Spo00089 (gene) | SpinachBase

Overview


Name	Spo00089
Type	gene
Organism	Spinacia oleracea (Spinach)
Description	Unknown protein
Location	SpoScf_01533 : 56750 .. 69817 (-)

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDS

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

CGAGAGTAGCGCATTTAGTATACCGGACCCTTCACTTTCTCTTTCTAAAAGTGGTCGCGCCACGCTGCCAAAATCGCCATTACTAATGTCAATGCTTCAAAATACCCAGAAATTTATCCTCTTTTGCTTCTTTCAATGCCAACATGTTTCCCAGATTTTTAAATCTTGCCGAGTTATCAACTAGGTATGAATAATATTCTTCTAATTTGCTCTATTTCTTTTTTGTTTCTGATTTTGATGCATGTAGACATGTAGTTGATTGCATGACGGGGGCCGGGGTTTTGATGACGAATTGCATGATGTGGGGTTTTGCATTCTTGTGGAATTGCTTGATTTGTTTACTGGTGCTGTGGATTATTATGAATTTTGAGTACTGGTGCTTTCAATTTTGGGTTAGTTGATGCAATGTTGAAATACTTGTGAATTTTATGACATGATATTTTGATATTTCCATGGTTCTGAAATTGACAATTATTTTCTGGTTCTTCTGTTTTGTTGATGTTCTTTTATGAATTTGTTGCAGATAGTTTAAGTATTGATTTTCACGATTATTATTTGATTTTTTTTTTATTTCTTTATTTAGCCATTGCCTCTTAACTGACTAATTCTTTCTCCGCCCTATTAAACTTCCCGTTTCTACTTATCACGAGCTTCTAGGAAAGAAATTTTAGCAGGGTTTGGTTTAATCAAAGGTGAGTAAAAGTGGGAAGGTAAGACTCCTTATATTATCTAAACTTAAAAGGAGTATGAACTTACATGAAATTGTCTGAAATTCACTATAACATGAACTTGTCCGAACTTCTCTTGTTTGGACTTGTCTTAACTCATCGTAACTTATTTTGTTTGAAATAAGTCAAACTGATCAAGGCCTAAGAGGGTCGAAAAAAGTATTTTATTCCATGGACCCACCCACAATGAGAAGTGGGAAGTTTAATAGGTACAAACATTTGGTTAGAAATGAAAAGTTTAATGGGGTACAAACATTTTCTAAGAAATGTGAGGTCTAGTAGGAGACTAAGGGAGTTTGCAATACTAGAATTGTTTTAATGAAGTTGGATGAGAGGGATAATGATTCATTAGCAGAGAATTGATCAAGAGTGAATAGTTTAATTATCTTATTAAGAGCCCAGGATTCCAGGAAGCAGAAATTTGCTGTTGTAGGTTGATAGTGGGTGGAAAACTACAGTCTTTTTGTCGCTACTCGGAAAACTGGGGTTTATTTGGTGATTGATGAATAAATTTCTGAATTACAATGGCGATATTTGTCCAGAATTTCTTCTCGTTACAAAGTAATTGGCACACAGGTGCTTCTAAGACACCGGAGCTCATGGCAGCAATTCCTTCTGTGCTAGAGAAATTGGGCACTCGGATTTTTTCCCCCTAATCAAATACTTTCTAACTAATTAATACCACCAATTTGGTTGAGTTAATGAGCCAAATGACACTTATAGTTTCTCCGAAGTGAATGCCAGTGAACTTGGTAAAGTTCTGGAAGCTCCTGGGGCAGAATCCTGTTTGTGTTGTTGCTCTTTGTGACATGGGGTGTGGATGCAGGGAAGGGTCCTCCACGAGTCCATGGCCCCTCTTTGGGGTTCTTACATCCTTTATCTCTTGTCACCTGTGCTAGCTAGGTACAATCTTTTAAAACTATATTCATGTCAACAAGTACACAATAGAAAATCCCACGACTAGTAATTTGTCCGCTTGAAGCCACATTCATTTATTTTCTACAAAGGAACTCTAAAGAGCAGTACATTTATATTCCAAATCACAAGTCCTTCCAAAAGTGAAAACTATGATGTAAGTTTGGTGGTGTTAATGGCTAGTGGTCTGTACTCCATGTATGGTGGATGCCACGTCTACCATCTTGACTATGCACATACGCCCCTGCTCCTGGTGAAGTTGCAGGGGTATATGCTAATGTAAATAGATTACCATCCCTATATCAGTACAAGAAACAGGAACCATCTCTAGTTATTTTTTCCCTTGATGGAACCCTAATTAGTTACTCCATCACTTAACTATCATGGAAACTACTTTGTTAAAAAGCCAGTGCTAGGATATTAATAGCATGGTGATGAACTAATTTCTTAGTATGAGTAACAAGAAAATCTTCTCTGCAATTAGCCAACGCTAAATTTTTGCAGAAAGCTACTTTCCTGAAAAAGTACCTAATTTTGTAAAGGCTTCAGGGTTGTGTGAGCCAAGTGGGTCTAGCTCAAGTACAATGTTAGATCAGGGTGAGTATGCACTGAGACTCTTTACCTCTGTACCGGTGGTTTCTACTAGTCCCTTGATCTGAAAGGCAATTGAAAAGCCTGCTGTTTGAGGGTTTTGTAAGGAAATCTATTTAGGGACGGAGGGTTACTTGGGATCAGGATGTGAAAGGGAGTTATTGCTCCTTATCCCAACACAAGTCACTTGAGGTATCAACAAAGTGATGCTTTTGGGCAAGTCCCTTGCACAAGTTGCTAGTTGACTTCATGGGGAAGTGTTTAAATCTCAACAAATCTGAACCAGTTAGACGATGAGCTTTAGATGGTAATTCTTGCTCAACATTGATCCATTATAAGTTTTCTAACTTATAAAAATTGAAATAGCACGTCGAGGATCTTCTAAACATTTTGGTAGTTGATGCTCTTTTGCGAGAGCTGTGGAGGACAATCTTAACGAGGCAGAAAGAATGAAAGTGCTGAGAGATCCCATATGCAATTTACTGAAAGTTGAGGGTATTGGATGATGATAAGAAAAGATGTTATGGGTTTGAGTCTTTGAGATTACCCCAAACCTTAGAATAGCTGTCTGCAAATTGGGTAAACTTAAAGGAAAAGGAATAAAATACAATAGATTGATTACCAATTTTTTTTAATGACGGACCATAATGAACTATGTCATTTTGCAAAGCCAAAAACATGTGTGGAATTTGTAGCAGAGTTTGTAAAACATCCTTTGAGATAAACCTTCACGCGAACTTTGTGCCTTGCCTCATAGATTTCTCCTTGAATTTGATATTCTAGATCCTCTTTCTGTATGGAAGCCTGTGACTTCTGTCTTCTATTGTGTATGTGTTATGAAATGAACCATCTTTTGTCTACTAAAAATACAGTGACATGTCATTTTCTCCCTTTTAGGTCCAATGTATTGTCTATTGGATCAGTGTATCACGCTCGTCATTGTGTATCCCGCATTTGTCAATGAGTTGATGTTTTCTCTGAAAACAATTGAAAACAATGCAAATTTGGTTAGGATTCGGAGGTTGGCTTAAGATCCTAAGAAAAATCTTGCTGACTTAAGTTAATCAATACTCCGTATGAATGACACTCCTAAAAAGGGGCTTATTTTAGAATTTAGCATAAATGGAGCTCCGATCAAGTTGATTATCTTTGTTAGGATTTGTTTCAGTGGTGAAAACTTCAGGTTTAAATACTGTTATTTTGTTGAACTCAGCAGATGGTTTGGTCTAATTTCTTCAACCTCTTTGTTTTTTCGCTGCACTACTGTAAGGAATAGGTTGCTATGAATAGAAAGGTGAGGAGTACAAAGCATATGTTGAGAATCATGACACGTGAGAGCAGTAATAATGTTCAATGAGTTTATAAGTTATAGTTGATAACTTGATATCCATCCGTGGCTAGTAATTTTCCTTGCTGATGCCTGACGAGTTTGTGGGACAGTAAATGATTAAAGTGGTTGCTGTATATTTACTGCTTGGCCACTTAGCAGAAACCTATAGCTGTATGAATAAAGATGATCTTTGAGTTTGTCTATGTTTATTCTGTCAGATGCTTTCCTGAAATGTAACGAAGTTATGCGCAATTTCTCTCTAAAGGAACAATGATAGATTGTGTTCTTTGAATAAAATTGTGGCTTGCATGTTAAGCGCTCTAGGTTAAGTTATGAGTAATGTTGAGATTAGGGCTTTGTCCTTTTCACCAAACCCCTTGTAGAACTTATTTGATCTTACTTCACCTTAACTTATGTCAACTTATTGGATCTTTGTTGTAGTTGCGATATGAGTACGGTGGTCATTATCTTAACTTTCCTACTTATCTCAACTTATTTTTATTAAATCAAACTTCTTTGAGGTGAAGGGAAGAAGGCCTGGGAATGAGTTGTAAGTACAAACACATCATGACTATCAAAAGACTGCTTGAATCAATGAGGTCGACATCATGGTTGCATATTTTTTTTCCTTTTTCAAATCTATATAAGGGGCTAAAATTGCTTAATGTGAATGTGAACCCTGCATGATGCAATCAAGGAACATGGTATTAATGTCTATAGTTATAAGTTATAATAGTTTCCAAAATAATGAGAACTCTCTTTCTTCTCTTATTTAAGGTCTAATCCTTCCACAGACTCCCATGCATGAACAAGGGGCACTGGTAACGCCGTAACGCACACCAGGTTGCTTGACTGGCTTCCAAGCTCATACTGAAACTGATTACTTTTTTCTTGAATTGATCAATTCATAATCTTCAACCAGTTGGATTAATGGATCATCCGGTTGAAAATGATAAAGAAGCACATGATCAATGCTATCCAACTGGAATGAAGTAATCGAATCATAATCAATCTGCATTTCGTAATTGATTCAAAAAAGAAAAGAGAAAAAAAGGAAATCTTTCTTAGCTATGTAGTGCCAAGACTGCCAACAAGGGCATTAATTTTATTTTCCTAACATTCTTATTGATTATATTTATCTTTTTTGGAGGGTGGGGCTGGTTGTTTTGGGTACCGTGCTTCATTCATATTGTTGTTTTTTGCAGTGGAGGTGGTAATTCACATAGCTGCAATTCTATGGCCATGGACATTAACTGAAAGCATCTGGTGACTCTGGTCACTGGCATATAGCTACAGGAGGAGCTCGCAGCTGAATATTCTTTCATGAGGTAGGCCAAAAGCTCTATAAAGAACCTTGTATTTGAGAAGTCCATTATATTCCTCACTTTACCTTAATTAAGTACTCAAAGGCCTTATGTGGTTCGCTTGAGGGCTCA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mRNA sequence

