Spo27168 (gene) | SpinachBase

Overview


Name	Spo27168
Type	gene
Organism	Spinacia oleracea (Spinach)
Description	Unknown protein
Location	chr1 : 10604776 .. 10629966 (-)

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideCDSexon

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ACAGCACCAAATTTTCAAGTACTGGCTATTTTCCAAAACTTGCAGCACCAAATTTGTCAAGTGGGGCTCATATTCCAAAATTGGCAGCACCAAATTTGTCAATTAGTGCGGACACATTTTCTAAATTGGCATCACTTGAGAAACATCAAGTGCGGGCACGCAATGTGATGCACATGTAAAAGCCCACACTTGAGGCCTTAAAATGAGCCCGCACTTGATCATTTTTGTACTAGTCATTCTCTAAGAAAATTAATCAATCTTACAACAACATCCACGATCATGTTGCGATCATATTGGCGGTGTTTTGATCCTTCTCTCTCCAGCACTTTCTGTAAGTTCTTCCCCCCAACTTTCATTTATTTTATAAATTGAAATTAATTGATTAATTAGGTTTAGGGATCATATGATTGAAAAGGGAATTAAGGGTGATTATTTGATAATGTTGGTTTAATTTTCATAATTTTGAGATTAGATTTCAAAATTTTCTCAAATTATGTAGTACTTTTTATTATTATTCGAACAATTAGAGTGTTAGCTTAGTTACTTTTAATGCAAATTCGTAATTCGAGTTTAGATTCCTGCTGCTTTTGTTTCGTAATCTCTCTATTTAATTGGTGGATTGTACCTAACAATATGGCTTAAACTGCTTAATGTCACAGATACTTTTGATTATTCAAACTATTAGTTTAGTTAGTTTGCGTACTGATTCAAATTCAGTAACAATACAATGTCGCAATTCCAGTTTTGGGAAATGTATTAGTTAAATATTTAAAATGCAAACACGTACTATAATAAGTTGGAGTTCGAAATGGAAAGTATAGAGTTGCTTTTAAGGTAGATGTAATTACTTCAAAGGTCGGCTATTAAGTTTGCTATGATGGTTGTTCTGAAGGCAAGATTGTTTCCGCTCAAATCAACAAAATAGAAAATGAAATTGCTTCACATTATTCTATATTCATTTTTATTTGATTGAGTCTTGCATCTGCCAATTTTTTTCAAAGTTGTTTTTACGTGGTACTGTTGAAGTTTTCCTTATTAGATGACCAATGAACATGTGTTGAAGTTTTCTATGGTTCTGTCTTGATAAACTAGATGATTTCTATGAGACTTATGATAGTATGATATTGTTGATGTGTGTAATTGAAAGTTTTGGGTCATATTATCAGANATATTTTTATATCGATTGAGTCTTGCATCTGCCAATTTTTTTTCAAAGTTTTTTTTACGTGGTACTGTTGAAGTTTTCCTTATTAGATGACCAATGAACATGTGTTGAAGTTTTCTATGGTTCTGTCTTGATAAACTAGATGATTTCTACGAGACTTATGATAGTATGATATTGTTGATGTGTGTAATTGAAAGTTTTGGGTCATATTATCAGANGAGACTTATGATAGTATGATATTGTTGATGTGTGTAATTGAAAGTTTTGGGTCATATTATCAGATATATTTTTATATCGTTTGACTTTTGCAGGCTTTGACGTCATACCCATTCCAGGATCCAACTTTTGGAGGAGTTATGTCTTATGCCCAAGTACAACAGGTGTTTCTGCTAGTGTTGTATACTTGTATGTCCATCATAACTGGGCTCTTGCTTGTTCGGTCTGTGTGCAAATTTTGAGTTGGCTTATGCTGAATTATGGTTGACTTGGATTTTGGTATTAGGACCCGGGAGGATTTTATGTCTTCGTTTGTAAAAATTTAGTGATTAAGATTCTTGTTGGATACTTTAATTGCTATTATAGAGAGGCTTAGTTTTTTTGTTCCTTTCCCCCTTTCTGAATGAGGTCAACAAGAGGAATAACAAGTAGTGTATTTGTATTATTTTTTCTTCTCTGAAAAGGTGTCAAATAACTCTAAGAAAAAACTAAATATCATTTGCAAAATTGCATGTATAGGGTGATAGTTAGGACATACTGCCCCATTTTATGGCTCGTTTCTTTTCTCTCTATGGGGAAGTTTCTTATTAAATGTTCTCATTCCCACTAGTCTTGTCTTAGGTAATTCCTCAATTGTATGGAATGCACCAGAGTAGGATGCATCTACCTCTTGCTTGTTTATGTTAATGCAAAGCAATATCACGGGATCCTAAGGCGCAAACAATCACGTGCTAAGGCTGAGATGGAAAAGAAAGTTATTAAAGCTACTATATGTTCTTGAATCTGCTGAATTTCCCTTGTATTAACAAAAGTTGGGATCTAATCTTTCTGACTTAAAGTTGAGCCTACATGCCCACTTTCCTACCTGGTGCTAATAAAAACTTAATGTTTATGGACCTTAGAATCATGATTATATGGAAGTTATATTTGATATCATGGGCATAATCTTAACACTTATAAAGCCATGAACTTACATTACATTTCTGTAACCGTTGGATTACTATAATGCCCCTATTTTTGCTTTGTTTTACGTTCATCCCTTGCCTTATGTTAATCTCCCATTTCCCTGGTTTCTTCAGCTATGCCTCTCCTCTTCTCTCTCATGGAGGTAAGTAGATCTGCCATGACTACCTTTCTCTTCTTCGATTTTCTATTTCTCTACTTCGATCTATAATCATCGTTGTCCTGTAATTAGCAAGGTGTTCCAATAATATCTTTGATGCTTCTGAAGCAAAACTCACTTGAAGAAAATAGGTTTGCTTTGGAATCATCAAAGGTATTATAGGGAGTCAAATTGAAATATGAAATTATGGTCTTAGGATTCAAGCGGCTCCTGCGGTTTGTCGGCTAATCGATTCGTTTTGTATGCTTTTCAATTTGGGGTTTGTGGGTTCAGATCTTTTCTTTGGCGGTTTCTGTTTTAGGTTTGCTCTAGATCGCTGTGTTTTCTTTGCAAAGTTTCATTTTGGAGTTTTCTTTGTTTTGATTCTTGAGTTTTGTTAGTTTTGATTTCTTCTTGTATTCGATTTGTGTTTTTAATATGCTTGATTTGGTAGATGTGGATGATATTTTGGTTTTCAAGTTTTCTTTGTTTTGATTCTTGAGTTTTCTCTGGTTTCTTCAGCTCTGCCACATCCTCTTTTTTTTTGCATCTGTTCTTTCTAAAAAAATTATGACTAATCCGTCTGCAGTGTCACCCTCTGCATTTCGATATTCCGCGTAAATGTAGACAAACCCCTTCTTCTTACAACATACCCATCTAACATCTTGGTCATTTGTCCCGATCACCGTGGAAATGTTGCTCAATTCATCATGGCATCAATGACCACACTTAGTAAGCCATTTATCTTAAAAGTATTCCTTTTGATTCTGAAACTATTCCTTTCGGGTCTAATATTGTTGTACAAAATAAAGGGCTTATTTCTTTTAACCGGGCTATTTTCCTACATGATATACACACAGTATTTAGCTTCTTAGCATTTGGAAATGTGACACATCCCCTGTACTTTATTTCTATTGGGTGATAGGTGAGGGGTTATTCTTATTGTGTGAGAATAACTTCGATAAAATTGAATTGGATTAGCATTGTTTGAATGTTGAGCTTCAGACATAGATGTGGTATCTCGGTTATCTGCGGTTGGATGTAGTTTCGAGATGCTACAACATATATGCAGTCGCATTTTATGAATTTATTTGGTTCATTTATTTGCAACTGCGTCAAATATCAGATGCCAGTGTACTGCTGTATATGGCGGTTATTGTTGTCGTCCAGCTAGTCTAGCTTTGGCAGCAGAATCGGCTAAACTTGAATTAAAATTTGGCCTTATTGGTCCTGATCTTACTTTTACGTACTATATAATTAATTAGTTAAACTCTGAAAAATGTTTTGACGATGTTGCATGTTTAGACATTGCAACATCCAGAATGTCTCTTTTTATTGGCATATCCACACAACATACTCCATAAGCATTCATAAGGTAAAAATTCAGTGAACATACTCCATGAACATTTTCTCGTGTAGAAACAAAAATCAATATCATATTGCATATATCTCAATGAAGAGAATATTAGTGATTATAGCTGGTTATTGTGTAAGCAACTCTGATTGGGTTATCTCCACCCATTATATAGTCGATGTTGCACAATGCAAGGTTCTCAAACCACTGTGCAAGCAGTTTCCCCGTACTTCTTGAAATTAGTCAGGTTAACAGTACCATAACCATGGAAGTAGATAGTTATCTTATTTTTCATACTATCGACCACCTTTCTCATCATTGAATGATTCAGTTGTCTTGTTTGCATTTTTTATTCTCATTTGTGTTTTTTGCATTTTGTTCTGAACATATATTTTTTTTCTCATTTGTGTTTTTTGCATTTTTTTATCAACCTCTCCTCCGTTGATAACAGGAGTATTGTGTGTATTTTTAGATAGTTGTAATGAAATTGTATCATTTAGTTTGTATTCTATTGATTTATAAAATTATGCGAAGATGAATACTGAGGTACTACTTCCATCTATGCTGCATTGTAAAGAAATTCTTGATACTGCTTCACTGAAGAGGATATTTGTTCTTTATTGGCCATCTGCTTATGTAACATTAGCAAATTAATGTAACATGATTGTCTCAGTTTTAGTTTTTGCTAAAAAACTGGTTGCTGGTATTTCCCAAATCTAATTTACTTCAGCTAGCTAATGTTGTTCATAGTAACTGGTAAGTGATGTTCCCTTTCGAGTGTAAGTGTGTAACTATACATCCTATTTCAACATTGGGACTTGGAGGTTGTATCGAGCTTGTTGGCGTGATACCATTGTGTATATTGATGATGACAAACCTATATATATTGGTCAATCTTATGGAAAAGTCAGCCGACAATTACTTCACAAGGAACTGGTGCAAAGGTAAAAATTGCATTTGGTCATTTCATTTCCTGCTTATTTGTCTTGAATTTTTTTATGCCTGCTATGGTTTGCCAGCTTTATGGAGTTAAGTAATTCATACAATATTAACTTTTTAGGTGTTTTGGAGTCAGGTATCTCTTATTTGAATGCGGAAGTGGAAAATATCATGGAAGGGCCTTATGGAAATAGGCTTGTTGCTTGTGAACATGGTGTCACTATTCCCTGCAGGTGTTTATATTTCTACTTTTCTCCATCGTGACAAGTTATGGAATGTTCATACTTATTGACTCGATATCTAAAGTTCTATCTTCATTACTCATAAGTCATAACAGGTCCTAAGATTCATAAAGGCGAGCAACGTAACGTCCTTACCAGTAAGCATCTCTAGCAACATAACATCAAATGCATAA

