Spo21936 (gene) | SpinachBase

Overview


Name	Spo21936
Type	gene
Organism	Spinacia oleracea (Spinach)
Description	Unknown protein
Location	SpoScf_00709 : 32505 .. 39891 (-)

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideCDSexonthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

ATGCCATCTATTGTGCAGGGAAGTCAAACTGAGCGAGTATACAGAGGATTGTTTGAAGAATTAGTCATAGTCAAATACGGTGATATGTTGAAGAGGTTACTAGACAGCTTAATAGTTTTGTAAAAGTGAGTAGTACTCTTCAAGTCTTCAGTTTCAATATCTTCTGATGTATCTGTTTGCGGAAAGATTACATATTAGTTTTTCTTCTTGCTTTCATCATATTATTCGTGTATTCTTTACATCTGGAATTTTTCTTGATTCTAGCAATCTCATTGCTCTGATAACTTGGCTATCATTTCTAGCTTTAAAGGTTGTTCTTGTTGATGTTTTCGACTTAATGAAACTCTCTCTTTGGATATCCATATGTTCCTTGTTTGCATGCTATCTTCTTGATTCCTCTTTCAACCTTTATTGTGATATTCTGTATGCAAACCTAGATAAGAGTGTTCTGTACACCTCTGGTTTCTTCCTTTAAGATTGTTGTTAGTCAGAAGATTTGTGAAAATGTGCTTCATCCATTAAATAATCAATTGCTTAGTAGAGGCCTTCCTAGATAACATTGGACCTGATTAAGCTGTACTTTTGGTGGCAGCATCTGTTTGGAGGTCTATGGTATTGTTGAAAGCATTAATACTACACCCTTTAAAAAGCAAGGAATGGTGTTTTACTATTCATCAAATAGTGAAGTGACGGATCCACCCTCACATTCCTTCACGTTTTCATTTTGTCGTTATTCTTACAGACAGTGTAATCACCTCTTTGCCCTCATTCCCAGATTTCCCCAAGTGCCTTCATCCTTTTCTTCTCTCCAAGTGCCTTCATCCTTTTCTTCTCCCCTACTGATCCGCTGCCTCTTTGCTTTCTCTGAGATTTCCTCCCCTTCCGTTTGCGAACGCTACCTCTCATCTCTCCTCCGCCCCCTTAACTTTTCTCTCTCCTTTTCAATAACCTCGGATCATCAGCAAAACGTCGCCGACCACCTGGATCTCTCGCTTGGTACTCTCTAGTCTCTCCTTTTCTGTTTCGCTTTCATAGCAGTGAGAAGGAAATTGATTTCATCAAGGTAATTCCTTCTCTCTCTCTCTCTTTTTTTTTTTTTTTTAATAATTCAGCCTGTAATTAGTAATGATGGTCTGAAGTTGATTGGTTGCTATTACTTGATTGATTGTCTGTAATTACGACGCTTTTCAAATTCAGGATCTTGTTGCTGTTTTATGGAAATAAATTGGTAGTTTGACGCGTTGAGGAGGCGATTTCCCCCAAAAGTCAGGTAATTGTTTTCTTTTATTCATTCCCCAGAAGTAAGTATTTGTAATTTTTTTTTTTTTTTTACTTGAGAAATGTATTATTTGGAAGTGTATTGCATTGTATGTTGGAAAGGGGAAACAGATTTCATCATGTAAAACCCAATGAAGAAGCAAGTTATGGCAATGTAAACGCTTGCAGAAATTCCTAATTTTCTCCTACAGCCTGCAGTGTATGACCACCCATGTGCCCTTCTATGTCATATCTGGAATAGATCATCAGATTACAGGAAAACAAGAAACATGATAAGAAACTTTAGTTGGATGGAATTTTAATTAGTTAGGAATGTTGTAAGGAACTTAGCAAAAGTTTGGATATGATACCTTCTGGTTTTTGCTGGTGATTGATGTAAGATGATGATGTTTAAATTAATTTTTTAGCAATATATTTGGGAAATAATATGTTCAAGCGTTCTTTATGTGCTTAAATTCTTTTGCTGATTGTTGCCAAAAAAAAAAAAATCTTTTGCTGATTATTGTGGGTTGCAATTGAATTTTTTTGTGGGGCAATTCCAACAGGTGATTTTAGAGAAGTGGCTATTAATCCACTGGGTTGCATTTCAGTGCCGATTATGGGTTCATCCTTCAGGTAACTGTACTATATTTTGGTTACCACAAAATTTGTTTCCTCAATGTTAATGTAAGAACTGAGTGTTGCTGGAGTGTGATTACATCTGGTCTTGAAGAGGCGTGTGAAACCAATAGAGACGAGATAAGCAAAAAATGCAATCTTTTTCTTATCTTGCTGTTCAATAATTTCTCTGAATAATTGGGGACTTGAAATTCGATTATTTGACATTGATGTGGAAAAATTGAAGCTTTTTTATGCTTCTTTTATATAGTAGGTTGGGAATTGGAATTCTGCACGGGTTAGGTAATTATATGGTTTAGGAAAAGATCAAACTGATTCGTCATTGTCTAGAACCGCAGCCACCCGTATTAACAATTGTCATTAAGAACAACACTGATAAATACAATTAAGTTACGGATAAGTTTTTCGATTTTGTTGACCGAGTACTGGCTAGGGGTAATGATCTCAACTGCTCACCTTCACACCAACACTACCTATAAGAAGAGGGTACTGCTTTTACTACCAGCCAGAGGTGGCGAGCAGATAGGTTACTTGGCTATGTTTTTACCAATTTTAAGGTTCATGAATTGCTGTTGGAGCTAAATTTCATGTCCAAATATGAGTTACCAAAGAAAGTAATCCAGCATTCTCATTCTCTCTGGTCTTTAACTCTTTAACTCTCAGTTGTTTGAAACTAGACCAGAATTAGCAAGATCACTAATGCGCGAGGATGAGGGCGACTATCCATTTGGAAGTAGTCATAACCTGCCGTTTGAGATTATAAACGCACACTCTCTTGAGTCTTTCCGTTACATTGGTATTGATCCTGATGTTTATGAATTATGAATTTATGATCACTTGACTAGGAAGGTTCATAAAGAGATTAGTGGTGCTTCCTTATATAAACTCCACTATATACCTTTATCAGGACTTCTTCAGAGATTAATCTTTTCTTATATAGATTCCCTTGGATATTTGTTACACTCAACTAAGAAATTTTGACGCCTAGGCCCTAGGCTTCTTGGAAGTTAGAACTATTGAACTGTTGCACGTTCTTATCTCATAAAGTAGCGTACTGAGTACTGACTGACAGTGGAAGCAGGAAAAGCCTAACTGTCAGTGTGATGTGTGCAATCTTGCAGAGAGAAAGAATTACGCTTATTATTTTCTGTGTATAATGGTAAATCATTTGGAAATTCACTCTTTTTTGGGAAACTAATCATATGCAATATCCAATGTCCTAGCAGTAGTTGCTAAGATTGATGTCTGCAGTTTGGAGTGGTTGTGGCGGACGGGAAAATAGGAAGGTAAATTTGCACGCATTGAAGCCTAACTAAGTTGGGGCAACTTTCTGTAATATATGAATTCTCTTTAGATAGATATGACGTAATGCTTGCATTTCAAAAGATATTAACGTCTTGTATACTTATTCCATTGTCCGCGAAATAGTATTATTCTGTATCTCAGTCGATGATGATCAATGGCCAGTTAATAGACTTAAACTTTTGTGTTACTTGAAAAGAATCTATCTATCTTCTTCCACAGTAAGATATTGGTGATCTTTTTAAATGAAACTGGTGAAAGTATTGAATCTTATTTAATAATTTTATATTTTTTTGCATGAAGAATCAATCAGTGCTAATCCGACTCAAGCTGAAAAGGAGGAGGTTGATTCTTGTTCAATATATGTTGGCAATGTGAGGCAATTTCTATCTTCTTGGTATCCTTATTTCTCTTGATATTGATATTCTTTAACTTATAAAATGTCAGTGTGGAAATGTGCAAGCTTTGATTAGATTTACAATTAACGTGTGTGAATTTTGTAGTTGAGTGTTAATTTAGATCTCTTTCTCTCATTGTACAATAATGCATTAATGGATGGATTGCGTTTCATCTCTCTAAATTATCTAGGTAACCTGAGCTATGCAGATACTGCAGAGTCGCTGCTGGGATTATAACGTCATTGCTTTCAAGCATTAGTAGAACCTTGTTTAAATTCTCTCCATATGCAAACGACAGTTCACATCATTATTTTGTTACATCTGAAAATTTGTCAAATATTCTAGAATAGGAATAGATTAAGATTATAGTTGGATTTTCCATGCTTTCATTTTAATGGAGTGGTGAGACAGGATGAGGAAAATGATGGTGGACTCTTTATCACAAGTCATTGGGACAATGTGACAGAAATTCCTTGCAGGGAGTTTATAAAACTTGTATCGATGTGTTTCGAATCACGACTAAGTATAGGGATGTTAACCGGTATATTGCATCAAGTTCTTGTAAACTAAAGAAAGGTTATGTTTTGTAACTTCAACTCTCTCTAGTGTTTTTGTGGCTACAATTTCATGTAGGAAATGCCAGTGGAAAGATTTGCTTGTCTTTGATTAGTTTAGTGTACCCCGTGACCTTTTATTGTTCAGTTTGGCATGAATGTTGCTCAGAAGCACTTAAAGAACTCTTCAAAATTTTGGTTTGGTGTATGTTTACCTTTGTTTGAAGAATTTGATTAACAATTTGGAAGGGGAGAATGGCTTAACTCAGTATTTGGAGTAAGACCTTGAGGGCATGAGAGCGTATCAGGCGAGACTAGAGGGATTTATAGAGGCCCAACAAATACCTTACATGTAACCCCTTGTGATTGTCTTACACGAAGGTGGTTGGCGTGTATTAAGCTGCTATTACTTAGTTGTGTAGGTAATATCTGCTTTTGATTGACGGTTTGGGAGGGGATATGCAAGCCTCTTAGTTAATTACCTATGGGGAGGAACAAATGTTGGTTTGGCACTGGCCATTCCAATGGTAAGCTTTCTGTAGATATTGGGTTCTCAATTTTATTAGCGTAAGTAGTTAATTTGACAAGGAAATTGCTCTACATTTCAGGTAGCTAGGATATATCTTCCCTTTATGATGTACTCTGCGTACGCAAGGAAGAATTAGCAGCAGAAGATATGCTCCAAGTGCAGAGCCATATGTCCAATTTGTCTCTGGTTCTTTGGCACATCGTTAGCTTGTATGGTTGTAGCACATGTTATCCAATTGAACTTGCTCACGCTCGAATGCAGGTGCTTATCCTTTCATGTTTTTGTAGATTACTGATGTACAATTTTTTCTACCGCGTTGTGTGAATTATTGTAACTATAATCTGTTGGCACTCAATTTTGAATCTGCCTTTTTATTTGATTGTAGGCATTCAAGGATACTGGAAAGGAGCTCCCTGGTGTATTCTAGACCCAAATTAGGACTTTCGAATGCTAAAAATACAACCACTTTTCAAGGCAAGTGTAAGTTCATCTTGGCTTTCATGTAACCATTGTGGTCTCGTATTACATCTCTATTATCCTTCTTGAAATTTCATACTACTGCAACTAAACCTCAAAACCTCTTTGCTTTACAAATACACGAATACATGTTTAGTAACCTCCACCAGTTCCGGAATGCGTTAAGGAAAGAGCACCCTAAAGGGAAGTAAATGCCTACACCATTAGCATTTAGTTGAAATGAAGACAATGAGTTAGCATAAGGCCACCTTTGAACTTACTTTCGAATATATTTGTTTTGCCTCATTTCTTGTATTTTATTTAATTTATTTATTATGTACTTGCAGGGAAGCTGAAATAAAACAATGAATGAGAAGAGCAAGACCAGGGTGAATGTTCAAAGTTTGTAAGTATAGAGATAGTGCTAACTGATTTATGCTTAATATAAATAAAAAAAAGGAAAAAACTCCATTTTTGGTGTAGTTACAAAAATAGACATTTGTACTCAAGAGATGATTTTTGCTCTAGGTCAATGATGCCTCTAATTTGATTTAGGAGCCCTATCTGTGGAGTTGGATAGTTTTGCAAACTACTTTCATTTGTATGCTATAGAGTATAGAGAACTATTCATGTAGCTCGGGACGTCCAAGAGTGTTAAATTGTTAATCAACTTTGTCTTGGGGTTATATCCTGTCATATATGGTGATATAGTTTACACCCATAAATAAGAAATTCAAGTGAGGAAGAGACACGAGGTGATAAAATTCAAATACTACTTCCGTCATGGAATACTCAAAACGCTTTTCTTATAAGGTCGTTCTGGATTACTTGCAACGTTTCTAGAAATGAAAACTTTTATTAATATTATATCAATTTCTCACTTATTCAAAGATTCACCTATATCTCTACTCCCTACAAAAAATAATATTAAAAAATTCCACTATCTCCACCCATATCCTTTTAAAAGTTTGATACACATCTCACTACCTATATTAAAAAATACTCCACTACCATCTAATTAAATAATAGGTCAATTATAATGCATTAAATTCTATGTCGGTCAAATCGTTTTGAGTATTCTGAGATGGAAGGAGTATTTTTTAATATGAAGTTAATAAAAAACTTGGTGCGGGTCATTTTTACTTTAGCTACTTGATATTATTGTGTATGCATTAATATGAAACTTGCGCTTATATATGAAAATAATACCAATAATTAACTTATTTTCTATTGTATCAATAAACAACCATCTCTTAACTTGTTCACAATCTCCAAATAATTTGCTCCGAATTCTAACTAAGTTTTGCTATCTTGGTGTGCGTCGTCCAACAACTAGTATTGTAAGAAGTTGAAAACAACATTTCTGTAATGCTGCAGTAAAACGACTACCAACTATTGTAAGTTTGAGGCTCAAATTGGAAAGTAATAGTTTTTCGTATAGATATGTAGATTATGTTTGAACTTGTTAATATTGTTGACCCAACCCCTACACCTAAGATAACTACTAATACACGGTAGAACTTGAACTTAGAAGATCTGAGCAAAGCATACATGAAAGCATGACTGTTTCGGGTAAAGAAGCTCAACCTAAAGGATGAACTTGAAGATGAACATCAAGGGCATACTAGAGCTGGCAAAAGCTGACTCAACCCGCCGACCCAACTCGAACACAACCCAATAATAAAGGGTTGGGTCAAGATTTTTAACCCGCTTAATTAAATGGGTTGACCCAACCCAACTCGTCTAATTAAATGAGATGCGTCAGATTGAAATTTTCAGTCTGAAAGCAACCCGTCTAACGCATATACCTATTTGGGTCAGGTCAATCCACTCAATCCGTATAAATATTTTCTTTTAATCTTTTTAGCTTTTACAAANAACCCGCTTAATTAAATGGGTTGACCCAACCCAACTCGTCTAATTAAATGAGATGCGTCAGATTGAAATTTTCAGTCTGAAAGCAACCCGTCTAACGCATATACCTATTTGGGTCAGGTCAATCCGCTCAACCCGTATAAATATTTTCTTTAAATCTTTTAGCTTTTACAAATTAAAATATGAAAACGCTTAAACTAACAACTAGCATCCTTCCCTACCTAATCTTCTTTCAATATCTATTTTCTCTAACTCATCTCAAAGATTATCAACCTAGATTTGTTCTCTATATATTCTTTTTATCAACAAACAAAGCATTGGATCTTGGTTAATAGGTAATTGAAGTTGAAGCAATACGAGAAGAAGTAAATAATGAG

