Spo02638.1 (mRNA) | SpinachBase

Overview


Name	Spo02638.1
Type	mRNA
Organism	Spinacia oleracea (Spinach)
Description	Unknown protein
Location	chr2 : 27314145 .. 27320268 (-)
Sequence length	819

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideCDSexon

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

ATGTCTTTCCATGGATTTACTGATTCCGGTGATGATAAACCCTATTCTGGGCCTTATGAATGCACCGAACCCGATCATTGTGATCTTGGTTCCTTGTGTGAGGGCGAACATAGCTATTCTCGTGAGTATATTCGATTTAGATGGGGAAGAAATGAGTCTTCTCTATCTGATCCAACGGTGGAGGGTAACAACCCGTCGCCGCCAAAGTCGCCGGAAAAAGGCCCTCCAAATTTGCCAGAAAAAACGCCTCCAAAATCGCCCCCGCATGAAAATTTTGAGGTAAATTAACCACATCCAGTTTTTCGTGGTGTTCCTGATCCAGATCCGGTGGTTCCTGGTGTTCGTGTGGGCGGCGACCCTTGGAATCCCCACGAATCCGATGTGGTTAATGACGGTGAGGAGGATTTTGACACTATATCCGGTGCTGAATCGAGTTGTTGGTGACTAGAGCTAAGTCCTCTCTCTCTTTAATTTCTCTTTCTCTCTTTAATTTTTGATGGAGGATGATTTGCATGTTGATATGGTTGCCAGCAAGTGTGATCTCTTGCTGACCAGGGTGGATGTCTTTTGGAAATTGGTTGATTATTGGTTGTTTGTTGCTGGCAAGTGTGATCTTCTTTAAATTGATTTATTGATGATTGTTATTCGAGCCGTAAATTGAATATTTGATGTTGATTGATTCCCCAAATTTGACCCTTAAATTGAATTATTGATGATTGTTGATGCCCTAATTCGAGCCTTAAATTGAATTTTTTATGATGATTGATGCCCCTGATTCGAGCCTTTAATTGATTTTATGATGATTGTTGATTCCCCAAATTCGACCCTTAAATTGAATTATTGATGATTGTAGTTCGAGCCTTACATTGAATTTTTGATGATTATTGTTGCCCCTAATTCGAGCCTTAAATTGATTTTATGATGTTGTTGATTCCCCAAATTTGACCCTTAAATTGAATTTTTGATGATTATTGATGCCCCTAATTCGAGCCTTAAATTGATTTTATGATGATTGTTGATTCCCCAAATTCGAGCCTTACATTGAATTATTGATGATGTCCCTTATGATGACCCTTAACTGATTCCCCTTATATTGATGACCCTTATGATGACCCTTAACTGTTAATTGATTGTTGATGTCCCTTATGATGACCCATTGACCCTTAACTGATTCCCCAAATTAAATGTTAAATGATTGTTGATGTCCCTTATGATGACCCTTAACTGTTAAATGATTGTTGATGTCCCTTATGATGACCCTTAACTGATTCCCCAAATTAAATGTTAAATGAGTGTTGATGTCCCTTTGTTAAATGATTGTTGATGTCCCTTATGATGACCCTTAACTGATTCCCAAATTAAATGTTAAATGATTGTTGATGTCCCTCTTATGATGACCCTTAACTGATGCCCCTTATGTTGATGCCCCTTATGATGACCCTTAACTGATGTTTGTTTGATGGTGTGGGGTGGTGAATTTGTGTTGGTTTGACTTGTGTGTGAGGTTTGATTTGGACATTTGAGATTGTTGTTGTTAGTGATAGAGTTTGTTTTTGTGATGCTTGGGGGCATTCTAAGGTTTATGTCGTGTCTTACCAATGATGAGTCTTCATAAATGCTGAGAAACAAACTCTTTATGCCACTAACCACTATGTGTCATTAGCAACCGGTCAATATTTACTGATTTGAGGCTTCTCGGGCGCTAAGTGATTAGTGGTAGAGTTTGTTTCTGTGATGCGTGGGGGGCATTCTGAGGTTTATGTCGTGTCTTACCAATGATGAGTCTTCATATATGCTGAGAAACAAACTCTTTGTGCCACTAACTACTCTGTGCCATTAGCAACCAGTCAATACTGATTGATTTGAAGCTTCTCGGGTGCTAAGTGGTTAGTGGTAGAGTTTGCTTCTGTGATGCTTGGGGGCATTCTGAGGTTTATGTCGTGTCTTACCAATGATGAGTCTTCATATATGCTGAGAAACAAAATCTTTGTGCCACTAACTACTCCGTGCCATTAGCAACCAGTCAATATTGTCTGATTTGAGGCTTCTCGGGTGCTAAGTGGTTAGTGGTAGGGTTTGCTTCTGTGATGCTTGGGGGCATTCTGAGGTTTATGTCGTGTCTTACCAATGATGAGTCTTCATATATGCTGAGAATTAAACTCTTTATGCCACTAACAACTCCGTGCCATTATCAACCAGTCAATATTGACTGATTTGAGGCTTCTCGGGTGCTAAGTGGTTAGTGATAGGGTTTATTTCTGTGAGTTTTGGGGGGCATTCTGAGATTCGTCCCATTTTCTATGCTTAATGGGTTTTGTAACACCTTTATAATTTCTAAAAATGTTGAGAAACAAACTCTTAATGACATTTACTACTTTGTGTCATTAGTAAATGAGTTGATGTTTTTCGTATGCTAAGTTGTGGTTTGTCCCATATTTATAGTACTGTTTTTATCAGATCAATGATGAGTCTTCATATATGCTGAGAGACAAACTCTTTATGCCACTAACCACTCCGTGCCATTAGCAACCGGTCAATATTGACTGATTTGAGGCTTCTCGGGTGCTAAGTGGTTAGTGGTTGGGTTTATTTCTGTAATTTTTTGGGGACATTCTGAGATAATTCAAATCATCACAACTAAGATTGAAACCTTAAAATGTTTATAAATCATCATTACCCGAGTGGTTTCAAAATACATTCAAGTTGACAAAAGTTATACTACATGCCCCAAAACACAAAAGTTTAACTACATGCCCCCAAAACACAAGTTTAAGCCTCACTACCCCAAAATTCTTAGTGAATTTGATATGTTTTTGTTTCTTCCCCTTGCATTAGAGCTTTCAGGTATATCTCTGTTGGGTTGTGTGGCTGTTGTTATGTTTCTGTTTAACTCCCTTGCATTAGAACTCTCTGGTGTGTCTCTGTCCGGTTGTGCATTTCTTGTTCCTATTGCTGCAATTACATGCTCTGGCTGTGCATTTGTTTCCCCATGTACTGCATCCCATTCTTGAATGACTGCCCACATTAGAGCTTGTACTTGCTCTTCCAATCTACCTTCAGCTTCAAGTCTTGCTTTGTTTACATGTGGCAAGACATATTCATTTTCCCCCATGTGACTTTAAAATAGCATTCCAAACATATTGCAGTGAATATCAAACATTACTCAGTGTTTTAGGCTCCAACTCATAAAAGGCATCATGAACTGCTTGCATCATTGCATCTACGTCTTTTGGCATTTTTTGTGCATTAATGATTGAATTCTCCTAAAAAAACCGAGGTCCAATATGTTCATGTCAGGACTATTAGGTGGTTGTTGCACTAGTATGAATGTGAAATCACCTTGTTGGTACACTTGTTGCCATATAGCATCATCTTGAGTCACATGTGCCTTTGCATTGTCTTGCTGAATGAATATTGTCTTCGGACCTTCAGTAGGTGGCCATTTTTCTATTATTGCCGGTATGATTTGCTCGATTAACATGCTCCTTTCACCTTTTGATTTACTGATTCAATGACTTTGGTCACTAATGTCCCCTTCTCTCTGTATTTTGAACTTCTCTTTGTTGGTTCACTATATGTTAATGGGAATATGCCTATTTTTCCATCAAAAGTGCACTCCTTTTGTGTGTTGAATCTTGGTCTTGCAACAACTGCTGTGAACATTACTTTTGGTATCCATTTGCTTGATGCTGCAGCTCTGTGTTTGCCTTTTTCATTCCTTGCAAGATAGCATCTCTGTGATTTCTTTGTCAAATAAAACCATTTCTCATCTAGATGAACATAGTCATACATTGGTTTGTACCGTGTCTTTGTTTCCGGTGTGTCCCCCACCAGCATACCCAAAATGTATGACATCCTTGCTATCTTGTTTGGATCCCCCAATCCAGGATATAATGGATTTGTATGTGGCTTGATATCTCCCCTTTTAATCATTCGATGAATTGTACCCCTCGTTATGCCAAGCTTTGGAACTAAGCCCCTTATACATATTCTGTCTCCCATTGCAAGTTTGGTTAGCTCATCAATGTCTAATTGAATTCTCTTCCTGCCAGCATTGTGATGTAGAGTTGCAAGATTATACCTTCGCATTTCTTGTTTCTGCCTCCTTGCTGTGTTCCATATCCTAGATAGGGTCCTTGCCGTGACCCCAAAGTGAGTTGATGCTGCTGTTATTGACCCGTATTCTTTTTTGCCCCTTGTTGCCCTATCTAGGAGCCATATGAGAATGTGAAGCTTGTTTTGACTGCTGAGCCTGCGGCGCTTAGGATGATTCTGTGTTGCTTGTTGCTGATTTCCTGTTTGATGGAGTGGAGTCTCTAGTGGTGGATGGTTCAAATCAAAATAAACGGTGTTGCCTTGAAGTATGTCCCCAACTTCTTCCATATCATCATCAGAACTATCATCAGAATTGATTATGTGATGATTGCCATCACTTCCAGAGTCTTCTTCCATCTCTGATTCTGGAATCGGAGCATCGTTCAAGTTAAAGCCGGAATATCCACCCATTTCTTCATCTTCATCATCTGGAAACCAAGCGTCGTTGAGATTGAAATCTGAAGTCATTCCCCCGCAGGCAATGATGCACCCTTACTCTTTTTTTTTCCTTTTTTTTTTACTTTGATTTTTTTTCTAGAATAAACTCTTTCTCCCTCTATTTTCTCCTTTTTTTCATGGGATTTATACCTTTATAGTTAAATGAGGTGCTGCCCACTTTTTATGGGATTTGTATCTGAAATTGTGAACGTTTTTTTTGCTCTAACCCTCTGTATTTAAATGAGGAAGAAGAGTACCAAAAAAATAGGGAGTCTGATTACAGATGGAAAAAATGACCCCATATTACCCCTATTTGTGTTGAATCTGTGTGCTTTAAACTGAGCATTTTGATTGGTTGAGAATAAATATTATTATATTCTTATTGGTTAAACTATTTTGATTAAGATCCATGTGCACTTATTTTTTTAAATATAAATGAGAGGCTGATTTGATCAGCACATGGGGGAAAACAAAGACAGTTTGTCTTTTTGCTTATTCCAACCCAAGTACAATCCAATCATTAGACTTATCCACTTCAAATATTTTTCTTAAAAACCGTAAAATTGATCAAACAGGACAATAATTTTAGGACGGATGGAGTATTAAGTAACCTCAACAAATCAACAAATAAAGGTTTAACAAGAATAAAAAAATTCAATACACAAGTACTTCTCAGCAAAATTTTAAAAAAGATCAATAAAATTAAATTCGAACCAAATAAGTTCACATATGTTAGTTACAGTCAAATTCAGATAAACCAAACGGACCTTTGGTTATCCAAGTTCGAGCAATCCTCACATTCCTAAGTTTCCCTCTCACTCTCTCAGTATGCTCTCTTCTCTCAAGAGTAAATAAAAGAAACGGCTATCCTGTTATCGGCGGCGAGCAAGAGCCACCGCAACTCGTCGGAAAGAATTCGGAAACGGATTCCATCGCCGGAGCTCGACCACGGCAACAACCAGTACTAGTTACCACCGAGGACGCATCACTAAGCGCGGCAGCAAAGGTCAGTTTTCGTTCCCCTCCCTTTGGAAATTGCAATTACTATTTCATTTGTTTTGATGATTGATGTTATTTACTGGAATTCTCTCTCTTTATGCTTTTGTTGGTTTGAACGGTAGAATTTGGAGGGAATTTTGTTCTCACAAGATTGAATTGCTGTGTAAAATGAACTAAATTTGGCTGAGATTTCAGCGAAAGTAATGAGTAGGGAAATGCTGTTGGTTTTAACATTACCGAAGCCGTAATCGAAAAGGAAGGGTTGCCGGAATTTTGTTCTCAAAAGATTAAATTGTTGTTTCAAATGAACTGAATTTGGATGAGATTCAGCGAACTAATGACTAGGGAGATGCTGTTAATTTTAACAACACCGAAGTTGTAATCTGGAAAGAAAGGGGTTGGCTGCACGAACCAATTATTTATCTCCTTGGTCGTTCGCAAAGATTTAAGGGCACTTTGTAGAATACGAGGATGCCAATGAGCAATTGATTTATTTTAACCCCTTCGATTGAGCTTTTTGGTGAATTGAATTCTGTATGTGTATGTTTTGTAGTGTCTTGATCCTAATATAAAAAGATCGAGAACAAATTGA

