Spo06933.1 (mRNA)

Overview
NameSpo06933.1
TypemRNA
OrganismSpinacia oleracea (Spinach)
DescriptionUnknown protein
Locationchr3 : 28300128 .. 28322899 (+)
Sequence length480
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
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mRNA sequence

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Coding sequence (CDS)

ATGTATTCTCCAATCAACCCTCTTTTGGACCCATTCAAGCCCATTTCCCCTGTTGCATGCCCATGGGCCTTCCCTATTGACCTTCAATTTGGCACAATTCCAAAACACCTTTTTTGTTCTCAACTTTCCCCATCCATAACCAACCAAACACACAAAGCCTCTTCATCCATGTCCAAGCCCAACCCTCGTCAAGAGTCCTCGATCTTAGAAATTAAATTTTTTAAACCATCCCTTGATTCCCTCCCTGAGCCATACAAAAAAATCCACTCCACACTCCTGATCTCATTGAGGATTCCCTTCCTGTATCCCCAACCTCACTCGAGTCATTTACTACTGCTCCATCATCTTCGAATTCGTCCGACCTTAATTGATCTAGAAGGTGTATTCAAAACACCTGCGCAAACAGGGCATTTTGCAAGACTAGATATTAAGCGAGGGATTGAGAAAGAAACTGAAGCTAAAGATGATTATGAGCGTTAA

Protein sequence

MYSPINPLLDPFKPISPVACPWAFPIDLQFGTIPKHLFCSQLSPSITNQTHKASSSMSKPNPRQESSILEIKFFKPSLDSLPEPYKKIHSTLLISLRIPFLYPQPHSSHLLLLHHLRIRPTLIDLEGVFKTPAQTGHFARLDIKRGIEKETEAKDDYER
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameType
Spo06933Spo06933gene


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo06933.1Spo06933.1-proteinpolypeptide


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo06933.1.exon.1Spo06933.1.exon.1exon
Spo06933.1.exon.2Spo06933.1.exon.2exon


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo06933.1.CDS.1Spo06933.1.CDS.1CDS
Spo06933.1.CDS.2Spo06933.1.CDS.2CDS


Homology
BLAST of Spo06933.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902160134|gb|KNA06393.1| (hypothetical protein SOVF_181510 [Spinacia oleracea])

HSP 1 Score: 68.9 bits (167), Expect = 8.900e-9
Identity = 31/36 (86.11%), Postives = 34/36 (94.44%), Query Frame = 1

		  

Query: 124 DLEGVFKTPAQTGHFARLDIKRGIEKETEAKDDYER 160
           D EGVFKTPAQTGHFARLD+K+GIEKE +AKDDYER
Sbjct: 32  DPEGVFKTPAQTGHFARLDMKKGIEKEADAKDDYER 67

BLAST of Spo06933.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9QI76_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_181510 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 68.9 bits (167), Expect = 6.200e-9
Identity = 31/36 (86.11%), Postives = 34/36 (94.44%), Query Frame = 1

		  

Query: 124 DLEGVFKTPAQTGHFARLDIKRGIEKETEAKDDYER 160
           D EGVFKTPAQTGHFARLD+K+GIEKE +AKDDYER
Sbjct: 32  DPEGVFKTPAQTGHFARLDMKKGIEKEADAKDDYER 67

The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo06933.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr)
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
gi|902160134|gb|KNA06393.1|8.9e-986.1hypothetical protein SOVF_1815... [more]
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BLAST of Spo06933.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL)
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A0K9QI76_SPIOL6.2e-986.1Uncharacterized protein OS=Spi... [more]
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BLAST of Spo06933.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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BLAST of Spo06933.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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