Spo10662 (gene) | SpinachBase

Overview


Name	Spo10662
Type	gene
Organism	Spinacia oleracea (Spinach)
Description	Unknown protein
Location	chr1 : 41240220 .. 41257070 (+)

Sequences

The following sequences are available for this feature:

Gene sequence (with intron)

Legend: polypeptideexonCDS

Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.

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mRNA sequence

ATGGAGCTTTCTGAATTGGTGGAGGCAATGGCGATGGCGTGTCCACATCTGGACTCGGCTTTGTTGGAGAATGAGGTTTTGGCTTTGGTTTACTGCTGTGGTGTGTTATTTGCACTGGAAAAGCCAAAGAGTGCACGTGACTGGGTATCATCATATGGCTATAAGTTTTTCAAGGGCTCTGATTGTAACAGCTCTCTATGGATCACATGCAACATTCACGGGCAAGAGTTTTTGTACTTGTCTTCTCAACCAACAGCAAATACGGGGCCAGAGTATCGAATTGCTTCAGTTAATCGTCATACACGGTTGCCTGAAAAGTTTATAGCTGGTGCATCTGCTCAACTGCTATATCTCAAAGTTCCTGAACATCAGTGCTTCTATCATGTCTCTGAGCAGCACACTGAAGATCAGTCAGAGCTCTATTGTAAAGCTTGTGACATAAACACGATTCAGCTGCAAAGAGATTATCAGACAAAGGTTAAATGCGGAATATTTGAAGTTGTTAGTTTGGTTTGCTGTTGGAATTGGGACTGTGGAACTAATTTGCTTTCTACTGGTGTGGTCCTTTCTATTTAA

Coding sequence (CDS)

ATGGAGCTTTCTGAATTGGTGGAGGCAATGGCGATGGCGTGTCCACATCTGGACTCGGCTTTGTTGGAGAATGAGGTTTTGGCTTTGGTTTACTGCTGTGGTGTGTTATTTGCACTGGAAAAGCCAAAGAGTGCACGTGACTGGGTATCATCATATGGCTATAAGTTTTTCAAGGGCTCTGATTGTAACAGCTCTCTATGGATCACATGCAACATTCACGGGCAAGAGTTTTTGTACTTGTCTTCTCAACCAACAGCAAATACGGGGCCAGAGTATCGAATTGCTTCAGTTAATCGTCATACACGGTTGCCTGAAAAGTTTATAGCTGGTGCATCTGCTCAACTGCTATATCTCAAAGTTCCTGAACATCAGTGCTTCTATCATGTCTCTGAGCAGCACACTGAAGATCAGTCAGAGCTCTATTGTAAAGCTTGTGACATAAACACGATTCAGCTGCAAAGAGATTATCAGACAAAGGTTAAATGCGGAATATTTGAAGTTGTTAGTTTGGTTTGCTGTTGGAATTGGGACTGTGGAACTAATTTGCTTTCTACTGGTGTGGTCCTTTCTATTTAA

Protein sequence

MELSELVEAMAMACPHLDSALLENEVLALVYCCGVLFALEKPKSARDWVSSYGYKFFKGSDCNSSLWITCNIHGQEFLYLSSQPTANTGPEYRIASVNRHTRLPEKFIAGASAQLLYLKVPEHQCFYHVSEQHTEDQSELYCKACDINTIQLQRDYQTKVKCGIFEVVSLVCCWNWDCGTNLLSTGVVLSI

Relationships

The following mRNA feature(s) are a part of this gene:


Feature Name	Unique Name	Type
Spo10662.1	Spo10662.1	mRNA

Homology

The following BLAST results are available for this feature:

BLAST of Spo10662.1 vs. NCBI nr
BLAST of Spo10662.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
BLAST of Spo10662.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
BLAST of Spo10662.1 vs. TAIR (Arabidopsis)

BLAST of Spo10662.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr)
Total hits: 0

Position :

Zoom :

x 1


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Spo10662.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL)
Total hits: 0

Position :

Zoom :

x 1


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Spo10662.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt)
Total hits: 0

Position :

Zoom :

x 1


Match Name	E-value	Identity	Description

BLAST of Spo10662.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR)
Total hits: 0

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x 1


Match Name	E-value	Identity	Description

GO Annotation

GO Assignments

This gene is annotated with the following GO terms.

Category	Term Accession	Term Name
biological_process	GO:0042967	obsolete acyl-carrier-protein biosynthetic process
biological_process	GO:0030154	cell differentiation
biological_process	GO:0023014	signal transduction by protein phosphorylation
biological_process	GO:0009637	response to blue light
biological_process	GO:0010155	regulation of proton transport
biological_process	GO:0046777	protein autophosphorylation
biological_process	GO:0045893	positive regulation of transcription, DNA-templated
biological_process	GO:0080005	photosystem stoichiometry adjustment
biological_process	GO:0000160	phosphorelay signal transduction system
biological_process	GO:0009965	leaf morphogenesis
biological_process	GO:0019752	carboxylic acid metabolic process
biological_process	GO:0006580	ethanolamine metabolic process
biological_process	GO:0006621	protein retention in ER lumen
biological_process	GO:0015969	guanosine tetraphosphate metabolic process
biological_process	GO:0006468	protein phosphorylation
biological_process	GO:0055114	oxidation-reduction process
biological_process	GO:0017148	negative regulation of translation
biological_process	GO:0048522	positive regulation of cellular process
cellular_component	GO:0009365	protein histidine kinase complex
cellular_component	GO:0005829	cytosol
cellular_component	GO:0005886	plasma membrane
cellular_component	GO:0000785	chromatin
cellular_component	GO:0016020	membrane
cellular_component	GO:0016021	integral component of membrane
cellular_component	GO:0009570	chloroplast stroma
cellular_component	GO:0005783	endoplasmic reticulum
molecular_function	GO:0003682	chromatin binding
molecular_function	GO:0016740	transferase activity
molecular_function	GO:0030598	rRNA N-glycosylase activity
molecular_function	GO:0003677	DNA binding
molecular_function	GO:0005515	protein binding
molecular_function	GO:0004672	protein kinase activity
molecular_function	GO:0020037	heme binding
molecular_function	GO:0016787	hydrolase activity
molecular_function	GO:0005506	iron ion binding
molecular_function	GO:0016831	carboxy-lyase activity
molecular_function	GO:0030170	pyridoxal phosphate binding
molecular_function	GO:0005524	ATP binding
molecular_function	GO:0016709	oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen
molecular_function	GO:0046923	ER retention sequence binding
molecular_function	GO:0016491	oxidoreductase activity
molecular_function	GO:0008080	N-acetyltransferase activity
molecular_function	GO:0043531	ADP binding
molecular_function	GO:0000155	phosphorelay sensor kinase activity
molecular_function	GO:0003676	nucleic acid binding

RNA-Seq Expression

Co-expression


Gene	r value	Expression
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