mRNA sequence

ATGCCATCTATTGTGCAGGGAAGTCAAACTGAGCGAGTATACAGAGGATTGTTTGAAGAATTAGTCATAGTCAAATACGGTGATATGTTGAAGAGCATCTGTTTGGAGGTCTATGGTATTGTTGAAAGCATTAATACTACACCCTTTAAAAAGCAAGGAATGGTGTTTTACTATTCATCAAATAGTGAAGTGACGGATCCACCCTCACATTCCTTCACGTTTTCATTTTGTCGTTATTCTTACAGACAGTGTAATCACCTCTTTGCCCTCATTCCCAGATTTCCCCAAGTGCCTTCATCCTTTTCTTCTCTCCAAGTGCCTTCATCCTTTTCTTCTCCCCTACTGATCCGCTGCCTCTTTGCTTTCTCTGAGATTTCCTCCCCTTCCGTTTGCGAACGCTACCTCTCATCTCTCCTCCGCCCCCTTAACTTTTCTCTCTCCTTTTCAATAACCTCGGATCATCAGCAAAACGTCGCCGACCACCTGGATCTCTCGCTTGTGAGAAGGAAATTGATTTCATCAAGGATCTTGTTGCTGTTTTATGGAAATAAATTGGTGATTTTAGAGAAGTGGCTATTAATCCACTGGGTTGCATTTCAGTGCCGATTATGGGTTCATCCTTCAGAATCAATCAGTGCTAATCCGACTCAAGCTGAAAAGGAGGAGGTTGATTCTTGTTCAATATATGTTGGCAATGTAGCTAGGATATATCTTCCCTTTATGATGTACTCTGCGTACGCAAGGAAGAATTAGCAGCAGAAGATATGCTCCAAGTGCAGAGCCATATGTCCAATTTGTCTCTGGTTCTTTGGCACATCGTTAGCTTGTATGGTTGTAGCACATGTTATCCAATTGAACTTGCTCACGCTCGAATGCAGGCATTCAAGGATACTGGAAAGGAGCTCCCTGGTGTATTCTAGACCCAAATTAGGACTTTCGAATGCTAAAAATACAACCACTTTTCAAGGCAAGTTAACCTCCACCAGTTCCGGAATGCGTTAAGGAAAGAGCACCCTAAAGGGAAGTAAATGCCTACACCATTAGCATTTAGTTGAAATGAAGACAATGAGTTAGCATAAGGCCACCTTTGAACTTACTTTCGAATATATTTGTTTTGCCTCATTTCTTGTATTTTATTTAATTTATTTATTATGTACTTGCAGGGAAGCTGAAATAAAACAATGAATGAGAAGAGCAAGACCAGGGTGAATGTTCAAAGTTTGTAATTGAAGTTGAAGCAATACGAGAAGAAGTAAATAATGAG

