTAGTCCGAATTCAACATGGGGTTCCCTTCGTGCAAAATTGGGACATCCAACGCCATTTAACCTCAGACACATTGCCTTTGGTAACGAGGGTTGTGACTTAAAGAGCTATACAGGAAATTATCTCAAGTTCTACAAAGCCTTGAAGAAAAACTATCCTAACATCAAAGTAATTTCAAATTGTGATGCAACACAGAAGCCCTTAGATCACCCAGCCGATTTATATGACTTTCATAGATACACAAATGATACGGATATGCTTGGTCTAACTCATTTATTTGGGAAGATAAGAAGGGATGATCCTCACGCACCAAAGGCTTTTGTTAGTGAGTATGCTGTGATATACCCCCAAGATAAAATGAAGAACGGATCATTTGGAGGAGCATTAGCCGAAGCTGCTTTCTTGCTTTCACTAGAGCAAAACAGTGATGTTGTCGAAATGGTGAGCTACGCCCCACTTTTCGTAAACTTGAACGACAGAACGTGGAATCCTGATGCGATTTTCTTCAATACATATAAAGCGTATGGAATTGCTAGTTATTGGGTTCAAACATTCTTTAAAGAATCAAGTGGAGCATCGCTTTTGAATGTTCATTTCCACAACCATTCGATGCTCGAAAACACATACGTTACTGCAATAAGTTGGACTAACAAGCATGAGAAAAAGAATTATATAACTATCAAGGTCGTGAACTACAACAATGTATCGGCAAATTTGAAGATATCTATCAATGGAGTTGATGCAAACTCGGTTAAACCATGGAGGAAAACCGTGCTAACCTGTGATGATTTGCAGGCTGATAATACACTAGATAATCCTACCAAGGTGGTGCCAATATCAAGTTTGCTCAAAAGTGAAATCGGAAGAGACATTGTTGTAGAGGTCGAACCATACTCGTTCACAGCATTCGATCTAATAAATAATGGACAAAGTCCGAGCCTTGAAGCTAAGCAAGTTCCAAATTCCTAA MASSKPNFDHIMVWLLVGAFTILRVCSAHNHNHSLTDNKYPSTSLSVDISRGRQIPPIFFGIFFEEINHAGAGGLWAELISNRGFEAGGRHIPSMISPWGAIGDEEAISIVTELSSCFKNNPVALRMDIHCDQTTCPPGGVGIYNPGYWGMNIEEGNGYKVVFHIKSTGPLDSVMSLVSEDGTQVLAFQRVTADAAKVKDWTKLEITLQARASYKNARFQFTTTQKGTIWLDQVSVMPNNTYKGHGFRTDLMEMLLNLKPRFLRFPGGCYVEGRLLSNAFRWKETVGPWEERPGHFGDVWNYWSDDGLGYLEYLQLAEDLGAEPVWVVNNGIGLQDQVDTHLIGPFVQEMLDSVEFAIGSPNSTWGSLRAKLGHPTPFNLRHIAFGNEGCDLKSYTGNYLKFYKALKKNYPNIKVISNCDATQKPLDHPADLYDFHRYTNDTDMLGLTHLFGKIRRDDPHAPKAFVSEYAVIYPQDKMKNGSFGGALAEAAFLLSLEQNSDVVEMVSYAPLFVNLNDRTWNPDAIFFNTYKAYGIASYWVQTFFKESSGASLLNVHFHNHSMLENTYVTAISWTNKHEKKNYITIKVVNYNNVSANLKISINGVDANSVKPWRKTVLTCDDLQADNTLDNPTKVVPISSLLKSEIGRDIVVEVEPYSFTAFDLINNGQSPSLEAKQVPNS Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Homology
BLAST of Spo27307.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902204694|gb|KNA14942.1| (hypothetical protein SOVF_102460 [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 1419.1 bits (3672), Expect = 0.000e+0 Identity = 679/680 (99.85%), Postives = 679/680 (99.85%), Query Frame = 1
BLAST of Spo27307.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731335331|ref|XP_010678672.1| (PREDICTED: alpha-L-arabinofuranosidase 1-like [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 1079.3 bits (2790), Expect = 0.000e+0 Identity = 502/680 (73.82%), Postives = 582/680 (85.59%), Query Frame = 1
BLAST of Spo27307.1 vs. NCBI nr
Match: gi|870859025|gb|KMT10489.1| (hypothetical protein BVRB_5g116130 [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 1062.0 bits (2745), Expect = 4.400e-307 Identity = 493/661 (74.58%), Postives = 571/661 (86.38%), Query Frame = 1
BLAST of Spo27307.1 vs. NCBI nr
Match: gi|702246729|ref|XP_010055451.1| (PREDICTED: alpha-L-arabinofuranosidase 1-like [Eucalyptus grandis]) HSP 1 Score: 770.0 bits (1987), Expect = 3.400e-219 Identity = 373/656 (56.86%), Postives = 467/656 (71.19%), Query Frame = 1
BLAST of Spo27307.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731324864|ref|XP_010673201.1| (PREDICTED: alpha-L-arabinofuranosidase 1-like [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 769.2 bits (1985), Expect = 5.900e-219 Identity = 380/656 (57.93%), Postives = 466/656 (71.04%), Query Frame = 1
BLAST of Spo27307.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9R823_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_102460 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1419.1 bits (3672), Expect = 0.000e+0 Identity = 679/680 (99.85%), Postives = 679/680 (99.85%), Query Frame = 1
BLAST of Spo27307.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8CEA2_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_5g116130 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 1062.0 bits (2745), Expect = 3.100e-307 Identity = 493/661 (74.58%), Postives = 571/661 (86.38%), Query Frame = 1
