Overview
Sequences
The following sequences are available for this feature:
Legend: five_prime_UTRexonpolypeptideCDSthree_prime_UTR Hold the cursor over a type above to highlight its positions in the sequence below.CCCCTTCTGAACGGCTTATTTCTTTAACCACACCAAAGATAAGGTCTCAACTCTCAAAAGATAGAGATAAAAGTTCAAGAAACAGGGAAGTAGACTAGTGGTACACTGGTAGTGGGAAGAAATCCGCAACGATGGCATCAACAACCTCCACTCTTTCACTCTCATGGAGCAATTCATTCCATAGCTTTGCAGGCGCCATTAGTGAACCTCAGAAATCCCCAGAAAATTGCAGAGTAATGCTCCCAATTGTCGCACAGAAGAAAGTCAAGAAAATTCGCAAGGTGATTGAATTTCTACTTCAACTTTTATTTTTCGACTTCCATTTCCGTTTATTTATTTATTTCACTGCTTTTGATTTCTAGGTAGTAATTATTGTGTGGATTTTGAAATGGGTGTTGGTAATTTTGATTAATTGTGGGCTATTTTGGTGTAGATAATTTTGAAGGAGGATATTCCAGATTTGGGGAAAAAGGGCCAGCTTTTGGATGTAAGAGCTGGGTTCTTAAGGAACTTCTTGCTGCCATTGGGAAAAGCCGAGGTTGTCACCCCATTGCTGCTCAAGTAAGTTGTCTATTTTGTTTTACAATTCAAATTATTTCTATGTTTAGTTTTTCCATTTTTGTGTTATAATTTATATATTCTAGAATTATGTCTAATACTGCTATAGTTTTGGTGTCGAATGAGCAGTAGTTTTGTGCATACAGGAAAAATGATGCTAAGCAGTACTTGTTTAAGGGTGGGTTCTGAAAAAGATGAGGAAAATTTGTCATTAATTTCACGTTCCTTCGCTGCTACAAGTGAGTAACTATCAGTAAATTCTATCAGTGGCAGTTTAGGGAGATGAACGATAAGCATGTGACTTTGGGTCTTCAGAAATCTGTATATTTCATGAATTCTATGAAGGTCTATGACTAAACTGTTGTGCATTCTTTCTAGATTCTTGTTTTAGTCTCTTGGTCTATTGAGTTCCATCACCCAAATTATTACTTTGTATATAAGTTCAAGTAGCCTATATTTTCTGGAATAGAAAATACTGCTTCAAGCCTTCAACCAAGGACACTAATTAGTCTAACAATTTGACAACTTGAAGAGACGAAGAAAATAGATTTTTTCACAATGGCGGACAAGACTAAGAGAGTAGTAATGATGGAGTGCAGTAAAGAAATCCTCTCATCTTTGTACTTCCTGGGCAGCTCTGCACTAAAGGATGCCTTCTGAATATGGGGTTGTATTGGAACTCAATCCTTATAGTACATGGAAATTTGACGTAGTGTATTGGAGAGGGGGTTGAATTAGGAATTACTGCTTTTGTCTTGCATGGATCATTGAATTGTGAAAGGATAGGGGAACTTTAAAATGTATCTCAGATGGATTCTATGATTCAGGGGAGAAAGGAAAGAGGGATATTGACCTCTTCATCACTGCCAGCTTGAGGATATATTTATGTGATATAGAGATCACAATGTGTTTACATAACATTAGTTTTAGCTGACAAGTGACCACAGTGCATGTTCTCATCGTTTATTTTTGTTGTCAAAGGGAGATGAAGATGGAAGATGAGAGAATTGAAGCTGAGAAGAAAAGGGTAAGTGTAGTATTTCTTGGCAACACGCATTATTGTTGGTTTTGAGTTATCATTTGTGTAATTCAATTTATGTTGTGGAATTTTTTGTATCTTAGTTTCTTTCCTTTAAGGTGTAGCTGGATACATTTGCTGAACTTAATTTTTACCAGCCATAGAAGTCAATGAGTAAAACAATGACAACTTCACTGTTCATGATACTTACAACTTGATTATCGGGACATATATTCTTCCGTCTTTATTGGCTGGCATCCCCTAGTTTTTGGTTTTTGTTCTGCTTGCTCGTTTGTTATTTTCAAGTATCCATCATTTTTTTGGGTGCAAAGTATCCATCATTGTGTTTGTGACTTTGTGTAATCAGTTTGGTGGACTTTAACGAACAAGGTAGAAGCTTTTGCATCGGTTTATTATGTAGTATTTCATGTAAAATTCTTGGATTACTTAGGCCATATTAACTGGAAATAGAAATCTATCTTCAAACCCCCACCCCAGCTGCTTGTCATTATGCCAGATGAGCTTAATCAGCTGCGCGAATTCTAGCTTTTAGCTGTATCGCATTAAAATTTAGCAAGACTTGGTTTTAAAATTGTCTCTTCATGATTATCCAATAATCTTGTCTAATATTTTTTTTGTTAGGTAAAAGAAGAGGCACAACAGCTAGCCCGGATGTTTGAAACAGTTGGAGCTTTCAAGGTTAAACGCAAAGGAGGAAAGGGAAAACAGATATTTGGAAGGTAAGAAGAACAGATTTTACATTCTTGCCTTGCTGTAGTCTGTTCCTCATAACCTGGTCTCATATTATTTTTCCTGTGGATTTGGCAGTGTGACTGCTCAAGATCTTGTTGACATAATCAAGGCACAGCTTCAAAGGTAATGTTACTGGCATCATTACTGATGACCTCATCATTAATGTTTTCTTTGACAATGAACTAGTTGATGAATGAAACCTGTATTTTGTGAAGATAAAAGTGATTCTGATGTACCGTAATTGTCTTAGAAGACCATACAGGTGAAGTGTTTTCAGCCATTTACAAAAATAAGTGAACATCAGCTCCTTGTTAGCATCCTCTTTAACTACGTTGGATGGGAGCCTGCCCTATTTTAGTTGGAATGTAAAATATGTAAACTTAGATAAAGCTAATCCCTATGTCGTGTGAATTGGCACTTTGATGCAAACTTGACACCTTGTACTGGAGAAGTTTTGAAGCCCTCCAATCAACAAGGTGTTGTTAAGAATTGATCTCCAAGCTCAACCTCCTCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCNGCTTGTAGTCATTATTTTGCGTGTGTGTTTTGAGTGGATGAACATCTTATGTAAAAGTTATGATCTTTGAAAGCCAATGCCAGTTATCTTAGAGGCACTAACATGATCGAAGGTTAGTAAGTTTTGGTGCCAGTGTGTGACGTCTAGCTTATTTTTATTGTGGAAAGTACATAGATGATTCGTCAATGGAAGCCTAAAGCCGTGATGCAGGTTATTCTAGGGCAGGGGAAACAGAGGTGCCAACTAAGTGCAGTTCTGCCCTCCTTTTTTTTTTATTCCATAGAAACTATATGTGGGGCTTAAATGGAAGCTCGACTCTTGGACCTTAATGACAAACTGTTTGATTACAATGTCAATAGATGCAGTAATGAGTTTATACCTCCTCAACCCCTACCCTCATTTAAATTATTATTTTTTGTCTCAGAGCCAAATTCACATATCACATTGCTTTAGAGCACGGATATTAAGGAGGGAAAGAGAGTAAACAGACTAATATGGTGGGTGTGGGTTCTAACTTTTGAGATTAAGTAGTGAAAAAAAAACTTACCTAGAGTAGTATGTTAACTTAGCTCTAGATCATCCCAAAATGGTGTATGTTATTATAATCATCAAAATAGTTCGAAGTATATGTTAACTTTTCTCTAGGATTGAGGGGGTGGAAATAAAAAGGAACAAATTGGAAAAGGAAGATGCATAGGAGGCTTATTTTTAGCACTCCTTATGCATGGTGCCCACATAAGTATTCCTAAATATAATCCTGAATCGGTTTGAGACATGTCAAAAACGTTCAGTCTTGAATTTTTTTTCCCTTCCTTGTTTTTGACAAATAGACTGTTAAGGGGAACTAAAATTCTAAGTTCAACTTTTCAACAGAGCATCCTTAGAACTAAATTTCATTGTTGTTCTGGTTCAGGGATGTGGACAAAAAAGTTGTTTTCCTCCCTGACATCAGGGAAACTGGGGAGTATATAGCAGAGTTGAAGCTACACCCTGATGTCACTGCTCAGGTTCGTGTAACGGTGTTTGCCAACTAATTGAAGCTTCCTGCAGAGTATTGTATCAGACAATCAAGCATTTTGATTCCATTCCAAGGTAAGCAAACCTTTCTTTAACTGAATTTATTATGAAAAAAGGTTATTACATTCAACTGTCTATGTGCTGTTAGCAAACTTAGTCCGACAGAAAAGCCTTTGTTTTTCTTTCTTCTATATACAAAAAACTTATACGAACACTCGAACTTCAAAGCTCGGGATTACTATGTCAAGTTAAAACCAATTTAATACGGAGTAGTCTTTTTAGATCTGTTTCCTCNCTCGAACTTCAAAGCTCGGGATTACTATGTCAAGTTAAAACCAATTTAATACGGAGTAGTCTTTTTAGATCTGTTTCCTCACGCCGCATTTCCTCTTTGTTTCCCTGAAAACATGTTTTCCTTGATGTATTTTTTAGGAGTCGTCTGATATTCAAATATTTCTTTTTTCATGGCTGGTCATTTGCAGGAGAGATACGGCCGTTGNTCGTCTGATATTCAAATATTTCTTTTTTCATGGCTGGTCATTTGCAGGAGAGATACGGCCGTTGTTTCAACTGTAGATGCCCATAATGCACCGAGAACTGTAACTTGTATGTGTCTAGATACTTTAGCTTAGTGAATTCTGTTGTTCTGTTACTCGTCTTTTTTTCCCATAATTGTTCATGTTTTCTACTTCCTTTTTGCTGCGAGTTTTTACACACTTGATTTTTCGAAGATAAATATCCTGCATGCGTGTATACTTTTAGCTACAAATGGCAACGAAGTTGCTGCAAGTAACCCATAGTTACAGGGGTTTCATTATGTTAAGTTGTACACTGCCTCATTTTACCACTAGGTAATCAAGATTAGTTAAAGCCTATGGTGAAAGCGTTTTTCAGAAAAGAATAATCCCAGATTTTAAAAAGCTCCAAAGAATTATTCTATCTGAGATAATGTTTTGCACATTTTCTTTT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CCCCTTCTGAACGGCTTATTTCTTTAACCACACCAAAGATAAGGTCTCAACTCTCAAAAGATAGAGATAAAAGTTCAAGAAACAGGGAAGTAGACTAGTGGTACACTGGTAGTGGGAAGAAATCCGCAACGATGGCATCAACAACCTCCACTCTTTCACTCTCATGGAGCAATTCATTCCATAGCTTTGCAGGCGCCATTAGTGAACCTCAGAAATCCCCAGAAAATTGCAGAGTAATGCTCCCAATTGTCGCACAGAAGAAAGTCAAGAAAATTCGCAAGATAATTTTGAAGGAGGATATTCCAGATTTGGGGAAAAAGGGCCAGCTTTTGGATGTAAGAGCTGGGTTCTTAAGGAACTTCTTGCTGCCATTGGGAAAAGCCGAGGTTGTCACCCCATTGCTGCTCAAGGAGATGAAGATGGAAGATGAGAGAATTGAAGCTGAGAAGAAAAGGGTAAAAGAAGAGGCACAACAGCTAGCCCGGATGTTTGAAACAGTTGGAGCTTTCAAGGTTAAACGCAAAGGAGGAAAGGGAAAACAGATATTTGGAAGTGTGACTGCTCAAGATCTTGTTGACATAATCAAGGCACAGCTTCAAAGGGATGTGGACAAAAAAGTTGTTTTCCTCCCTGACATCAGGGAAACTGGGGAGTATATAGCAGAGTTGAAGCTACACCCTGATGTCACTGCTCAGGTTCGTGTAACGGTGTTTGCCAACTAATTGAAGCTTCCTGCAGAGTATTGTATCAGACAATCAAGCATTTTGATTCCATTCCAAGGAGAGATACGGCCGTTGTTTCAACTGTAGATGCCCATAATGCACCGAGAACTGTAACTTTAATGGCAATCCACTAAAGGAGTAGGCGTAGGAAGAACATGAACAAACTTGGTTTCCATGTGATCATCCACCATTATTTGTTGTTCATCCTGATCATCTGGAGCTGGAAGATTAAGATCCAAGGAAAGAATATTCCTTGGCCCACCACTATCAATCACCGCCGCAGTACTCATCGGACGGCTAGGCAGAGTCGCCGCCACCGCCGCCGTCGTTGGTGCTCCTGCTCTATGCCTCCTCATATGACCTCCCAAGGCTTGACCTGAAGGAAACTCTGACCCACATATTGAACACTCGTGTACCC ATGGCATCAACAACCTCCACTCTTTCACTCTCATGGAGCAATTCATTCCATAGCTTTGCAGGCGCCATTAGTGAACCTCAGAAATCCCCAGAAAATTGCAGAGTAATGCTCCCAATTGTCGCACAGAAGAAAGTCAAGAAAATTCGCAAGATAATTTTGAAGGAGGATATTCCAGATTTGGGGAAAAAGGGCCAGCTTTTGGATGTAAGAGCTGGGTTCTTAAGGAACTTCTTGCTGCCATTGGGAAAAGCCGAGGTTGTCACCCCATTGCTGCTCAAGGAGATGAAGATGGAAGATGAGAGAATTGAAGCTGAGAAGAAAAGGGTAAAAGAAGAGGCACAACAGCTAGCCCGGATGTTTGAAACAGTTGGAGCTTTCAAGGTTAAACGCAAAGGAGGAAAGGGAAAACAGATATTTGGAAGTGTGACTGCTCAAGATCTTGTTGACATAATCAAGGCACAGCTTCAAAGGGATGTGGACAAAAAAGTTGTTTTCCTCCCTGACATCAGGGAAACTGGGGAGTATATAGCAGAGTTGAAGCTACACCCTGATGTCACTGCTCAGGTTCGTGTAACGGTGTTTGCCAACTAA MASTTSTLSLSWSNSFHSFAGAISEPQKSPENCRVMLPIVAQKKVKKIRKIILKEDIPDLGKKGQLLDVRAGFLRNFLLPLGKAEVVTPLLLKEMKMEDERIEAEKKRVKEEAQQLARMFETVGAFKVKRKGGKGKQIFGSVTAQDLVDIIKAQLQRDVDKKVVFLPDIRETGEYIAELKLHPDVTAQVRVTVFAN Relationships
The following mRNA feature(s) are a part of this gene:
Homology
BLAST of Spo20589.1 vs. NCBI nr
Match: gi|902230054|gb|KNA21690.1| (hypothetical protein SOVF_040960 [Spinacia oleracea]) HSP 1 Score: 369.4 bits (947), Expect = 3.900e-99 Identity = 196/196 (100.00%), Postives = 196/196 (100.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo20589.1 vs. NCBI nr
Match: gi|731355639|ref|XP_010689247.1| (PREDICTED: 50S ribosomal protein L9, chloroplastic [Beta vulgaris subsp. vulgaris]) HSP 1 Score: 332.4 bits (851), Expect = 5.300e-88 Identity = 175/196 (89.29%), Postives = 184/196 (93.88%), Query Frame = 1
