Spo02989.1 (mRNA) | SpinachBase

Overview


Name	Spo02989.1
Type	mRNA
Organism	Spinacia oleracea (Spinach)
Description	Unknown protein
Location	chr1 : 30289944 .. 30296447 (-)
Sequence length	1132

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideCDSexonthree_prime_UTR

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

ATGAAAAAATTCCCACCCTTCCCAATTTTCATTCCCCGCCTTTTGTTTATCTCACAAGGCAGAGGTTGCTTCCTTCTCGCTGCTTGTTGCCCCTTACACCGCCCACCCCCCTTCTCCCCTACTGCCCCAACACCGCCCACCCGCGTTTCTCCTCAACTTCCCCAACACCACCCATCGCGTTTCTCCACCAACACGACCCACCTGCAAAGCACCACCGTGTCGTGGCTTGCATATCTCCTCGACACGCGTTTGTCCCCTGATGCGCGACTGGAGCCGTGTCTCTTACTGCTGGAAGCCGTCCGTGTTTCTCCGACTAGCTTACTGCTGGAAGCCTCCCCGCAACCGCCTCATCTCCTCTCCTCTACTGCGCGCAGTGCCGCCGTCGATTGACTCCTCTCGCTGGCCACCACTAGGTTATTTCTCACCAATTTTGTGAATTATGTTCTGCAAATTTGATAATTATCCCTCAAAAGTACCAATGAGTGAATCTACCAGTTAATTTTGTTAACCCCAGTTAATTTTAATAATAATTTTGCAATTTTGTTAATTATTTTGTGAATTAACCACCAGCTATAAGTTATTTTGTGATTGACTGATTGATATAGTAAACAAAGAATTGGCTAGCTGTTCTACCTTCTTATTTCTGGTTGTGCTGTTCATTATGGTTGTTGGTTTTAAATCTTGGATGGTTTGCGTTTTTGTTAATGGTTGTGGAATCAGTGTTGTGGTGAGCATTGTTTGGAGATGTTAATACCTTTTGCAGTTGCAATGGAGATTAGTTCCCTCATTGACACACGCAATAATTATCACCACCCTGTTGGTGTTTAGTTTTACAGGTTTTGGTTTCTTTTTTTCTGGTTTGTCCATTCACAAGTTATAGTTGTGGGCTTCTCTGTTGGTTGCAGGCTGTAGTTGTGGGCTTCGCTGCAGCTGTTTTTTTTTTTGTTGGCCTCTTCTTCCGTGTGTTCGATTGTAGTTTATGCCCTGCTGCTGGTGGTGTTAGGCAGTTGGTTTTTTGTGTTTGTCTTCAGTGACTTTCTAGTTCTGTGTTGTTCTTCCCTTTTATGTTTCTTAGTATAAGCTTACTATTGTGTGCTAATTAATGTGCTAATATTTATGATTTATTTTTGACTTCGGTTGCCTGTGTGTCTGTTGGTTTTCGTTGTTGTGGTAGTTTATTGCTGAAATTTGGTGGTTTCTGCATGGTACAATTTGCAGTTCACATAAGTTGACATATGTTGACCTCTACGGAATGGAAGTTTGACACTTGTTTTGTTATTTTGCTGATCTTCTTCTTCTTATTATTTTTTTTACTTTTTGATCTATTCTGCTATTCTGATTTAGGCTTGATGTTGTTTTATTTTGTGTTGTTGTTCTGAGATGGTTTTGAGGTGCAGTTTTAGTTTTACTATTCTGCTTTCTAGCTTGATGTTTGTTGCTGCATTCTGGAATGTTGTTGCTGCATGCTGATCTGCTGTTCCTACTTTCTTGTGTTTTGCCTTGACAAAGTTGTTGAGCTGCAACTGCTTTGCTCGAGTGTGCATAAGTTGAGTTGGTGGCTGGTTGTGAAAGTCAGCTAGCAGCTCTCTTCATTTCTGAAATTCAGTTGGCTGCTCCCATGGTGTGTTTCAACATGATGATATAGATATAAACTTGAATTAAATAAATACTATTACCGTTATTTTATGCTTATCCTGTTTGTTTAGAAGGTTGCATTATGAATTATGACTAAGGGGCTTTTTTGTGTGCTAAGATTGTATATTTACTTGTCCATCTCCTTTATCTGTCGCAGGGCGTATTAAAGCTTGCAGAAAGGCTACCTTAGTGAGTATAAGCTTGTAAAGGGAGTTCAAGTTACAGATGAGTTGAATTGGAAAATGCGGAACTGTCTCGAGAGGATTTACTTGAACATTAGTGAGTATTCCTTTTTTGTAACCAATAGTGTAATTTTTTAATTAAAGATGTTTAGATAATCTTCCTATATTGATCAATATGAATTAGGTCAATGAAAGGTTATACCTAATTGGCAGCAAATTGCAAATATAAGGTCCTCATAAAGTTCAGTAAGTTCATAAAATTGCAAATTCGTTGTTTTTGTCCACCGGAAAGTTGAGTTCCGCCTTGTCCCACCTCAAAGTCATTAGCATCCATAGTGTTAACTGTGCTTCAGATTGTATATTGTTGAAAGTTCAGAGTTTTTAGCCTTTTTTCGTTACTTTCAGTTGGCATTAACTTCACAGTATACTTCACTACATACTCCTTGACATCTTGCTAGTAGTTGATGTTTGCACCGAAGTAACTCGCTGCATACTCCTTGACACCTTGCTGGTAGCTAATGTTTGTGCCTAAGTAATGTGCATTTGTTTTCATTAAGAGTGTAGTTGGGGGATTCCGAGAAAAGGTGCATGATTTTAATTTGAAAGCAGATACATACATCAAGGTGGGAATCCTAAGTTGTATGTTAGAAAATGTATGATTGACCTGAGAATTGTCTCCTGTCCTACCCAAAGCATCACTAATTGGGGCCACATTTCTCCAAACATCAGATTATATTTCTAATCTTCCCTCTCACTCTCTCAAGTACAATTCCTCCAAACTCATTCTTTCTCTCTATGAGCATCATATTATGTGGTGTAACGTCAAATTTGATCTCCATGCGGAGTAATCTCTGGTTGTTACTATGAATTTATGTATCAAACATAACTCTGTAACTCTGGAATAATTCTCAATTGTGGATCTTGCTCATCTCCACTTAGTTGTATACTAGGATTTCTGTCGTCCTAATTCTTCACGGAAAAACTGTGTCTTATTTGGACAAACGACTTTCTTGAATAAGTAGATCCTTGAACATTATATTGTTGTTTTTTTATGTATTTATTCCCATTTTGTAGTAGATATATTGATCATTGCATTTTTTAGTAGTTGCCTCAACTTGTTAGAATGTATGCCAAAAAATTGAGGGTGTGTTTCACAAATTTATCTATACTTTGAATTACTAAGGTATGGTCCTATCATTAGAACCATGTGTTAAGAAATACATCTTCCATCCATTTCTTTTGGCACTTGCCGTTGTCGCTGTTGATGGTTTGAGCTTATTGTTACAAATTCATTGGTGAAACAGGGAATGCCTTGAGAATGGTGGCTCTTGAATTCCCTAAGCTAAATCATCTATAGTAGCATGTCTTTGTTCTTAGATTTCTCATTTCTCAATTCTGATCAATCTGCACAAAGTGGGACAATTGTTATTTTTTAGAAACACAAACAAAGGAGCGTGAAACCACCAAACCCTAGTTTTAATGTATGATATCGCAGGCCAAGTCCGTCCTATTTTTGGTAAGTTGTCAGATTAGTTTGAATTGTTTGACTGTTATTCTGGTCAACTTGGGTGGTAGTCTGCTCTTCGTTGATTGCTATGATTTTCTTGATTTAGTGATTGGTATCCATGGTTCACATTTCAGCGTTCTGGATGGATTTCCTGGTGCTGTTGGGATCATGGGAAAGGATCCCCGTGCTAATCGCCAGGCTGCCAGGATTAGAGTATTAGACTGAAAGAAGACGATGCAGAATCTGTTGCACAGGAAGAACATAAACATGACCAGTTAAACCGCTGTAAGAGATTCTACTATGTCAACTGAAGGTAATTCTTGCAACTCTAGTTGATCATTCAGTCTTCCTTTTTGAGGATGTCCAACAGTGTGTTCGTATGGCTGAAGAATCCTGCACTCTGCCTTTATGTAGTTAGATATGTGCATAACTGCATCAAAACAAAACTACAAATTTATTTTTATGGGCCAGGATCGATTAATTCGTTGTTTAATTTAGAAGAAGTCTTTTTCTGTCTTTATATGCAGTTATATGCAGTTATATGCTCTTTTTCTGTCTTTATATGCAGTTATATGCTCTTTTTCTGGGGCCATGCATGAAAAGAACATGGATGAAGTGATTTATGTTTAAAAAAGATTGGCCTTTTATAGTTTTTTGAATACTGGTTGAAGAAAGATGACTATTAACTGGTTTACTTTGTAATTTTGTCCTCTTATATTATGGTGACTAAATGTTGGTCATAGTTTACAAATGTTTGTGGCATAAAGATAGCACACGGTTACGTATAGGCCTTGCTTTTGTTTATTGTTATTTAACTCCTAGCCTATCTTTTGTCCATGATATGTTATTACCTGATAACAGTTGTGTCAAAGTTTTTGACAAGATAGTGTGAACCATTATTAAATTGCTGTAGTTCTGGATCTTTATATTTAGTGTGGTTGATCTTAAAGTAGCTTCACCCAGGTACTCCTCCAGGTAATTTTGTTGAATCAATATCGGGTGCATGCTTGCTAGACTGTAACTTAAGTGTGTATTTAGTGTTGTTTAGGGTTTAGGTATAACGATCAAACGAGCCTTAAATGTGCATAACTTGACAAAACTAGGAGTGAGTCTTAGAAACATAATATTTAGTATATTAAACATGTAAAAGGTTTAGAATACCTATGTAGGTTCATTAGTGAATGATTCTTATTAACACAATGCTAAGTATATTATACATTTAAAGTGTTTAGATTTTAGAATACTTATTTAGCTTCATTAGTTGAGAGTTGAGAGCGAAAACAACCATTATAGTCAAAATATGTCCTATAACGATCAAACGAGCCTTAAATGTGCATAACTTGACCGATATAGATTTGAATGAGTCTTATAAAAATAATACTAAGCATATTAAACATGTAAAGGGTTTAAAATGCCTATTTAGCTTCATTAGTTGAGAGTTGGGAGCAAAAACAACTATTATAATCAAAATATGTCCTTTAACAATCAAACAAGACTTAAATGTGCATAACATTACCAACGTAGATAAGAATGAGTCTTAGAAACCTAATACTAAGTATATTAAACATGTAAAGAGTTTATAATACATATTTAGCTTCATTAGTTGAGAGTTGGGAGCGAAAACGACCATTATAGTCAAGATAAGTTATATAACGATCAAACGAGCCGTAGATGTGCATAACTTGACCAAAGTATATGAGAATGAGTGTTATTAACATAATACTAAGTATATTAAACATTTAAAGGGTTTAGAATACCTTTTTAGCTTCATTAGTAGTTGGGAGCGAAAACAACCATTATAGTCAAAATATGTCCTATAACGATCAAACGAGCCATAAATGTGCATAAATTGACCATAGTAAATGAGAATGTATTTTATCAACCTAATACTAATTATATTAAACGTGTAAAGGGTTTAGATAACTAATTTAGGTTCATTAGTTGAGAGTTGGGAGCGTAAACGACTATTATAGTCAAAATATGTCATGTAACTATCAAGCGAGCCTTAAATGTGCATAAGTTGACTAAAGTAGCTGAGAATGAGTCTTATCATCCTAATAATAAACATGTAAAGGGCTTAGAATACCTATTTAGTTTCCTTAGTTGAGAGGTGGGAGCGAAAACAACAATTATTGTCAAAGTATGACATATAACGATCAAACGAGCCTTAAATTGCATAATTTGACCAAAGTAGATGAGAATGAGTCTTAGCATCCTAATATTAAGTATATTGAACATGCAAATGGCTTATAATACCTATTTAGCTTCATTAGTTGAGAGTTGGGAACGAAAATAACAATTATAGTCAAAATATGACATATAACGATCAAACGAGTCTTAAATTGCATAACTTGACCAAAGTAGATGAGAATGAGTCTTATCATCCTAATATTAAGTGTATTTAATATGTAAAGGGCTTAGAATAAGTATTTAGGTTCATTACTTGAGAGTTGGGAGCGAAAAGAACAACTATAGTCAAAATATGTCCTATAACGTTCAACCGAGCCTTAAATGTGAATAAGTTAACCAAAGTAGATGAGAATGAATCTTATCATCCTAATATTAAGTTTATTAAACGTGTAAATGGTTTGGAATAAATATTTAGGTTCAGTAGTTAAGAGTTCGAATCGAAAACAGCCATTTAAGTCAAAATTGTTCATATAACTCAATTATTGTTTTAAAATAATGTCTATATTATATTTTACAATATTCATTTCTCTTACTAATTTATTACGTGTTTTTTTTGTTGGATTTGATTATAGGAATTCATGAACAAACGAATGGAGCGTTCCTTCACGACTGATGAAATAAAATGTGTTCGAGACAAGTTGGCATGATTTATTACTAATGAATGTCTTTGATTGTTCACGTTTTTAGCATTATAATGAATCTAATACTGTAGTTAGCAACCTTTTTCCAATAATCAATTTAGATACAATATGTTTTAACCCGTTGTTTGATATTTGTTTTGATTTTTTTTTTCACTTGTGTTTTTGAACGGTGTATGGATGAGCTAAGGGCATGTTTATTGGTGTATAGTATATATGTTGTGGTTGAATGAGGTTTTTTGGTGTAGGTACAGGTTTTATAGCTACAAGCCTACAACATATTGTGCTAAAGTGGTACGGGCTTGGCAAAATTTACAAAAAAAAAAAAAAAAATTGAATATTATGTGCTTGG