CGAGAGTAGCGCATTTAGTATACCGGACCCTTCACTTTCTCTTTCTAAAAGTGGTCGCGCCACGCTGCCAAAATCGCCATTACTAATGTCAATGCTTCAAAATACCCAGAAATTTATCCTCTTTTGCTTCTTTCAATGCCAACATGTTTCCCAGATTTTTAAATCTTGCCGAGTTATCAACTAGTGGAGGTGTTTCATTGCGCTTCTATTGGAAAGTGGAGGTACGCTGTGTACATCTCAAACTCACTATACTCCACAATCAACAGTGTTCTGAGGTATTGTTTGTGGTGCTGGTGGTTGCGGCTGTGCTGGAGATAGCACCAGGGCTTAAAGCCTTGAAGTATGGTGGTTATGATCCAGCAAGGGTATTCATCTATGCAGTCATCCCAGGCATTCCTGTCCTTCAAATCCCGCATTACCTCCCACAAACAATTGTTGCACTTGAATCCTGCCCCAAGACTGATCATGAGAATCTTATCGCCTTTCTTGAGTCTCTTTTTAGCCTCCATTTGCTGGACCATATCAATGGCAATGAGGCTTGCACTACAACCCATTCCCGTGACATTAAACGTCTTAATGTCGTGCCGCATCTTGTAACGGTTAACAACCCGGGATGTGAGGGAGGGGATTGTAGCTAG