BLAST of Spo20589.1 vs. NCBI nr
Match: gi|802551210|ref|XP_012064677.1| (PREDICTED: 50S ribosomal protein L9, chloroplastic [Jatropha curcas]) HSP 1 Score: 276.2 bits (705), Expect = 4.500e-71 Identity = 147/198 (74.24%), Postives = 174/198 (87.88%), Query Frame = 1
BLAST of Spo20589.1 vs. NCBI nr
Match: gi|567159721|ref|XP_006419091.1| (hypothetical protein EUTSA_v10002672mg [Eutrema salsugineum]) HSP 1 Score: 275.0 bits (702), Expect = 1.000e-70 Identity = 150/199 (75.38%), Postives = 175/199 (87.94%), Query Frame = 1
BLAST of Spo20589.1 vs. NCBI nr
Match: gi|297815636|ref|XP_002875701.1| (hypothetical protein ARALYDRAFT_484888 [Arabidopsis lyrata subsp. lyrata]) HSP 1 Score: 274.6 bits (701), Expect = 1.300e-70 Identity = 150/199 (75.38%), Postives = 173/199 (86.93%), Query Frame = 1
BLAST of Spo20589.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0K9RQ91_SPIOL (Uncharacterized protein OS=Spinacia oleracea GN=SOVF_040960 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 369.4 bits (947), Expect = 2.700e-99 Identity = 196/196 (100.00%), Postives = 196/196 (100.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo20589.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A0J8BM33_BETVU (Uncharacterized protein OS=Beta vulgaris subsp. vulgaris GN=BVRB_9g206220 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 332.4 bits (851), Expect = 3.700e-88 Identity = 175/196 (89.29%), Postives = 184/196 (93.88%), Query Frame = 1
BLAST of Spo20589.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: A0A067L6A4_JATCU (Uncharacterized protein OS=Jatropha curcas GN=JCGZ_05424 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 276.2 bits (705), Expect = 3.100e-71 Identity = 147/198 (74.24%), Postives = 174/198 (87.88%), Query Frame = 1
BLAST of Spo20589.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: V4LCQ2_EUTSA (Uncharacterized protein OS=Eutrema salsugineum GN=EUTSA_v10002672mg PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 275.0 bits (702), Expect = 7.000e-71 Identity = 150/199 (75.38%), Postives = 175/199 (87.94%), Query Frame = 1
BLAST of Spo20589.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Match: D7LNI8_ARALL (Putative uncharacterized protein OS=Arabidopsis lyrata subsp. lyrata GN=ARALYDRAFT_484888 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 274.6 bits (701), Expect = 9.100e-71 Identity = 150/199 (75.38%), Postives = 173/199 (86.93%), Query Frame = 1
