Spo12995.1 (mRNA)

Overview
NameSpo12995.1
TypemRNA
OrganismSpinacia oleracea (Spinach)
DescriptionUnknown protein
LocationSpoScf_01638 : 9182 .. 14145 (+)
Sequence length492
Sequences
The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS
Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.
ATGGAGAACCCTCATTTTCTCTCTCTCACTCTCGTCGATCTTTCTCTCTCTTCAACTGCTCCCCTCTCCCTCATTTCGGCGAACGCCGACCATCCTCTTCGTCGACGCTCCGACTCATGTTGTTGTGGTGTCGCTGCTTTGCTACTGCTTCACAGAGTCTCGCCTCTCTCCCCTTCTCCTTCGATTTTGCTCCGCCTCACGCCGCCACCATGGTGGTCGTTGCTGCCGCCGTTGCTACTGCCTCACAAATGGGTAACCTCTTTATCCTAGCCTGTTAATTATTTGAATTGCTTAGAATCCCAATTCAGGAAACCCTAACTTCCTCTTCTTTGGCTTCTCTCTCCTCTTCGGGTGCGACACATCCTTGCCGGAGCTCCGCGGTCCTACTGGAGCTGTTGCTGTTGCAGTTGCAATTTATCTACTGTTGTTGCTGAATTTCCTTCTTATGGGTATAATTATTTTCCAATTCTATTTATTCCTATTAATCTATATCAATTAGATTATAATAGTTTATGGAAATAAATTGTTATTATTTATTTTGATTATATAAAAATGAGTTTTGATTATTAAAGCGTGTTTGATTAATGTTCAGTTATACCAAATGGTTTCTAAATAAGAGTGTAATTTAGTTTTCAAAACCTATTTTAGTAAATAAGAAAATTATACAATTATGAATATTAGTCACAATTACTTTAGCTTTCCTAATATAGTATACATGCTAAGCTTTTGAAATAAGTTTTCAGGAATCGGTTTAGATTTCTCAACAAAATGATGATTTAGTCTTTAGTTTACTTTAAGAAAAGAGGATATTAATTCATGTCTTTCTTGTGGAGGTGAACGTTTGGGGTTTGATTAAGGATAATGAAATGATGAAGTAGAAGTGGATTGGTAGTGGATTGTGGCTTGGAATTTTTGTGCGGCAATTGAAGGTACACATTGTCCAACCATCTTCGTTGTTTGAAAATATATGTTGTGATTTAAGTATAATATAGTACCAATATTGTTATGTTTGTATATATAAACATAATTATAATCTTAATTGTTGATTCGCAAATGAATTTGATTGTTTTATTGAAATGATTTATGTCGGCTTTGAATTTCAAGATAGAAATGATTTTGAACCATTTAAAAGGGAAGTTACGGGGGCTTGTTATGGATTGGAATCTAATTGAGAATTTCTTGCCTTGGATTGAACCTATCTTGAAACTTGTGTTGAGCGTTAAAATTGATCTTGGTCATGGGAACTAGTCAAACGGTAAGAAATGTCTTATATGTATAAGAGTAAAGTACTAATTAAGAGGTGTTAGTTAATCAGAGGGATCATAACTTTATTGTCAATACCAAATGAATCTTAAAGTGTCAAGGGTGACTGCTACAAATCAAAAGTTCTTAAACGAACGAGTATAAGTTAGAATATGAATTTTATTTATTTATTTACTTATTTATTAATCTAGTCAAAATATAGCTAAGAATGAGTTTTAAATCAATTTTAAAGAGATGTTTTCAAGTAAAGTTTATATTTTAATTCCTCCAAGTTATATTTATTTGAATTTCTTGAAGTCGCGCAATTTTCTTTTTCTTAAGTTGTGAATTATGGGGGTGAAATTAGTTTTGAACAAGATTTTAATATATATGTTGAAAACAATCATAATTGAAATATATTTCATTTTGAACGTATTACCTTAAATGATAGATAATGGTTTTTGCGGAGTAAAATGAATTCTTTCAATAAGTTTTCAAAAGAGATTTTGTTATGAAGAACGGTGTTCTTTTTTAAACTAGTTAATTTAGAAAGAAATTAATAATTCTTTTTGAGTTAATAAAGATTGTTTTAATATAAAGAGTTGTCTAAATATTTATAAAATACATTTCAGGCACACTAAACTCACCTAGTTGAATTTAACATTGATAATTAAATCAAACTACGTGCCAAATTAATATTATATTAGAGTCTCAAGTTAATTTATGTTTAAGGATATCACATTAGAAGTCGAGTTATGGATTAGTGGTTTAAGAAAGTTTAATCAAAGGAGTAAATCAAGAAAGGCGCTCATGTCCTACCGGTTCACCATGGTCTAAGTGTTGTAAGGTTAAAGAGTCAACGAGTCTTGAGTTTGATAGGGAAATCGGGTTAAAGATTTATATAAGATAGAGAGTTGATATATAATGAGGAAGAAGCTAATTCATGATTTAGGGATTGTAACTTAAGTTTGAGAGCGAACCTCAAAATTAGCAATAAATACTTAAGTAGGGGAAAGTAGTCGTGTATGTGTGGCATAGTTCTCACATGCATCGGTGATGAAAAACATTGGAAGCGAATGCTATATCAATAGACTCGTGGTAAATGGGCTTGACCCATATTTGGAAGCGAGTGATATATCAATAGACTCATGGTAAATGGGCTTGACCCATATTTGGAAGTGTGTATTACTCGTGGTAAGCGGGCTTGACCCGTAATTAGGGACATGTCCTAGTTAAGTCTTGCAAGCGTATGATAATCGGGAGGGTGACGACCCCCACCGTATAGAGCAGCTGGTCATGCTGACCCCTCTCTATTCGTGTTCACTTTCCCCAACAACAACTAATATGTTGAAATAAATTATTTCTTTTCGCTTTGAATTATGAAATTATATCGAATATGCATTGTGAGTTTGAATTGTGTTTGTGGTAATATCATGTAGCAAATTTACATGACTTTTGGCAGTACTGTGGCAATAAGTTTCGAATTGAGTTGTGAATACATATCCTGTGTTTCACCTTGTGGCAAAAACTGTAGATTGGGAAAAAGATTTACTTATAATACTCGAGCTATCGTTATGAGTCATTGTCGAATTAGGTTATGATTGAAAATGATTAAGAGTATGAGAATGACAAGATGAATCTTAAGTTGTGAGTCTAATTCAGTCGAGGTGATCGTAAATTTAGAAACTTTGTGAGATGGTAAGTAAAGTCTGAAGTTTTTCTTTTCAAGTAATGCTAGTGTATCGTTTCCCAAATCGTTGTTTGAATAATAAGGATTTCGCGAAATAGATTTCAAAGAAGTTATAATGTTTTATCAAGTTATGTTTTTCAATTGAGTTTGATAAGCGAAGTTGCTTTTCAAAACAAAACATAAAAACTATAAATAAAATCATTTTGAGCCACCTATCAAATGCATTTCACGTTGGATGTGTGTACTCAGATTTCCGCTGATTTTGTTCTTTGAACCTGTCCCGGTGGGGGCAGAGTTAAAATGTTTTGCAGGTAGCAAGAGTTAGGTCTCAGTTCAGATTCAAGGTTCGTAGATTTCTTCAATGACCTTACGTGTCCAAGGTTGGATTGTGGATTCGCCAAATGTAATTTATTTCCTAGAGTTTGTTAATGGGGTGTATAATTTCTTCTTAAAGCTTTTGGTTTATAATTTATGGGTTGTGTATCTGTATTGGAGTCGTAGTGAAGTTAAGTTTCTTTGGTTTAAAGTTAAGTGTGCTTAGAAGTAGCTCATTAAGTGTAGGCTGTACAGTGTACAGTGACACTCTGGTGATGTTTGGGATATGTTATATGTTGAAATGATGAATTTGAAGCAGGTGAAAGAGAATCTGACGTAATTTCCTAAATAGTATTTTAGGTTGTCCATATTTAGGGGAAGTGCTGCCGAAATTTTTAATAACTAATTAAGTTTATGGGTCTTGATTAGTGTCTTTGAGATAGGCTAAACCCGTGATTAATACTTGAAGTGGTAGAGTGAAAGTTTGTTTAGCAGGATTTAAAGTTGTAATTACATTGAGTTTGTTTAAATTAAGACTAAGTGTGTTTAGGAAGCAGCTTGTTAAGGGCGGGCTGTTACAATAATTCAACAAAGTTCTTTGAAATCGGCGTAATTCTTAACAAGTTTAACGAAATTTTTCATCATATTTTTTTTGAAACTCAACTTATTTAGGTTGAATTTCATGCTCTAAACATTCGTAATTCATGTTCTAAACTGTGACAACTTATGTTCTAAAATCTCGTACTTCATGTTCTAATTAGCTGTGATAATTCATATTCTAAAATCTCACACTTCATGTTCTAAATTGTGACAATTCATGTTCTAAAATTTGCTGAGTATTTGTTCATCAAGTTATAATTTAGATTCTTCTTTATTTTTTATCCCAAATTATGTGAAATTTGAAGGCCCGTTTTTTCTACTCAAGTTCTTTACATTCCACTTTTTTCTACATAAAAACACTCTTTCTAAACACATGAATGGATATCTTTTTCTTTGAATTAAGGATAATTTTACAATAACCACAACAATTTTATAGTCACTATAATCTTTAAATCTGAACCATTGATATTTAACATTAAATTCAATCCATCCATTTAGTTGACAAAACCAAAAACAAACGAATATATTAACTAAAAGACTAAAAATAAATAAAAAAATAAAAAACTACGACTAGCACAGAGTGATGTGAAATGACAGTTAATTAAATTTTACATTTCTTCTTCAACCCTTTATTATTGATTTGTTTAATTTTTTTTATTTTGGCGTCCTTAATTATATTGTAGCTCTGGCTATTTTTATTTCTTGAAATTCCAAGAAACTCATACTCCTTTTCTTTTTTCCAGGGATAGATTGATAATGATGCATAATATTTCCTTAAAGAATGTTTATCAATTAATTTGATGGAAGAAGAAGGGAGAATGATAATTACTCTTTCATTAATGAACAATTTGATTGTTAATAAAACACAACCATGAGTATTCAACTGTAGACGTTAATGGAGATTTGTTTATTTGGAGATTAATCTGCAAGCAGTCTTTTCTTTTGTTCATATTAAACGGAGAAAAAATTATTTCTAATTAAAATTTTGTTAATAAATATAGTTTATAATTTTCTTAAATTATTTTTTTAAGTCAAACTGGTGAATGGCCGTGATTGGTTCTTTAAGAATAAAGGGTCAAGATTGAAGACTATTATAGTGGCTACATATTCTTTGTAG