mRNA sequence

ATGGACAAACCATGCCTCGATCCACAATTTGGACAAAATAGCTCATCTTTTATCAAAACATTTGACATTTATAGCCTGGTAGTTGGGTTGGGTAAGCAACGTGGTATTCTAACCGAGGAATTGAAGCTCGATGCTAACAACCTACTTTACCCCGACGATGCTTCCACTAGCACGTCAGCTACCGCTGCTTCTCCTCTCATACCAGTTGAAGGGTCTAAATCTTACCGGATCTTTGCCCGAAGAATTCGTCTGATTTGCATGTCGGAAGAGCATACAAGGGTTTTGTTAACAAGTACTGCTTGTTTTTATATGAGGAAAGGTGACTTTCCAAATTATACTCGAAATTTGTCTCCAGCAAGCCAGGCTATTTACACTCAGGCCCTGCTGATACAGAGAAAATATGGTGTCAATAATGAATATGCTTTGACGTCATACCCATTCCAGGATCCAACTTTTGGAGGAGTTATGTCTTATGCCCAAGTACAACAGGTCCTAAGATTCATAAAGGCGAGCAACGTAACGTCCTTACCAGTAAGCATCTCTAGCAACATAACATCAAATGCATAA

Coding sequence (CDS)

ATGGACAAACCATGCCTCGATCCACAATTTGGACAAAATAGCTCATCTTTTATCAAAACATTTGACATTTATAGCCTGGTAGTTGGGTTGGGTAAGCAACGTGGTATTCTAACCGAGGAATTGAAGCTCGATGCTAACAACCTACTTTACCCCGACGATGCTTCCACTAGCACGTCAGCTACCGCTGCTTCTCCTCTCATACCAGTTGAAGGGTCTAAATCTTACCGGATCTTTGCCCGAAGAATTCGTCTGATTTGCATGTCGGAAGAGCATACAAGGGTTTTGTTAACAAGTACTGCTTGTTTTTATATGAGGAAAGGTGACTTTCCAAATTATACTCGAAATTTGTCTCCAGCAAGCCAGGCTATTTACACTCAGGCCCTGCTGATACAGAGAAAATATGGTGTCAATAATGAATATGCTTTGACGTCATACCCATTCCAGGATCCAACTTTTGGAGGAGTTATGTCTTATGCCCAAGTACAACAGGTCCTAAGATTCATAAAGGCGAGCAACGTAACGTCCTTACCAGTAAGCATCTCTAGCAACATAACATCAAATGCATAA

Protein sequence

MDKPCLDPQFGQNSSSFIKTFDIYSLVVGLGKQRGILTEELKLDANNLLYPDDASTSTSATAASPLIPVEGSKSYRIFARRIRLICMSEEHTRVLLTSTACFYMRKGDFPNYTRNLSPASQAIYTQALLIQRKYGVNNEYALTSYPFQDPTFGGVMSYAQVQQVLRFIKASNVTSLPVSISSNITSNA

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
Spo27168.1	Spo27168.1	mRNA

Homology

[Close]

BLAST of Spo27168.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902224967|gb|KNA19931.1| (hypothetical protein SOVF_056920 isoform B, partial [Spinacia oleracea])

HSP 1 Score: 61.6 bits (148), Expect = 1.700e-6
Identity = 28/34 (82.35%), Postives = 30/34 (88.24%), Query Frame = 1


		  
Query: 90  EHTRVLLTSTACFYMRKGDFPNYTRNLSPASQAI 124
           E TRVLLTS ACFY+RKGDF  YTRNLSPAS+AI
Sbjct: 74  EQTRVLLTSAACFYLRKGDFSKYTRNLSPASRAI 107

[Close]

BLAST of Spo27168.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731330923|ref|XP_010676390.1| (PREDICTED: uncharacterized protein LOC104892224 isoform X1 [Beta vulgaris subsp. vulgaris])

HSP 1 Score: 61.6 bits (148), Expect = 1.700e-6
Identity = 28/34 (82.35%), Postives = 30/34 (88.24%), Query Frame = 1


		  
Query: 90  EHTRVLLTSTACFYMRKGDFPNYTRNLSPASQAI 124
           E TRVLLTS ACFY+RKGDF  YTRNLSPAS+AI
Sbjct: 74  EQTRVLLTSAACFYLRKGDFSKYTRNLSPASRAI 107

[Close]

BLAST of Spo27168.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902224966|gb|KNA19930.1| (hypothetical protein SOVF_056920 isoform A, partial [Spinacia oleracea])

HSP 1 Score: 61.6 bits (148), Expect = 1.700e-6
Identity = 28/34 (82.35%), Postives = 30/34 (88.24%), Query Frame = 1


		  
Query: 90  EHTRVLLTSTACFYMRKGDFPNYTRNLSPASQAI 124
           E TRVLLTS ACFY+RKGDF  YTRNLSPAS+AI
Sbjct: 74  EQTRVLLTSAACFYLRKGDFSKYTRNLSPASRAI 107

[Close]

BLAST of Spo27168.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731330925|ref|XP_010676392.1| (PREDICTED: uncharacterized protein LOC104892224 isoform X2 [Beta vulgaris subsp. vulgaris])

HSP 1 Score: 61.6 bits (148), Expect = 1.700e-6
Identity = 28/34 (82.35%), Postives = 30/34 (88.24%), Query Frame = 1