Coding sequence (CDS)

ATGTTTCCCAGATTTTTAAATCTTGCCGAGTTATCAACTAGTGGAGGTGTTTCATTGCGCTTCTATTGGAAAGTGGAGGTACGCTGTGTACATCTCAAACTCACTATACTCCACAATCAACAGTGTTCTGAGGTATTGTTTGTGGTGCTGGTGGTTGCGGCTGTGCTGGAGATAGCACCAGGGCTTAAAGCCTTGAAGTATGGTGGTTATGATCCAGCAAGGGTATTCATCTATGCAGTCATCCCAGGCATTCCTGTCCTTCAAATCCCGCATTACCTCCCACAAACAATTGTTGCACTTGAATCCTGCCCCAAGACTGATCATGAGAATCTTATCGCCTTTCTTGAGTCTCTTTTTAGCCTCCATTTGCTGGACCATATCAATGGCAATGAGGCTTGCACTACAACCCATTCCCGTGACATTAAACGTCTTAATGTCGTGCCGCATCTTGTAACGGTTAACAACCCGGGATGTGAGGGAGGGGATTGTAGCTAG

Protein sequence

MFPRFLNLAELSTSGGVSLRFYWKVEVRCVHLKLTILHNQQCSEVLFVVLVVAAVLEIAPGLKALKYGGYDPARVFIYAVIPGIPVLQIPHYLPQTIVALESCPKTDHENLIAFLESLFSLHLLDHINGNEACTTTHSRDIKRLNVVPHLVTVNNPGCEGGDCS

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
Spo00089.1	Spo00089.1	mRNA

Homology

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Spo00089.1 vs. NCBI nr
BLAST of Spo00089.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
BLAST of Spo00089.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
BLAST of Spo00089.1 vs. TAIR (Arabidopsis)

BLAST of Spo00089.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr)
Total hits: 0

Position :

Zoom :

x 1


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Spo00089.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL)
Total hits: 0

Position :

Zoom :

x 1


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Spo00089.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt)
Total hits: 0

Position :

Zoom :

x 1


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Spo00089.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR)
Total hits: 0

Position :

Zoom :

x 1


Match Name	E-value	Identity	Description

RNA-Seq Expression

Co-expression


Gene	r value	Expression
Spo12332	0.71	Barchart \| Table
Spo23035	0.70	Barchart \| Table
Spo21956	0.70	Barchart \| Table
Spo01928	0.69	Barchart \| Table
Spo14264	0.68	Barchart \| Table
Spo21674	0.68	Barchart \| Table
Spo07235	0.68	Barchart \| Table
Spo21361	0.67	Barchart \| Table
Spo06637	0.67	Barchart \| Table
Spo12682	0.67	Barchart \| Table
Spo21615	0.67	Barchart \| Table
Spo08407	0.66	Barchart \| Table
Spo21591	0.66	Barchart \| Table
Spo13507	0.65	Barchart \| Table
Spo02919	0.65	Barchart \| Table