mRNA sequence

ATGAAAAAATTCCCACCCTTCCCAATTTTCATTCCCCGCCTTTTGTTTATCTCACAAGGCAGAGGTTGCTTCCTTCTCGCTGCTTGTTGCCCCTTACACCGCCCACCCCCCTTCTCCCCTACTGCCCCAACACCGCCCACCCGCGTTTCTCCTCAACTTCCCCAACACCACCCATCGCGTTTCTCCACCAACACGACCCACCTGCAAAGCACCACCGTGTCGTGGCTTGCATATCTCCTCGACACGCGTTTGTCCCCTGATGCGCGACTGGAGCCGTGTCTCTTACTGCTGGAAGCCGTCCGTGTTTCTCCGACTAGCTTACTGCTGGAAGCCTCCCCGCAACCGCCTCATCTCCTCTCCTCTACTGCGCGCAGTGCCGCCGTCGATTGACTCCTCTCGCTGGCCACCACTAGGGCGTATTAAAGCTTGCAGAAAGGCTACCTTAGTGAGTATAAGCTTGTAAAGGGAGTTCAAGTTACAGATGAGTTGAATTGGAAAATGCGGAACTGTCTCGAGAGGATTTACTTGAACATTACGTTCTGGATGGATTTCCTGGTGCTGTTGGGATCATGGGAAAGGATCCCCGTGCTAATCGCCAGGCTGCCAGGATTAGAGTATTAGACTGAAAGAAGACGATGCAGAATCTGTTGCACAGGAAGAACATAAACATGACCAGTTAAACCGCTGTAAGAGATTCTACTATGTCAACTGAAGGAATTCATGAACAAACGAATGGAGCGTTCCTTCACGACTGATGAAATAAAATGTGTTCGAGACAAGTTGGCATGATTTATTACTAATGAATGTCTTTGATTGTTCACGTTTTTAGCATTATAATGAATCTAATACTGTAGTTAGCAACCTTTTTCCAATAATCAATTTAGATACAATATGTTTTAACCCGTTGTTTGATATTTGTTTTGATTTTTTTTTTCACTTGTGTTTTTGAACGGTGTATGGATGAGCTAAGGGCATGTTTATTGGTGTATAGTATATATGTTGTGGTTGAATGAGGTTTTTTGGTGTAGGTACAGGTTTTATAGCTACAAGCCTACAACATATTGTGCTAAAGTGGTACGGGCTTGGCAAAATTTACAAAAAAAAAAAAAAAAATTGAATATTATGTGCTTGG

Coding sequence (CDS)

ATGAAAAAATTCCCACCCTTCCCAATTTTCATTCCCCGCCTTTTGTTTATCTCACAAGGCAGAGGTTGCTTCCTTCTCGCTGCTTGTTGCCCCTTACACCGCCCACCCCCCTTCTCCCCTACTGCCCCAACACCGCCCACCCGCGTTTCTCCTCAACTTCCCCAACACCACCCATCGCGTTTCTCCACCAACACGACCCACCTGCAAAGCACCACCGTGTCGTGGCTTGCATATCTCCTCGACACGCGTTTGTCCCCTGATGCGCGACTGGAGCCGTGTCTCTTACTGCTGGAAGCCGTCCGTGTTTCTCCGACTAGCTTACTGCTGGAAGCCTCCCCGCAACCGCCTCATCTCCTCTCCTCTACTGCGCGCAGTGCCGCCGTCGATTGA