		  
Query: 90  EHTRVLLTSTACFYMRKGDFPNYTRNLSPASQAI 124
           E TRVLLTS ACFY+RKGDF  YTRNLSPAS+AI
Sbjct: 74  EQTRVLLTSAACFYLRKGDFSKYTRNLSPASRAI 107

[Close]

BLAST of Spo27168.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8CE49_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_5g099700 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 61.6 bits (148), Expect = 1.200e-6
Identity = 28/34 (82.35%), Postives = 30/34 (88.24%), Query Frame = 1


		  
Query: 90  EHTRVLLTSTACFYMRKGDFPNYTRNLSPASQAI 124
           E TRVLLTS ACFY+RKGDF  YTRNLSPAS+AI
Sbjct: 74  EQTRVLLTSAACFYLRKGDFSKYTRNLSPASRAI 107

[Close]

BLAST of Spo27168.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9RK87_SPIOL (Uncharacterized protein (Fragment) OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_056920 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 61.6 bits (148), Expect = 1.200e-6
Identity = 28/34 (82.35%), Postives = 30/34 (88.24%), Query Frame = 1


		  
Query: 90  EHTRVLLTSTACFYMRKGDFPNYTRNLSPASQAI 124
           E TRVLLTS ACFY+RKGDF  YTRNLSPAS+AI
Sbjct: 74  EQTRVLLTSAACFYLRKGDFSKYTRNLSPASRAI 107

[Close]

BLAST of Spo27168.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9RKA8_SPIOL (Uncharacterized protein (Fragment) OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_056920 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 61.6 bits (148), Expect = 1.200e-6
Identity = 28/34 (82.35%), Postives = 30/34 (88.24%), Query Frame = 1


		  
Query: 90  EHTRVLLTSTACFYMRKGDFPNYTRNLSPASQAI 124
           E TRVLLTS ACFY+RKGDF  YTRNLSPAS+AI
Sbjct: 74  EQTRVLLTSAACFYLRKGDFSKYTRNLSPASRAI 107

[Close]

BLAST of Spo27168.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8CIV8_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_5g099700 PE=4 SV=1)

HSP 1 Score: 61.6 bits (148), Expect = 1.200e-6
Identity = 28/34 (82.35%), Postives = 30/34 (88.24%), Query Frame = 1


		  
Query: 90  EHTRVLLTSTACFYMRKGDFPNYTRNLSPASQAI 124
           E TRVLLTS ACFY+RKGDF  YTRNLSPAS+AI
Sbjct: 74  EQTRVLLTSAACFYLRKGDFSKYTRNLSPASRAI 107

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Spo27168.1 vs. NCBI nr
BLAST of Spo27168.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
BLAST of Spo27168.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
BLAST of Spo27168.1 vs. TAIR (Arabidopsis)

BLAST of Spo27168.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr)
Total hits: 4


Match Name	E-value	Identity	Description
gi\|902224967\|gb\|KNA19931.1\|	1.7e-6	82.3	hypothetical protein SOVF_0569...	[more]
gi\|731330923\|ref\|XP_010676390.1\|	1.7e-6	82.3	PREDICTED: uncharacterized pro...	[more]
gi\|902224966\|gb\|KNA19930.1\|	1.7e-6	82.3	hypothetical protein SOVF_0569...	[more]
gi\|731330925\|ref\|XP_010676392.1\|	1.7e-6	82.3	PREDICTED: uncharacterized pro...	[more]

BLAST of Spo27168.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL)
Total hits: 4


Match Name	E-value	Identity	Description
A0A0J8CE49_BETVU	1.2e-6	82.3	Uncharacterized protein OS=Bet...	[more]
A0A0K9RK87_SPIOL	1.2e-6	82.3	Uncharacterized protein (Fragm...	[more]
A0A0K9RKA8_SPIOL	1.2e-6	82.3	Uncharacterized protein (Fragm...	[more]
A0A0J8CIV8_BETVU	1.2e-6	82.3	Uncharacterized protein OS=Bet...	[more]

BLAST of Spo27168.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt)
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Spo27168.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR)
Total hits: 0


Match Name	E-value	Identity	Description

RNA-Seq Expression

Co-expression


Gene	r value	Expression
Spo11661	0.90	Barchart \| Table
Spo27160	0.87	Barchart \| Table