mRNA sequence

ATGTCTTTCCATGGATTTACTGATTCCGGTGATGATAAACCCTATTCTGGGCCTTATGAATGCACCGAACCCGATCATTGTGATCTTGGTTCCTTGTGTGAGGGCGAACATAGCTATTCTCGTGAGTATATTCGATTTAGATGGGGAAGAAATGAGTCTTCTCTATCTGATCCAACGGTGGAGGGTAACAACCCGTCGCCGCCAAAGTCGCCGGAAAAAGGCCCTCCAAATTTGCCAGAAAAAACGCCTCCAAAATCGCCCCCGCATGAAAATTTTGAGATCCGGTGGTTCCTGGTGTTCGTGTGGGCGGCGACCCTTGGAATCCCCACGAATCCGATGTGGTTAATGACGGTGAGGAGGATTTTGACACTATATCCGGTGCTGAATCGAGTTGTTGAGTCTTCTTCCATCTCTGATTCTGGAATCGGAGCATCGTTCAAGTTAAAGCCGGAATATCCACCCATTTCTTCATCTTCATCATCTGGAAACCAAGCGTCGTTGAGATTGAAATCTGAATCAAATTCAGATAAACCAAACGGACCTTTGGTTATCCAAGTTCGAGCAATCCTCACATTCCTAAGTTTCCCTCTCACTCTCTCAGTATGCTCTCTTCTCTCAAGAGTAAATAAAAGAAACGGCTATCCTGTTATCGGCGGCGAGCAAGAGCCACCGCAACTCGTCGGAAAGAATTCGGAAACGGATTCCATCGCCGGAGCTCGACCACGGCAACAACCAGTACTAGTTACCACCGAGGACGCATCACTAAGCGCGGCAGCAAAGTGTCTTGATCCTAATATAAAAAGATCGAGAACAAATTGA

Coding sequence (CDS)

ATGTCTTTCCATGGATTTACTGATTCCGGTGATGATAAACCCTATTCTGGGCCTTATGAATGCACCGAACCCGATCATTGTGATCTTGGTTCCTTGTGTGAGGGCGAACATAGCTATTCTCGTGAGTATATTCGATTTAGATGGGGAAGAAATGAGTCTTCTCTATCTGATCCAACGGTGGAGGGTAACAACCCGTCGCCGCCAAAGTCGCCGGAAAAAGGCCCTCCAAATTTGCCAGAAAAAACGCCTCCAAAATCGCCCCCGCATGAAAATTTTGAGATCCGGTGGTTCCTGGTGTTCGTGTGGGCGGCGACCCTTGGAATCCCCACGAATCCGATGTGGTTAATGACGGTGAGGAGGATTTTGACACTATATCCGGTGCTGAATCGAGTTGTTGAGTCTTCTTCCATCTCTGATTCTGGAATCGGAGCATCGTTCAAGTTAAAGCCGGAATATCCACCCATTTCTTCATCTTCATCATCTGGAAACCAAGCGTCGTTGAGATTGAAATCTGAATCAAATTCAGATAAACCAAACGGACCTTTGGTTATCCAAGTTCGAGCAATCCTCACATTCCTAAGTTTCCCTCTCACTCTCTCAGTATGCTCTCTTCTCTCAAGAGTAAATAAAAGAAACGGCTATCCTGTTATCGGCGGCGAGCAAGAGCCACCGCAACTCGTCGGAAAGAATTCGGAAACGGATTCCATCGCCGGAGCTCGACCACGGCAACAACCAGTACTAGTTACCACCGAGGACGCATCACTAAGCGCGGCAGCAAAGTGTCTTGATCCTAATATAAAAAGATCGAGAACAAATTGA

Protein sequence

MSFHGFTDSGDDKPYSGPYECTEPDHCDLGSLCEGEHSYSREYIRFRWGRNESSLSDPTVEGNNPSPPKSPEKGPPNLPEKTPPKSPPHENFEIRWFLVFVWAATLGIPTNPMWLMTVRRILTLYPVLNRVVESSSISDSGIGASFKLKPEYPPISSSSSSGNQASLRLKSESNSDKPNGPLVIQVRAILTFLSFPLTLSVCSLLSRVNKRNGYPVIGGEQEPPQLVGKNSETDSIAGARPRQQPVLVTTEDASLSAAAKCLDPNIKRSRTN

Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):


Feature Name	Unique Name	Type
Spo02638	Spo02638	gene

The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
Spo02638.1	Spo02638.1-protein	polypeptide

The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
Spo02638.1.CDS.5	Spo02638.1.CDS.5	CDS
Spo02638.1.CDS.4	Spo02638.1.CDS.4	CDS
Spo02638.1.CDS.3	Spo02638.1.CDS.3	CDS
Spo02638.1.CDS.2	Spo02638.1.CDS.2	CDS
Spo02638.1.CDS.1	Spo02638.1.CDS.1	CDS

The following exon feature(s) are a part of this mRNA:


Feature Name	Unique Name	Type
Spo02638.1.exon.5	Spo02638.1.exon.5	exon
Spo02638.1.exon.4	Spo02638.1.exon.4	exon
Spo02638.1.exon.3	Spo02638.1.exon.3	exon
Spo02638.1.exon.2	Spo02638.1.exon.2	exon
Spo02638.1.exon.1	Spo02638.1.exon.1	exon

Homology

[Close]

BLAST of Spo02638.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902235897|gb|KNA24131.1| (hypothetical protein SOVF_018730 [Spinacia oleracea])

HSP 1 Score: 64.3 bits (155), Expect = 3.700e-7
Identity = 42/95 (44.21%), Postives = 53/95 (55.79%), Query Frame = 1

		  
Query: 2   SFHGFTDSGDD--KPYSGPYECTEPDHCDLGSLCEGEHSYSREYIRFRWGRNESSLSDP- 61
           SFHGF+ S D+  K  +  YE T+ +HCDLG  CEGEHSY+RE +R+   RN+S  + P 
Sbjct: 71  SFHGFSSSDDNVAKKETFEYEFTD-EHCDLGEYCEGEHSYNRECLRYLRRRNDSFCASPS 130

Query: 62  -----TVEGNNPSPPKSPEKGPPNLPEKTPPKSPP 89
                TVE   P PP SP +G   L        PP
Sbjct: 131 TRSEKTVEEKPPPPPLSPGRGSKTLIPNAEVDQPP 164

[Close]

BLAST of Spo02638.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9RXB4_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_018730 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 64.3 bits (155), Expect = 2.600e-7
Identity = 42/95 (44.21%), Postives = 53/95 (55.79%), Query Frame = 1

		  
Query: 2   SFHGFTDSGDD--KPYSGPYECTEPDHCDLGSLCEGEHSYSREYIRFRWGRNESSLSDP- 61
           SFHGF+ S D+  K  +  YE T+ +HCDLG  CEGEHSY+RE +R+   RN+S  + P 
Sbjct: 71  SFHGFSSSDDNVAKKETFEYEFTD-EHCDLGEYCEGEHSYNRECLRYLRRRNDSFCASPS 130

Query: 62  -----TVEGNNPSPPKSPEKGPPNLPEKTPPKSPP 89
                TVE   P PP SP +G   L        PP
Sbjct: 131 TRSEKTVEEKPPPPPLSPGRGSKTLIPNAEVDQPP 164

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Spo02638.1 vs. NCBI nr
BLAST of Spo02638.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
BLAST of Spo02638.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
BLAST of Spo02638.1 vs. TAIR (Arabidopsis)

BLAST of Spo02638.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr)
Total hits: 1

Position :

Zoom :

x 1


Match Name	E-value	Identity	Description
gi\|902235897\|gb\|KNA24131.1\|	3.7e-7	44.2	hypothetical protein SOVF_0187...	[more]

BLAST of Spo02638.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL)
Total hits: 1

Position :

Zoom :

x 1


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A0K9RXB4_SPIOL	2.6e-7	44.2	Uncharacterized protein OS=Spi...	[more]

BLAST of Spo02638.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt)
Total hits: 0

Position :

Zoom :

x 1


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Spo02638.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR)
Total hits: 0

Position :

Zoom :

x 1


Match Name	E-value	Identity	Description

InterPro

Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29

Position :

Zoom :

x 1


IPR Term	IPR Description	Source	Source Term	Source Description	Alignment
None	No IPR available	unknown	Coil	Coil	coord: 267..272 scor