Protein sequence

MKKFPPFPIFIPRLLFISQGRGCFLLAACCPLHRPPPFSPTAPTPPTRVSPQLPQHHPSRFSTNTTHLQSTTVSWLAYLLDTRLSPDARLEPCLLLLEAVRVSPTSLLLEASPQPPHLLSSTARSAAVD

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Type
Spo02989	Spo02989	gene

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
Spo02989.1	Spo02989.1-protein	polypeptide

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
Spo02989.1.CDS.1	Spo02989.1.CDS.1	CDS

The following three_prime_UTR feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
Spo02989.1.utr3p.4	Spo02989.1.utr3p.4	three_prime_UTR
Spo02989.1.utr3p.3	Spo02989.1.utr3p.3	three_prime_UTR
Spo02989.1.utr3p.2	Spo02989.1.utr3p.2	three_prime_UTR
Spo02989.1.utr3p.1	Spo02989.1.utr3p.1	three_prime_UTR

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
Spo02989.1.exon.4	Spo02989.1.exon.4	exon
Spo02989.1.exon.3	Spo02989.1.exon.3	exon
Spo02989.1.exon.2	Spo02989.1.exon.2	exon
Spo02989.1.exon.1	Spo02989.1.exon.1	exon

Homology

[Close]

BLAST of Spo02989.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902228241|gb|KNA21026.1| (hypothetical protein SOVF_046770 [Spinacia oleracea])

HSP 1 Score: 67.0 bits (162), Expect = 2.700e-8
Identity = 53/129 (41.09%), Postives = 60/129 (46.51%), Query Frame = 1

		  
Query: 1   MKKFPPFPIFIPRLLFISQGRGCFLLAACCPLHRPPPFSPTAPTPPTRVSPQLPQHHPSR 60
           MKKFPPFPIFIPRL F  +           P    P FSPTAPTPPT     LPQH P  
Sbjct: 1   MKKFPPFPIFIPRLCFSHKSELTSFSLLVAPNTAHPRFSPTAPTPPTVF---LPQHGPPA 60

Query: 61  FSTNTTHLQSTTVSWLAYLLDTRLSPDARLEPCLLLLEAVRVSPTSLLLEASPQPPHLLS 120
                    S   +++       +S  A   P  L L      P       + QPPHLLS
Sbjct: 61  KHHRVVASISPQPAFVPRCATEAVSLTAGSRPMFLRLAYCWKPP------RNRQPPHLLS 120

Query: 121 STARSAAVD 130
           ST R+AAVD
Sbjct: 121 STTRTAAVD 120

[Close]

BLAST of Spo02989.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9RNC4_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_046770 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 67.0 bits (162), Expect = 1.900e-8
Identity = 53/129 (41.09%), Postives = 60/129 (46.51%), Query Frame = 1

		  
Query: 1   MKKFPPFPIFIPRLLFISQGRGCFLLAACCPLHRPPPFSPTAPTPPTRVSPQLPQHHPSR 60
           MKKFPPFPIFIPRL F  +           P    P FSPTAPTPPT     LPQH P  
Sbjct: 1   MKKFPPFPIFIPRLCFSHKSELTSFSLLVAPNTAHPRFSPTAPTPPTVF---LPQHGPPA 60

Query: 61  FSTNTTHLQSTTVSWLAYLLDTRLSPDARLEPCLLLLEAVRVSPTSLLLEASPQPPHLLS 120
                    S   +++       +S  A   P  L L      P       + QPPHLLS
Sbjct: 61  KHHRVVASISPQPAFVPRCATEAVSLTAGSRPMFLRLAYCWKPP------RNRQPPHLLS 120

Query: 121 STARSAAVD 130
           ST R+AAVD
Sbjct: 121 STTRTAAVD 120

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Spo02989.1 vs. NCBI nr
BLAST of Spo02989.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
BLAST of Spo02989.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
BLAST of Spo02989.1 vs. TAIR (Arabidopsis)

BLAST of Spo02989.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr)
Total hits: 1

Position :

Zoom :

x 1


Match Name	E-value	Identity	Description
gi\|902228241\|gb\|KNA21026.1\|	2.7e-8	41.0	hypothetical protein SOVF_0467...	[more]

BLAST of Spo02989.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL)
Total hits: 1

Position :

Zoom :

x 1


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A0K9RNC4_SPIOL	1.9e-8	41.0	Uncharacterized protein OS=Spi...	[more]

BLAST of Spo02989.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt)
Total hits: 0

Position :

Zoom :

x 1


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Spo02989.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR)
Total hits: 0

Position :

Zoom :

x 1


Match Name	E-value	Identity	Description