BLAST of Spo27307.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A059DGV6_EUCGR (Uncharacterized protein OS=Eucalyptus grandis GN=EUGRSUZ_A02178 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 770.0 bits (1987), Expect = 2.400e-219 Identity = 373/656 (56.86%), Postives = 467/656 (71.19%), Query Frame = 1
BLAST of Spo27307.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8CSE1_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_3g064070 PE=4 SV=1) HSP 1 Score: 769.2 bits (1985), Expect = 4.100e-219 Identity = 380/656 (57.93%), Postives = 466/656 (71.04%), Query Frame = 1
BLAST of Spo27307.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: D7RIC7_MEDTR (Alpha-L-arabinofuranosidase OS=Medicago truncatula GN=Araf1 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 762.3 bits (1967), Expect = 5.000e-217 Identity = 363/632 (57.44%), Postives = 462/632 (73.10%), Query Frame = 1
BLAST of Spo27307.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: ASD1_ARATH (Alpha-L-arabinofuranosidase 1 OS=Arabidopsis thaliana GN=ASD1 PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 737.6 bits (1903), Expect = 1.200e-211 Identity = 354/628 (56.37%), Postives = 450/628 (71.66%), Query Frame = 1
BLAST of Spo27307.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: ASD2_ARATH (Alpha-L-arabinofuranosidase 2 OS=Arabidopsis thaliana GN=ASD2 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 729.9 bits (1883), Expect = 2.500e-209 Identity = 355/628 (56.53%), Postives = 447/628 (71.18%), Query Frame = 1
BLAST of Spo27307.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: ABFA_ASPTN (Probable alpha-L-arabinofuranosidase A OS=Aspergillus terreus (strain NIH 2624 / FGSC A1156) GN=abfA PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 269.6 bits (688), Expect = 9.200e-71 Identity = 184/623 (29.53%), Postives = 313/623 (50.24%), Query Frame = 1
BLAST of Spo27307.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: ABFA_ASPNG (Alpha-L-arabinofuranosidase A OS=Aspergillus niger GN=abfA PE=1 SV=1) HSP 1 Score: 254.6 bits (649), Expect = 3.000e-66 Identity = 192/649 (29.58%), Postives = 310/649 (47.77%), Query Frame = 1
BLAST of Spo27307.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: ABFA_ASPNC (Probable alpha-L-arabinofuranosidase A OS=Aspergillus niger (strain CBS 513.88 / FGSC A1513) GN=abfA PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 254.2 bits (648), Expect = 4.000e-66 Identity = 192/649 (29.58%), Postives = 309/649 (47.61%), Query Frame = 1
BLAST of Spo27307.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT3G10740.1 (alpha-L-arabinofuranosidase 1) HSP 1 Score: 737.6 bits (1903), Expect = 6.700e-213 Identity = 354/628 (56.37%), Postives = 450/628 (71.66%), Query Frame = 1
BLAST of Spo27307.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT5G26120.1 (alpha-L-arabinofuranosidase 2) HSP 1 Score: 729.9 bits (1883), Expect = 1.400e-210 Identity = 355/628 (56.53%), Postives = 447/628 (71.18%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo27307.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr) Total hits: 5
BLAST of Spo27307.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL) Total hits: 5
BLAST of Spo27307.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt) Total hits: 5
BLAST of Spo27307.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR) Total hits: 2
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
RNA-Seq Expression
Co-expression
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