Spo09638.1 (mRNA)

Overview
NameSpo09638.1
TypemRNA
OrganismSpinacia oleracea (Spinach)
DescriptionUnknown protein
LocationSpoScf_00791 : 120205 .. 148854 (+)
Sequence length654
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
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mRNA sequence

ATGTTAAGAGTTCGGTTTTCTTTTCTCATTGGGTTTGCAAAAAATTCATTTCATCTCTTACAACATTTTAAAGCCGGGTTTCTCCGACGCTACGTTGCTTCGCCCAACAAAACCCACGCCAAACTCCACCACCACTGCCCTCCACTGCCGTCGCCTGAGTTTCTCGCCGACGTGTCCCTCCTCTCTCTCGCTGCTGGTTCCGCTATTACTTGCTGCCTTGCTGGAGATGAGGGTCTTGCTCAACTAAGTGGTATGCAGTCGTGGCTTAGGGTGAGACAACAACATTTGGTTTCTCAAGTTGCATATCTTTATCCAATAATTTGCTTCATCTTTTACTTGAGCTCAACATTTTTGAGTCCCCTTCTCGAGAGATGGAAAAATGGTATTCGGGCCAAAGAGTTCTGGGGTTGTGTTCGATTTCTTCCTCCCTTCCAATGCTCAATTTCTCTCAGTCTTCGTTCAGAATATTCCACCCGCGGGAGCGAGACATCCCTAATTCTTCTCTTGAAGTTAACGTTCACGGTTCCTTTTGCCATGGATCAAAGGAAGTTAGCTGAGCAGCTTTTCTATGAAATACTTTACTTGGGATCTCCTGGAAACCAAATTTCTTTACCAATGGGGATATATCAACAATCACCCAGTAGGGCAAAGTAG

Coding sequence (CDS)

ATGTTAAGAGTTCGGTTTTCTTTTCTCATTGGGTTTGCAAAAAATTCATTTCATCTCTTACAACATTTTAAAGCCGGGTTTCTCCGACGCTACGTTGCTTCGCCCAACAAAACCCACGCCAAACTCCACCACCACTGCCCTCCACTGCCGTCGCCTGAGTTTCTCGCCGACGTGTCCCTCCTCTCTCTCGCTGCTGGTTCCGCTATTACTTGCTGCCTTGCTGGAGATGAGGGTCTTGCTCAACTAAGTGGTATGCAGTCGTGGCTTAGGGTGAGACAACAACATTTGGTTTCTCAAGTTGCATATCTTTATCCAATAATTTGCTTCATCTTTTACTTGAGCTCAACATTTTTGAGTCCCCTTCTCGAGAGATGGAAAAATGGTATTCGGGCCAAAGAGTTCTGGGGTTGTGTTCGATTTCTTCCTCCCTTCCAATGCTCAATTTCTCTCAGTCTTCGTTCAGAATATTCCACCCGCGGGAGCGAGACATCCCTAATTCTTCTCTTGAAGTTAACGTTCACGGTTCCTTTTGCCATGGATCAAAGGAAGTTAGCTGAGCAGCTTTTCTATGAAATACTTTACTTGGGATCTCCTGGAAACCAAATTTCTTTACCAATGGGGATATATCAACAATCACCCAGTAGGGCAAAGTAG

Protein sequence

MLRVRFSFLIGFAKNSFHLLQHFKAGFLRRYVASPNKTHAKLHHHCPPLPSPEFLADVSLLSLAAGSAITCCLAGDEGLAQLSGMQSWLRVRQQHLVSQVAYLYPIICFIFYLSSTFLSPLLERWKNGIRAKEFWGCVRFLPPFQCSISLSLRSEYSTRGSETSLILLLKLTFTVPFAMDQRKLAEQLFYEILYLGSPGNQISLPMGIYQQSPSRAK
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameType
Spo09638Spo09638gene


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo09638.1Spo09638.1-proteinpolypeptide


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo09638.1.exon.1Spo09638.1.exon.1exon
Spo09638.1.exon.2Spo09638.1.exon.2exon
Spo09638.1.exon.3Spo09638.1.exon.3exon
Spo09638.1.exon.4Spo09638.1.exon.4exon


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo09638.1.CDS.1Spo09638.1.CDS.1CDS
Spo09638.1.CDS.2Spo09638.1.CDS.2CDS
Spo09638.1.CDS.3Spo09638.1.CDS.3CDS
Spo09638.1.CDS.4Spo09638.1.CDS.4CDS


Homology
BLAST of Spo09638.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902231998|gb|KNA22487.1| (hypothetical protein SOVF_033810 [Spinacia oleracea])

HSP 1 Score: 93.6 bits (231), Expect = 4.600e-16
Identity = 43/50 (86.00%), Postives = 47/50 (94.00%), Query Frame = 1

		  

Query: 20  LQHFKAGFLRRYVASPNKTHAKLHHHCPPLPSPEFLADVSLLSLAAGSAI 70
           +++  AGFLRRYVASP KTHAKLHHHCPPLPSPEFLADVSLLSLAAGSA+
Sbjct: 157 MEYVGAGFLRRYVASPTKTHAKLHHHCPPLPSPEFLADVSLLSLAAGSAV 206

BLAST of Spo09638.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902128135|gb|KNA04162.1| (hypothetical protein SOVF_202240 [Spinacia oleracea])

HSP 1 Score: 60.8 bits (146), Expect = 3.300e-6
Identity = 30/34 (88.24%), Postives = 31/34 (91.18%), Query Frame = 1

		  

Query: 73  LAGDEGLAQLSGMQSWLRVRQQHLVSQVAYLYPI 107
           LAGDEGLAQLS +Q  LRVRQQHLVSQVAYLYPI
Sbjct: 129 LAGDEGLAQLSSLQKMLRVRQQHLVSQVAYLYPI 162

BLAST of Spo09638.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9RUG7_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_033810 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 93.6 bits (231), Expect = 3.200e-16
Identity = 43/50 (86.00%), Postives = 47/50 (94.00%), Query Frame = 1

		  

Query: 20  LQHFKAGFLRRYVASPNKTHAKLHHHCPPLPSPEFLADVSLLSLAAGSAI 70
           +++  AGFLRRYVASP KTHAKLHHHCPPLPSPEFLADVSLLSLAAGSA+
Sbjct: 157 MEYVGAGFLRRYVASPTKTHAKLHHHCPPLPSPEFLADVSLLSLAAGSAV 206

BLAST of Spo09638.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9QA62_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_202240 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 60.8 bits (146), Expect = 2.300e-6
Identity = 30/34 (88.24%), Postives = 31/34 (91.18%), Query Frame = 1

		  

Query: 73  LAGDEGLAQLSGMQSWLRVRQQHLVSQVAYLYPI 107
           LAGDEGLAQLS +Q  LRVRQQHLVSQVAYLYPI
Sbjct: 129 LAGDEGLAQLSSLQKMLRVRQQHLVSQVAYLYPI 162

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo09638.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr)
Total hits: 2
Match NameE-valueIdentityDescription
gi|902231998|gb|KNA22487.1|4.6e-1686.0hypothetical protein SOVF_0338... [more]
gi|902128135|gb|KNA04162.1|3.3e-688.2hypothetical protein SOVF_2022... [more]
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BLAST of Spo09638.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL)
Total hits: 2
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A0K9RUG7_SPIOL3.2e-1686.0Uncharacterized protein OS=Spi... [more]
A0A0K9QA62_SPIOL2.3e-688.2Uncharacterized protein OS=Spi... [more]
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BLAST of Spo09638.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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BLAST of Spo09638.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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