mRNA sequence

ATGGAGAACCCTCATTTTCTCTCTCTCACTCTCGTCGATCTTTCTCTCTCTTCAACTGCTCCCCTCTCCCTCATTTCGGCGAACGCCGACCATCCTCTTCGTCGACGCTCCGACTCATGTTGTTGTGGTGTCGCTGCTTTGCTACTGCTTCACAGAGTCTCGCCTCTCTCCCCTTCTCCTTCGATTTTGCTCCGCCTCACGCCGCCACCATGGTGGTCGTTGCTGCCGCCGTTGCTACTGCCTCACAAATGGAATCCCAATTCAGGAAACCCTAACTTCCTCTTCTTTGGCTTCTCTCTCCTCTTCGGGTGCGACACATCCTTGCCGGAGCTCCGCGGTCCTACTGGAGCTGTTGCTGTTGCAGTTGCAATTTATCTACTGTTGTTGCTGAATTTCCTTCTTATGGTCAAACTGGTGAATGGCCGTGATTGGTTCTTTAAGAATAAAGGGTCAAGATTGAAGACTATTATAGTGGCTACATATTCTTTGTAG

Coding sequence (CDS)

ATGGAGAACCCTCATTTTCTCTCTCTCACTCTCGTCGATCTTTCTCTCTCTTCAACTGCTCCCCTCTCCCTCATTTCGGCGAACGCCGACCATCCTCTTCGTCGACGCTCCGACTCATGTTGTTGTGGTGTCGCTGCTTTGCTACTGCTTCACAGAGTCTCGCCTCTCTCCCCTTCTCCTTCGATTTTGCTCCGCCTCACGCCGCCACCATGGTGGTCGTTGCTGCCGCCGTTGCTACTGCCTCACAAATGGAATCCCAATTCAGGAAACCCTAACTTCCTCTTCTTTGGCTTCTCTCTCCTCTTCGGGTGCGACACATCCTTGCCGGAGCTCCGCGGTCCTACTGGAGCTGTTGCTGTTGCAGTTGCAATTTATCTACTGTTGTTGCTGAATTTCCTTCTTATGGTCAAACTGGTGAATGGCCGTGATTGGTTCTTTAAGAATAAAGGGTCAAGATTGAAGACTATTATAGTGGCTACATATTCTTTGTAG

Protein sequence

MENPHFLSLTLVDLSLSSTAPLSLISANADHPLRRRSDSCCCGVAALLLLHRVSPLSPSPSILLRLTPPPWWSLLPPLLLPHKWNPNSGNPNFLFFGFSLLFGCDTSLPELRGPTGAVAVAVAIYLLLLLNFLLMVKLVNGRDWFFKNKGSRLKTIIVATYSL
Relationships

This mRNA is a part of the following gene feature(s):

Feature NameUnique NameType
Spo12995Spo12995gene


The following polypeptide feature(s) derives from this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo12995.1Spo12995.1-proteinpolypeptide


The following exon feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo12995.1.exon.1Spo12995.1.exon.1exon
Spo12995.1.exon.2Spo12995.1.exon.2exon
Spo12995.1.exon.3Spo12995.1.exon.3exon


The following CDS feature(s) are a part of this mRNA:

Feature NameUnique NameType
Spo12995.1.CDS.1Spo12995.1.CDS.1CDS
Spo12995.1.CDS.2Spo12995.1.CDS.2CDS
Spo12995.1.CDS.3Spo12995.1.CDS.3CDS


Homology
[Close]
BLAST of Spo12995.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902219599|gb|KNA18361.1| (hypothetical protein SOVF_071600 [Spinacia oleracea])

HSP 1 Score: 172.2 bits (435), Expect = 7.600e-40
Identity = 84/84 (100.00%), Postives = 84/84 (100.00%), Query Frame = 1 

		  

Query: 1  MENPHFLSLTLVDLSLSSTAPLSLISANADHPLRRRSDSCCCGVAALLLLHRVSPLSPSP 60
          MENPHFLSLTLVDLSLSSTAPLSLISANADHPLRRRSDSCCCGVAALLLLHRVSPLSPSP
Sbjct: 1  MENPHFLSLTLVDLSLSSTAPLSLISANADHPLRRRSDSCCCGVAALLLLHRVSPLSPSP 60

Query: 61 SILLRLTPPPWWSLLPPLLLPHKW 85
          SILLRLTPPPWWSLLPPLLLPHKW
Sbjct: 61 SILLRLTPPPWWSLLPPLLLPHKW 84
[Close]
BLAST of Spo12995.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9RFU0_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_071600 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 172.2 bits (435), Expect = 5.300e-40
Identity = 84/84 (100.00%), Postives = 84/84 (100.00%), Query Frame = 1 

		  

Query: 1  MENPHFLSLTLVDLSLSSTAPLSLISANADHPLRRRSDSCCCGVAALLLLHRVSPLSPSP 60
          MENPHFLSLTLVDLSLSSTAPLSLISANADHPLRRRSDSCCCGVAALLLLHRVSPLSPSP
Sbjct: 1  MENPHFLSLTLVDLSLSSTAPLSLISANADHPLRRRSDSCCCGVAALLLLHRVSPLSPSP 60

Query: 61 SILLRLTPPPWWSLLPPLLLPHKW 85
          SILLRLTPPPWWSLLPPLLLPHKW
Sbjct: 61 SILLRLTPPPWWSLLPPLLLPHKW 84
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo12995.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr)
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
gi|902219599|gb|KNA18361.1|7.6e-40100.hypothetical protein SOVF_0716... [more]
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BLAST of Spo12995.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL)
Total hits: 1
Match NameE-valueIdentityDescription
A0A0K9RFU0_SPIOL5.3e-40100.Uncharacterized protein OS=Spi... [more]
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BLAST of Spo12995.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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BLAST of Spo12995.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR)
Total hits: 0
Match NameE-valueIdentityDescription
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