BLAST of Spo20589.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: RK9_ARATH (50S ribosomal protein L9, chloroplastic OS=Arabidopsis thaliana GN=RPL9 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 269.6 bits (688), Expect = 2.600e-71 Identity = 146/199 (73.37%), Postives = 173/199 (86.93%), Query Frame = 1
BLAST of Spo20589.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: RK9_PEA (50S ribosomal protein L9, chloroplastic OS=Pisum sativum GN=RPL9 PE=2 SV=2) HSP 1 Score: 246.1 bits (627), Expect = 3.100e-64 Identity = 139/196 (70.92%), Postives = 160/196 (81.63%), Query Frame = 1
BLAST of Spo20589.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: RK9_IPOTF (50S ribosomal protein L9, chloroplastic OS=Ipomoea trifida GN=RPL9 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 244.6 bits (623), Expect = 9.100e-64 Identity = 135/197 (68.53%), Postives = 160/197 (81.22%), Query Frame = 1
BLAST of Spo20589.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: RK9_WHEAT (50S ribosomal protein L9, chloroplastic OS=Triticum aestivum GN=RPL9 PE=2 SV=1) HSP 1 Score: 230.7 bits (587), Expect = 1.400e-59 Identity = 127/195 (65.13%), Postives = 156/195 (80.00%), Query Frame = 1
BLAST of Spo20589.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Match: RL9_PROM9 (50S ribosomal protein L9 OS=Prochlorococcus marinus (strain MIT 9312) GN=rplI2 PE=3 SV=1) HSP 1 Score: 116.3 bits (290), Expect = 3.700e-25 Identity = 62/146 (42.47%), Postives = 95/146 (65.07%), Query Frame = 1
BLAST of Spo20589.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Match: AT3G44890.1 (ribosomal protein L9) HSP 1 Score: 269.6 bits (688), Expect = 1.500e-72 Identity = 146/199 (73.37%), Postives = 173/199 (86.93%), Query Frame = 1
The following BLAST results are available for this feature:
BLAST of Spo20589.1 vs. NCBI nr
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. NCBI nr) Total hits: 5
BLAST of Spo20589.1 vs. UniProtKB/TrEMBL
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. UniprotKB/TrEMBL) Total hits: 5
BLAST of Spo20589.1 vs. ExPASy Swiss-Prot
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. ExPASy SwissProt) Total hits: 5
BLAST of Spo20589.1 vs. TAIR (Arabidopsis)
Analysis Date: 2018-06-29 (blastp Spinacia oleracea peptides vs. TAIR) Total hits: 1
InterPro
Analysis Name: InterPro Annotations of S. oleracea
Date Performed: 2018-06-29
GO Annotation
GO Assignments
This gene is annotated with the following GO terms.
RNA-Seq Expression
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