Coding sequence (CDS)

ATGCCATCTATTGTGCAGGGAAGTCAAACTGAGCGAGTATACAGAGGATTGTTTGAAGAATTAGTCATAGTCAAATACGGTGATATGTTGAAGAGCATCTGTTTGGAGGTCTATGGTATTGTTGAAAGCATTAATACTACACCCTTTAAAAAGCAAGGAATGGTGTTTTACTATTCATCAAATAGTGAAGTGACGGATCCACCCTCACATTCCTTCACGTTTTCATTTTGTCGTTATTCTTACAGACAGTGTAATCACCTCTTTGCCCTCATTCCCAGATTTCCCCAAGTGCCTTCATCCTTTTCTTCTCTCCAAGTGCCTTCATCCTTTTCTTCTCCCCTACTGATCCGCTGCCTCTTTGCTTTCTCTGAGATTTCCTCCCCTTCCGTTTGCGAACGCTACCTCTCATCTCTCCTCCGCCCCCTTAACTTTTCTCTCTCCTTTTCAATAACCTCGGATCATCAGCAAAACGTCGCCGACCACCTGGATCTCTCGCTTGTGAGAAGGAAATTGATTTCATCAAGGATCTTGTTGCTGTTTTATGGAAATAAATTGGTGATTTTAGAGAAGTGGCTATTAATCCACTGGGTTGCATTTCAGTGCCGATTATGGGTTCATCCTTCAGAATCAATCAGTGCTAATCCGACTCAAGCTGAAAAGGAGGAGGTTGATTCTTGTTCAATATATGTTGGCAATGTAGCTAGGATATATCTTCCCTTTATGATGTACTCTGCGTACGCAAGGAAGAATTAG

Protein sequence

MPSIVQGSQTERVYRGLFEELVIVKYGDMLKSICLEVYGIVESINTTPFKKQGMVFYYSSNSEVTDPPSHSFTFSFCRYSYRQCNHLFALIPRFPQVPSSFSSLQVPSSFSSPLLIRCLFAFSEISSPSVCERYLSSLLRPLNFSLSFSITSDHQQNVADHLDLSLVRRKLISSRILLLFYGNKLVILEKWLLIHWVAFQCRLWVHPSESISANPTQAEKEEVDSCSIYVGNVARIYLPFMMYSAYARKN

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
Spo21936.1	Spo21936.1	mRNA

Homology

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Spo21936.1 vs. NCBI nr
BLAST of Spo21936.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
BLAST of Spo21936.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
BLAST of Spo21936.1 vs. TAIR (Arabidopsis)

BLAST of Spo21936.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr)
Total hits: 0

Position :

Zoom :

x 1


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Spo21936.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL)
Total hits: 0

Position :

Zoom :

x 1


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Spo21936.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt)
Total hits: 0

Position :

Zoom :

x 1


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Spo21936.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR)
Total hits: 0

Position :

Zoom :

x 1


Match Name	E-value	Identity	Description

GO Annotation

GO Assignments

This gene is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
biological_process	GO:0009553	embryo sac development
biological_process	GO:0050983	obsolete deoxyhypusine biosynthetic process from spermidine
biological_process	GO:0008612	peptidyl-lysine modification to peptidyl-hypusine
cellular_component	GO:0005634	nucleus
molecular_function	GO:0034038	deoxyhypusine synthase activity

RNA-Seq Expression

Co-expression


Gene	r value	Expression
Spo03199	0.68	Barchart \| Table
Spo26789	0.68	Barchart \| Table
Spo00593	0.67	Barchart \| Table
Spo10965	0.66	Barchart \| Table